More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0405 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0405  putative CheW protein  100 
 
 		 177 aa  360  6e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05340  twitching motility protein PilI  82.29 
 
 		 178 aa  300  6.000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0510  twitching motility protein PilI  81.71 
 
 		 178 aa  299  1e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0490  CheW-like protein  59.77 
 
 		 179 aa  221  4e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5306  CheW protein  63.58 
 
 		 179 aa  221  4e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0138969  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5032  type IV pilus protein PilI  57.47 
 
 		 179 aa  213  9e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4990  type IV pili signal transduction protein PilI  56.82 
 
 		 184 aa  194  8.000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.400912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4864  putative CheW protein  56.82 
 
 		 184 aa  194  8.000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0316337 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5040  CheW protein  57.23 
 
 		 184 aa  192  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0474  CheW protein  56.07 
 
 		 184 aa  189  1e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.304474  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3769  putative CheW protein  50.84 
 
 		 181 aa  162  2.0000000000000002e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3632  twitching motility protein PilI  44.38 
 
 		 179 aa  161  4.0000000000000004e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2902  putative CheW protein  41.11 
 
 		 181 aa  130  7.999999999999999e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1816  type IV pili signal transducer  40.68 
 
 		 176 aa  123  1e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2099  CheW protein  40.11 
 
 		 176 aa  123  1e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0357  CheW protein  40.8 
 
 		 183 aa  119  3e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0717557  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0129  CheW-like protein  35.63 
 
 		 178 aa  109  2.0000000000000002e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1018  pilus biogenesis protein  34.3 
 
 		 176 aa  100  1e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.708664  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0894  CheW protein  34.3 
 
 		 176 aa  100  1e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2157  putative CheW protein  38.71 
 
 		 179 aa  98.2  5e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01604  pilus biogenesis protein  34.48 
 
 		 176 aa  95.1  5e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.329291  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3087  CheW protein  32.76 
 
 		 176 aa  86.3  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.166967 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0516  CheW protein  31.75 
 
 		 171 aa  72.4  0.000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.1773  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1871  CheW protein  33.59 
 
 		 185 aa  71.6  0.000000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.688459 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4612  CheW protein  35.43 
 
 		 531 aa  63.5  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0744  CheW protein  29.6 
 
 		 155 aa  63.2  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2460  CheW protein  29.41 
 
 		 181 aa  61.6  0.000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.532054  normal  0.0797491 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2027  CheW protein  31.03 
 
 		 163 aa  61.2  0.000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1327  CheW protein  32.64 
 
 		 189 aa  60.5  0.00000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.893593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0468  putative CheW protein  29.92 
 
 		 186 aa  60.5  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0754564  normal  0.870958 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1773  CheW protein  29.57 
 
 		 161 aa  60.1  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0690  purine-binding chemotaxis protein  23.88 
 
 		 466 aa  59.3  0.00000003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.00466397  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0903  CheW protein  26.44 
 
 		 175 aa  58.5  0.00000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.629976 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0575  CheW protein  28.7 
 
 		 183 aa  58.5  0.00000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.426805  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1135  CheW protein  33.06 
 
 		 145 aa  57.4  0.00000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0357  CheW-like protein  25.76 
 
 		 159 aa  57  0.0000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.269886  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1450  chemotaxis signal transduction protein  34.88 
 
 		 518 aa  56.2  0.0000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3690  CheW protein  28.67 
 
 		 168 aa  55.5  0.0000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.158284  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1259  putative CheW protein  30.17 
 
 		 158 aa  55.1  0.0000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.543562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1195  CheW protein  32.61 
 
 		 212 aa  55.5  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0792  CheW protein  30.25 
 
 		 164 aa  55.1  0.0000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.238147 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1560  putative CheW protein  25.17 
 
 		 146 aa  55.1  0.0000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.918027  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0332  purine-binding chemotaxis protein CheW  26.28 
 
 		 165 aa  55.1  0.0000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3023  CheW protein  26.9 
 
 		 164 aa  55.1  0.0000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1658  purine-binding chemotaxis protein CheW  24.65 
 
 		 165 aa  54.3  0.0000008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0193462  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2154  putative CheW protein  24.6 
 
 		 139 aa  54.3  0.0000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0039  putative CheW protein  28.57 
 
 		 154 aa  53.9  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0240  putative CheW protein  26.67 
 
 		 325 aa  53.9  0.000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.476867  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2441  putative CheW protein  25.2 
 
 		 163 aa  53.9  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00205848  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2026  CheW protein  25.83 
 
 		 148 aa  52.8  0.000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3202  purine-binding chemotaxis protein CheW  25.66 
 
 		 164 aa  52.8  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2040  CheW protein  30.17 
 
 		 158 aa  53.5  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2076  CheW protein  24.11 
 
 		 170 aa  53.1  0.000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0284  CheW protein  29.31 
 
 		 158 aa  53.5  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.628672 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1307  CheW protein  25.66 
 
 		 164 aa  52.8  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.897711 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1374  CheW protein  25.66 
 
 		 164 aa  52.8  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.158762 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0875  CheW protein  26.09 
 
 		 154 aa  53.5  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1647  CheW protein  29.17 
 
 		 189 aa  53.1  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00542103 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1367  CheW protein  25.66 
 
 		 164 aa  52.8  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00367325 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1462  CheW protein  25.66 
 
 		 164 aa  52.4  0.000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2621  CheW-like protein  29.79 
 
 		 182 aa  52.8  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2911  putative CheW protein  25.66 
 
 		 164 aa  52.4  0.000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.810949  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1351  CheW-like protein  26 
 
 		 164 aa  52.4  0.000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0671  CheW protein  29.79 
 
 		 180 aa  52.8  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0116901  normal  0.597773 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2901  putative CheW protein  25.66 
 
 		 164 aa  52.4  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.3057  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3043  putative CheW protein  25.66 
 
 		 164 aa  52.4  0.000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.605856 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0243  CheW protein  29.03 
 
 		 163 aa  52.4  0.000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1566  putative CheW protein  30.83 
 
 		 169 aa  52  0.000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.173837  normal  0.497426 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1485  CheW protein  25.95 
 
 		 170 aa  51.6  0.000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.02816 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3576  putative CheW protein  25.14 
 
 		 175 aa  51.6  0.000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.510091  normal  0.211391 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2899  CheW protein  25.84 
 
 		 175 aa  51.6  0.000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.100159  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0971  CheW protein  25.74 
 
 		 169 aa  51.2  0.000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2272  purine-binding chemotaxis protein CheW  26 
 
 		 164 aa  50.8  0.000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.124095  normal  0.11667 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2676  CheW protein  30.43 
 
 		 212 aa  51.2  0.000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0640816  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2551  putative CheW protein  25 
 
 		 164 aa  50.8  0.000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1537  CheW protein  38.03 
 
 		 174 aa  50.4  0.00001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02863  chemotaxis protein CheW  25.17 
 
 		 163 aa  50.4  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2771  CheW protein  31.25 
 
 		 212 aa  50.8  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0420843  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3142  putative CheW protein  32.61 
 
 		 160 aa  50.1  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0280  CheW protein  28.35 
 
 		 155 aa  49.7  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.128089  normal  0.922662 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0218  putative CheW protein  28.97 
 
 		 147 aa  50.1  0.00002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2550  CheW protein  30 
 
 		 174 aa  50.1  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0809  CheW protein  25 
 
 		 163 aa  49.7  0.00002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0612  CheW protein  28.26 
 
 		 166 aa  50.1  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.398331 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0138  putative CheW protein  28.97 
 
 		 147 aa  50.1  0.00002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0706424  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2314  CheW protein  23.7 
 
 		 165 aa  50.1  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1207  CheW protein  24.5 
 
 		 164 aa  49.7  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.848506  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1391  CheW protein  24.6 
 
 		 141 aa  49.3  0.00003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0331  purine-binding chemotaxis protein CheW  25.73 
 
 		 173 aa  49.3  0.00003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.337865  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0784  CheW-like protein  27.34 
 
 		 179 aa  49.3  0.00003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.883745 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2708  CheW protein  26.09 
 
 		 205 aa  48.9  0.00003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0309  purine-binding chemotaxis protein CheW  25.73 
 
 		 173 aa  49.3  0.00003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2236  CheW protein  24.8 
 
 		 478 aa  48.9  0.00003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1688  purine-binding chemotaxis protein CheW  25.73 
 
 		 173 aa  49.3  0.00003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3954  response regulator receiver modulated CheW protein  39.77 
 
 		 309 aa  49.3  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2144  CheW-like protein  28.43 
 
 		 313 aa  49.3  0.00003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00213305  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1208  CheW protein  28.19 
 
 		 179 aa  48.9  0.00004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0917816 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2307  CheW protein  35.16 
 
 		 164 aa  48.5  0.00004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3862  putative purine-binding chemotaxis protein  24.6 
 
 		 159 aa  48.5  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.71104  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0741  CheW protein  26.32 
 
 		 162 aa  48.9  0.00004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>