More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0353 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_0651  signal recognition particle protein  66.73 
 
 		 520 aa  640    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0971217  normal  0.157335 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0662  signal recognition particle protein  66.92 
 
 		 520 aa  643    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0689127 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2779  Signal recognition particle protein  83.56 
 
 		 516 aa  848    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0765286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0368  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  86.05 
 
 		 515 aa  835    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.600679 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0353  signal recognition particle protein  100 
 
 		 514 aa  1003    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.547183  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0221  signal recognition particle protein  87.25 
 
 		 514 aa  816    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.115082  hitchhiker  0.0089568 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1464  signal recognition particle protein  69.31 
 
 		 513 aa  639    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.517812  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0510  signal recognition particle protein  96.13 
 
 		 517 aa  911    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.659229  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3578  signal recognition particle protein  82.3 
 
 		 511 aa  836    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.715062  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0246  signal recognition particle protein  92.03 
 
 		 516 aa  855    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0630  signal recognition particle protein  68.8 
 
 		 520 aa  632  1e-180  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2887  signal recognition particle protein  69.9 
 
 		 522 aa  630  1e-179  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3683  signal recognition particle protein  67.17 
 
 		 526 aa  630  1e-179  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00104777 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3351  signal recognition particle protein  63.47 
 
 		 551 aa  624  1e-177  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.31296 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3618  signal recognition particle protein  73.17 
 
 		 521 aa  619  1e-176  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0128303 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2983  signal recognition particle protein  65.83 
 
 		 540 aa  611  9.999999999999999e-175  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.13756 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1418  signal recognition particle protein  66.37 
 
 		 504 aa  600  1e-170  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1826  signal recognition particle protein  71.29 
 
 		 523 aa  589  1e-167  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1758  signal recognition particle protein  71.29 
 
 		 523 aa  590  1e-167  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0068  signal recognition particle protein  64.17 
 
 		 515 aa  577  1.0000000000000001e-163  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.206889  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3095  signal recognition particle protein  72.24 
 
 		 514 aa  567  1e-160  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1077  signal recognition particle protein  71.29 
 
 		 523 aa  565  1e-160  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.624173  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3341  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  72.24 
 
 		 522 aa  565  1e-160  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.819089  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4073  signal recognition particle protein  71.29 
 
 		 525 aa  560  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3750  signal recognition particle protein  71.76 
 
 		 527 aa  560  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4203  signal recognition particle protein  71.06 
 
 		 526 aa  552  1e-156  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1184  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  64.75 
 
 		 504 aa  553  1e-156  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0353  signal recognition particle protein  62.06 
 
 		 504 aa  533  1e-150  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2656  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  62.26 
 
 		 491 aa  531  1e-150  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1404  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  61.47 
 
 		 491 aa  525  1e-148  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.294047  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4887  signal recognition particle protein  56.94 
 
 		 511 aa  521  1e-147  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1053  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  60.04 
 
 		 505 aa  519  1e-146  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2714  signal recognition particle protein  59.82 
 
 		 505 aa  518  1.0000000000000001e-145  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.236454  normal  0.0233143 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3878  signal recognition particle protein  56.79 
 
 		 498 aa  505  9.999999999999999e-143  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.515054  normal  0.639996 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2728  signal recognition particle protein  61.7 
 
 		 484 aa  502  1e-141  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2154  signal recognition particle protein  60.04 
 
 		 457 aa  498  1e-139  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.995378  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2894  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  62.53 
 
 		 521 aa  498  1e-139  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2603  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  58.25 
 
 		 514 aa  492  9.999999999999999e-139  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.44624  hitchhiker  0.00700873 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0757  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  60.09 
 
 		 501 aa  489  1e-137  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0384  signal recognition particle protein  55.16 
 
 		 451 aa  488  1e-136  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3275  signal recognition particle protein  58.66 
 
 		 461 aa  481  1e-134  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0976333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0176  signal recognition particle protein  59.78 
 
 		 501 aa  478  1e-133  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3764  signal recognition particle protein  51.45 
 
 		 449 aa  449  1e-125  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000380679  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2477  signal recognition particle protein  51.75 
 
 		 458 aa  451  1e-125  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2856  signal recognition particle protein  51.75 
 
 		 458 aa  451  1e-125  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0998  signal recognition particle protein  51.97 
 
 		 459 aa  446  1.0000000000000001e-124  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02499  Signal Recognition Particle (SRP) component with 4.5S RNA (ffs)  52.59 
 
 		 453 aa  442  1e-123  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0363313  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1064  signal recognition particle protein  52.59 
 
 		 453 aa  442  1e-123  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000203805  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3849  signal recognition particle protein  52.59 
 
 		 453 aa  442  1e-123  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000605639  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4073  signal recognition particle protein  52.63 
 
 		 463 aa  444  1e-123  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.66452  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2999  signal recognition particle protein  52.59 
 
 		 453 aa  442  1e-123  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000534435  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02463  hypothetical protein  52.59 
 
 		 453 aa  442  1e-123  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0259356  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0845  signal recognition particle protein  51.43 
 
 		 453 aa  444  1e-123  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3091  signal recognition particle protein  52.83 
 
 		 453 aa  443  1e-123  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.113189  normal  0.0737969 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2872  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  50.77 
 
 		 452 aa  442  1e-123  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000107321  hitchhiker  0.00000141752 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2894  signal recognition particle protein  52.59 
 
 		 453 aa  442  1e-123  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000003333  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2769  signal recognition particle protein  52.59 
 
 		 453 aa  442  1e-123  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000211534  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1073  signal recognition particle protein  52.59 
 
 		 453 aa  442  1e-123  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0286434  normal  0.0192406 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2762  signal recognition particle protein  52.59 
 
 		 453 aa  443  1e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00925068  normal  0.0680462 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3005  signal recognition particle protein  52.36 
 
 		 453 aa  439  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.242955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2873  signal recognition particle protein  52.36 
 
 		 453 aa  439  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.110714  normal  0.0858138 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2891  signal recognition particle protein  52.36 
 
 		 453 aa  439  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0766211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0888  signal recognition particle protein  51.95 
 
 		 457 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000142989  normal  0.373446 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2823  signal recognition particle protein  52.36 
 
 		 453 aa  439  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00851471  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2893  signal recognition particle protein  52.36 
 
 		 453 aa  439  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0469323  normal  0.518118 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0503  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  52.86 
 
 		 462 aa  441  9.999999999999999e-123  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0642  signal recognition particle protein  50.33 
 
 		 452 aa  438  1e-121  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0127185  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1338  signal recognition particle protein  50.67 
 
 		 452 aa  435  1e-121  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39570  signal recognition particle protein  50.98 
 
 		 458 aa  435  1e-121  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.224172  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0990  signal recognition particle protein  51.15 
 
 		 453 aa  436  1e-121  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00945365  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1938  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  52.87 
 
 		 456 aa  436  1e-121  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.730231 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2861  signal recognition particle protein  50.44 
 
 		 453 aa  432  1e-120  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2311  signal recognition particle protein  51.23 
 
 		 485 aa  434  1e-120  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0592  signal recognition particle protein  50 
 
 		 515 aa  433  1e-120  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0966  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  52.34 
 
 		 447 aa  431  1e-119  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000570112  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2921  signal recognition particle protein  50.66 
 
 		 457 aa  431  1e-119  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00726192  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1062  signal recognition particle protein  50.57 
 
 		 457 aa  430  1e-119  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0147174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1707  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  49.77 
 
 		 511 aa  426  1e-118  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0983445  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0426  signal recognition particle protein  50.56 
 
 		 462 aa  427  1e-118  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1985  signal recognition particle protein  49.77 
 
 		 515 aa  426  1e-118  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.421506  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1670  signal recognition particle protein  50 
 
 		 458 aa  427  1e-118  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3402  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  51.84 
 
 		 458 aa  428  1e-118  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.625555 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1158  signal recognition particle protein  50.88 
 
 		 457 aa  424  1e-117  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000642448  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1356  signal recognition particle protein  51.49 
 
 		 457 aa  425  1e-117  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1253  signal recognition particle protein  51.26 
 
 		 457 aa  424  1e-117  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000049947  hitchhiker  0.0000752283 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0884  signal recognition particle protein  50.69 
 
 		 453 aa  424  1e-117  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.138728  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0648  signal recognition particle protein  52.27 
 
 		 461 aa  424  1e-117  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.773728  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1978  signal recognition particle protein  51.56 
 
 		 469 aa  422  1e-117  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2839  signal recognition particle protein  51.26 
 
 		 457 aa  424  1e-117  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000124707  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2921  signal recognition particle protein  51.26 
 
 		 457 aa  424  1e-117  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000450795  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3365  signal recognition particle protein  50.69 
 
 		 453 aa  423  1e-117  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.089536  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3230  signal recognition particle protein  50.69 
 
 		 453 aa  424  1e-117  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0218227  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3018  signal recognition particle protein  51.26 
 
 		 457 aa  424  1e-117  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000039159  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1099  signal recognition particle protein  51.55 
 
 		 453 aa  420  1e-116  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.00000000944997  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0094  signal recognition particle protein  52.51 
 
 		 461 aa  419  1e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000225089  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01690  signal recognition particle protein  49.55 
 
 		 478 aa  419  1e-116  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00271283  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0522  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  50.92 
 
 		 450 aa  421  1e-116  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.823996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1048  signal recognition particle protein  51.26 
 
 		 457 aa  421  1e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000196553  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2449  signal recognition particle protein  49.88 
 
 		 463 aa  421  1e-116  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000152943  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2310  signal recognition particle protein  50 
 
 		 443 aa  421  1e-116  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0985246  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>