More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_1258 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_1258  periplasmic solute binding protein  100 
 
 		 494 aa  999    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00438687  decreased coverage  0.000164305 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1591  periplasmic solute binding protein  81.64 
 
 		 497 aa  767    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2043  periplasmic solute binding protein  47.34 
 
 		 353 aa  177  3e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000010108  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3426  periplasmic solute binding protein  44.98 
 
 		 313 aa  171  2e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.525736  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4557  periplasmic solute binding protein  44.92 
 
 		 304 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.667309  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4830  periplasmic solute binding protein  44.83 
 
 		 294 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2227  periplasmic solute binding protein  44.57 
 
 		 327 aa  166  1.0000000000000001e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.82387 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1164  periplasmic solute binding protein  47.64 
 
 		 321 aa  165  2.0000000000000002e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.231796 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0928  periplasmic solute binding protein  44.09 
 
 		 305 aa  162  2e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.664518  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2051  periplasmic solute binding protein  37.98 
 
 		 303 aa  161  2e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0478383  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0534  periplasmic solute binding protein  43.68 
 
 		 293 aa  160  4e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0220  periplasmic solute binding protein  46.45 
 
 		 333 aa  159  8e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.732372  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2064  periplasmic solute binding protein  42.79 
 
 		 325 aa  159  9e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5737  periplasmic solute binding protein  38.2 
 
 		 302 aa  157  4e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3046  periplasmic solute binding protein  48 
 
 		 336 aa  156  6e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0205239  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2656  periplasmic solute binding protein  39.53 
 
 		 301 aa  157  6e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.149358 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2898  periplasmic solute binding protein  43.1 
 
 		 301 aa  156  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.910422  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0916  periplasmic solute binding protein  44.44 
 
 		 307 aa  154  5e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.357489  normal  0.451592 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3704  periplasmic solute binding protein  44.2 
 
 		 316 aa  153  5.9999999999999996e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.474771  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1142  periplasmic solute binding protein  37.38 
 
 		 307 aa  153  7e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.987303  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1532  periplasmic solute binding protein  42.47 
 
 		 346 aa  153  8e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.217537 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0350  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.13 
 
 		 315 aa  152  1e-35  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2998  periplasmic solute binding protein  40.86 
 
 		 328 aa  152  2e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000688581  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2483  periplasmic solute binding protein  39.02 
 
 		 317 aa  151  3e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2368  periplasmic solute binding protein  41.14 
 
 		 298 aa  150  6e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000358992  normal  0.572392 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3101  periplasmic solute binding protein  41.44 
 
 		 309 aa  149  8e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal  0.191751 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2875  periplasmic solute binding protein  41.44 
 
 		 309 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.279263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3625  periplasmic solute binding protein  39.51 
 
 		 326 aa  149  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2635  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  41.14 
 
 		 298 aa  147  3e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0828517  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7253  periplasmic solute binding protein  39.46 
 
 		 346 aa  145  1e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518447  normal  0.0520295 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0180  periplasmic solute binding protein  41.71 
 
 		 301 aa  146  1e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.946938  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1141  periplasmic solute binding protein  47.7 
 
 		 310 aa  145  2e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1062  ABC transporter substrate binding protein  37.14 
 
 		 298 aa  144  4e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0370  periplasmic solute binding protein  41.87 
 
 		 309 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1341  ABC transporter substrate-binding protein  44 
 
 		 291 aa  140  7e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.328207 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2998  periplasmic solute binding protein  42.77 
 
 		 311 aa  137  4e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0528665  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1215  periplasmic solute binding protein  37.12 
 
 		 309 aa  137  5e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2553  periplasmic solute binding protein  39.43 
 
 		 319 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4709  periplasmic solute binding protein  39.78 
 
 		 321 aa  134  3e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.150845 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3392  periplasmic solute binding protein  45.2 
 
 		 320 aa  134  3e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00563427  normal  0.0658085 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2176  periplasmic solute binding protein  42.29 
 
 		 320 aa  134  3e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5324  periplasmic solute binding protein  40.57 
 
 		 302 aa  134  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2856  periplasmic solute binding protein  44 
 
 		 325 aa  133  9e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3176  periplasmic solute binding protein  32.49 
 
 		 292 aa  132  1.0000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3532  periplasmic solute binding protein  36.36 
 
 		 292 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2472  periplasmic solute binding protein  37.7 
 
 		 311 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3218  periplasmic solute binding protein  37.36 
 
 		 371 aa  131  2.0000000000000002e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0863891  normal  0.580114 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0653  periplasmic solute binding protein  35.06 
 
 		 292 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2620  periplasmic solute binding protein  37.44 
 
 		 532 aa  131  3e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3698  periplasmic solute binding protein  37.22 
 
 		 300 aa  131  3e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3681  periplasmic solute binding protein  36.36 
 
 		 292 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1071  periplasmic solute binding protein  43.18 
 
 		 306 aa  130  5.0000000000000004e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0845  periplasmic solute binding protein  43.3 
 
 		 289 aa  130  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0688938 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0703  periplasmic solute binding protein  36.78 
 
 		 292 aa  129  8.000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.326839  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1972  periplasmic solute binding protein  35.56 
 
 		 303 aa  129  9.000000000000001e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0843  periplasmic solute-binding protein  36.21 
 
 		 344 aa  129  1.0000000000000001e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.620273  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5591  periplasmic solute binding protein  43.75 
 
 		 339 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.462365  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2380  periplasmic solute binding protein  37.63 
 
 		 514 aa  128  2.0000000000000002e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0133662 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3624  periplasmic solute binding protein  40.22 
 
 		 303 aa  128  3e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2033  periplasmic solute binding protein  35.96 
 
 		 532 aa  127  3e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.479216  normal  0.395219 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3553  periplasmic solute binding protein  40.64 
 
 		 306 aa  127  4.0000000000000003e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00157548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1601  periplasmic solute binding protein  38.51 
 
 		 325 aa  127  5e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.298891  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1312  periplasmic solute binding protein  37.57 
 
 		 306 aa  127  5e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1470  periplasmic solute binding protein  39.56 
 
 		 298 aa  127  6e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0700113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5108  periplasmic solute binding protein  41.48 
 
 		 212 aa  126  7e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0829709  normal  0.108422 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3262  periplasmic solute binding protein  35.39 
 
 		 341 aa  126  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000710757  normal  0.410992 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0678  periplasmic solute binding protein  38.86 
 
 		 299 aa  125  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0630556 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1123  periplasmic solute binding protein  32.68 
 
 		 292 aa  125  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000244311  unclonable  0.0000000116493 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4723  periplasmic solute binding protein  40.91 
 
 		 208 aa  124  3e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.796516  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4809  periplasmic solute binding protein  40.91 
 
 		 212 aa  124  3e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.556345 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0623  periplasmic solute binding protein  39.43 
 
 		 299 aa  124  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.917925 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0953  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  33.71 
 
 		 313 aa  124  4e-27  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2211  periplasmic solute binding protein  35.56 
 
 		 304 aa  124  5e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00443052  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1919  periplasmic solute binding protein  35 
 
 		 304 aa  124  6e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00461225  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1999  periplasmic solute binding protein  36.36 
 
 		 292 aa  123  8e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.870733  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1238  anchored repeat ABC transporter, substrate-binding protein  35.35 
 
 		 571 aa  123  9e-27  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000243739 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1597  periplasmic solute binding protein  37.02 
 
 		 309 aa  122  9.999999999999999e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0467055 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5661  periplasmic solute binding protein  36.57 
 
 		 291 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1207  periplasmic solute binding protein  36.46 
 
 		 324 aa  121  3e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.773922  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2141  periplasmic solute binding protein  35.18 
 
 		 315 aa  121  3.9999999999999996e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3728  periplasmic solute binding protein  37.5 
 
 		 303 aa  120  4.9999999999999996e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2914  periplasmic solute binding protein  37.14 
 
 		 301 aa  120  4.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2805  periplasmic solute binding protein  34.09 
 
 		 326 aa  120  6e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4768  periplasmic solute binding protein  35.29 
 
 		 509 aa  118  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.474869  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2784  periplasmic solute binding protein  33.82 
 
 		 301 aa  118  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199172  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3452  periplasmic solute binding protein  35.36 
 
 		 310 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.593558  normal  0.669669 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0822  periplasmic solute binding protein  33.33 
 
 		 356 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000237297  normal  0.0439411 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1232  periplasmic solute binding protein  36.42 
 
 		 347 aa  117  6e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3170  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  34.09 
 
 		 304 aa  117  6e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.857236  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3980  periplasmic solute binding protein  34.48 
 
 		 354 aa  116  7.999999999999999e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.749936 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3227  periplasmic solute binding protein  37.7 
 
 		 312 aa  116  7.999999999999999e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0202963  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1311  iron chelate ABC transporter, periplasmic iron chelate-binding protein  33.15 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1612  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  33.52 
 
 		 294 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0432091  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1663  putative ABC transporter substrate-binding protein  38.73 
 
 		 311 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.315809  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1316  Mn transporter MntC  34.48 
 
 		 345 aa  115  2.0000000000000002e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.832277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0328  chelated iron ABC transporter, periplasmic-binding protein  33.71 
 
 		 286 aa  115  2.0000000000000002e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000651268  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0037  ABC transporter substrate-binding protein  32.04 
 
 		 321 aa  114  3e-24  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3500  periplasmic solute binding protein  42.77 
 
 		 312 aa  115  3e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.639001  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0084  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  33.52 
 
 		 304 aa  115  3e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.224306  hitchhiker  0.0000000789185 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04310  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  35.39 
 
 		 349 aa  114  4.0000000000000004e-24  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>