More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3094 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_3056  signal recognition particle protein  90.93 
 
 
471 aa  776    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.554079  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2643  signal recognition particle protein  82.84 
 
 
455 aa  741    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2811  putative signal recognition particle protein  90.2 
 
 
476 aa  803    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.626548  normal  0.183839 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0376  signal recognition particle protein  70.87 
 
 
455 aa  643    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00751942 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0219  signal recognition particle protein  71.46 
 
 
460 aa  647    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.382066  normal  0.73779 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0560  signal recognition particle protein  81.66 
 
 
455 aa  739    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.276011  hitchhiker  0.000299171 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2514  signal recognition particle protein  82.53 
 
 
455 aa  748    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0436  signal recognition particle protein  82.53 
 
 
455 aa  748    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2947  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  94.6 
 
 
462 aa  833    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3515  signal recognition particle protein  82.31 
 
 
455 aa  746    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3675  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  81.66 
 
 
455 aa  740    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.460625  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3440  signal recognition particle protein  82.53 
 
 
455 aa  744    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000127392  hitchhiker  0.000711681 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0518  signal recognition particle protein  82.31 
 
 
455 aa  742    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.034328  normal  0.698536 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1149  signal recognition particle protein  82.53 
 
 
455 aa  748    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.543894  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0516  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  82.53 
 
 
455 aa  744    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2646  signal recognition particle protein  91.37 
 
 
471 aa  779    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3094  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  100 
 
 
463 aa  927    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.724164  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3268  signal recognition particle protein  82.53 
 
 
455 aa  748    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0108  signal recognition particle protein  81.44 
 
 
455 aa  738    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1295  signal recognition particle protein  82.53 
 
 
455 aa  748    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2793  signal recognition particle protein  82.61 
 
 
455 aa  745    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.634581  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0201  signal recognition particle protein  74.38 
 
 
460 aa  648    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.999189  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0493  signal recognition particle protein  82.31 
 
 
455 aa  742    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0590  signal recognition particle protein  81.44 
 
 
455 aa  738    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3479  signal recognition particle protein  82.53 
 
 
455 aa  748    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.339852  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1178  signal recognition particle protein  70.28 
 
 
456 aa  644    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.520274  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3517  signal recognition particle protein  82.53 
 
 
455 aa  748    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2134  signal recognition particle protein  69.65 
 
 
449 aa  619  1e-176  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1509  signal recognition particle protein  69.75 
 
 
464 aa  612  9.999999999999999e-175  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0642  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  69.51 
 
 
455 aa  605  9.999999999999999e-173  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.821014 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1502  signal recognition particle protein  69.75 
 
 
454 aa  606  9.999999999999999e-173  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3342  signal recognition particle protein  70.83 
 
 
454 aa  601  1.0000000000000001e-171  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2936  signal recognition particle protein  70.83 
 
 
459 aa  599  1e-170  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.949898  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3626  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  70.83 
 
 
459 aa  597  1e-169  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.348267  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3220  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  70.87 
 
 
457 aa  597  1e-169  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.604679  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0870  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  69.21 
 
 
459 aa  595  1e-169  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.414997  normal  0.124166 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3379  signal recognition particle protein  69.91 
 
 
452 aa  593  1e-168  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0962  signal recognition particle protein  68.06 
 
 
462 aa  584  1e-166  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0522  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  63.1 
 
 
450 aa  581  1.0000000000000001e-165  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.823996  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1114  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  69.68 
 
 
452 aa  584  1.0000000000000001e-165  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4073  signal recognition particle protein  62.91 
 
 
463 aa  567  1e-160  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.66452  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2373  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  66.74 
 
 
447 aa  567  1e-160  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.377557 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1062  signal recognition particle protein  61.82 
 
 
457 aa  559  1e-158  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0147174  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01690  signal recognition particle protein  62.56 
 
 
478 aa  559  1e-158  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00271283  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1670  signal recognition particle protein  62.08 
 
 
458 aa  557  1e-157  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0888  signal recognition particle protein  63.09 
 
 
457 aa  558  1e-157  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000142989  normal  0.373446 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39570  signal recognition particle protein  61.85 
 
 
458 aa  554  1e-156  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.224172  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2891  signal recognition particle protein  64.98 
 
 
453 aa  548  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0766211  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3005  signal recognition particle protein  64.98 
 
 
453 aa  548  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.242955  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2823  signal recognition particle protein  64.98 
 
 
453 aa  548  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00851471  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2873  signal recognition particle protein  64.98 
 
 
453 aa  548  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.110714  normal  0.0858138 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1253  signal recognition particle protein  61.82 
 
 
457 aa  551  1e-155  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000049947  hitchhiker  0.0000752283 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2893  signal recognition particle protein  64.98 
 
 
453 aa  548  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0469323  normal  0.518118 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02499  Signal Recognition Particle (SRP) component with 4.5S RNA (ffs)  64.52 
 
 
453 aa  545  1e-154  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0363313  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1064  signal recognition particle protein  64.52 
 
 
453 aa  545  1e-154  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000203805  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1158  signal recognition particle protein  61.76 
 
 
457 aa  545  1e-154  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000642448  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3849  signal recognition particle protein  64.52 
 
 
453 aa  545  1e-154  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000605639  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2999  signal recognition particle protein  64.52 
 
 
453 aa  545  1e-154  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000534435  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2894  signal recognition particle protein  64.52 
 
 
453 aa  545  1e-154  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000003333  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02463  hypothetical protein  64.52 
 
 
453 aa  545  1e-154  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0259356  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1073  signal recognition particle protein  64.52 
 
 
453 aa  545  1e-154  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0286434  normal  0.0192406 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2769  signal recognition particle protein  64.52 
 
 
453 aa  545  1e-154  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000211534  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2762  signal recognition particle protein  64.29 
 
 
453 aa  542  1e-153  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00925068  normal  0.0680462 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1048  signal recognition particle protein  62.04 
 
 
457 aa  542  1e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000196553  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0845  signal recognition particle protein  63.18 
 
 
453 aa  543  1e-153  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2861  signal recognition particle protein  62.2 
 
 
453 aa  538  9.999999999999999e-153  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3091  signal recognition particle protein  64.75 
 
 
453 aa  541  9.999999999999999e-153  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.113189  normal  0.0737969 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1356  signal recognition particle protein  62.11 
 
 
457 aa  536  1e-151  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0990  signal recognition particle protein  62.7 
 
 
453 aa  535  1e-151  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00945365  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3365  signal recognition particle protein  62.92 
 
 
453 aa  536  1e-151  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.089536  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3230  signal recognition particle protein  62.92 
 
 
453 aa  536  1e-151  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0218227  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1427  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  61.94 
 
 
458 aa  535  1e-151  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0277163  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0094  signal recognition particle protein  65.66 
 
 
461 aa  535  1e-151  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000225089  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0884  signal recognition particle protein  62.92 
 
 
453 aa  536  1e-151  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.138728  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2839  signal recognition particle protein  61.43 
 
 
457 aa  531  1e-150  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000124707  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2921  signal recognition particle protein  61.43 
 
 
457 aa  531  1e-150  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000450795  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2921  signal recognition particle protein  59.57 
 
 
457 aa  533  1e-150  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00726192  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3402  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  62.25 
 
 
458 aa  531  1e-150  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.625555 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3018  signal recognition particle protein  61.43 
 
 
457 aa  531  1e-150  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000039159  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0384  signal recognition particle protein  60.17 
 
 
451 aa  530  1e-149  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3204  signal recognition particle protein  62.7 
 
 
453 aa  531  1e-149  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0069181  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1123  signal recognition particle protein  62.7 
 
 
453 aa  531  1e-149  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.279052  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1253  signal recognition particle protein  61.82 
 
 
457 aa  528  1e-149  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000179157  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2311  signal recognition particle protein  61.67 
 
 
485 aa  529  1e-149  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2856  signal recognition particle protein  59.05 
 
 
458 aa  526  1e-148  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0467  hypothetical protein  59.7 
 
 
458 aa  526  1e-148  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0443  hypothetical protein  59.91 
 
 
458 aa  528  1e-148  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002535  signal recognition particle subunit Ffh SRP54  65.58 
 
 
460 aa  526  1e-148  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.600573  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0998  signal recognition particle protein  58.87 
 
 
459 aa  528  1e-148  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03481  hypothetical protein  65.43 
 
 
460 aa  525  1e-148  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2477  signal recognition particle protein  59.05 
 
 
458 aa  526  1e-148  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1338  signal recognition particle protein  58.62 
 
 
452 aa  524  1e-147  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2261  Signal recognition particle protein  59.83 
 
 
452 aa  523  1e-147  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.161738  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1373  signal recognition particle protein Ffh  62.26 
 
 
457 aa  523  1e-147  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0648  signal recognition particle protein  62.18 
 
 
461 aa  523  1e-147  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.773728  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0426  signal recognition particle protein  60.58 
 
 
462 aa  524  1e-147  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15960  signal recognition particle protein Ffh  62.69 
 
 
457 aa  524  1e-147  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.144741  normal  0.536445 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1018  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  61.35 
 
 
458 aa  518  1e-146  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.868706  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1938  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  62.3 
 
 
456 aa  519  1e-146  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.730231 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0851  signal recognition particle protein  62.67 
 
 
453 aa  519  1e-146  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000129048  hitchhiker  0.0000234744 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>