More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_1142 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_1142  periplasmic solute binding protein  100 
 
 		 307 aa  624  1e-178  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.987303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2051  periplasmic solute binding protein  65.91 
 
 		 303 aa  421  1e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0478383  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3704  periplasmic solute binding protein  54.55 
 
 		 316 aa  307  1.0000000000000001e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.474771  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5737  periplasmic solute binding protein  50.91 
 
 		 302 aa  291  7e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2368  periplasmic solute binding protein  49.65 
 
 		 298 aa  290  2e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000358992  normal  0.572392 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4557  periplasmic solute binding protein  49.83 
 
 		 304 aa  288  9e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.667309  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2656  periplasmic solute binding protein  51.27 
 
 		 301 aa  287  1e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.149358 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3101  periplasmic solute binding protein  51.84 
 
 		 309 aa  288  1e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal  0.191751 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2227  periplasmic solute binding protein  48.15 
 
 		 327 aa  286  2.9999999999999996e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.82387 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2875  periplasmic solute binding protein  51.84 
 
 		 309 aa  286  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.279263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1972  periplasmic solute binding protein  43.55 
 
 		 303 aa  284  1.0000000000000001e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2635  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  49.29 
 
 		 298 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0828517  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3532  periplasmic solute binding protein  46.56 
 
 		 292 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2784  periplasmic solute binding protein  50.35 
 
 		 301 aa  282  4.0000000000000003e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199172  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3681  periplasmic solute binding protein  46.23 
 
 		 292 aa  280  3e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0928  periplasmic solute binding protein  45.33 
 
 		 305 aa  278  9e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.664518  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1123  periplasmic solute binding protein  48 
 
 		 292 aa  278  1e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000244311  unclonable  0.0000000116493 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3176  periplasmic solute binding protein  46.58 
 
 		 292 aa  277  2e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1062  ABC transporter substrate binding protein  46.79 
 
 		 298 aa  275  9e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3426  periplasmic solute binding protein  49.1 
 
 		 313 aa  274  1.0000000000000001e-72  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.525736  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2898  periplasmic solute binding protein  49.29 
 
 		 301 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.910422  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4709  periplasmic solute binding protein  48.63 
 
 		 321 aa  272  4.0000000000000004e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.150845 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4830  periplasmic solute binding protein  44.74 
 
 		 294 aa  271  9e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0703  periplasmic solute binding protein  47.5 
 
 		 292 aa  270  2e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.326839  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0653  periplasmic solute binding protein  46.43 
 
 		 292 aa  268  8.999999999999999e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2998  periplasmic solute binding protein  50.51 
 
 		 311 aa  266  2e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0528665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5661  periplasmic solute binding protein  47.52 
 
 		 291 aa  267  2e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3500  periplasmic solute binding protein  52.78 
 
 		 312 aa  267  2e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.639001  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3392  periplasmic solute binding protein  49.84 
 
 		 320 aa  265  5.999999999999999e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00563427  normal  0.0658085 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0916  periplasmic solute binding protein  48.21 
 
 		 307 aa  264  1e-69  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.357489  normal  0.451592 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1341  ABC transporter substrate-binding protein  45.9 
 
 		 291 aa  260  2e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.328207 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0220  periplasmic solute binding protein  44.94 
 
 		 333 aa  256  3e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.732372  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0623  periplasmic solute binding protein  46.49 
 
 		 299 aa  253  3e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.917925 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0678  periplasmic solute binding protein  46.82 
 
 		 299 aa  251  9.000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0630556 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0350  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  40.69 
 
 		 315 aa  251  2e-65  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5591  periplasmic solute binding protein  51.1 
 
 		 339 aa  249  5e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.462365  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0180  periplasmic solute binding protein  43.51 
 
 		 301 aa  248  1e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.946938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0845  periplasmic solute binding protein  48.96 
 
 		 289 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0688938 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1312  periplasmic solute binding protein  48.16 
 
 		 306 aa  242  5e-63  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2472  periplasmic solute binding protein  41.34 
 
 		 311 aa  236  3e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1597  periplasmic solute binding protein  43.77 
 
 		 309 aa  233  4.0000000000000004e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0467055 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3560  periplasmic solute binding protein  39.87 
 
 		 307 aa  232  7.000000000000001e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.24573 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0534  periplasmic solute binding protein  41.3 
 
 		 293 aa  221  1.9999999999999999e-56  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2043  periplasmic solute binding protein  38.72 
 
 		 353 aa  206  3e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000010108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2064  periplasmic solute binding protein  35.76 
 
 		 325 aa  202  5e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3624  periplasmic solute binding protein  35.65 
 
 		 303 aa  188  8e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3728  periplasmic solute binding protein  34.82 
 
 		 303 aa  188  8e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2998  periplasmic solute binding protein  32.93 
 
 		 328 aa  186  6e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000688581  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1215  periplasmic solute binding protein  38.99 
 
 		 309 aa  181  1e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1532  periplasmic solute binding protein  36.21 
 
 		 346 aa  180  2e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.217537 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3625  periplasmic solute binding protein  32.37 
 
 		 326 aa  180  2.9999999999999997e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0822  periplasmic solute binding protein  34.98 
 
 		 356 aa  179  4e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000237297  normal  0.0439411 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7253  periplasmic solute binding protein  34.15 
 
 		 346 aa  178  1e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518447  normal  0.0520295 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2483  periplasmic solute binding protein  32.05 
 
 		 317 aa  177  1e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3218  periplasmic solute binding protein  30.39 
 
 		 371 aa  175  8e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0863891  normal  0.580114 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1601  periplasmic solute binding protein  32.8 
 
 		 325 aa  174  9.999999999999999e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.298891  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2575  Mn transporter MntC  33.11 
 
 		 313 aa  172  5.999999999999999e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0843  periplasmic solute-binding protein  31.29 
 
 		 344 aa  170  3e-41  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.620273  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0800  periplasmic solute binding protein  33.65 
 
 		 335 aa  170  3e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.043708  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1316  Mn transporter MntC  30.98 
 
 		 345 aa  169  4e-41  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.832277  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1999  periplasmic solute binding protein  35.66 
 
 		 292 aa  169  6e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.870733  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0773  periplasmic solute binding protein  33.65 
 
 		 335 aa  169  7e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0953  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  31.72 
 
 		 313 aa  166  5e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1258  periplasmic solute binding protein  37.38 
 
 		 494 aa  164  1.0000000000000001e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00438687  decreased coverage  0.000164305 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3634  periplasmic solute binding protein  29.61 
 
 		 311 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2964  adhesion lipoprotein  30.19 
 
 		 311 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00274739  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3189  adhesion lipoprotein  30.19 
 
 		 311 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3170  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  30.43 
 
 		 304 aa  163  3e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.857236  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1488  ABC transporter substrate-binding protein  33.45 
 
 		 337 aa  163  3e-39  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.520647  normal  0.191838 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0370  periplasmic solute binding protein  35.16 
 
 		 309 aa  164  3e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3050  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  31.21 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0195762 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1111  periplasmic solute binding protein  31.25 
 
 		 303 aa  161  1e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2983  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  31.21 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0084  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  30.1 
 
 		 304 aa  161  1e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.224306  hitchhiker  0.0000000789185 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2067  manganese ABC transporter substrate-binding lipoprotein  29.22 
 
 		 311 aa  161  2e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3066  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  30.87 
 
 		 305 aa  160  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.354258  normal  0.0719754 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3171  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  30.87 
 
 		 305 aa  160  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.866924 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3014  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  30.87 
 
 		 305 aa  160  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0700149 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2176  periplasmic solute binding protein  33.57 
 
 		 320 aa  160  3e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0036  adhesion lipoprotein  29.22 
 
 		 311 aa  160  4e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0129637  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2553  periplasmic solute binding protein  31.05 
 
 		 319 aa  159  5e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1533  manganese ABC transporter, manganese-binding adhesion liprotein  29.93 
 
 		 308 aa  158  9e-38  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000021133  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1612  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  29.63 
 
 		 294 aa  158  9e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0432091  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3980  periplasmic solute binding protein  30.42 
 
 		 354 aa  158  1e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.749936 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1919  periplasmic solute binding protein  29.9 
 
 		 304 aa  157  2e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00461225  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4030  periplasmic solute binding protein  34.72 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0298524  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1591  periplasmic solute binding protein  40.56 
 
 		 497 aa  157  2e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2149  periplasmic solute binding protein  32.46 
 
 		 300 aa  156  4e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3262  periplasmic solute binding protein  29.93 
 
 		 341 aa  156  5.0000000000000005e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000710757  normal  0.410992 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18691  ABC transporter substrate-binding protein  32.97 
 
 		 287 aa  155  6e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.349553 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0722  AfeA  30.74 
 
 		 290 aa  155  9e-37  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.738909  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2600  periplasmic solute binding protein  31.65 
 
 		 316 aa  155  1e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1724  periplasmic solute binding protein  32.23 
 
 		 309 aa  155  1e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.147475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0037  ABC transporter substrate-binding protein  31.05 
 
 		 321 aa  154  2e-36  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1207  periplasmic solute binding protein  32.38 
 
 		 324 aa  154  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.773922  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06571  ABC transporter substrate-binding protein  30.8 
 
 		 321 aa  154  2e-36  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.140221  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2211  periplasmic solute binding protein  29.18 
 
 		 304 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00443052  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1259  periplasmic solute binding protein  31.25 
 
 		 301 aa  153  2.9999999999999998e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1010  ABC transporter substrate-binding protein  34.06 
 
 		 310 aa  153  4e-36  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.172647  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3402  periplasmic solute binding protein  30.1 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.832439 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>