More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3023 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_3023  CheW protein  100 
 
 
164 aa  325  2.0000000000000001e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02863  chemotaxis protein CheW  87.8 
 
 
163 aa  286  7e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1528  chemotaxis protein CheW  78.05 
 
 
164 aa  260  6e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.908591  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2272  purine-binding chemotaxis protein CheW  76.83 
 
 
164 aa  257  6e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.124095  normal  0.11667 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2901  putative CheW protein  77.44 
 
 
164 aa  256  8e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.3057  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1462  CheW protein  77.44 
 
 
164 aa  256  8e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2911  putative CheW protein  77.44 
 
 
164 aa  256  8e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.810949  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3043  putative CheW protein  77.44 
 
 
164 aa  256  8e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.605856 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1643  CheW protein  79.75 
 
 
161 aa  255  2e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1386  CheW protein  80.25 
 
 
163 aa  254  3e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2551  putative CheW protein  76.83 
 
 
164 aa  254  4e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3202  purine-binding chemotaxis protein CheW  76.22 
 
 
164 aa  254  5e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1391  CheW protein  76.83 
 
 
164 aa  253  5e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.896559  normal  0.172651 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1307  CheW protein  76.22 
 
 
164 aa  254  5e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.897711 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1374  CheW protein  76.22 
 
 
164 aa  254  5e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.158762 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1367  CheW protein  76.22 
 
 
164 aa  254  5e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00367325 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1647  purine-binding chemotaxis protein CheW  80.67 
 
 
174 aa  253  9e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03137  hypothetical protein  80.67 
 
 
164 aa  251  2.0000000000000002e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002839  positive regulator of CheA protein activity (CheW)  80.67 
 
 
164 aa  251  2.0000000000000002e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.856149  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1351  CheW-like protein  75 
 
 
164 aa  252  2.0000000000000002e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2283  chemotaxis protein CheW  80 
 
 
164 aa  251  3e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3041  CheW protein  77.02 
 
 
163 aa  249  1e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0219579 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1207  CheW protein  75 
 
 
164 aa  249  1e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.848506  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4332  purine-binding chemotaxis protein CheW  79.87 
 
 
159 aa  246  9e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.300318  normal  0.430196 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3658  CheW protein  79.87 
 
 
159 aa  246  9e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3901  CheW protein  79.87 
 
 
159 aa  246  9e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1535  putative CheW protein  79.87 
 
 
159 aa  246  9e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.107211  normal  0.640168 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3428  CheW-like protein  77.85 
 
 
159 aa  242  9.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.661205 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3862  putative purine-binding chemotaxis protein  77.18 
 
 
159 aa  241  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.71104  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45500  putative purine-binding chemotaxis protein  77.18 
 
 
159 aa  240  6e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1572  CheW protein  72.56 
 
 
161 aa  239  2e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.650684  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1966  putative CheW protein  72.85 
 
 
162 aa  234  4e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2155  flagellar FliF M-ring protein  69.51 
 
 
161 aa  230  7.000000000000001e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1988  chemotaxis protein CheW  78.26 
 
 
159 aa  226  8e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.381098  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2796  putative CheW protein  79.71 
 
 
159 aa  225  2e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.153028  normal  0.193406 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1347  CheW protein  69.66 
 
 
159 aa  207  4e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.161172  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3419  putative CheW protein  66.89 
 
 
163 aa  205  2e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.48741  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0470  putative CheW protein  64.14 
 
 
165 aa  192  1e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.126414  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0992  CheW protein  62.76 
 
 
162 aa  186  1e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.0071906  normal  0.764949 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1184  CheW protein  63.83 
 
 
161 aa  178  2.9999999999999997e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0668983 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3228  putative CheW protein  62.7 
 
 
169 aa  132  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000337303  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0357  CheW-like protein  40.69 
 
 
159 aa  127  8.000000000000001e-29  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.269886  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1022  CheW protein  43.71 
 
 
158 aa  124  5e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07610  putative CheW protein  42.75 
 
 
159 aa  124  6e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0087055  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1734  CheW protein  38.26 
 
 
163 aa  123  1e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1609  CheW protein  38.67 
 
 
157 aa  122  2e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2888  CheW protein  40 
 
 
167 aa  121  5e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3298  CheW-like protein  35.71 
 
 
187 aa  121  5e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2693  putative CheW protein  40.71 
 
 
163 aa  120  8e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0792  CheW protein  43.18 
 
 
164 aa  119  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.238147 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2421  CheW protein  37.93 
 
 
178 aa  119  1.9999999999999998e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.726921  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0658  CheW protein  41.22 
 
 
169 aa  117  6e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1831  CheW protein  38.41 
 
 
168 aa  117  7.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00253115  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1419  CheW protein  40.28 
 
 
159 aa  117  7.999999999999999e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0639922  normal  0.266915 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0575  CheW protein  41.3 
 
 
183 aa  116  9.999999999999999e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.426805  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1773  CheW protein  37.67 
 
 
161 aa  116  9.999999999999999e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1259  putative CheW protein  43.2 
 
 
158 aa  116  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.543562  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2813  CheW protein  37.11 
 
 
168 aa  115  1.9999999999999998e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2040  CheW protein  41.22 
 
 
158 aa  115  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0284  CheW protein  42.4 
 
 
158 aa  115  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.628672 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1208  CheW protein  41.1 
 
 
179 aa  116  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0917816 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4154  CheW protein  42.34 
 
 
147 aa  116  1.9999999999999998e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0297  purine-binding chemotaxis protein CheW  39.86 
 
 
164 aa  114  3.9999999999999997e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2441  putative CheW protein  41.55 
 
 
163 aa  114  3.9999999999999997e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00205848  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1793  putative CheW protein  37.5 
 
 
167 aa  114  5e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2076  CheW protein  39.55 
 
 
170 aa  114  6e-25  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1647  CheW protein  40.14 
 
 
189 aa  114  6e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00542103 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0809  CheW protein  39.31 
 
 
163 aa  113  1.0000000000000001e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0724  CheW protein  44.68 
 
 
171 aa  113  1.0000000000000001e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0741  CheW protein  37.06 
 
 
162 aa  112  2.0000000000000002e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3653  CheW protein  36.91 
 
 
167 aa  111  3e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4311  chemotaxis protein  39.44 
 
 
164 aa  111  4.0000000000000004e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0243  CheW protein  37.01 
 
 
163 aa  111  4.0000000000000004e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3265  CheW protein  37.67 
 
 
164 aa  111  4.0000000000000004e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000123984 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1301  purine-binding chemotaxis protein CheW  35.53 
 
 
164 aa  111  5e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.278999  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1106  CheW protein  37.41 
 
 
164 aa  111  5e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0236  putative CheW protein  35.71 
 
 
158 aa  110  6e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.270011 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3106  CheW protein  40.14 
 
 
165 aa  110  6e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3155  CheW protein  36.73 
 
 
164 aa  110  7.000000000000001e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0876  CheW protein  40.28 
 
 
164 aa  110  8.000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000145541  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1589  purine-binding chemotaxis protein  33.33 
 
 
168 aa  110  1.0000000000000001e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0585533  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1600  CheW protein  36.91 
 
 
171 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.443722  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1142  purine-binding chemotaxis protein CheW  34.93 
 
 
164 aa  109  2.0000000000000002e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0223438  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1993  CheW protein  33.99 
 
 
165 aa  109  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000146725 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1144  CheW-like protein  39.04 
 
 
184 aa  109  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.990234  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2234  CheW protein  33.99 
 
 
165 aa  109  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0491  CheW protein  40.28 
 
 
154 aa  109  2.0000000000000002e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2023  CheW protein  32.28 
 
 
164 aa  108  2.0000000000000002e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.656036  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0332  purine-binding chemotaxis protein CheW  34.53 
 
 
165 aa  109  2.0000000000000002e-23  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00050  chemotaxis signal transduction protein  36.69 
 
 
160 aa  109  2.0000000000000002e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.368988  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1299  purine-binding chemotaxis protein CheW  35.33 
 
 
164 aa  108  3e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.125322  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1849  CheW protein  34.18 
 
 
163 aa  108  3e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.11346 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0903  CheW protein  34.15 
 
 
185 aa  108  3e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2168  putative CheW protein  33.77 
 
 
163 aa  108  3e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2986  putative CheW protein  36.62 
 
 
162 aa  108  4.0000000000000004e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.344963  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0112  CheW protein  34.18 
 
 
185 aa  108  4.0000000000000004e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2166  putative CheW protein  37.5 
 
 
205 aa  108  4.0000000000000004e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.260989  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0185  CheW protein  33.75 
 
 
183 aa  107  6e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0874  CheW protein  37.16 
 
 
167 aa  107  6e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0784  CheW-like protein  34.21 
 
 
179 aa  107  7.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.883745 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>