63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3969 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3969  CheW protein  100 
 
 		 176 aa  345  2e-94  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00946011 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3188  twitching motility signal transduction protein  60.57 
 
 		 174 aa  167  8e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.572564  normal  0.255997 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3019  putative CheW protein  49.71 
 
 		 175 aa  154  6e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.42559  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1138  CheW-like protein  48.28 
 
 		 176 aa  152  2e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.659297 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3352  putative CheW protein  47.7 
 
 		 176 aa  150  1e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.318478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3576  putative CheW protein  49.13 
 
 		 175 aa  149  3e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.510091  normal  0.211391 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2899  CheW protein  49.13 
 
 		 175 aa  148  4e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.100159  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0903  CheW protein  48.55 
 
 		 175 aa  145  4.0000000000000006e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.629976 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1574  CheW protein  44.51 
 
 		 175 aa  141  5e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.10393 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4624  CheW protein  46.86 
 
 		 177 aa  138  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.696628  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1373  CheW-like protein  43.68 
 
 		 176 aa  135  3.0000000000000003e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.135811  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3897  CheW protein  36.63 
 
 		 170 aa  112  3e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0614  CheW protein  36.57 
 
 		 181 aa  94  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.349097  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0562  CheW protein  36 
 
 		 181 aa  91.7  5e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.770084 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1244  CheW protein  32.14 
 
 		 175 aa  89.4  2e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.95901  normal  0.252697 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3690  CheW protein  38.92 
 
 		 168 aa  87  1e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.158284  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0670  putative twitching motility protein  34.09 
 
 		 181 aa  80.5  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2621  CheW-like protein  32.73 
 
 		 182 aa  79.3  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0671  CheW protein  33.33 
 
 		 180 aa  77.8  0.00000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0116901  normal  0.597773 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2550  CheW protein  30.81 
 
 		 174 aa  65.1  0.0000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1816  type IV pili signal transducer  30.08 
 
 		 176 aa  60.1  0.00000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3632  twitching motility protein PilI  28.99 
 
 		 179 aa  58.9  0.00000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0357  CheW protein  32.65 
 
 		 183 aa  59.3  0.00000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0717557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2157  putative CheW protein  31.29 
 
 		 179 aa  58.5  0.00000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2099  CheW protein  32.48 
 
 		 176 aa  58.5  0.00000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5306  CheW protein  30.5 
 
 		 179 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0138969  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0516  CheW protein  37.38 
 
 		 171 aa  55.8  0.0000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.1773  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05340  twitching motility protein PilI  31.65 
 
 		 178 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2902  putative CheW protein  31.61 
 
 		 181 aa  53.1  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0510  twitching motility protein PilI  31.65 
 
 		 178 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5040  CheW protein  32.62 
 
 		 184 aa  52.4  0.000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0894  CheW protein  30.91 
 
 		 176 aa  51.2  0.000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1018  pilus biogenesis protein  30.91 
 
 		 176 aa  51.2  0.000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.708664  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4990  type IV pili signal transduction protein PilI  31.91 
 
 		 184 aa  50.8  0.000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.400912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4864  putative CheW protein  31.91 
 
 		 184 aa  50.4  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0316337 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0474  CheW protein  30.32 
 
 		 184 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.304474  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5032  type IV pilus protein PilI  30.53 
 
 		 179 aa  48.9  0.00003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3769  putative CheW protein  27.97 
 
 		 181 aa  48.1  0.00007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0490  CheW-like protein  29.91 
 
 		 179 aa  44.7  0.0007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0521  CheW-like protein  33.33 
 
 		 156 aa  43.9  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.77009 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07610  putative CheW protein  25.49 
 
 		 159 aa  43.9  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0087055  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3334  CheW protein  37.93 
 
 		 136 aa  43.9  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0869  CheW protein  29.84 
 
 		 149 aa  43.1  0.002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1768  CheW protein  26.29 
 
 		 907 aa  43.1  0.002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.52563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1319  CheW protein  27.27 
 
 		 179 aa  43.1  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.783186  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0129  CheW-like protein  25.19 
 
 		 178 aa  42.7  0.002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03247  CheW protein  31.4 
 
 		 515 aa  42.4  0.004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3468  CheW protein  25 
 
 		 153 aa  42  0.004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.406032  normal  0.213899 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1572  CheW protein  28.87 
 
 		 310 aa  42  0.004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3375  CheW protein  32.47 
 
 		 156 aa  42  0.005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0270944  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2817  CheW protein  26.47 
 
 		 141 aa  42  0.005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3087  CheW protein  36.61 
 
 		 176 aa  41.6  0.005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.166967 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0723  putative CheW protein  31.43 
 
 		 142 aa  41.6  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0405  putative CheW protein  31.86 
 
 		 177 aa  41.6  0.006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3001  CheW protein  33.33 
 
 		 176 aa  41.6  0.006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4246  CheW protein  32.1 
 
 		 164 aa  41.6  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3802  CheW protein  32.1 
 
 		 164 aa  41.6  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2892  putative CheW protein  39.74 
 
 		 159 aa  41.2  0.007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.953703 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01604  pilus biogenesis protein  36.84 
 
 		 176 aa  41.2  0.008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.329291  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1492  chemotaxis protein CheW  25.49 
 
 		 444 aa  41.2  0.008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0721  CheW protein  38.24 
 
 		 176 aa  40.8  0.009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0750  CheW protein  38.24 
 
 		 176 aa  40.8  0.009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3023  CheW protein  26.53 
 
 		 164 aa  40.8  0.01  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>