More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0836 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0836  Holliday junction DNA helicase RuvB  100 
 
 
353 aa  713    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0453  Holliday junction DNA helicase RuvB  86.06 
 
 
348 aa  572  1.0000000000000001e-162  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00906919  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1368  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.8 
 
 
352 aa  439  9.999999999999999e-123  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0885717 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2354  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.58 
 
 
337 aa  432  1e-120  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.807347  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17530  Holliday junction DNA helicase subunit RuvB  64.97 
 
 
355 aa  432  1e-120  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.200391 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3053  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.12 
 
 
355 aa  418  1e-116  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.123364  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1668  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.55 
 
 
367 aa  412  1e-114  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.327614  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2093  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.76 
 
 
351 aa  410  1e-113  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12880  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.52 
 
 
340 aa  411  1e-113  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.579747  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15320  Holliday junction DNA helicase subunit RuvB  62.24 
 
 
357 aa  406  1.0000000000000001e-112  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.280238  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2031  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.75 
 
 
361 aa  405  1.0000000000000001e-112  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000121008 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15080  Holliday junction DNA helicase subunit RuvB  59.31 
 
 
374 aa  406  1.0000000000000001e-112  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.400622  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2063  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.16 
 
 
349 aa  406  1.0000000000000001e-112  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2301  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.25 
 
 
362 aa  407  1.0000000000000001e-112  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.171399  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1343  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.01 
 
 
367 aa  407  1.0000000000000001e-112  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0651112  normal  0.572707 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13960  Holliday junction DNA helicase subunit RuvB  64.86 
 
 
353 aa  403  1e-111  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.577435  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1796  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.54 
 
 
359 aa  402  1e-111  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.241784  normal  0.116666 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2306  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.71 
 
 
357 aa  399  9.999999999999999e-111  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3824  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.68 
 
 
357 aa  398  9.999999999999999e-111  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.265234 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2267  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.71 
 
 
357 aa  399  9.999999999999999e-111  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2111  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.49 
 
 
353 aa  400  9.999999999999999e-111  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00345242  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6111  Holliday junction DNA helicase B  60.18 
 
 
352 aa  399  9.999999999999999e-111  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0830946 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2314  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.71 
 
 
357 aa  399  9.999999999999999e-111  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0839  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.03 
 
 
382 aa  397  1e-109  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.153919  normal  0.116315 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1936  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.22 
 
 
364 aa  395  1e-109  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2387  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.26 
 
 
360 aa  396  1e-109  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2575  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.34 
 
 
355 aa  397  1e-109  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.341638  normal  0.900637 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2302  Holliday junction DNA helicase RuvB  60 
 
 
363 aa  391  1e-108  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3826  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.55 
 
 
359 aa  394  1e-108  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0702287  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1994  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.38 
 
 
345 aa  394  1e-108  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0145438 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12612  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.29 
 
 
344 aa  390  1e-107  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000553587  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5144  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.57 
 
 
353 aa  387  1e-106  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0445122  decreased coverage  0.000117077 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1690  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.51 
 
 
368 aa  387  1e-106  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3394  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.94 
 
 
370 aa  382  1e-105  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00319499  hitchhiker  0.00000978143 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1371  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.88 
 
 
348 aa  384  1e-105  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.386234  normal  0.148478 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1800  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.09 
 
 
354 aa  379  1e-104  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.383421  hitchhiker  0.000134834 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1810  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.97 
 
 
354 aa  377  1e-103  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.794577  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3176  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.59 
 
 
366 aa  377  1e-103  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2203  Holliday junction DNA helicase RuvB  52.76 
 
 
346 aa  368  1e-101  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1914  Holliday junction DNA helicase RuvB  52.76 
 
 
346 aa  367  1e-100  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.881397  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1957  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.17 
 
 
334 aa  362  6e-99  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0904224  normal  0.777155 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0049  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.53 
 
 
332 aa  362  7.0000000000000005e-99  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.603347  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2075  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.59 
 
 
337 aa  361  8e-99  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2420  Holliday junction DNA helicase RuvB  52.74 
 
 
334 aa  361  1e-98  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00322281  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2429  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.17 
 
 
334 aa  360  2e-98  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1902  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.17 
 
 
334 aa  360  2e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000022467  hitchhiker  0.0000432146 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2076  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.17 
 
 
334 aa  359  3e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000131363  hitchhiker  0.00166911 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2776  Holliday junction DNA helicase RuvB  52.13 
 
 
334 aa  359  4e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00115584  normal  0.033156 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1215  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.28 
 
 
351 aa  358  5e-98  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.423128  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2145  Holliday junction DNA helicase RuvB  52.13 
 
 
334 aa  358  5e-98  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.189271  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0528  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.82 
 
 
338 aa  358  7e-98  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2030  Holliday junction DNA helicase RuvB  52.44 
 
 
334 aa  358  8e-98  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000959876  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2143  Holliday junction DNA helicase RuvB  52.44 
 
 
334 aa  358  8e-98  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000101223  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2254  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.83 
 
 
336 aa  358  9.999999999999999e-98  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.442395  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2034  Holliday junction DNA helicase RuvB  52.68 
 
 
338 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0438556  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1839  Holliday junction DNA helicase RuvB  52.71 
 
 
334 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.174268  normal  0.184781 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1534  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.52 
 
 
336 aa  356  2.9999999999999997e-97  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2571  Holliday junction DNA helicase RuvB  52.38 
 
 
338 aa  355  5e-97  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.011868  hitchhiker  0.00180359 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2321  Holliday junction DNA helicase RuvB  52.89 
 
 
338 aa  355  5e-97  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0801363  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1939  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.96 
 
 
334 aa  355  5e-97  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00566974  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01831  Holliday junction DNA helicase B  51.36 
 
 
336 aa  355  5.999999999999999e-97  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.144977  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1780  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.36 
 
 
336 aa  355  5.999999999999999e-97  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000115623  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2090  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.36 
 
 
336 aa  355  5.999999999999999e-97  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000376613  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1953  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.36 
 
 
336 aa  355  5.999999999999999e-97  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.128474  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2429  Holliday junction DNA helicase RuvB  52.27 
 
 
336 aa  355  5.999999999999999e-97  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00769793  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2596  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.36 
 
 
336 aa  355  5.999999999999999e-97  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0158351  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01819  hypothetical protein  51.36 
 
 
336 aa  355  5.999999999999999e-97  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.146272  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1772  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.36 
 
 
336 aa  355  5.999999999999999e-97  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0145511  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1449  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.22 
 
 
336 aa  354  1e-96  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12310  Holliday junction DNA helicase RuvB  56.04 
 
 
342 aa  354  1e-96  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0273996  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0270  Holliday junction DNA helicase RuvB  52.29 
 
 
335 aa  354  1e-96  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1227  Holliday junction DNA helicase RuvB  52.68 
 
 
361 aa  354  1e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0956  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.06 
 
 
336 aa  353  2e-96  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00553774  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2048  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.36 
 
 
336 aa  353  2e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.79761  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1230  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.36 
 
 
336 aa  353  2e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0225142  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3316  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.96 
 
 
337 aa  353  2e-96  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1354  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.36 
 
 
336 aa  353  2e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00473129 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1326  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.36 
 
 
336 aa  353  2e-96  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0442858  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1704  Holliday junction DNA helicase RuvB  50 
 
 
343 aa  353  2e-96  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0360063  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1413  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.4 
 
 
338 aa  352  4e-96  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000447105  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02690  Holliday junction DNA helicase RuvB  50.91 
 
 
334 aa  352  4e-96  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000554774  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2180  Holliday junction DNA helicase RuvB  52.27 
 
 
336 aa  352  7e-96  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.729966  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2362  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.78 
 
 
337 aa  352  7e-96  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00859369  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0927  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.24 
 
 
333 aa  351  8.999999999999999e-96  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2053  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.36 
 
 
336 aa  351  8.999999999999999e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0123486  normal  0.169016 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2108  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.36 
 
 
336 aa  351  8.999999999999999e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.252002  normal  0.279118 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1223  Holliday junction DNA helicase RuvB  52.54 
 
 
345 aa  351  1e-95  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15164  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2557  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.35 
 
 
363 aa  351  1e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.829542  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1662  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.99 
 
 
344 aa  351  1e-95  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.280554  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1116  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.04 
 
 
338 aa  351  1e-95  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.848994  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0391  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.66 
 
 
357 aa  350  2e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.234892  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2173  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.1 
 
 
338 aa  350  2e-95  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2044  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.96 
 
 
334 aa  350  2e-95  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00121057  hitchhiker  0.0000000744022 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0376  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.66 
 
 
357 aa  350  2e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0719  Holliday junction DNA helicase RuvB  50.46 
 
 
334 aa  350  2e-95  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.20782  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1077  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.44 
 
 
338 aa  349  3e-95  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.413326  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1848  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.51 
 
 
350 aa  350  3e-95  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.9139  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2042  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.96 
 
 
334 aa  350  3e-95  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000113724  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2303  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.96 
 
 
334 aa  349  3e-95  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00841978  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2419  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.96 
 
 
334 aa  349  3e-95  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000499721  normal  0.0284883 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>