More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2784 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2784  periplasmic solute binding protein  100 
 
 		 301 aa  596  1e-169  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199172  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3560  periplasmic solute binding protein  53.66 
 
 		 307 aa  307  1.0000000000000001e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.24573 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3101  periplasmic solute binding protein  53.79 
 
 		 309 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal  0.191751 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2875  periplasmic solute binding protein  54.84 
 
 		 309 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.279263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2656  periplasmic solute binding protein  54.74 
 
 		 301 aa  298  6e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.149358 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4830  periplasmic solute binding protein  51.7 
 
 		 294 aa  291  7e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2998  periplasmic solute binding protein  52.12 
 
 		 311 aa  289  4e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0528665  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5737  periplasmic solute binding protein  50 
 
 		 302 aa  285  5e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0928  periplasmic solute binding protein  49.5 
 
 		 305 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.664518  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2898  periplasmic solute binding protein  50.55 
 
 		 301 aa  281  7.000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.910422  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5591  periplasmic solute binding protein  55.91 
 
 		 339 aa  281  1e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.462365  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3176  periplasmic solute binding protein  47.72 
 
 		 292 aa  281  1e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3704  periplasmic solute binding protein  49.48 
 
 		 316 aa  280  2e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.474771  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0845  periplasmic solute binding protein  51.39 
 
 		 289 aa  279  4e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0688938 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0653  periplasmic solute binding protein  48.15 
 
 		 292 aa  279  5e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0916  periplasmic solute binding protein  51.96 
 
 		 307 aa  277  1e-73  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.357489  normal  0.451592 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0703  periplasmic solute binding protein  48.52 
 
 		 292 aa  276  2e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.326839  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5661  periplasmic solute binding protein  47.22 
 
 		 291 aa  275  7e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3426  periplasmic solute binding protein  48.2 
 
 		 313 aa  275  8e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.525736  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4557  periplasmic solute binding protein  49.83 
 
 		 304 aa  275  9e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.667309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1142  periplasmic solute binding protein  50.35 
 
 		 307 aa  271  1e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.987303  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3681  periplasmic solute binding protein  47.1 
 
 		 292 aa  270  2e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3532  periplasmic solute binding protein  46.76 
 
 		 292 aa  270  2e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2051  periplasmic solute binding protein  44.11 
 
 		 303 aa  269  5e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0478383  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1972  periplasmic solute binding protein  41.28 
 
 		 303 aa  268  7e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1341  ABC transporter substrate-binding protein  49.48 
 
 		 291 aa  265  5e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.328207 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0220  periplasmic solute binding protein  45.34 
 
 		 333 aa  265  8.999999999999999e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.732372  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1062  ABC transporter substrate binding protein  46.21 
 
 		 298 aa  263  2e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2635  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  47.78 
 
 		 298 aa  263  3e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0828517  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4709  periplasmic solute binding protein  46.58 
 
 		 321 aa  263  3e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.150845 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1123  periplasmic solute binding protein  45.99 
 
 		 292 aa  261  8e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000244311  unclonable  0.0000000116493 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3392  periplasmic solute binding protein  50.83 
 
 		 320 aa  258  7e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00563427  normal  0.0658085 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2227  periplasmic solute binding protein  46.08 
 
 		 327 aa  258  1e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.82387 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2368  periplasmic solute binding protein  47.04 
 
 		 298 aa  255  5e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000358992  normal  0.572392 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0678  periplasmic solute binding protein  43.77 
 
 		 299 aa  247  1e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0630556 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0623  periplasmic solute binding protein  43.54 
 
 		 299 aa  246  3e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.917925 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2472  periplasmic solute binding protein  43.23 
 
 		 311 aa  244  9.999999999999999e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0180  periplasmic solute binding protein  43.33 
 
 		 301 aa  244  1.9999999999999999e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.946938  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3500  periplasmic solute binding protein  50.71 
 
 		 312 aa  243  3e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.639001  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1597  periplasmic solute binding protein  45.99 
 
 		 309 aa  232  6e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0467055 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1312  periplasmic solute binding protein  44.28 
 
 		 306 aa  231  1e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0350  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.11 
 
 		 315 aa  226  3e-58  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4030  periplasmic solute binding protein  38.08 
 
 		 305 aa  192  4e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0298524  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3634  periplasmic solute binding protein  31.65 
 
 		 311 aa  188  1e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3218  periplasmic solute binding protein  32.6 
 
 		 371 aa  183  3e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0863891  normal  0.580114 
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0036  adhesion lipoprotein  31.31 
 
 		 311 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0129637  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0843  periplasmic solute-binding protein  31.87 
 
 		 344 aa  178  8e-44  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.620273  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7253  periplasmic solute binding protein  35.92 
 
 		 346 aa  178  1e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518447  normal  0.0520295 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3728  periplasmic solute binding protein  34.32 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2964  adhesion lipoprotein  30.64 
 
 		 311 aa  176  6e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00274739  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3189  adhesion lipoprotein  30.64 
 
 		 311 aa  176  6e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0370  periplasmic solute binding protein  39.63 
 
 		 309 aa  175  8e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2067  manganese ABC transporter substrate-binding lipoprotein  30.64 
 
 		 311 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0534  periplasmic solute binding protein  34.94 
 
 		 293 aa  174  1.9999999999999998e-42  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1397  periplasmic solute binding protein  30.1 
 
 		 299 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.682117  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2575  Mn transporter MntC  31.39 
 
 		 313 aa  171  1e-41  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1601  periplasmic solute binding protein  31.14 
 
 		 325 aa  170  2e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.298891  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2853  periplasmic solute binding protein  35.99 
 
 		 321 aa  171  2e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3624  periplasmic solute binding protein  33.89 
 
 		 303 aa  169  4e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0030  periplasmic solute binding protein  34.42 
 
 		 313 aa  169  4e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1278  periplasmic solute binding protein  40.39 
 
 		 315 aa  168  1e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0953  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  29.71 
 
 		 313 aa  166  2.9999999999999998e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02035  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  33.21 
 
 		 303 aa  166  2.9999999999999998e-40  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2483  periplasmic solute binding protein  30.15 
 
 		 317 aa  166  4e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2998  periplasmic solute binding protein  31.76 
 
 		 328 aa  166  5.9999999999999996e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000688581  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3402  periplasmic solute binding protein  34.62 
 
 		 305 aa  165  6.9999999999999995e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.832439 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3625  periplasmic solute binding protein  30.15 
 
 		 326 aa  164  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3452  periplasmic solute binding protein  31.62 
 
 		 310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.593558  normal  0.669669 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1919  periplasmic solute binding protein  30.69 
 
 		 304 aa  163  3e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00461225  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2553  periplasmic solute binding protein  30.48 
 
 		 319 aa  162  5.0000000000000005e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2149  periplasmic solute binding protein  30.43 
 
 		 300 aa  162  6e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1532  periplasmic solute binding protein  33.56 
 
 		 346 aa  162  7e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.217537 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0625  periplasmic solute binding protein  35.34 
 
 		 321 aa  162  8.000000000000001e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0313744  normal  0.289666 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2563  periplasmic solute binding protein  35 
 
 		 297 aa  161  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.581296  normal  0.97543 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2211  periplasmic solute binding protein  31.02 
 
 		 304 aa  161  1e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00443052  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0773  periplasmic solute binding protein  29.79 
 
 		 335 aa  161  1e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0904  ABC Mn+2/Fe+2 transporter, periplasmic substrate-binding protein SitA  35 
 
 		 297 aa  160  2e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.785043  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2064  periplasmic solute binding protein  32.04 
 
 		 325 aa  160  3e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2025  Mn/Zn ABC transporter, substrate-binding protein  31.32 
 
 		 305 aa  160  3e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0800  periplasmic solute binding protein  29.79 
 
 		 335 aa  159  4e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.043708  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2176  periplasmic solute binding protein  34.8 
 
 		 320 aa  159  4e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1207  periplasmic solute binding protein  33.92 
 
 		 324 aa  159  5e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.773922  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0722  AfeA  30.43 
 
 		 290 aa  159  6e-38  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.738909  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1612  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  28.97 
 
 		 294 aa  159  7e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0432091  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2600  periplasmic solute binding protein  32.1 
 
 		 316 aa  159  8e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1724  periplasmic solute binding protein  37.41 
 
 		 309 aa  158  1e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.147475  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3170  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  28.62 
 
 		 304 aa  158  1e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.857236  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2080  periplasmic solute binding protein  33.9 
 
 		 316 aa  157  1e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.402173  normal  0.155389 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0328  periplasmic solute binding protein  32.2 
 
 		 323 aa  156  4e-37  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31330  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  32.85 
 
 		 305 aa  156  5.0000000000000005e-37  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0084  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  28.72 
 
 		 304 aa  155  6e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.224306  hitchhiker  0.0000000789185 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1533  manganese ABC transporter, manganese-binding adhesion liprotein  28.26 
 
 		 308 aa  155  7e-37  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000021133  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2914  periplasmic solute binding protein  32.5 
 
 		 301 aa  155  7e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1311  iron chelate ABC transporter, periplasmic iron chelate-binding protein  29.25 
 
 		 302 aa  155  9e-37  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0688  periplasmic solute binding protein  34.74 
 
 		 314 aa  155  1e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000152738  normal  0.0354959 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3014  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  30.3 
 
 		 305 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0700149 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3171  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  30.3 
 
 		 305 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.866924 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3066  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  30.3 
 
 		 305 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.354258  normal  0.0719754 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2983  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  30.3 
 
 		 305 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3050  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  30.3 
 
 		 305 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0195762 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>