56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3465 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4354  membrane carboxypeptidase (penicillin-binding protein)  47.59 
 
 		 1049 aa  861    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.293217 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1411  hypothetical protein  44.64 
 
 		 1023 aa  851    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2841  hypothetical protein  45.2 
 
 		 1025 aa  845    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0766  transglycosylase  49.23 
 
 		 1039 aa  907    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.707274  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0778  transglycosylase  49.33 
 
 		 1039 aa  911    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2505  hypothetical protein  45.01 
 
 		 1023 aa  835    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1253  membrane carboxypeptidase (penicillin-binding protein)-like protein  50.21 
 
 		 1032 aa  916    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.722125  normal  0.576763 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0939  hypothetical protein  46.29 
 
 		 1023 aa  853    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000727503  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1099  membrane carboxypeptidase (penicillin-binding protein)-like protein  48.31 
 
 		 1049 aa  870    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0789569  normal  0.292467 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4731  hypothetical protein  48.94 
 
 		 1031 aa  922    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.537411  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2860  hypothetical protein  45.3 
 
 		 1025 aa  843    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2989  hypothetical protein  45.3 
 
 		 1025 aa  845    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.907067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0636  glycosyl transferase family protein  46.75 
 
 		 1035 aa  889    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.146533  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1476  hypothetical protein  52.95 
 
 		 1035 aa  989    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.370096  normal  0.0732743 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1088  membrane carboxypeptidase (penicillin-binding protein)  48.22 
 
 		 1045 aa  877    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2691  glycosyl transferase family protein  46.76 
 
 		 1035 aa  899    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3465  hypothetical protein  100 
 
 		 1024 aa  2055    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.038235 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2587  glycosyl transferase family protein  46.51 
 
 		 1035 aa  888    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3596  glycosyl transferase family protein  49.1 
 
 		 1019 aa  943    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.104516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4577  hypothetical protein  48.38 
 
 		 1026 aa  939    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.298557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1359  glycosyl transferase family 51  51.79 
 
 		 1011 aa  949    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.55048  normal  0.0318289 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0630  membrane carboxypeptidase (penicillin-binding protein)  52.28 
 
 		 1014 aa  911    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1517  hypothetical protein  45.2 
 
 		 1025 aa  845    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.168544  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13960  Glycosyl transferase, family 51  50 
 
 		 1029 aa  912    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3809  glycosyl transferase family 51  57.87 
 
 		 1001 aa  1092    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.662369  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1423  glycosyl transferase family 51  51.89 
 
 		 1011 aa  950    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.943625  normal  0.639754 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54080  hypothetical protein  48.36 
 
 		 1041 aa  917    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1058  hypothetical protein  48.21 
 
 		 1049 aa  866    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4191  hypothetical protein  48.48 
 
 		 1045 aa  907    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3925  hypothetical protein  49.39 
 
 		 1045 aa  920    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.511615  normal  0.283533 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2920  hypothetical protein  47 
 
 		 1008 aa  840    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.588499 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5232  transmembrane protein  49.31 
 
 		 1066 aa  938    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2462  transmembrane protein  49.95 
 
 		 1095 aa  910    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0942  hypothetical protein  49.33 
 
 		 1038 aa  911    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4564  hypothetical protein  47.27 
 
 		 1029 aa  907    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5990  glycosyl transferase family protein  46.34 
 
 		 1035 aa  891    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.101063 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0974  glycosyl transferase family protein  49.26 
 
 		 1034 aa  924    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0627  hypothetical protein  49.21 
 
 		 1030 aa  924    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2992  glycosyl transferase family protein  53.94 
 
 		 1014 aa  988    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0890  hypothetical protein  49.14 
 
 		 1026 aa  946    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2662  glycosyl transferase family protein  46.57 
 
 		 1035 aa  899    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.397843  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2715  glycosyl transferase family protein  46.65 
 
 		 1035 aa  893    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0605  hypothetical protein  43.61 
 
 		 1015 aa  825    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1423  hypothetical protein  44.54 
 
 		 1022 aa  855    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.925516  normal  0.412247 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1358  hypothetical protein  44.74 
 
 		 1023 aa  857    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.831735  normal  0.146339 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2051  glycosyl transferase family protein  46.57 
 
 		 1035 aa  899    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5928  putative membrane carboxypeptidase (Penicillin-binding) transmembrane protein  48.13 
 
 		 1022 aa  905    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3098  hypothetical protein  43.32 
 
 		 1010 aa  783    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0185  glycosyl transferase family protein  53.84 
 
 		 1014 aa  1002    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.924326  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0316  penicillin-binding protein, 1A family  24.5 
 
 		 750 aa  58.9  0.0000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.223118 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0088  penicillin-binding protein, 1A family  30.77 
 
 		 778 aa  52.4  0.00004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.129531  normal  0.0128257 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0092  1A family penicillin-binding protein  29.23 
 
 		 778 aa  50.4  0.0002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000436892  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1065  penicillin-binding protein 1A  26.58 
 
 		 890 aa  48.9  0.0005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.375339  normal  0.670591 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1468  penicillin-binding protein transpeptidase domain-containing protein  28.8 
 
 		 827 aa  47.8  0.001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.614381  unclonable  0.0000024056 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1646  penicillin-binding protein 1B  28.42 
 
 		 827 aa  47.4  0.001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.201466  hitchhiker  0.00102238 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0597  penicillin-binding protein, 1A family  24.68 
 
 		 665 aa  45.1  0.008  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>