More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3878 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_1053  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  82.58 
 
 
505 aa  745    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0757  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  79.83 
 
 
501 aa  684    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0353  signal recognition particle protein  81.46 
 
 
504 aa  694    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2603  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  77.85 
 
 
514 aa  666    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.44624  hitchhiker  0.00700873 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0176  signal recognition particle protein  82.15 
 
 
501 aa  699    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2714  signal recognition particle protein  82.8 
 
 
505 aa  746    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.236454  normal  0.0233143 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3878  signal recognition particle protein  100 
 
 
498 aa  977    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.515054  normal  0.639996 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1418  signal recognition particle protein  60.55 
 
 
504 aa  547  1e-154  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2779  Signal recognition particle protein  59.96 
 
 
516 aa  546  1e-154  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0765286  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3578  signal recognition particle protein  59.17 
 
 
511 aa  541  1e-153  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.715062  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0368  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  59.24 
 
 
515 aa  528  1e-149  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.600679 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1464  signal recognition particle protein  64.43 
 
 
513 aa  531  1e-149  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.517812  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1184  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  63.13 
 
 
504 aa  528  1e-148  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0221  signal recognition particle protein  58.55 
 
 
514 aa  522  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.115082  hitchhiker  0.0089568 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3351  signal recognition particle protein  62.7 
 
 
551 aa  521  1e-146  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.31296 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0662  signal recognition particle protein  59.16 
 
 
520 aa  519  1e-146  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0689127 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0651  signal recognition particle protein  59.16 
 
 
520 aa  519  1e-146  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0971217  normal  0.157335 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1404  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  61.06 
 
 
491 aa  521  1e-146  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.294047  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0630  signal recognition particle protein  59.96 
 
 
520 aa  519  1e-146  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2887  signal recognition particle protein  62.73 
 
 
522 aa  517  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3618  signal recognition particle protein  63.8 
 
 
521 aa  518  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0128303 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2656  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  62.68 
 
 
491 aa  514  1e-144  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3683  signal recognition particle protein  63.35 
 
 
526 aa  514  1e-144  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00104777 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0246  signal recognition particle protein  59.33 
 
 
516 aa  511  1e-144  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0353  signal recognition particle protein  57.39 
 
 
514 aa  511  1e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.547183  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0510  signal recognition particle protein  58.75 
 
 
517 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.659229  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4887  signal recognition particle protein  59.01 
 
 
511 aa  507  9.999999999999999e-143  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2983  signal recognition particle protein  61.02 
 
 
540 aa  504  1e-141  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.13756 
 
 
-
 
NC_004310  BR1826  signal recognition particle protein  64.02 
 
 
523 aa  500  1e-140  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1758  signal recognition particle protein  64.02 
 
 
523 aa  501  1e-140  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2728  signal recognition particle protein  61.61 
 
 
484 aa  500  1e-140  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2154  signal recognition particle protein  57.17 
 
 
457 aa  493  9.999999999999999e-139  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.995378  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1077  signal recognition particle protein  64.95 
 
 
523 aa  484  1e-135  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.624173  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3341  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  64.25 
 
 
522 aa  482  1e-135  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.819089  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0068  signal recognition particle protein  55.67 
 
 
515 aa  484  1e-135  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.206889  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3095  signal recognition particle protein  63.87 
 
 
514 aa  479  1e-134  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3275  signal recognition particle protein  55.82 
 
 
461 aa  478  1e-133  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0976333  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2894  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  60 
 
 
521 aa  476  1e-133  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4203  signal recognition particle protein  63.87 
 
 
526 aa  474  1e-132  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4073  signal recognition particle protein  63.38 
 
 
525 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3750  signal recognition particle protein  63.32 
 
 
527 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0384  signal recognition particle protein  51.64 
 
 
451 aa  457  1e-127  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2477  signal recognition particle protein  52.4 
 
 
458 aa  448  1e-125  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2856  signal recognition particle protein  52.4 
 
 
458 aa  448  1e-125  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3764  signal recognition particle protein  50.9 
 
 
449 aa  446  1.0000000000000001e-124  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000380679  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0503  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  54.63 
 
 
462 aa  441  9.999999999999999e-123  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0845  signal recognition particle protein  52.51 
 
 
453 aa  433  1e-120  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0642  signal recognition particle protein  49.67 
 
 
452 aa  430  1e-119  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0127185  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2872  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  49.67 
 
 
452 aa  431  1e-119  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000107321  hitchhiker  0.00000141752 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3494  signal recognition particle protein  49.54 
 
 
453 aa  424  1e-117  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.28336e-32 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3432  signal recognition particle protein  49.54 
 
 
453 aa  423  1e-117  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000327935  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1099  signal recognition particle protein  49.89 
 
 
453 aa  422  1e-117  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.00000000944997  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02499  Signal Recognition Particle (SRP) component with 4.5S RNA (ffs)  50.95 
 
 
453 aa  418  1e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0363313  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1064  signal recognition particle protein  50.95 
 
 
453 aa  418  1e-116  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000203805  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2999  signal recognition particle protein  50.95 
 
 
453 aa  418  1e-116  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000534435  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2769  signal recognition particle protein  50.95 
 
 
453 aa  418  1e-116  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000211534  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02463  hypothetical protein  50.95 
 
 
453 aa  418  1e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0259356  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1073  signal recognition particle protein  50.95 
 
 
453 aa  418  1e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0286434  normal  0.0192406 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2762  signal recognition particle protein  50.95 
 
 
453 aa  419  1e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00925068  normal  0.0680462 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2894  signal recognition particle protein  50.95 
 
 
453 aa  418  1e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000003333  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3849  signal recognition particle protein  50.95 
 
 
453 aa  418  1e-116  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000605639  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3005  signal recognition particle protein  50.95 
 
 
453 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.242955  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2891  signal recognition particle protein  50.95 
 
 
453 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0766211  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2893  signal recognition particle protein  50.95 
 
 
453 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0469323  normal  0.518118 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2873  signal recognition particle protein  50.95 
 
 
453 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.110714  normal  0.0858138 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2449  signal recognition particle protein  48.07 
 
 
463 aa  417  9.999999999999999e-116  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000152943  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2823  signal recognition particle protein  50.95 
 
 
453 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00851471  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0592  signal recognition particle protein  49.43 
 
 
515 aa  413  1e-114  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2261  Signal recognition particle protein  48.8 
 
 
452 aa  414  1e-114  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.161738  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2225  signal recognition particle protein  47.68 
 
 
451 aa  414  1e-114  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000252662  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3091  signal recognition particle protein  50.71 
 
 
453 aa  413  1e-114  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.113189  normal  0.0737969 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3204  signal recognition particle protein  48.03 
 
 
453 aa  410  1e-113  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0069181  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0467  hypothetical protein  47.7 
 
 
458 aa  409  1e-113  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3230  signal recognition particle protein  49.12 
 
 
453 aa  409  1e-113  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0218227  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1202  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54) / transcription elongation factor GreB  49.53 
 
 
495 aa  410  1e-113  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0352571  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0990  signal recognition particle protein  48.58 
 
 
453 aa  410  1e-113  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00945365  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0884  signal recognition particle protein  49.12 
 
 
453 aa  409  1e-113  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.138728  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3365  signal recognition particle protein  49.12 
 
 
453 aa  409  1e-113  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.089536  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0888  signal recognition particle protein  49.21 
 
 
457 aa  409  1e-113  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000142989  normal  0.373446 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0443  hypothetical protein  47.26 
 
 
458 aa  406  1.0000000000000001e-112  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1062  signal recognition particle protein  48.12 
 
 
457 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0147174  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2861  signal recognition particle protein  49 
 
 
453 aa  406  1.0000000000000001e-112  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1123  signal recognition particle protein  48.03 
 
 
453 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.279052  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1670  signal recognition particle protein  47.33 
 
 
458 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39570  signal recognition particle protein  47.84 
 
 
458 aa  405  1.0000000000000001e-112  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.224172  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1938  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  50.48 
 
 
456 aa  406  1.0000000000000001e-112  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.730231 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4073  signal recognition particle protein  48.66 
 
 
463 aa  402  1e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.66452  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1707  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  49.31 
 
 
511 aa  404  1e-111  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0983445  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2311  signal recognition particle protein  48.79 
 
 
485 aa  404  1e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1624  signal recognition particle, subunit FFH/SRP54  48.46 
 
 
467 aa  402  1e-111  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.170579  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1804  signal recognition particle protein  49.77 
 
 
512 aa  402  1e-111  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0197886  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1087  signal recognition particle protein  48.85 
 
 
446 aa  404  1e-111  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000240128  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1985  signal recognition particle protein  49.31 
 
 
515 aa  404  1e-111  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.421506  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0426  signal recognition particle protein  48.42 
 
 
462 aa  405  1e-111  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1427  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  49.32 
 
 
458 aa  404  1e-111  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0277163  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2996  signal recognition particle protein  49.4 
 
 
454 aa  402  1e-111  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000641047  normal  0.948328 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3038  signal recognition particle protein  49.4 
 
 
454 aa  402  1e-111  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000193458  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0444  signal recognition particle protein  49.05 
 
 
468 aa  400  9.999999999999999e-111  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3440  signal recognition particle protein  48.12 
 
 
455 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000127392  hitchhiker  0.000711681 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2921  signal recognition particle protein  49.02 
 
 
457 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00726192  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>