More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_1368 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013174  Jden_1368  Holliday junction DNA helicase RuvB  100 
 
 
352 aa  691    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0885717 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17530  Holliday junction DNA helicase subunit RuvB  85.04 
 
 
355 aa  566  1e-160  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.200391 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1668  Holliday junction DNA helicase RuvB  83.03 
 
 
367 aa  518  1e-146  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.327614  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3053  Holliday junction DNA helicase RuvB  78.79 
 
 
355 aa  513  1e-144  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.123364  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1796  Holliday junction DNA helicase RuvB  81.31 
 
 
359 aa  509  1e-143  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.241784  normal  0.116666 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1994  Holliday junction DNA helicase RuvB  74.42 
 
 
345 aa  485  1e-136  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0145438 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2354  Holliday junction DNA helicase RuvB  73 
 
 
337 aa  479  1e-134  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.807347  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13960  Holliday junction DNA helicase subunit RuvB  77.54 
 
 
353 aa  473  1e-132  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.577435  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2111  Holliday junction DNA helicase RuvB  73.57 
 
 
353 aa  469  1.0000000000000001e-131  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00345242  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2093  Holliday junction DNA helicase RuvB  73.11 
 
 
351 aa  468  1.0000000000000001e-131  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1343  Holliday junction DNA helicase RuvB  70.89 
 
 
367 aa  469  1.0000000000000001e-131  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0651112  normal  0.572707 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2387  Holliday junction DNA helicase RuvB  72.48 
 
 
360 aa  466  9.999999999999999e-131  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2031  Holliday junction DNA helicase RuvB  70.21 
 
 
361 aa  461  1e-129  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000121008 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2301  Holliday junction DNA helicase RuvB  71.65 
 
 
362 aa  462  1e-129  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.171399  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6111  Holliday junction DNA helicase B  72.04 
 
 
352 aa  461  9.999999999999999e-129  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0830946 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3824  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.13 
 
 
357 aa  454  1e-127  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.265234 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12880  Holliday junction DNA helicase RuvB  70.18 
 
 
340 aa  456  1e-127  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.579747  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1371  Holliday junction DNA helicase RuvB  71.43 
 
 
348 aa  452  1.0000000000000001e-126  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.386234  normal  0.148478 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2267  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.92 
 
 
357 aa  453  1.0000000000000001e-126  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2063  Holliday junction DNA helicase RuvB  72.61 
 
 
349 aa  454  1.0000000000000001e-126  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0839  Holliday junction DNA helicase RuvB  72.22 
 
 
382 aa  452  1.0000000000000001e-126  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.153919  normal  0.116315 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2306  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.92 
 
 
357 aa  453  1.0000000000000001e-126  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2314  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.92 
 
 
357 aa  453  1.0000000000000001e-126  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2302  Holliday junction DNA helicase RuvB  71.34 
 
 
363 aa  449  1e-125  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2575  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.96 
 
 
355 aa  448  1e-125  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.341638  normal  0.900637 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1936  Holliday junction DNA helicase RuvB  70.83 
 
 
364 aa  447  1.0000000000000001e-124  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12612  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.95 
 
 
344 aa  445  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000553587  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5144  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.25 
 
 
353 aa  446  1.0000000000000001e-124  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0445122  decreased coverage  0.000117077 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1800  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.77 
 
 
354 aa  443  1e-123  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.383421  hitchhiker  0.000134834 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3394  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.66 
 
 
370 aa  444  1e-123  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00319499  hitchhiker  0.00000978143 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1690  Holliday junction DNA helicase RuvB  71.38 
 
 
368 aa  442  1e-123  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1810  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.65 
 
 
354 aa  441  1e-123  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.794577  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0836  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.8 
 
 
353 aa  439  9.999999999999999e-123  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15080  Holliday junction DNA helicase subunit RuvB  69.5 
 
 
374 aa  440  9.999999999999999e-123  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.400622  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3826  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.26 
 
 
359 aa  439  9.999999999999999e-123  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0702287  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3176  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.17 
 
 
366 aa  434  1e-121  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15320  Holliday junction DNA helicase subunit RuvB  67.95 
 
 
357 aa  437  1e-121  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.280238  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0453  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.2 
 
 
348 aa  412  1e-114  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00906919  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2173  Holliday junction DNA helicase RuvB  57.14 
 
 
338 aa  384  1e-105  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1215  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.82 
 
 
351 aa  375  1e-103  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.423128  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3832  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.92 
 
 
351 aa  377  1e-103  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1454  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.31 
 
 
338 aa  373  1e-102  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00617754  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1534  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.55 
 
 
336 aa  374  1e-102  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1449  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.24 
 
 
336 aa  372  1e-102  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1700  Holliday junction DNA helicase RuvB  56.19 
 
 
336 aa  374  1e-102  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.979156 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1348  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.72 
 
 
335 aa  374  1e-102  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000729469  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1630  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.97 
 
 
347 aa  373  1e-102  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.952442  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2030  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.15 
 
 
334 aa  374  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000959876  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2143  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.15 
 
 
334 aa  374  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000101223  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2429  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.05 
 
 
336 aa  373  1e-102  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00769793  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2420  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.15 
 
 
334 aa  373  1e-102  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00322281  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1704  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.65 
 
 
343 aa  374  1e-102  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0360063  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01831  Holliday junction DNA helicase B  54.05 
 
 
336 aa  369  1e-101  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.144977  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1780  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.05 
 
 
336 aa  369  1e-101  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000115623  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3316  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.68 
 
 
337 aa  368  1e-101  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1111  Holliday junction DNA helicase RuvB  56.1 
 
 
336 aa  369  1e-101  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000117425  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1230  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.35 
 
 
336 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0225142  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1662  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.35 
 
 
344 aa  369  1e-101  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.280554  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2596  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.05 
 
 
336 aa  369  1e-101  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0158351  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1354  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.35 
 
 
336 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00473129 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1772  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.05 
 
 
336 aa  369  1e-101  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0145511  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2533  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.61 
 
 
344 aa  369  1e-101  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.26511  normal  0.321859 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2344  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.49 
 
 
345 aa  371  1e-101  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.187034 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2090  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.05 
 
 
336 aa  369  1e-101  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000376613  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3181  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.77 
 
 
338 aa  370  1e-101  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.548156  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2425  Holliday junction DNA helicase RuvB  56.84 
 
 
347 aa  368  1e-101  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0803389 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01559  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.12 
 
 
345 aa  370  1e-101  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.192423  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2048  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.35 
 
 
336 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.79761  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01819  hypothetical protein  54.05 
 
 
336 aa  369  1e-101  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.146272  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2108  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.35 
 
 
336 aa  368  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.252002  normal  0.279118 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2776  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.24 
 
 
334 aa  369  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00115584  normal  0.033156 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0956  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.05 
 
 
336 aa  369  1e-101  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00553774  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1953  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.05 
 
 
336 aa  369  1e-101  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.128474  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0930  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.98 
 
 
337 aa  371  1e-101  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08899e-19 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2053  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.35 
 
 
336 aa  368  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0123486  normal  0.169016 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1077  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.46 
 
 
338 aa  365  1e-100  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.413326  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1326  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.05 
 
 
336 aa  368  1e-100  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0442858  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1413  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.8 
 
 
338 aa  367  1e-100  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000447105  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0182  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.87 
 
 
330 aa  367  1e-100  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.107724  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2254  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.94 
 
 
336 aa  366  1e-100  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.442395  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2652  Holliday junction DNA helicase RuvB  56 
 
 
340 aa  367  1e-100  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0615  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.83 
 
 
355 aa  365  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.318212 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2145  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.24 
 
 
334 aa  367  1e-100  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.189271  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1334  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.17 
 
 
336 aa  367  1e-100  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00146189  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2777  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.43 
 
 
351 aa  365  1e-100  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.928098  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1116  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.7 
 
 
338 aa  365  1e-100  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.848994  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2557  Holliday junction DNA helicase RuvB  57.23 
 
 
363 aa  366  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.829542  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0893  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.39 
 
 
355 aa  366  1e-100  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0248566  normal  0.109317 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2521  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.29 
 
 
333 aa  364  1e-99  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000139422  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3346  Holliday junction DNA helicase RuvB  56.17 
 
 
354 aa  364  1e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.729811  hitchhiker  0.00070323 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4060  Holliday junction DNA helicase RuvB  56.29 
 
 
358 aa  363  3e-99  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0499  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.49 
 
 
356 aa  362  4e-99  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.456698  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3053  Holliday junction DNA helicase RuvB  56.53 
 
 
347 aa  362  4e-99  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00505613  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0894  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.13 
 
 
340 aa  362  4e-99  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00558721  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4093  Holliday junction DNA helicase RuvB  56 
 
 
354 aa  362  4e-99  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07050  Holliday junction DNA helicase subunit RuvB  56.92 
 
 
346 aa  362  4e-99  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0259708  normal  0.32105 
 
 
-
 
NC_002936  DET0606  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.55 
 
 
349 aa  362  5.0000000000000005e-99  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.622406  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2211  Holliday junction DNA helicase RuvB  56.92 
 
 
341 aa  362  5.0000000000000005e-99  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00690451 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2321  Holliday junction DNA helicase RuvB  52.87 
 
 
338 aa  362  5.0000000000000005e-99  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0801363  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3694  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.49 
 
 
356 aa  362  6e-99  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.500554  normal  0.619697 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>