More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I1972 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I1972  periplasmic solute binding protein  100 
 
 		 303 aa  624  1e-178  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3704  periplasmic solute binding protein  50 
 
 		 316 aa  315  4e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.474771  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5737  periplasmic solute binding protein  50.17 
 
 		 302 aa  311  5.999999999999999e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0928  periplasmic solute binding protein  50.84 
 
 		 305 aa  310  2e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.664518  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4557  periplasmic solute binding protein  49.34 
 
 		 304 aa  306  4.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.667309  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4709  periplasmic solute binding protein  52.92 
 
 		 321 aa  304  1.0000000000000001e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.150845 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3101  periplasmic solute binding protein  48.48 
 
 		 309 aa  296  3e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal  0.191751 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2875  periplasmic solute binding protein  48.15 
 
 		 309 aa  294  1e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.279263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5661  periplasmic solute binding protein  47.78 
 
 		 291 aa  286  2e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4830  periplasmic solute binding protein  48.11 
 
 		 294 aa  287  2e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2656  periplasmic solute binding protein  45.88 
 
 		 301 aa  287  2e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.149358 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2898  periplasmic solute binding protein  46.48 
 
 		 301 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.910422  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1341  ABC transporter substrate-binding protein  48.15 
 
 		 291 aa  279  3e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.328207 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3176  periplasmic solute binding protein  44.56 
 
 		 292 aa  278  7e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2998  periplasmic solute binding protein  47.78 
 
 		 311 aa  277  1e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0528665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0350  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  46.9 
 
 		 315 aa  277  2e-73  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0916  periplasmic solute binding protein  47.14 
 
 		 307 aa  276  4e-73  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.357489  normal  0.451592 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2472  periplasmic solute binding protein  47.3 
 
 		 311 aa  275  7e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0653  periplasmic solute binding protein  46.43 
 
 		 292 aa  273  2.0000000000000002e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3426  periplasmic solute binding protein  45.91 
 
 		 313 aa  272  6e-72  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.525736  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0703  periplasmic solute binding protein  45 
 
 		 292 aa  269  5e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.326839  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1062  ABC transporter substrate binding protein  43.21 
 
 		 298 aa  268  7e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2784  periplasmic solute binding protein  41.28 
 
 		 301 aa  268  8e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199172  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1142  periplasmic solute binding protein  43.55 
 
 		 307 aa  268  8e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.987303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0220  periplasmic solute binding protein  41.01 
 
 		 333 aa  267  1e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.732372  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3532  periplasmic solute binding protein  44.59 
 
 		 292 aa  265  5e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0845  periplasmic solute binding protein  46.49 
 
 		 289 aa  265  8.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0688938 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2051  periplasmic solute binding protein  42.11 
 
 		 303 aa  264  1e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0478383  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3681  periplasmic solute binding protein  45.12 
 
 		 292 aa  262  6e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5591  periplasmic solute binding protein  47.18 
 
 		 339 aa  261  6.999999999999999e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.462365  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0180  periplasmic solute binding protein  42.76 
 
 		 301 aa  259  3e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.946938  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2635  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  42.86 
 
 		 298 aa  259  3e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0828517  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2368  periplasmic solute binding protein  43.57 
 
 		 298 aa  259  3e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000358992  normal  0.572392 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1123  periplasmic solute binding protein  43.77 
 
 		 292 aa  258  1e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000244311  unclonable  0.0000000116493 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3392  periplasmic solute binding protein  42.96 
 
 		 320 aa  254  1.0000000000000001e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00563427  normal  0.0658085 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1597  periplasmic solute binding protein  42.28 
 
 		 309 aa  254  2.0000000000000002e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0467055 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0678  periplasmic solute binding protein  43.39 
 
 		 299 aa  251  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0630556 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0623  periplasmic solute binding protein  43.39 
 
 		 299 aa  250  3e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.917925 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2227  periplasmic solute binding protein  39.5 
 
 		 327 aa  239  4e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.82387 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3500  periplasmic solute binding protein  44.13 
 
 		 312 aa  239  4e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.639001  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1312  periplasmic solute binding protein  42.75 
 
 		 306 aa  235  5.0000000000000005e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3560  periplasmic solute binding protein  39.07 
 
 		 307 aa  231  1e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.24573 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1919  periplasmic solute binding protein  35.47 
 
 		 304 aa  194  1e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00461225  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3170  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  34.01 
 
 		 304 aa  191  1e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.857236  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1612  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  33.56 
 
 		 294 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0432091  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2211  periplasmic solute binding protein  35.56 
 
 		 304 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00443052  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0084  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  32.88 
 
 		 304 aa  186  4e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.224306  hitchhiker  0.0000000789185 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31330  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  31.94 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2600  periplasmic solute binding protein  34.16 
 
 		 316 aa  182  7e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3634  periplasmic solute binding protein  31.37 
 
 		 311 aa  181  2e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3624  periplasmic solute binding protein  32.58 
 
 		 303 aa  181  2e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2983  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  32.67 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3050  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  32.67 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0195762 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3171  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  32.67 
 
 		 305 aa  179  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.866924 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3014  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  32.67 
 
 		 305 aa  179  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0700149 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3066  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  32.67 
 
 		 305 aa  179  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.354258  normal  0.0719754 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3728  periplasmic solute binding protein  32.57 
 
 		 303 aa  177  1e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2998  periplasmic solute binding protein  34.7 
 
 		 328 aa  178  1e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000688581  n/a   
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0036  adhesion lipoprotein  32.06 
 
 		 311 aa  177  2e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0129637  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7253  periplasmic solute binding protein  33.57 
 
 		 346 aa  177  2e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518447  normal  0.0520295 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1111  periplasmic solute binding protein  32.01 
 
 		 303 aa  177  3e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2964  adhesion lipoprotein  31.72 
 
 		 311 aa  176  4e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00274739  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3189  adhesion lipoprotein  31.72 
 
 		 311 aa  176  4e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2067  manganese ABC transporter substrate-binding lipoprotein  31.37 
 
 		 311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2064  periplasmic solute binding protein  34.19 
 
 		 325 aa  173  2.9999999999999996e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0030  periplasmic solute binding protein  33.01 
 
 		 313 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1815  periplasmic solute binding protein  33.01 
 
 		 322 aa  172  5e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.566125  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1705  chelated iron ABC transporter, periplasmic iron binding protein YfeA  32.68 
 
 		 311 aa  170  3e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2630  periplasmic-binding protein  32.68 
 
 		 322 aa  170  3e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00574815  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13190  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  30.39 
 
 		 320 aa  169  4e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0992578  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2133  periplasmic solute binding protein  32.52 
 
 		 314 aa  169  4e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.501771 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0328  chelated iron ABC transporter, periplasmic-binding protein  30.38 
 
 		 286 aa  170  4e-41  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000651268  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0625  periplasmic solute binding protein  32.97 
 
 		 321 aa  169  5e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0313744  normal  0.289666 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3280  periplasmic solute binding protein  30.13 
 
 		 326 aa  169  7e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.956978  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1724  periplasmic solute binding protein  33.57 
 
 		 309 aa  168  9e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.147475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3698  periplasmic solute binding protein  32.76 
 
 		 300 aa  167  1e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3262  periplasmic solute binding protein  30.18 
 
 		 341 aa  167  2e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000710757  normal  0.410992 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2149  periplasmic solute binding protein  32.26 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2043  periplasmic solute binding protein  32.78 
 
 		 353 aa  167  2e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000010108  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3452  periplasmic solute binding protein  30.82 
 
 		 310 aa  166  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.593558  normal  0.669669 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1207  periplasmic solute binding protein  31.1 
 
 		 324 aa  166  4e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.773922  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3402  periplasmic solute binding protein  31.88 
 
 		 305 aa  166  4e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.832439 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2176  periplasmic solute binding protein  30.9 
 
 		 320 aa  166  5.9999999999999996e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3371  periplasmic solute binding protein  32.12 
 
 		 307 aa  165  6.9999999999999995e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.131803 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3168  periplasmic solute binding protein  30.08 
 
 		 313 aa  165  9e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.601869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0282  periplasmic solute binding protein  30.58 
 
 		 346 aa  165  1.0000000000000001e-39  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000440667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2914  periplasmic solute binding protein  31.01 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1397  periplasmic solute binding protein  29.87 
 
 		 299 aa  162  9e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.682117  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3070  periplasmic solute binding protein  31.01 
 
 		 315 aa  161  1e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000101463  hitchhiker  0.00347584 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0037  ABC transporter substrate-binding protein  30.91 
 
 		 321 aa  160  2e-38  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06571  ABC transporter substrate-binding protein  31.02 
 
 		 321 aa  160  2e-38  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.140221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1659  metal ABC transporter substrate-binding lipoprotein  28.67 
 
 		 296 aa  159  4e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00160044 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3553  periplasmic solute binding protein  31.39 
 
 		 306 aa  159  4e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00157548  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1533  manganese ABC transporter, manganese-binding adhesion liprotein  28.97 
 
 		 308 aa  159  5e-38  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000021133  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1311  iron chelate ABC transporter, periplasmic iron chelate-binding protein  32.13 
 
 		 302 aa  159  5e-38  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1010  ABC transporter substrate-binding protein  31.52 
 
 		 310 aa  158  9e-38  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.172647  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4439  periplasmic solute binding protein  30.29 
 
 		 304 aa  158  9e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.977167  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1215  periplasmic solute binding protein  32.23 
 
 		 309 aa  158  1e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0904  ABC Mn+2/Fe+2 transporter, periplasmic substrate-binding protein SitA  29.55 
 
 		 297 aa  157  3e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.785043  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02035  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  31.25 
 
 		 303 aa  157  3e-37  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>