More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0845 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0845  periplasmic solute binding family protein  100 
 
 		 393 aa  803    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0370  periplasmic solute binding protein  30.29 
 
 		 309 aa  175  9.999999999999999e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7253  periplasmic solute binding protein  30.21 
 
 		 346 aa  155  2e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518447  normal  0.0520295 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3176  periplasmic solute binding protein  32.11 
 
 		 292 aa  149  8e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3625  periplasmic solute binding protein  29.17 
 
 		 326 aa  145  1e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2483  periplasmic solute binding protein  30.87 
 
 		 317 aa  142  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0843  periplasmic solute-binding protein  30.37 
 
 		 344 aa  140  3.9999999999999997e-32  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.620273  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2368  periplasmic solute binding protein  30.58 
 
 		 298 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000358992  normal  0.572392 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0180  periplasmic solute binding protein  30.9 
 
 		 301 aa  139  8.999999999999999e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.946938  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2635  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  30.24 
 
 		 298 aa  138  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0828517  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3532  periplasmic solute binding protein  29.47 
 
 		 292 aa  137  2e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3218  periplasmic solute binding protein  26.92 
 
 		 371 aa  138  2e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0863891  normal  0.580114 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2553  periplasmic solute binding protein  32.27 
 
 		 319 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1532  periplasmic solute binding protein  28.65 
 
 		 346 aa  135  9.999999999999999e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.217537 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1601  periplasmic solute binding protein  30.69 
 
 		 325 aa  134  3.9999999999999996e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.298891  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3681  periplasmic solute binding protein  29.47 
 
 		 292 aa  133  6e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0703  periplasmic solute binding protein  29.93 
 
 		 292 aa  132  7.999999999999999e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.326839  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2575  Mn transporter MntC  27.85 
 
 		 313 aa  132  9e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0653  periplasmic solute binding protein  30.28 
 
 		 292 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3728  periplasmic solute binding protein  29.65 
 
 		 303 aa  130  5.0000000000000004e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0678  periplasmic solute binding protein  33.1 
 
 		 299 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0630556 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1972  periplasmic solute binding protein  29.97 
 
 		 303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3624  periplasmic solute binding protein  28.78 
 
 		 303 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0623  periplasmic solute binding protein  32.06 
 
 		 299 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.917925 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2472  periplasmic solute binding protein  31.58 
 
 		 311 aa  127  5e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5737  periplasmic solute binding protein  27.87 
 
 		 302 aa  126  8.000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1123  periplasmic solute binding protein  29.47 
 
 		 292 aa  125  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000244311  unclonable  0.0000000116493 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0773  periplasmic solute binding protein  26.61 
 
 		 335 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1142  periplasmic solute binding protein  28.04 
 
 		 307 aa  125  1e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.987303  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0800  periplasmic solute binding protein  26.61 
 
 		 335 aa  124  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.043708  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3980  periplasmic solute binding protein  28.05 
 
 		 354 aa  124  3e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.749936 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1062  ABC transporter substrate binding protein  29.51 
 
 		 298 aa  124  3e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1041  periplasmic solute binding protein  27.5 
 
 		 303 aa  120  3e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203742 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1226  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  28.12 
 
 		 312 aa  117  3e-25  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0822  periplasmic solute binding protein  24.86 
 
 		 356 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000237297  normal  0.0439411 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0350  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.87 
 
 		 315 aa  117  3e-25  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2064  periplasmic solute binding protein  28.36 
 
 		 325 aa  115  2.0000000000000002e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3704  periplasmic solute binding protein  26.67 
 
 		 316 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.474771  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2051  periplasmic solute binding protein  27.49 
 
 		 303 aa  113  6e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0478383  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2080  periplasmic solute binding protein  27.61 
 
 		 316 aa  113  7.000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.402173  normal  0.155389 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2964  adhesion lipoprotein  24.73 
 
 		 311 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00274739  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3189  adhesion lipoprotein  24.73 
 
 		 311 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2784  periplasmic solute binding protein  23.53 
 
 		 301 aa  112  8.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199172  n/a   
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0036  adhesion lipoprotein  25.07 
 
 		 311 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0129637  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4557  periplasmic solute binding protein  28.82 
 
 		 304 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.667309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0098  twin-arginine translocation pathway signal  25.21 
 
 		 320 aa  110  3e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2067  manganese ABC transporter substrate-binding lipoprotein  24.18 
 
 		 311 aa  110  5e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1312  periplasmic solute binding protein  27.43 
 
 		 306 aa  109  7.000000000000001e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5661  periplasmic solute binding protein  28.12 
 
 		 291 aa  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0288  periplasmic solute binding protein  24.19 
 
 		 326 aa  109  1e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.937251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3634  periplasmic solute binding protein  23.94 
 
 		 311 aa  108  1e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0534  periplasmic solute binding protein  25.17 
 
 		 293 aa  108  2e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0928  periplasmic solute binding protein  27.84 
 
 		 305 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.664518  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1724  periplasmic solute binding protein  27.24 
 
 		 309 aa  107  3e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.147475  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2898  periplasmic solute binding protein  24.48 
 
 		 301 aa  107  4e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.910422  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0220  periplasmic solute binding protein  28.28 
 
 		 333 aa  106  6e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.732372  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4830  periplasmic solute binding protein  27.08 
 
 		 294 aa  106  7e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1341  ABC transporter substrate-binding protein  27.78 
 
 		 291 aa  106  8e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.328207 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3560  periplasmic solute binding protein  24.01 
 
 		 307 aa  104  3e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.24573 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1316  Mn transporter MntC  23.47 
 
 		 345 aa  104  3e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.832277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4709  periplasmic solute binding protein  28.52 
 
 		 321 aa  104  3e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.150845 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0328  periplasmic solute binding protein  26.55 
 
 		 323 aa  104  3e-21  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2656  periplasmic solute binding protein  25 
 
 		 301 aa  103  4e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.149358 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3392  periplasmic solute binding protein  26.71 
 
 		 320 aa  103  4e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00563427  normal  0.0658085 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3101  periplasmic solute binding protein  25.35 
 
 		 309 aa  103  6e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal  0.191751 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2875  periplasmic solute binding protein  25.35 
 
 		 309 aa  103  7e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.279263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1597  periplasmic solute binding protein  26.95 
 
 		 309 aa  102  1e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0467055 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2227  periplasmic solute binding protein  29.47 
 
 		 327 aa  102  1e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.82387 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1794  hypothetical protein  28.57 
 
 		 311 aa  102  1e-20  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2998  periplasmic solute binding protein  26.62 
 
 		 328 aa  102  1e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000688581  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3553  periplasmic solute binding protein  27.55 
 
 		 306 aa  102  2e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00157548  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0625  periplasmic solute binding protein  31.38 
 
 		 321 aa  101  3e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0313744  normal  0.289666 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0688  periplasmic solute binding protein  25.91 
 
 		 314 aa  100  3e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000152738  normal  0.0354959 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2853  periplasmic solute binding protein  27.34 
 
 		 321 aa  100  4e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0916  periplasmic solute binding protein  26.57 
 
 		 307 aa  99  1e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.357489  normal  0.451592 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0953  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  25.17 
 
 		 313 aa  99  1e-19  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1397  periplasmic solute binding protein  25 
 
 		 299 aa  99  1e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.682117  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5758  periplasmic solute binding protein  25.34 
 
 		 319 aa  98.2  2e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0625952  normal  0.457372 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3070  periplasmic solute binding protein  25.5 
 
 		 315 aa  97.8  3e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000101463  hitchhiker  0.00347584 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2043  periplasmic solute binding protein  24.04 
 
 		 353 aa  96.7  6e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000010108  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02035  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  31.84 
 
 		 303 aa  96.7  7e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1533  manganese ABC transporter, manganese-binding adhesion liprotein  23.89 
 
 		 308 aa  95.9  1e-18  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000021133  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0030  periplasmic solute binding protein  24.16 
 
 		 313 aa  95.9  1e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3426  periplasmic solute binding protein  25.48 
 
 		 313 aa  95.9  1e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.525736  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4030  periplasmic solute binding protein  27.49 
 
 		 305 aa  94  4e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0298524  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0224  periplasmic solute binding protein  26.98 
 
 		 368 aa  93.2  8e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5591  periplasmic solute binding protein  22.1 
 
 		 339 aa  92.4  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.462365  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0222  periplasmic solute binding protein  25.59 
 
 		 306 aa  92.4  1e-17  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0722  AfeA  25.42 
 
 		 290 aa  92.4  1e-17  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.738909  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3402  periplasmic solute binding protein  26.26 
 
 		 305 aa  91.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.832439 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0654  periplasmic solute binding protein  23.96 
 
 		 309 aa  90.5  4e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00869057  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0669  periplasmic solute binding protein  23.96 
 
 		 309 aa  90.5  4e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.041189  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3282  periplasmic solute binding protein  28.65 
 
 		 311 aa  90.1  6e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03390  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  26.41 
 
 		 319 aa  90.1  7e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.563003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1258  periplasmic solute binding protein  27.43 
 
 		 494 aa  89.7  7e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00438687  decreased coverage  0.000164305 
 
 
-
 
NC_002620  TC0338  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  22.05 
 
 		 326 aa  89  1e-16  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.166194  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0701  periplasmic solute binding protein  31.58 
 
 		 313 aa  89  1e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.000000000705514  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1591  periplasmic solute binding protein  27.43 
 
 		 497 aa  89.4  1e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3262  periplasmic solute binding protein  27.05 
 
 		 341 aa  88.2  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000710757  normal  0.410992 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1278  periplasmic solute binding protein  22.63 
 
 		 315 aa  88.6  2e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>