62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1253 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012560  Avin_13960  Glycosyl transferase, family 51  67.25 
 
 		 1029 aa  1353    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54080  hypothetical protein  62.58 
 
 		 1041 aa  1303    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2662  glycosyl transferase family protein  45.28 
 
 		 1035 aa  807    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.397843  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2841  hypothetical protein  56.06 
 
 		 1025 aa  1139    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0766  transglycosylase  46.75 
 
 		 1039 aa  823    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.707274  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0778  transglycosylase  46.65 
 
 		 1039 aa  823    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2505  hypothetical protein  56.24 
 
 		 1023 aa  1119    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1253  membrane carboxypeptidase (penicillin-binding protein)-like protein  100 
 
 		 1032 aa  2088    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.722125  normal  0.576763 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0939  hypothetical protein  61.77 
 
 		 1023 aa  1230    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000727503  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1099  membrane carboxypeptidase (penicillin-binding protein)-like protein  65.13 
 
 		 1049 aa  1328    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0789569  normal  0.292467 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4731  hypothetical protein  62.57 
 
 		 1031 aa  1298    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.537411  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2860  hypothetical protein  56.26 
 
 		 1025 aa  1140    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3809  glycosyl transferase family 51  48.45 
 
 		 1001 aa  861    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.662369  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1411  hypothetical protein  56.44 
 
 		 1023 aa  1151    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2989  hypothetical protein  56.16 
 
 		 1025 aa  1135    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.907067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0636  glycosyl transferase family protein  44.95 
 
 		 1035 aa  791    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.146533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4354  membrane carboxypeptidase (penicillin-binding protein)  63.74 
 
 		 1049 aa  1316    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.293217 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1517  hypothetical protein  56.06 
 
 		 1025 aa  1139    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.168544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0630  membrane carboxypeptidase (penicillin-binding protein)  59.41 
 
 		 1014 aa  1113    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1088  membrane carboxypeptidase (penicillin-binding protein)  65.19 
 
 		 1045 aa  1336    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2691  glycosyl transferase family protein  45.38 
 
 		 1035 aa  807    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3465  hypothetical protein  49.75 
 
 		 1024 aa  909    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.038235 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2587  glycosyl transferase family protein  43.99 
 
 		 1035 aa  802    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3596  glycosyl transferase family protein  45.46 
 
 		 1019 aa  847    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.104516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4577  hypothetical protein  46.19 
 
 		 1026 aa  831    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.298557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1359  glycosyl transferase family 51  48.22 
 
 		 1011 aa  904    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.55048  normal  0.0318289 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0605  hypothetical protein  53.98 
 
 		 1015 aa  1086    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1423  glycosyl transferase family 51  48.32 
 
 		 1011 aa  909    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.943625  normal  0.639754 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1058  hypothetical protein  64.9 
 
 		 1049 aa  1333    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1476  hypothetical protein  50.55 
 
 		 1035 aa  938    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.370096  normal  0.0732743 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4191  hypothetical protein  68.26 
 
 		 1045 aa  1393    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3925  hypothetical protein  66.28 
 
 		 1045 aa  1382    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.511615  normal  0.283533 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2920  hypothetical protein  48.16 
 
 		 1008 aa  885    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.588499 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5232  transmembrane protein  46.04 
 
 		 1066 aa  844    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2462  transmembrane protein  46.5 
 
 		 1095 aa  832    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0942  hypothetical protein  46.65 
 
 		 1038 aa  822    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4564  hypothetical protein  64.52 
 
 		 1029 aa  1359    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5990  glycosyl transferase family protein  44.82 
 
 		 1035 aa  800    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.101063 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0974  glycosyl transferase family protein  48.63 
 
 		 1034 aa  923    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0627  hypothetical protein  46.33 
 
 		 1030 aa  830    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2992  glycosyl transferase family protein  49.43 
 
 		 1014 aa  906    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0185  glycosyl transferase family protein  49.5 
 
 		 1014 aa  900    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.924326  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0890  hypothetical protein  46.96 
 
 		 1026 aa  837    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3098  hypothetical protein  55.73 
 
 		 1010 aa  1101    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5928  putative membrane carboxypeptidase (Penicillin-binding) transmembrane protein  45.45 
 
 		 1022 aa  828    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2051  glycosyl transferase family protein  45.28 
 
 		 1035 aa  807    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1358  hypothetical protein  56.54 
 
 		 1023 aa  1152    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.831735  normal  0.146339 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1423  hypothetical protein  56 
 
 		 1022 aa  1149    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.925516  normal  0.412247 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2715  glycosyl transferase family protein  44.19 
 
 		 1035 aa  803    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0683  penicillin-binding protein 1A (PBP-1a) (PBP1a)  28.37 
 
 		 642 aa  49.7  0.0003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2534  1A family penicillin-binding protein  34.21 
 
 		 804 aa  48.9  0.0004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.401637  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0048  succinate dehydrogenase, iron-sulfur protein subunit  28.78 
 
 		 642 aa  48.5  0.0007  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3455  peptidoglycan glycosyltransferase  23.96 
 
 		 787 aa  48.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.19889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0825  penicillin-binding protein 1B  31.69 
 
 		 754 aa  47.8  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.524532  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4058  glycosyl transferase family protein  24.62 
 
 		 678 aa  45.4  0.005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3453  penicillin-binding protein 1B  28.57 
 
 		 844 aa  44.7  0.009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.9649  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0160  penicillin-binding protein 1b  28.57 
 
 		 844 aa  44.7  0.009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3510  penicillin-binding protein 1b  28.57 
 
 		 844 aa  44.7  0.009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.933967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0153  penicillin-binding protein 1b  28.57 
 
 		 844 aa  44.7  0.009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.267501  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0152  penicillin-binding protein 1b  28.57 
 
 		 844 aa  44.7  0.009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.94433  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00148  penicillin-binding protein 1b  28.57 
 
 		 841 aa  44.7  0.01  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00147  hypothetical protein  28.57 
 
 		 841 aa  44.7  0.01  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>