More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3402 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3402  periplasmic solute binding protein  100 
 
 		 305 aa  624  1e-178  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.832439 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2630  periplasmic-binding protein  70.1 
 
 		 322 aa  442  1e-123  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00574815  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1815  periplasmic solute binding protein  70.45 
 
 		 322 aa  444  1e-123  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.566125  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1705  chelated iron ABC transporter, periplasmic iron binding protein YfeA  70.1 
 
 		 311 aa  441  1e-123  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1919  periplasmic solute binding protein  71.63 
 
 		 304 aa  438  9.999999999999999e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00461225  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2133  periplasmic solute binding protein  76.81 
 
 		 314 aa  437  1e-121  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.501771 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2211  periplasmic solute binding protein  72.92 
 
 		 304 aa  431  1e-120  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00443052  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2600  periplasmic solute binding protein  72.39 
 
 		 316 aa  423  1e-117  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3452  periplasmic solute binding protein  65.67 
 
 		 310 aa  412  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.593558  normal  0.669669 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2914  periplasmic solute binding protein  67.23 
 
 		 301 aa  411  1e-114  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3050  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  65.54 
 
 		 305 aa  405  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0195762 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3014  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  65.54 
 
 		 305 aa  405  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0700149 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2983  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  65.54 
 
 		 305 aa  405  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3066  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  65.54 
 
 		 305 aa  405  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.354258  normal  0.0719754 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3171  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  65.54 
 
 		 305 aa  405  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.866924 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0328  chelated iron ABC transporter, periplasmic-binding protein  67.6 
 
 		 286 aa  407  1.0000000000000001e-112  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000651268  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3170  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  64.93 
 
 		 304 aa  402  1e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.857236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1111  periplasmic solute binding protein  65.65 
 
 		 303 aa  400  9.999999999999999e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0084  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  64.36 
 
 		 304 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.224306  hitchhiker  0.0000000789185 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1612  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  64.58 
 
 		 294 aa  399  9.999999999999999e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0432091  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1207  periplasmic solute binding protein  67.91 
 
 		 324 aa  394  1e-108  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.773922  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3698  periplasmic solute binding protein  64.19 
 
 		 300 aa  390  1e-107  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1311  iron chelate ABC transporter, periplasmic iron chelate-binding protein  61.94 
 
 		 302 aa  380  1e-104  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0904  ABC Mn+2/Fe+2 transporter, periplasmic substrate-binding protein SitA  60.07 
 
 		 297 aa  375  1e-103  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.785043  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2563  periplasmic solute binding protein  60.07 
 
 		 297 aa  374  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.581296  normal  0.97543 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2895  twin-arginine translocation pathway signal  65.17 
 
 		 310 aa  370  1e-101  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1659  metal ABC transporter substrate-binding lipoprotein  63.43 
 
 		 296 aa  366  1e-100  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00160044 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0249  periplasmic solute binding protein  63.43 
 
 		 299 aa  362  3e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.746971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3262  periplasmic solute binding protein  60.9 
 
 		 341 aa  359  4e-98  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000710757  normal  0.410992 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1259  periplasmic solute binding protein  60.14 
 
 		 301 aa  350  1e-95  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0037  ABC transporter substrate-binding protein  51.03 
 
 		 321 aa  311  9e-84  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1663  putative ABC transporter substrate-binding protein  54 
 
 		 311 aa  310  2e-83  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.315809  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06571  ABC transporter substrate-binding protein  51.03 
 
 		 321 aa  308  5.9999999999999995e-83  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.140221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3280  periplasmic solute binding protein  52.19 
 
 		 326 aa  303  3.0000000000000004e-81  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.956978  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0722  AfeA  48.34 
 
 		 290 aa  296  2e-79  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.738909  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31330  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  50.83 
 
 		 305 aa  296  4e-79  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3168  periplasmic solute binding protein  49.83 
 
 		 313 aa  292  6e-78  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.601869  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2141  periplasmic solute binding protein  50.52 
 
 		 315 aa  289  4e-77  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1010  ABC transporter substrate-binding protein  50.56 
 
 		 310 aa  284  1.0000000000000001e-75  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.172647  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3371  periplasmic solute binding protein  52.75 
 
 		 307 aa  284  2.0000000000000002e-75  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.131803 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10491  ABC transporter substrate-binding protein  45.21 
 
 		 320 aa  281  9e-75  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.232212  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0282  periplasmic solute binding protein  51.1 
 
 		 346 aa  281  9e-75  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000440667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18691  ABC transporter substrate-binding protein  49.07 
 
 		 287 aa  280  2e-74  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.349553 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1488  ABC transporter substrate-binding protein  49.81 
 
 		 337 aa  276  3e-73  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.520647  normal  0.191838 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13190  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  47.32 
 
 		 320 aa  268  1e-70  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0992578  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1388  periplasmic solute binding protein  49.82 
 
 		 312 aa  254  2.0000000000000002e-66  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.156852  normal  0.503002 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0297  periplasmic solute binding protein  45.52 
 
 		 316 aa  251  1e-65  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0234277  normal  0.0497295 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06271  ABC transporter substrate-binding protein  43.23 
 
 		 302 aa  248  7e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0601  ABC transporter substrate-binding protein  39.6 
 
 		 302 aa  245  6.999999999999999e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.498334  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06661  ABC transporter substrate-binding protein  42.7 
 
 		 300 aa  243  3e-63  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.391111  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06571  ABC transporter substrate-binding protein  42.48 
 
 		 299 aa  242  5e-63  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.351556  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4439  periplasmic solute binding protein  47.37 
 
 		 304 aa  237  2e-61  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.977167  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2067  manganese ABC transporter substrate-binding lipoprotein  35.14 
 
 		 311 aa  233  3e-60  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0036  adhesion lipoprotein  35.14 
 
 		 311 aa  233  4.0000000000000004e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0129637  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2964  adhesion lipoprotein  35.14 
 
 		 311 aa  232  7.000000000000001e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00274739  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3189  adhesion lipoprotein  35.14 
 
 		 311 aa  232  7.000000000000001e-60  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3634  periplasmic solute binding protein  34.46 
 
 		 311 aa  226  3e-58  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2176  periplasmic solute binding protein  40.22 
 
 		 320 aa  207  2e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0953  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  34.3 
 
 		 313 aa  199  3.9999999999999996e-50  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1041  periplasmic solute binding protein  37.85 
 
 		 303 aa  198  9e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203742 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0928  periplasmic solute binding protein  36.67 
 
 		 305 aa  192  5e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.664518  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1533  manganese ABC transporter, manganese-binding adhesion liprotein  32 
 
 		 308 aa  191  1e-47  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000021133  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5737  periplasmic solute binding protein  35.96 
 
 		 302 aa  191  2e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2656  periplasmic solute binding protein  36.5 
 
 		 301 aa  185  7e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.149358 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2875  periplasmic solute binding protein  35.69 
 
 		 309 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.279263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0669  periplasmic solute binding protein  29.97 
 
 		 309 aa  184  2.0000000000000003e-45  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.041189  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4557  periplasmic solute binding protein  36.67 
 
 		 304 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.667309  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0654  periplasmic solute binding protein  29.97 
 
 		 309 aa  184  2.0000000000000003e-45  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00869057  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4830  periplasmic solute binding protein  35.23 
 
 		 294 aa  183  3e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3101  periplasmic solute binding protein  35.37 
 
 		 309 aa  182  8.000000000000001e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal  0.191751 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2898  periplasmic solute binding protein  35.27 
 
 		 301 aa  179  4e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.910422  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3426  periplasmic solute binding protein  34.71 
 
 		 313 aa  179  4e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.525736  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0180  periplasmic solute binding protein  34.11 
 
 		 301 aa  179  4e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.946938  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0290  ABC transporter, substrate-binding protein  29.17 
 
 		 309 aa  176  6e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1341  ABC transporter substrate-binding protein  37.28 
 
 		 291 aa  175  7e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.328207 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2998  periplasmic solute binding protein  35.43 
 
 		 311 aa  175  8e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0528665  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2805  periplasmic solute binding protein  36.23 
 
 		 326 aa  174  9.999999999999999e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0916  periplasmic solute binding protein  36.49 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.357489  normal  0.451592 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0350  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.9 
 
 		 315 aa  171  1e-41  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5591  periplasmic solute binding protein  37.13 
 
 		 339 aa  170  3e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.462365  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0845  periplasmic solute binding protein  36.93 
 
 		 289 aa  169  5e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0688938 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1972  periplasmic solute binding protein  31.4 
 
 		 303 aa  169  8e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2784  periplasmic solute binding protein  34.9 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199172  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3681  periplasmic solute binding protein  33.45 
 
 		 292 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3728  periplasmic solute binding protein  35.64 
 
 		 303 aa  166  5.9999999999999996e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1601  periplasmic solute binding protein  30.94 
 
 		 325 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.298891  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3624  periplasmic solute binding protein  34.48 
 
 		 303 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3532  periplasmic solute binding protein  33.1 
 
 		 292 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5661  periplasmic solute binding protein  33.68 
 
 		 291 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3176  periplasmic solute binding protein  31.47 
 
 		 292 aa  163  4.0000000000000004e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2368  periplasmic solute binding protein  35.29 
 
 		 298 aa  162  6e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000358992  normal  0.572392 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0843  periplasmic solute-binding protein  33.46 
 
 		 344 aa  162  7e-39  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.620273  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4709  periplasmic solute binding protein  33.92 
 
 		 321 aa  162  7e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.150845 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2472  periplasmic solute binding protein  31.89 
 
 		 311 aa  160  2e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3560  periplasmic solute binding protein  33.88 
 
 		 307 aa  160  3e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.24573 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1062  ABC transporter substrate binding protein  30.88 
 
 		 298 aa  158  1e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3553  periplasmic solute binding protein  31.97 
 
 		 306 aa  156  4e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00157548  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2635  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  34.19 
 
 		 298 aa  155  6e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0828517  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3704  periplasmic solute binding protein  30.74 
 
 		 316 aa  155  6e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.474771  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2553  periplasmic solute binding protein  32.72 
 
 		 319 aa  155  1e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>