More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4246 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4246  CheW protein  100 
 
 		 164 aa  323  7e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3802  CheW protein  97.56 
 
 		 164 aa  314  3e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3919  CheW protein  84.67 
 
 		 167 aa  252  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.75307 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1873  CheW protein  83.33 
 
 		 166 aa  249  1e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.101354  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1818  CheW protein  83.33 
 
 		 166 aa  249  1e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6558  CheW protein  77.36 
 
 		 157 aa  246  1e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.675554 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3677  CheW-like protein  82 
 
 		 156 aa  244  4e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.340799  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3375  CheW protein  79.33 
 
 		 156 aa  239  1e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0270944  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0525  CheW protein  81.38 
 
 		 157 aa  237  4e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.936934 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0521  CheW-like protein  74.67 
 
 		 156 aa  224  4e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.77009 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4837  CheW protein  53.38 
 
 		 169 aa  156  1e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.55891  hitchhiker  0.00785352 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1692  CheW protein  53.74 
 
 		 169 aa  156  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.135374  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4034  CheW protein  52.7 
 
 		 172 aa  153  9e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.488441  normal  0.598337 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1810  CheW protein  51.75 
 
 		 159 aa  152  1e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  unclonable  0.000143406  normal  0.276017 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1530  CheW domain-containing protein  51.75 
 
 		 159 aa  152  1e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0843757 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1713  CheW protein  51.05 
 
 		 159 aa  149  1e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2562  CheW protein  49.28 
 
 		 167 aa  138  3e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.424252  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0659  CheW protein  48.39 
 
 		 161 aa  137  7e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.575233  normal  0.716686 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1907  CheW domain protein  42.34 
 
 		 170 aa  105  3e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.96206  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1792  CheW protein  37.23 
 
 		 140 aa  98.2  4e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.666694 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2003  CheW protein  40.74 
 
 		 140 aa  96.7  1e-19  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0578815  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5006  CheW protein  38.81 
 
 		 147 aa  95.1  3e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0376173  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0315  putative CheW protein  43.07 
 
 		 146 aa  94.7  5e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0805582  normal  0.229425 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3603  CheW protein  38.35 
 
 		 139 aa  93.6  1e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.861446  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2324  CheW protein  42.42 
 
 		 144 aa  91.7  4e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4225  CheW protein  31.97 
 
 		 151 aa  92  4e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.497298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30980  CheW protein  37.04 
 
 		 139 aa  91.3  5e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1525  CheW protein  35.42 
 
 		 152 aa  91.3  5e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.361906  normal  0.649363 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1773  CheW protein  36.64 
 
 		 161 aa  88.2  4e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02863  chemotaxis protein CheW  32.14 
 
 		 163 aa  83.6  0.000000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1966  putative CheW protein  31.91 
 
 		 162 aa  82.8  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0741  CheW protein  33.57 
 
 		 162 aa  82.8  0.000000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0792  CheW protein  34.33 
 
 		 164 aa  81.6  0.000000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.238147 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1386  CheW protein  30.71 
 
 		 163 aa  80.9  0.000000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0989  CheW protein  37.78 
 
 		 149 aa  80.9  0.000000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3023  CheW protein  31.47 
 
 		 164 aa  80.9  0.000000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1528  chemotaxis protein CheW  30.28 
 
 		 164 aa  80.5  0.00000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.908591  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0658  CheW protein  30.5 
 
 		 169 aa  79.7  0.00000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1988  chemotaxis protein CheW  30.71 
 
 		 159 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.381098  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3428  CheW-like protein  30.71 
 
 		 159 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.661205 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0211  putative CheW protein  30.3 
 
 		 150 aa  79.3  0.00000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1207  CheW protein  29.79 
 
 		 164 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.848506  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3202  purine-binding chemotaxis protein CheW  29.87 
 
 		 164 aa  78.2  0.00000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2155  flagellar FliF M-ring protein  30 
 
 		 161 aa  78.6  0.00000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1307  CheW protein  29.87 
 
 		 164 aa  78.2  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.897711 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1374  CheW protein  29.87 
 
 		 164 aa  78.2  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.158762 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1367  CheW protein  29.87 
 
 		 164 aa  78.2  0.00000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00367325 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002839  positive regulator of CheA protein activity (CheW)  29.66 
 
 		 164 aa  77.8  0.00000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.856149  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07610  putative CheW protein  30.43 
 
 		 159 aa  78.2  0.00000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0087055  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1391  CheW protein  30.22 
 
 		 164 aa  77.8  0.00000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.896559  normal  0.172651 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4332  purine-binding chemotaxis protein CheW  30.71 
 
 		 159 aa  77.4  0.00000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.300318  normal  0.430196 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3901  CheW protein  30.71 
 
 		 159 aa  77.4  0.00000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1535  putative CheW protein  30.71 
 
 		 159 aa  77.4  0.00000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.107211  normal  0.640168 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3658  CheW protein  30.71 
 
 		 159 aa  77.4  0.00000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2796  putative CheW protein  31.13 
 
 		 159 aa  77.4  0.00000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.153028  normal  0.193406 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2693  putative CheW protein  32.86 
 
 		 163 aa  77.4  0.00000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1347  CheW protein  32.39 
 
 		 159 aa  76.6  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.161172  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1572  CheW protein  29.93 
 
 		 161 aa  77  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.650684  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0243  CheW protein  32.09 
 
 		 163 aa  76.6  0.0000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2901  putative CheW protein  29.87 
 
 		 164 aa  77  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.3057  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3043  putative CheW protein  29.87 
 
 		 164 aa  77  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.605856 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45500  putative purine-binding chemotaxis protein  30.56 
 
 		 159 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2911  putative CheW protein  29.87 
 
 		 164 aa  77  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.810949  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1462  CheW protein  29.87 
 
 		 164 aa  77  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2441  putative CheW protein  34.4 
 
 		 163 aa  75.9  0.0000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00205848  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03137  hypothetical protein  28.97 
 
 		 164 aa  76.6  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0365  CheW protein  32.21 
 
 		 175 aa  76.3  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.278695  decreased coverage  0.00626903 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1351  CheW-like protein  29.08 
 
 		 164 aa  76.3  0.0000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1643  CheW protein  29.58 
 
 		 161 aa  76.3  0.0000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3862  putative purine-binding chemotaxis protein  30.56 
 
 		 159 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.71104  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2551  putative CheW protein  29.22 
 
 		 164 aa  75.5  0.0000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0357  CheW-like protein  29.46 
 
 		 159 aa  75.5  0.0000000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.269886  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1450  chemotaxis signal transduction protein  34.69 
 
 		 518 aa  75.5  0.0000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2272  purine-binding chemotaxis protein CheW  30 
 
 		 164 aa  75.5  0.0000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.124095  normal  0.11667 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3041  CheW protein  29.58 
 
 		 163 aa  75.1  0.0000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0219579 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1319  CheW protein  31.91 
 
 		 179 aa  75.1  0.0000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.783186  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2283  chemotaxis protein CheW  28.1 
 
 		 164 aa  74.7  0.0000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1198  chemotaxis signal transduction protein, purine binding protein, CheW-like  29.1 
 
 		 158 aa  74.7  0.0000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.841781  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0932  CheW protein  27.92 
 
 		 165 aa  74.3  0.0000000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0978481 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1647  purine-binding chemotaxis protein CheW  27.59 
 
 		 174 aa  74.3  0.0000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1022  CheW protein  31.03 
 
 		 158 aa  73.9  0.0000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0779  CheW protein  37.14 
 
 		 165 aa  73.6  0.000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0784  CheW-like protein  31.65 
 
 		 179 aa  73.6  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.883745 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2421  CheW protein  31.29 
 
 		 178 aa  73.9  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.726921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3419  putative CheW protein  29.29 
 
 		 163 aa  73.6  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.48741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1793  putative CheW protein  29.79 
 
 		 167 aa  72.8  0.000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0911  chemotaxis protein CheW  31.01 
 
 		 179 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0869  CheW protein  37.5 
 
 		 149 aa  72.8  0.000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2309  CheW protein  29.66 
 
 		 238 aa  72.4  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0575  CheW protein  28.36 
 
 		 183 aa  72.8  0.000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.426805  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1184  CheW protein  31.62 
 
 		 161 aa  72.8  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0668983 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0209  CheW protein  27.27 
 
 		 150 aa  73.2  0.000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2888  CheW protein  26.58 
 
 		 167 aa  72.4  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1014  putative purine-binding chemotaxis protein CheW  27.92 
 
 		 520 aa  72.8  0.000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0992  CheW protein  29.71 
 
 		 162 aa  72.8  0.000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.0071906  normal  0.764949 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1144  CheW-like protein  30.77 
 
 		 184 aa  72.4  0.000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.990234  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0434  CheW protein  29.33 
 
 		 166 aa  72  0.000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.856053  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4154  CheW protein  28.57 
 
 		 147 aa  72.4  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1301  purine-binding chemotaxis protein CheW  29.79 
 
 		 164 aa  71.6  0.000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.278999  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3155  CheW protein  33.1 
 
 		 164 aa  71.6  0.000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>