More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1238 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1238  anchored repeat ABC transporter, substrate-binding protein  100 
 
 		 571 aa  1181    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000243739 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2620  periplasmic solute binding protein  48.06 
 
 		 532 aa  513  1e-144  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2033  periplasmic solute binding protein  48.04 
 
 		 532 aa  488  1e-137  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.479216  normal  0.395219 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4768  periplasmic solute binding protein  43.45 
 
 		 509 aa  428  1e-118  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.474869  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2380  periplasmic solute binding protein  41.55 
 
 		 514 aa  397  1e-109  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0133662 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1141  periplasmic solute binding protein  42.11 
 
 		 310 aa  130  1.0000000000000001e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4830  periplasmic solute binding protein  38.89 
 
 		 294 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1258  periplasmic solute binding protein  35.35 
 
 		 494 aa  124  6e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00438687  decreased coverage  0.000164305 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2553  periplasmic solute binding protein  34.09 
 
 		 319 aa  123  7e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2227  periplasmic solute binding protein  36.36 
 
 		 327 aa  122  9.999999999999999e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.82387 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1601  periplasmic solute binding protein  34.29 
 
 		 325 aa  120  7.999999999999999e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.298891  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0220  periplasmic solute binding protein  36.31 
 
 		 333 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.732372  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2368  periplasmic solute binding protein  36.57 
 
 		 298 aa  117  5e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000358992  normal  0.572392 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2635  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  35.43 
 
 		 298 aa  114  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0828517  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3426  periplasmic solute binding protein  38.8 
 
 		 313 aa  115  3e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.525736  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2898  periplasmic solute binding protein  37.71 
 
 		 301 aa  114  5e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.910422  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1999  periplasmic solute binding protein  34.09 
 
 		 292 aa  114  5e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.870733  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1591  periplasmic solute binding protein  32.67 
 
 		 497 aa  114  6e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2575  Mn transporter MntC  31.43 
 
 		 313 aa  114  6e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2483  periplasmic solute binding protein  33.14 
 
 		 317 aa  113  7.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0350  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.28 
 
 		 315 aa  114  7.000000000000001e-24  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3101  periplasmic solute binding protein  39.44 
 
 		 309 aa  113  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal  0.191751 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3625  periplasmic solute binding protein  32.57 
 
 		 326 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2875  periplasmic solute binding protein  39.44 
 
 		 309 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.279263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5758  periplasmic solute binding protein  36.31 
 
 		 319 aa  112  2.0000000000000002e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0625952  normal  0.457372 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1972  periplasmic solute binding protein  32.78 
 
 		 303 aa  112  2.0000000000000002e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2656  periplasmic solute binding protein  35.91 
 
 		 301 aa  111  3e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.149358 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3046  periplasmic solute binding protein  35.47 
 
 		 336 aa  111  3e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0205239  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3704  periplasmic solute binding protein  36.16 
 
 		 316 aa  111  3e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.474771  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5737  periplasmic solute binding protein  34.1 
 
 		 302 aa  111  3e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4557  periplasmic solute binding protein  36.81 
 
 		 304 aa  110  5e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.667309  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0916  periplasmic solute binding protein  37.57 
 
 		 307 aa  109  1e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.357489  normal  0.451592 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1470  periplasmic solute binding protein  32.39 
 
 		 298 aa  109  1e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0700113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3218  periplasmic solute binding protein  31.43 
 
 		 371 aa  109  1e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0863891  normal  0.580114 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0843  periplasmic solute-binding protein  32.57 
 
 		 344 aa  109  1e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.620273  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2998  periplasmic solute binding protein  30.73 
 
 		 328 aa  108  2e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000688581  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0703  periplasmic solute binding protein  34.48 
 
 		 292 aa  108  3e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.326839  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0653  periplasmic solute binding protein  34.48 
 
 		 292 aa  107  5e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4709  periplasmic solute binding protein  37.43 
 
 		 321 aa  107  5e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.150845 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0928  periplasmic solute binding protein  34.81 
 
 		 305 aa  107  7e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.664518  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3634  periplasmic solute binding protein  30.98 
 
 		 311 aa  107  8e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1278  periplasmic solute binding protein  32.78 
 
 		 315 aa  107  8e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2064  periplasmic solute binding protein  32.4 
 
 		 325 aa  106  1e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1164  periplasmic solute binding protein  31.67 
 
 		 321 aa  105  2e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.231796 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3392  periplasmic solute binding protein  40.12 
 
 		 320 aa  105  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00563427  normal  0.0658085 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1724  periplasmic solute binding protein  32.77 
 
 		 309 aa  105  2e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.147475  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3532  periplasmic solute binding protein  32.95 
 
 		 292 aa  105  3e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1341  ABC transporter substrate-binding protein  35.68 
 
 		 291 aa  103  6e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.328207 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0030  periplasmic solute binding protein  30.56 
 
 		 313 aa  103  7e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1259  periplasmic solute binding protein  30.65 
 
 		 301 aa  102  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0036  adhesion lipoprotein  30.43 
 
 		 311 aa  101  4e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0129637  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3681  periplasmic solute binding protein  32.39 
 
 		 292 aa  100  5e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0625  periplasmic solute binding protein  33.52 
 
 		 321 aa  100  8e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0313744  normal  0.289666 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3070  periplasmic solute binding protein  32.6 
 
 		 315 aa  99.4  1e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000101463  hitchhiker  0.00347584 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3553  periplasmic solute binding protein  34.09 
 
 		 306 aa  99.8  1e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00157548  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1388  periplasmic solute binding protein  30.29 
 
 		 312 aa  100  1e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.156852  normal  0.503002 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2211  periplasmic solute binding protein  32.2 
 
 		 304 aa  99.8  1e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00443052  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2051  periplasmic solute binding protein  33.15 
 
 		 303 aa  99  2e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0478383  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2998  periplasmic solute binding protein  39.31 
 
 		 311 aa  99.4  2e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0528665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0953  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  26.9 
 
 		 313 aa  99  2e-19  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2964  adhesion lipoprotein  29.89 
 
 		 311 aa  98.2  3e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00274739  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2149  periplasmic solute binding protein  30.17 
 
 		 300 aa  98.6  3e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3189  adhesion lipoprotein  29.89 
 
 		 311 aa  98.2  3e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1919  periplasmic solute binding protein  32.57 
 
 		 304 aa  98.6  3e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00461225  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2067  manganese ABC transporter substrate-binding lipoprotein  29.89 
 
 		 311 aa  98.6  3e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1123  periplasmic solute binding protein  31.11 
 
 		 292 aa  97.1  8e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000244311  unclonable  0.0000000116493 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1397  periplasmic solute binding protein  30 
 
 		 299 aa  97.1  8e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.682117  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13190  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  34.5 
 
 		 320 aa  96.7  1e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0992578  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2563  periplasmic solute binding protein  32.09 
 
 		 297 aa  96.3  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.581296  normal  0.97543 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1533  manganese ABC transporter, manganese-binding adhesion liprotein  32.07 
 
 		 308 aa  96.7  1e-18  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000021133  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02035  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  31.07 
 
 		 303 aa  96.7  1e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5661  periplasmic solute binding protein  32.37 
 
 		 291 aa  96.3  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0249  periplasmic solute binding protein  31.55 
 
 		 299 aa  96.3  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.746971  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0328  chelated iron ABC transporter, periplasmic-binding protein  29.95 
 
 		 286 aa  96.7  1e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000651268  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0773  periplasmic solute binding protein  29.71 
 
 		 335 aa  95.5  2e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1226  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  27.75 
 
 		 312 aa  95.9  2e-18  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0037  ABC transporter substrate-binding protein  34.22 
 
 		 321 aa  95.5  2e-18  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0904  ABC Mn+2/Fe+2 transporter, periplasmic substrate-binding protein SitA  32.09 
 
 		 297 aa  96.3  2e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.785043  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3402  periplasmic solute binding protein  30.2 
 
 		 305 aa  95.5  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.832439 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0722  AfeA  27.36 
 
 		 290 aa  95.5  2e-18  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.738909  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1142  periplasmic solute binding protein  33.33 
 
 		 307 aa  95.9  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.987303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3170  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  31.84 
 
 		 304 aa  95.1  3e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.857236  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1316  Mn transporter MntC  29.71 
 
 		 345 aa  94.4  5e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.832277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0534  periplasmic solute binding protein  32.39 
 
 		 293 aa  94  6e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1815  periplasmic solute binding protein  32.39 
 
 		 322 aa  94.4  6e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.566125  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3452  periplasmic solute binding protein  30.05 
 
 		 310 aa  94  8e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.593558  normal  0.669669 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0800  periplasmic solute binding protein  29.71 
 
 		 335 aa  93.6  8e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.043708  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06571  ABC transporter substrate-binding protein  33.33 
 
 		 321 aa  93.6  8e-18  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.140221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1612  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  31.28 
 
 		 294 aa  93.2  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0432091  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0084  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  31.28 
 
 		 304 aa  93.2  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.224306  hitchhiker  0.0000000789185 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2176  periplasmic solute binding protein  32.77 
 
 		 320 aa  93.2  1e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5591  periplasmic solute binding protein  37.93 
 
 		 339 aa  92  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.462365  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0098  twin-arginine translocation pathway signal  30.29 
 
 		 320 aa  92.8  2e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2630  periplasmic-binding protein  31.82 
 
 		 322 aa  92.4  2e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00574815  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1705  chelated iron ABC transporter, periplasmic iron binding protein YfeA  31.82 
 
 		 311 aa  92.4  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1062  ABC transporter substrate binding protein  30.46 
 
 		 298 aa  91.7  3e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3980  periplasmic solute binding protein  30 
 
 		 354 aa  91.7  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.749936 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0180  periplasmic solute binding protein  28.9 
 
 		 301 aa  91.7  4e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.946938  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1597  periplasmic solute binding protein  35.71 
 
 		 309 aa  91.3  4e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0467055 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1232  periplasmic solute binding protein  34.04 
 
 		 347 aa  90.9  6e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>