More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_2921 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02499  Signal Recognition Particle (SRP) component with 4.5S RNA (ffs)  77.02 
 
 		 453 aa  687    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0363313  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1064  signal recognition particle protein  77.02 
 
 		 453 aa  687    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000203805  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1373  signal recognition particle protein Ffh  71.99 
 
 		 457 aa  643    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1048  signal recognition particle protein  90.37 
 
 		 457 aa  817    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000196553  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2861  signal recognition particle protein  75.93 
 
 		 453 aa  691    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39570  signal recognition particle protein  73.46 
 
 		 458 aa  674    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.224172  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4073  signal recognition particle protein  75.96 
 
 		 463 aa  686    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.66452  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1356  signal recognition particle protein  98.91 
 
 		 457 aa  909    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3204  signal recognition particle protein  75.49 
 
 		 453 aa  662    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0069181  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2769  signal recognition particle protein  77.02 
 
 		 453 aa  687    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000211534  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1167  signal recognition particle protein  97.37 
 
 		 457 aa  811    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000256544  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2999  signal recognition particle protein  77.02 
 
 		 453 aa  687    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000534435  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1209  signal recognition particle protein  96.28 
 
 		 457 aa  803    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000238593  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0851  signal recognition particle protein  75.49 
 
 		 453 aa  662    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000129048  hitchhiker  0.0000234744 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0990  signal recognition particle protein  76.15 
 
 		 453 aa  668    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00945365  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2894  signal recognition particle protein  77.02 
 
 		 453 aa  687    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000003333  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2762  signal recognition particle protein  76.81 
 
 		 453 aa  684    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00925068  normal  0.0680462 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2893  signal recognition particle protein  77.46 
 
 		 453 aa  691    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0469323  normal  0.518118 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02463  hypothetical protein  77.02 
 
 		 453 aa  687    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0259356  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3849  signal recognition particle protein  77.02 
 
 		 453 aa  687    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000605639  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1123  signal recognition particle protein  75.71 
 
 		 453 aa  664    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.279052  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1253  signal recognition particle protein  95.84 
 
 		 457 aa  828    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000179157  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3005  signal recognition particle protein  77.46 
 
 		 453 aa  691    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.242955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3091  signal recognition particle protein  76.15 
 
 		 453 aa  681    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.113189  normal  0.0737969 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2823  signal recognition particle protein  77.46 
 
 		 453 aa  691    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00851471  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2755  signal recognition particle protein  93 
 
 		 457 aa  820    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000103773  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3365  signal recognition particle protein  77.02 
 
 		 453 aa  677    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.089536  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1073  signal recognition particle protein  77.02 
 
 		 453 aa  687    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0286434  normal  0.0192406 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01690  signal recognition particle protein  77.23 
 
 		 478 aa  669    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00271283  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1670  signal recognition particle protein  76.56 
 
 		 458 aa  685    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1158  signal recognition particle protein  89.28 
 
 		 457 aa  810    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000642448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1427  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  74.6 
 
 		 458 aa  655    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0277163  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2839  signal recognition particle protein  99.78 
 
 		 457 aa  914    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000124707  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2921  signal recognition particle protein  100 
 
 		 457 aa  917    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000450795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2921  signal recognition particle protein  92.12 
 
 		 457 aa  832    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00726192  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0648  signal recognition particle protein  78.2 
 
 		 461 aa  650    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.773728  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0094  signal recognition particle protein  78.2 
 
 		 461 aa  640    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000225089  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15960  signal recognition particle protein Ffh  72.43 
 
 		 457 aa  643    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.144741  normal  0.536445 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1286  signal recognition particle protein  96.06 
 
 		 457 aa  801    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000571618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0884  signal recognition particle protein  77.24 
 
 		 453 aa  677    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.138728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3402  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  73.17 
 
 		 458 aa  635    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.625555 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3104  signal recognition particle protein  96.28 
 
 		 457 aa  803    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000441877  normal  0.0737294 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1062  signal recognition particle protein  89.72 
 
 		 457 aa  835    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0147174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3018  signal recognition particle protein  99.78 
 
 		 457 aa  914    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000039159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3230  signal recognition particle protein  77.24 
 
 		 453 aa  677    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0218227  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1253  signal recognition particle protein  89.93 
 
 		 457 aa  822    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000049947  hitchhiker  0.0000752283 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2891  signal recognition particle protein  77.46 
 
 		 453 aa  691    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0766211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0888  signal recognition particle protein  90.81 
 
 		 457 aa  819    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000142989  normal  0.373446 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3368  signal recognition particle protein  80.14 
 
 		 457 aa  677    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2873  signal recognition particle protein  77.46 
 
 		 453 aa  691    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.110714  normal  0.0858138 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2311  signal recognition particle protein  71.43 
 
 		 485 aa  638    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1461  signal recognition particle protein  73.65 
 
 		 538 aa  631  1e-180  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0499912  normal  0.21727 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002535  signal recognition particle subunit Ffh SRP54  77.73 
 
 		 460 aa  631  1e-180  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.600573  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03481  hypothetical protein  77.96 
 
 		 460 aa  633  1e-180  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1018  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  72.25 
 
 		 458 aa  631  1e-180  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.868706  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1066  signal recognition particle protein  73.87 
 
 		 458 aa  633  1e-180  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4260  signal recognition particle protein  73.65 
 
 		 458 aa  632  1e-180  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4158  signal recognition particle protein  73.42 
 
 		 458 aa  631  1e-180  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.23319  normal  0.485937 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0384  signal recognition particle protein  68.89 
 
 		 451 aa  622  1e-177  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0845  signal recognition particle protein  70.07 
 
 		 453 aa  621  1e-177  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1338  signal recognition particle protein  67.91 
 
 		 452 aa  619  1e-176  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1281  Signal recognition particle protein  72.48 
 
 		 458 aa  617  1e-176  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2261  Signal recognition particle protein  69.16 
 
 		 452 aa  618  1e-176  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.161738  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1202  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54) / transcription elongation factor GreB  71.16 
 
 		 495 aa  615  1e-175  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0352571  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1472  signal recognition particle protein Ffh  72.02 
 
 		 458 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0337411  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0426  signal recognition particle protein  68.55 
 
 		 462 aa  602  1.0000000000000001e-171  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3771  signal recognition particle protein  72.62 
 
 		 460 aa  598  1e-170  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000572875  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0467  hypothetical protein  66.3 
 
 		 458 aa  600  1e-170  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0443  hypothetical protein  66.3 
 
 		 458 aa  600  1e-170  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1178  signal recognition particle protein  64.27 
 
 		 456 aa  596  1e-169  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.520274  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1707  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  66.3 
 
 		 511 aa  592  1e-168  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0983445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0998  signal recognition particle protein  65.58 
 
 		 459 aa  588  1e-167  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0592  signal recognition particle protein  66.14 
 
 		 515 aa  591  1e-167  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1985  signal recognition particle protein  66.22 
 
 		 515 aa  587  1e-166  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.421506  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0199  signal recognition particle protein  61.25 
 
 		 449 aa  584  1.0000000000000001e-165  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1149  signal recognition particle protein  62.78 
 
 		 455 aa  578  1e-164  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.543894  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0516  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  63 
 
 		 455 aa  578  1e-164  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3440  signal recognition particle protein  62.78 
 
 		 455 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000127392  hitchhiker  0.000711681 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1295  signal recognition particle protein  62.78 
 
 		 455 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0518  signal recognition particle protein  63.22 
 
 		 455 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.034328  normal  0.698536 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2514  signal recognition particle protein  62.78 
 
 		 455 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0436  signal recognition particle protein  62.78 
 
 		 455 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3515  signal recognition particle protein  62.56 
 
 		 455 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3268  signal recognition particle protein  62.78 
 
 		 455 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0493  signal recognition particle protein  63.22 
 
 		 455 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3479  signal recognition particle protein  62.78 
 
 		 455 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.339852  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3517  signal recognition particle protein  62.78 
 
 		 455 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3017  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  71.04 
 
 		 474 aa  572  1.0000000000000001e-162  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0662869  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2793  signal recognition particle protein  62.78 
 
 		 455 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.634581  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0560  signal recognition particle protein  62.56 
 
 		 455 aa  570  1e-161  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.276011  hitchhiker  0.000299171 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0108  signal recognition particle protein  62.33 
 
 		 455 aa  570  1e-161  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0590  signal recognition particle protein  62.33 
 
 		 455 aa  570  1e-161  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2477  signal recognition particle protein  60.7 
 
 		 458 aa  566  1e-160  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3675  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  62.11 
 
 		 455 aa  567  1e-160  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.460625  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0522  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  61.76 
 
 		 450 aa  565  1e-160  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.823996  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2856  signal recognition particle protein  60.7 
 
 		 458 aa  566  1e-160  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1938  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  66.99 
 
 		 456 aa  563  1.0000000000000001e-159  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.730231 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2947  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  62.09 
 
 		 462 aa  558  1e-158  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0642  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  63.6 
 
 		 455 aa  557  1e-157  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.821014 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3094  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  61.74 
 
 		 463 aa  551  1e-156  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.724164  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>