More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1018 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1461  signal recognition particle protein  93.69 
 
 
538 aa  787    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0499912  normal  0.21727 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1253  signal recognition particle protein  74.61 
 
 
457 aa  682    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000049947  hitchhiker  0.0000752283 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4073  signal recognition particle protein  72.04 
 
 
463 aa  657    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.66452  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01690  signal recognition particle protein  74.22 
 
 
478 aa  663    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00271283  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1472  signal recognition particle protein Ffh  93.81 
 
 
458 aa  780    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0337411  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1281  Signal recognition particle protein  93.58 
 
 
458 aa  784    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1253  signal recognition particle protein  73.07 
 
 
457 aa  637    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000179157  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1018  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  100 
 
 
458 aa  915    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.868706  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4158  signal recognition particle protein  93.92 
 
 
458 aa  790    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.23319  normal  0.485937 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2755  signal recognition particle protein  74.17 
 
 
457 aa  652    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000103773  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39570  signal recognition particle protein  86.68 
 
 
458 aa  812    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.224172  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1048  signal recognition particle protein  74.17 
 
 
457 aa  672    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000196553  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1670  signal recognition particle protein  73.09 
 
 
458 aa  664    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3402  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  90.6 
 
 
458 aa  777    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.625555 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2921  signal recognition particle protein  74.83 
 
 
457 aa  672    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00726192  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1062  signal recognition particle protein  74.61 
 
 
457 aa  696    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0147174  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15960  signal recognition particle protein Ffh  89.74 
 
 
457 aa  792    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.144741  normal  0.536445 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4260  signal recognition particle protein  93.69 
 
 
458 aa  788    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1158  signal recognition particle protein  75.28 
 
 
457 aa  681    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000642448  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2311  signal recognition particle protein  73.74 
 
 
485 aa  656    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1066  signal recognition particle protein  93.92 
 
 
458 aa  790    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1373  signal recognition particle protein Ffh  89.52 
 
 
457 aa  793    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0888  signal recognition particle protein  74.83 
 
 
457 aa  678    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000142989  normal  0.373446 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1356  signal recognition particle protein  72.34 
 
 
457 aa  633  1e-180  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2839  signal recognition particle protein  72.11 
 
 
457 aa  632  1e-180  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000124707  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2921  signal recognition particle protein  72.11 
 
 
457 aa  632  1e-180  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000450795  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3018  signal recognition particle protein  72.11 
 
 
457 aa  632  1e-180  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000039159  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02499  Signal Recognition Particle (SRP) component with 4.5S RNA (ffs)  71.71 
 
 
453 aa  625  1e-178  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0363313  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1064  signal recognition particle protein  71.71 
 
 
453 aa  625  1e-178  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000203805  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1073  signal recognition particle protein  71.71 
 
 
453 aa  625  1e-178  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0286434  normal  0.0192406 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2894  signal recognition particle protein  71.71 
 
 
453 aa  625  1e-178  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000003333  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2999  signal recognition particle protein  71.71 
 
 
453 aa  625  1e-178  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000534435  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2769  signal recognition particle protein  71.71 
 
 
453 aa  625  1e-178  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000211534  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02463  hypothetical protein  71.71 
 
 
453 aa  625  1e-178  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0259356  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3849  signal recognition particle protein  71.71 
 
 
453 aa  625  1e-178  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000605639  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1286  signal recognition particle protein  73.24 
 
 
457 aa  621  1e-177  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000571618  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3104  signal recognition particle protein  73.47 
 
 
457 aa  623  1e-177  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000441877  normal  0.0737294 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2762  signal recognition particle protein  71.49 
 
 
453 aa  622  1e-177  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00925068  normal  0.0680462 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1209  signal recognition particle protein  73.47 
 
 
457 aa  623  1e-177  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000238593  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0384  signal recognition particle protein  68.42 
 
 
451 aa  623  1e-177  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3005  signal recognition particle protein  71.05 
 
 
453 aa  620  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.242955  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2893  signal recognition particle protein  71.05 
 
 
453 aa  620  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0469323  normal  0.518118 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2861  signal recognition particle protein  69.74 
 
 
453 aa  620  1e-176  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2873  signal recognition particle protein  71.05 
 
 
453 aa  620  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.110714  normal  0.0858138 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1427  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  70.45 
 
 
458 aa  620  1e-176  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0277163  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2823  signal recognition particle protein  71.05 
 
 
453 aa  620  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00851471  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2891  signal recognition particle protein  71.05 
 
 
453 aa  620  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0766211  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3091  signal recognition particle protein  71 
 
 
453 aa  615  1e-175  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.113189  normal  0.0737969 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1167  signal recognition particle protein  72.79 
 
 
457 aa  617  1e-175  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000256544  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3368  signal recognition particle protein  72.86 
 
 
457 aa  615  1e-175  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0845  signal recognition particle protein  69.08 
 
 
453 aa  611  9.999999999999999e-175  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0094  signal recognition particle protein  75.83 
 
 
461 aa  612  9.999999999999999e-175  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000225089  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1202  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54) / transcription elongation factor GreB  68.56 
 
 
495 aa  612  9.999999999999999e-175  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0352571  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0990  signal recognition particle protein  70.43 
 
 
453 aa  610  1e-173  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00945365  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0648  signal recognition particle protein  73.35 
 
 
461 aa  611  1e-173  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.773728  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3771  signal recognition particle protein  73.3 
 
 
460 aa  610  1e-173  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000572875  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3365  signal recognition particle protein  70.2 
 
 
453 aa  605  9.999999999999999e-173  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.089536  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3230  signal recognition particle protein  70.43 
 
 
453 aa  606  9.999999999999999e-173  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0218227  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0884  signal recognition particle protein  70.43 
 
 
453 aa  606  9.999999999999999e-173  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.138728  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3204  signal recognition particle protein  70.2 
 
 
453 aa  604  1.0000000000000001e-171  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0069181  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002535  signal recognition particle subunit Ffh SRP54  75 
 
 
460 aa  601  1.0000000000000001e-171  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.600573  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03481  hypothetical protein  75.24 
 
 
460 aa  603  1.0000000000000001e-171  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1338  signal recognition particle protein  67.11 
 
 
452 aa  599  1e-170  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2261  Signal recognition particle protein  68.64 
 
 
452 aa  600  1e-170  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.161738  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1707  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  65.11 
 
 
511 aa  594  1e-169  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0983445  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0851  signal recognition particle protein  70.3 
 
 
453 aa  597  1e-169  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000129048  hitchhiker  0.0000234744 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1123  signal recognition particle protein  69.75 
 
 
453 aa  597  1e-169  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.279052  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1985  signal recognition particle protein  65.25 
 
 
515 aa  591  1e-168  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.421506  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0592  signal recognition particle protein  65.47 
 
 
515 aa  593  1e-168  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0426  signal recognition particle protein  65.77 
 
 
462 aa  587  1e-166  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0998  signal recognition particle protein  66.45 
 
 
459 aa  583  1.0000000000000001e-165  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1178  signal recognition particle protein  62.69 
 
 
456 aa  577  1.0000000000000001e-163  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.520274  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0467  hypothetical protein  64.18 
 
 
458 aa  574  1.0000000000000001e-162  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0443  hypothetical protein  63.96 
 
 
458 aa  573  1.0000000000000001e-162  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3017  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  72.65 
 
 
474 aa  572  1.0000000000000001e-162  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0662869  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0522  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  62.33 
 
 
450 aa  560  1e-158  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.823996  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2514  signal recognition particle protein  60.75 
 
 
455 aa  556  1e-157  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0642  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  64.43 
 
 
455 aa  556  1e-157  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.821014 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3517  signal recognition particle protein  60.75 
 
 
455 aa  556  1e-157  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3268  signal recognition particle protein  60.75 
 
 
455 aa  556  1e-157  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0436  signal recognition particle protein  60.75 
 
 
455 aa  556  1e-157  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1149  signal recognition particle protein  60.75 
 
 
455 aa  556  1e-157  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.543894  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1295  signal recognition particle protein  60.75 
 
 
455 aa  556  1e-157  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3479  signal recognition particle protein  60.75 
 
 
455 aa  556  1e-157  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.339852  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3515  signal recognition particle protein  60.53 
 
 
455 aa  554  1e-156  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1150  signal recognition particle protein  66.28 
 
 
458 aa  553  1e-156  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2856  signal recognition particle protein  60.56 
 
 
458 aa  552  1e-156  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2477  signal recognition particle protein  60.56 
 
 
458 aa  552  1e-156  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2373  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  64.38 
 
 
447 aa  550  1e-155  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.377557 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0516  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  60.53 
 
 
455 aa  550  1e-155  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2793  signal recognition particle protein  60.53 
 
 
455 aa  549  1e-155  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.634581  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3440  signal recognition particle protein  60.31 
 
 
455 aa  547  1e-154  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000127392  hitchhiker  0.000711681 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1938  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  65.24 
 
 
456 aa  548  1e-154  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.730231 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3675  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  59.87 
 
 
455 aa  543  1e-153  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.460625  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2134  signal recognition particle protein  62.39 
 
 
449 aa  541  1e-153  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02143  signal recognition particle protein  65.32 
 
 
460 aa  544  1e-153  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0560  signal recognition particle protein  59.65 
 
 
455 aa  541  1e-153  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.276011  hitchhiker  0.000299171 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0518  signal recognition particle protein  60.09 
 
 
455 aa  544  1e-153  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.034328  normal  0.698536 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0493  signal recognition particle protein  60.09 
 
 
455 aa  544  1e-153  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0590  signal recognition particle protein  59.43 
 
 
455 aa  541  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>