More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bfae_13960 on replicon NC_013172
Organism: Brachybacterium faecium DSM 4810



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013172  Bfae_13960  Holliday junction DNA helicase subunit RuvB  100 
 
 
353 aa  685    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.577435  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1368  Holliday junction DNA helicase RuvB  77.54 
 
 
352 aa  499  1e-140  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0885717 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17530  Holliday junction DNA helicase subunit RuvB  76.28 
 
 
355 aa  494  1e-139  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.200391 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1796  Holliday junction DNA helicase RuvB  77.71 
 
 
359 aa  482  1e-135  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.241784  normal  0.116666 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1668  Holliday junction DNA helicase RuvB  76.25 
 
 
367 aa  479  1e-134  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.327614  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3053  Holliday junction DNA helicase RuvB  75.68 
 
 
355 aa  478  1e-134  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.123364  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1994  Holliday junction DNA helicase RuvB  75.3 
 
 
345 aa  470  1.0000000000000001e-131  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0145438 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2093  Holliday junction DNA helicase RuvB  71.87 
 
 
351 aa  461  1e-129  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0839  Holliday junction DNA helicase RuvB  72.76 
 
 
382 aa  461  9.999999999999999e-129  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.153919  normal  0.116315 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2301  Holliday junction DNA helicase RuvB  71.69 
 
 
362 aa  459  9.999999999999999e-129  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.171399  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2031  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.76 
 
 
361 aa  460  9.999999999999999e-129  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000121008 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2387  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.5 
 
 
360 aa  454  1e-127  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12880  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.84 
 
 
340 aa  452  1.0000000000000001e-126  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.579747  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2354  Holliday junction DNA helicase RuvB  73.58 
 
 
337 aa  452  1.0000000000000001e-126  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.807347  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1343  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.61 
 
 
367 aa  454  1.0000000000000001e-126  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0651112  normal  0.572707 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2111  Holliday junction DNA helicase RuvB  72.64 
 
 
353 aa  449  1e-125  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00345242  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15320  Holliday junction DNA helicase subunit RuvB  68.64 
 
 
357 aa  445  1.0000000000000001e-124  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.280238  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6111  Holliday junction DNA helicase B  70.12 
 
 
352 aa  444  1.0000000000000001e-124  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0830946 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2063  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.33 
 
 
349 aa  442  1e-123  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5144  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.02 
 
 
353 aa  434  1e-121  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0445122  decreased coverage  0.000117077 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3394  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.09 
 
 
370 aa  434  1e-120  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00319499  hitchhiker  0.00000978143 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1690  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.94 
 
 
368 aa  428  1e-119  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0836  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.86 
 
 
353 aa  427  1e-118  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15080  Holliday junction DNA helicase subunit RuvB  68.87 
 
 
374 aa  425  1e-118  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.400622  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1371  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.87 
 
 
348 aa  426  1e-118  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.386234  normal  0.148478 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2306  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.88 
 
 
357 aa  425  1e-118  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2267  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.88 
 
 
357 aa  425  1e-118  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1936  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.75 
 
 
364 aa  425  1e-118  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2314  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.88 
 
 
357 aa  425  1e-118  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3826  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.77 
 
 
359 aa  423  1e-117  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0702287  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3824  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.28 
 
 
357 aa  423  1e-117  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.265234 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1800  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.59 
 
 
354 aa  419  1e-116  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.383421  hitchhiker  0.000134834 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2575  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.34 
 
 
355 aa  419  1e-116  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.341638  normal  0.900637 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2302  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.04 
 
 
363 aa  417  9.999999999999999e-116  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12612  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.77 
 
 
344 aa  416  9.999999999999999e-116  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000553587  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3176  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.04 
 
 
366 aa  411  1e-114  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1810  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.25 
 
 
354 aa  411  1e-113  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.794577  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0453  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.42 
 
 
348 aa  396  1e-109  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00906919  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1348  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.62 
 
 
335 aa  379  1e-104  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000729469  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12310  Holliday junction DNA helicase RuvB  56.31 
 
 
342 aa  377  1e-103  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0273996  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07050  Holliday junction DNA helicase subunit RuvB  55.99 
 
 
346 aa  372  1e-102  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0259708  normal  0.32105 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2173  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.29 
 
 
338 aa  372  1e-102  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1454  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.59 
 
 
338 aa  368  1e-101  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00617754  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3832  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.52 
 
 
351 aa  371  1e-101  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2211  Holliday junction DNA helicase RuvB  56.93 
 
 
341 aa  367  1e-100  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00690451 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2344  Holliday junction DNA helicase RuvB  56.27 
 
 
345 aa  366  1e-100  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.187034 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1116  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.95 
 
 
338 aa  365  1e-100  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.848994  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1431  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.42 
 
 
344 aa  365  1e-100  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000941483  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3181  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.81 
 
 
338 aa  368  1e-100  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.548156  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1662  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.66 
 
 
344 aa  365  1e-100  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.280554  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1111  Holliday junction DNA helicase RuvB  56.87 
 
 
336 aa  366  1e-100  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000117425  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0820  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.66 
 
 
358 aa  363  2e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.163531  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4093  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.9 
 
 
354 aa  363  2e-99  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0327  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.66 
 
 
355 aa  363  3e-99  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.382015 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1914  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.56 
 
 
346 aa  363  3e-99  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.881397  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2429  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.29 
 
 
336 aa  362  4e-99  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00769793  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1334  Holliday junction DNA helicase RuvB  52.87 
 
 
336 aa  362  5.0000000000000005e-99  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00146189  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1215  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.06 
 
 
351 aa  362  5.0000000000000005e-99  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.423128  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1413  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.73 
 
 
338 aa  362  5.0000000000000005e-99  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000447105  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0974  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.06 
 
 
351 aa  362  5.0000000000000005e-99  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00485964 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0927  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.49 
 
 
333 aa  361  9e-99  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01559  Holliday junction DNA helicase RuvB  56.19 
 
 
345 aa  361  1e-98  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.192423  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0993  Holliday junction DNA helicase RuvB  57.05 
 
 
339 aa  361  1e-98  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0776035  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1704  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.17 
 
 
343 aa  360  2e-98  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0360063  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4657  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.66 
 
 
354 aa  360  3e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2203  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.25 
 
 
346 aa  360  3e-98  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2777  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.12 
 
 
351 aa  359  3e-98  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.928098  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0528  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.46 
 
 
338 aa  359  4e-98  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0956  Holliday junction DNA helicase RuvB  52.99 
 
 
336 aa  359  4e-98  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00553774  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01831  Holliday junction DNA helicase B  52.99 
 
 
336 aa  358  6e-98  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.144977  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1780  Holliday junction DNA helicase RuvB  52.99 
 
 
336 aa  358  6e-98  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000115623  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1953  Holliday junction DNA helicase RuvB  52.99 
 
 
336 aa  358  6e-98  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.128474  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2596  Holliday junction DNA helicase RuvB  52.99 
 
 
336 aa  358  6e-98  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0158351  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2090  Holliday junction DNA helicase RuvB  52.99 
 
 
336 aa  358  6e-98  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000376613  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01819  hypothetical protein  52.99 
 
 
336 aa  358  6e-98  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.146272  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1772  Holliday junction DNA helicase RuvB  52.99 
 
 
336 aa  358  6e-98  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0145511  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2533  Holliday junction DNA helicase RuvB  52.87 
 
 
344 aa  358  7e-98  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.26511  normal  0.321859 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4070  Holliday junction DNA helicase RuvB  56.17 
 
 
354 aa  358  8e-98  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.373713 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1326  Holliday junction DNA helicase RuvB  52.99 
 
 
336 aa  358  9e-98  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0442858  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3124  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.17 
 
 
346 aa  358  9e-98  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0930  Holliday junction DNA helicase RuvB  56.11 
 
 
337 aa  358  9.999999999999999e-98  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08899e-19 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1848  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.74 
 
 
350 aa  358  9.999999999999999e-98  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.9139  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02690  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.2 
 
 
334 aa  358  9.999999999999999e-98  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000554774  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2521  Holliday junction DNA helicase RuvB  57.78 
 
 
333 aa  357  1.9999999999999998e-97  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000139422  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3954  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.67 
 
 
363 aa  357  1.9999999999999998e-97  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0150024 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2321  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.03 
 
 
338 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0801363  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2532  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.94 
 
 
356 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2353  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.94 
 
 
356 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2557  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.83 
 
 
363 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.829542  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3407  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.94 
 
 
356 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2053  Holliday junction DNA helicase RuvB  52.99 
 
 
336 aa  356  2.9999999999999997e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0123486  normal  0.169016 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1128  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.94 
 
 
356 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2108  Holliday junction DNA helicase RuvB  52.99 
 
 
336 aa  356  2.9999999999999997e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.252002  normal  0.279118 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3366  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.94 
 
 
356 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0266  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.94 
 
 
356 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0615  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.33 
 
 
355 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.318212 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3401  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.94 
 
 
356 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4505  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.6 
 
 
333 aa  356  3.9999999999999996e-97  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00121958  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3346  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.85 
 
 
354 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.729811  hitchhiker  0.00070323 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4554  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.6 
 
 
333 aa  356  3.9999999999999996e-97  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00514849  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>