More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_2652 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_2652  Holliday junction DNA helicase RuvB  100 
 
 
340 aa  667    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5229  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.92 
 
 
342 aa  457  1e-127  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.365286 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3690  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.16 
 
 
341 aa  451  1.0000000000000001e-126  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.212033 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0299  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.48 
 
 
342 aa  450  1e-125  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.225929 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1893  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.1 
 
 
340 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0373  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.64 
 
 
342 aa  435  1e-121  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0522  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.54 
 
 
343 aa  435  1e-121  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1223  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.28 
 
 
345 aa  428  1e-119  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15164  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1708  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.95 
 
 
355 aa  430  1e-119  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.780962  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1251  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.09 
 
 
355 aa  426  1e-118  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000000492423  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2719  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.85 
 
 
347 aa  426  1e-118  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2533  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.89 
 
 
344 aa  424  1e-118  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.26511  normal  0.321859 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2303  Holliday junction DNA helicase RuvB  63 
 
 
334 aa  424  1e-118  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00841978  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2419  Holliday junction DNA helicase RuvB  63 
 
 
334 aa  424  1e-118  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000499721  normal  0.0284883 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2429  Holliday junction DNA helicase RuvB  63 
 
 
336 aa  423  1e-117  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00769793  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2042  Holliday junction DNA helicase RuvB  63 
 
 
334 aa  422  1e-117  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000113724  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1767  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.66 
 
 
352 aa  424  1e-117  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.406751  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0499  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.8 
 
 
356 aa  422  1e-117  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.456698  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1939  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.61 
 
 
334 aa  424  1e-117  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00566974  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36690  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.02 
 
 
352 aa  421  1e-117  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2044  Holliday junction DNA helicase RuvB  63 
 
 
334 aa  422  1e-117  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00121057  hitchhiker  0.0000000744022 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3832  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.18 
 
 
351 aa  422  1e-117  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01270  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.31 
 
 
340 aa  422  1e-117  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2180  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.42 
 
 
336 aa  423  1e-117  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.729966  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0693  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.39 
 
 
344 aa  423  1e-117  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2429  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.39 
 
 
334 aa  417  1e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1326  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.52 
 
 
336 aa  418  1e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0442858  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0483  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.63 
 
 
352 aa  419  1e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2075  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.33 
 
 
337 aa  420  1e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1619  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.35 
 
 
344 aa  417  1e-116  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.933878 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0376  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.72 
 
 
357 aa  419  1e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2557  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.41 
 
 
363 aa  417  1e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.829542  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0615  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.4 
 
 
355 aa  420  1e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.318212 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1642  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.23 
 
 
340 aa  421  1e-116  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.000112926  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3346  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.2 
 
 
354 aa  420  1e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.729811  hitchhiker  0.00070323 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2048  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.64 
 
 
336 aa  420  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.79761  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1230  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.64 
 
 
336 aa  420  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0225142  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1902  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.69 
 
 
334 aa  419  1e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000022467  hitchhiker  0.0000432146 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2076  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.69 
 
 
334 aa  418  1e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000131363  hitchhiker  0.00166911 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0391  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.72 
 
 
357 aa  419  1e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.234892  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0993  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.46 
 
 
339 aa  419  1e-116  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0776035  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1957  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.69 
 
 
334 aa  419  1e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0904224  normal  0.777155 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2145  Holliday junction DNA helicase RuvB  64 
 
 
334 aa  419  1e-116  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.189271  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1354  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.64 
 
 
336 aa  420  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00473129 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3694  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.5 
 
 
356 aa  421  1e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.500554  normal  0.619697 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1839  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.91 
 
 
334 aa  420  1e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.174268  normal  0.184781 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2053  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.64 
 
 
336 aa  419  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0123486  normal  0.169016 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2108  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.64 
 
 
336 aa  419  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.252002  normal  0.279118 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1704  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.11 
 
 
343 aa  421  1e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0360063  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4237  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.77 
 
 
354 aa  418  1e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.913769  normal  0.279005 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01831  Holliday junction DNA helicase B  63.52 
 
 
336 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.144977  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1780  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.52 
 
 
336 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000115623  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0956  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.52 
 
 
336 aa  416  9.999999999999999e-116  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00553774  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0488  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.3 
 
 
343 aa  415  9.999999999999999e-116  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2034  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.65 
 
 
338 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0438556  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0587  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.94 
 
 
338 aa  414  9.999999999999999e-116  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0736056 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1272  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.54 
 
 
350 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.197391  normal  0.338771 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12310  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.54 
 
 
342 aa  415  9.999999999999999e-116  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0273996  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4407  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.8 
 
 
353 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2338  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.74 
 
 
341 aa  415  9.999999999999999e-116  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0616  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.66 
 
 
348 aa  414  9.999999999999999e-116  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3954  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.78 
 
 
363 aa  417  9.999999999999999e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0150024 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1772  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.52 
 
 
336 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0145511  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2143  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.24 
 
 
334 aa  415  9.999999999999999e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000101223  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1883  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.47 
 
 
337 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.679092  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2090  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.52 
 
 
336 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000376613  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2030  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.24 
 
 
334 aa  415  9.999999999999999e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000959876  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01819  hypothetical protein  63.52 
 
 
336 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.146272  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1953  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.52 
 
 
336 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.128474  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2596  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.52 
 
 
336 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0158351  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1436  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.27 
 
 
334 aa  416  9.999999999999999e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000380468  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1077  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.24 
 
 
338 aa  411  1e-114  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.413326  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1217  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.66 
 
 
348 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.743844  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0500  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.72 
 
 
357 aa  414  1e-114  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.951437  normal  0.217288 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0327  Holliday junction DNA helicase RuvB  63 
 
 
355 aa  411  1e-114  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.382015 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2776  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.54 
 
 
334 aa  413  1e-114  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00115584  normal  0.033156 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3998  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.35 
 
 
348 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2571  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.12 
 
 
338 aa  412  1e-114  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.011868  hitchhiker  0.00180359 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1449  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.46 
 
 
336 aa  411  1e-114  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4060  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.58 
 
 
358 aa  413  1e-114  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02690  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.66 
 
 
334 aa  411  1e-114  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000554774  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1227  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.78 
 
 
361 aa  412  1e-114  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1880  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.58 
 
 
356 aa  413  1e-114  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00242586  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0820  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.95 
 
 
358 aa  411  1e-114  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.163531  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2344  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.09 
 
 
345 aa  412  1e-114  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.187034 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4093  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.85 
 
 
354 aa  413  1e-114  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1848  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.58 
 
 
350 aa  411  1e-114  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.9139  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0182  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.3 
 
 
330 aa  411  1e-114  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.107724  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2173  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.95 
 
 
338 aa  412  1e-114  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2777  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.39 
 
 
351 aa  411  1e-114  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.928098  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2420  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.24 
 
 
334 aa  413  1e-114  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00322281  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2254  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.69 
 
 
336 aa  414  1e-114  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.442395  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1246  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.66 
 
 
348 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1334  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.04 
 
 
336 aa  411  1e-114  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00146189  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1128  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.81 
 
 
356 aa  409  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2117  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.54 
 
 
337 aa  410  1e-113  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2211  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.92 
 
 
341 aa  409  1e-113  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00690451 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3407  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.81 
 
 
356 aa  409  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2532  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.81 
 
 
356 aa  409  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0423  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.09 
 
 
355 aa  410  1e-113  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.110252 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>