More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1278 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_1278  periplasmic solute binding protein  100 
 
 		 315 aa  626  1e-178  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0030  periplasmic solute binding protein  53.35 
 
 		 313 aa  332  6e-90  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3070  periplasmic solute binding protein  55.44 
 
 		 315 aa  330  2e-89  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000101463  hitchhiker  0.00347584 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1226  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  49.5 
 
 		 312 aa  318  5e-86  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1724  periplasmic solute binding protein  53.92 
 
 		 309 aa  311  1e-83  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.147475  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02035  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  47.24 
 
 		 303 aa  306  2.0000000000000002e-82  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3553  periplasmic solute binding protein  51.01 
 
 		 306 aa  294  1e-78  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00157548  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0625  periplasmic solute binding protein  53.41 
 
 		 321 aa  288  6e-77  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0313744  normal  0.289666 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4030  periplasmic solute binding protein  52.33 
 
 		 305 aa  280  2e-74  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0298524  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1397  periplasmic solute binding protein  43.92 
 
 		 299 aa  278  6e-74  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.682117  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5758  periplasmic solute binding protein  52.27 
 
 		 319 aa  275  7e-73  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0625952  normal  0.457372 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0688  periplasmic solute binding protein  50 
 
 		 314 aa  273  2.0000000000000002e-72  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000152738  normal  0.0354959 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2149  periplasmic solute binding protein  46.21 
 
 		 300 aa  273  3e-72  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3282  periplasmic solute binding protein  41.28 
 
 		 311 aa  268  8.999999999999999e-71  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0222  periplasmic solute binding protein  43.1 
 
 		 306 aa  265  8e-70  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2025  Mn/Zn ABC transporter, substrate-binding protein  42.03 
 
 		 305 aa  250  2e-65  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2853  periplasmic solute binding protein  46.24 
 
 		 321 aa  246  2e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0098  twin-arginine translocation pathway signal  47.86 
 
 		 320 aa  245  8e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1794  hypothetical protein  41.88 
 
 		 311 aa  241  1e-62  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2080  periplasmic solute binding protein  42.07 
 
 		 316 aa  232  7.000000000000001e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.402173  normal  0.155389 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0328  periplasmic solute binding protein  42.11 
 
 		 323 aa  230  2e-59  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1995  periplasmic solute binding protein  44.1 
 
 		 370 aa  220  3e-56  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03390  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  42.16 
 
 		 319 aa  219  5e-56  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.563003  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0701  periplasmic solute binding protein  33.88 
 
 		 313 aa  193  4e-48  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.000000000705514  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0843  periplasmic solute-binding protein  35.35 
 
 		 344 aa  187  3e-46  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.620273  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3634  periplasmic solute binding protein  30.48 
 
 		 311 aa  185  1.0000000000000001e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5737  periplasmic solute binding protein  35.46 
 
 		 302 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1601  periplasmic solute binding protein  34.11 
 
 		 325 aa  177  2e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.298891  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3218  periplasmic solute binding protein  36.42 
 
 		 371 aa  177  3e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0863891  normal  0.580114 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2553  periplasmic solute binding protein  33.45 
 
 		 319 aa  175  8e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3625  periplasmic solute binding protein  33.55 
 
 		 326 aa  174  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2964  adhesion lipoprotein  30.29 
 
 		 311 aa  172  6.999999999999999e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00274739  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3189  adhesion lipoprotein  30.29 
 
 		 311 aa  172  6.999999999999999e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2483  periplasmic solute binding protein  33.11 
 
 		 317 aa  171  1e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3101  periplasmic solute binding protein  36.07 
 
 		 309 aa  171  1e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal  0.191751 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2067  manganese ABC transporter substrate-binding lipoprotein  29.64 
 
 		 311 aa  171  2e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2875  periplasmic solute binding protein  36.39 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.279263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4830  periplasmic solute binding protein  35.74 
 
 		 294 aa  169  4e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2635  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  36.2 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0828517  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2784  periplasmic solute binding protein  40.39 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199172  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0703  periplasmic solute binding protein  34.53 
 
 		 292 aa  167  2e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.326839  n/a   
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0036  adhesion lipoprotein  29.39 
 
 		 311 aa  166  5e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0129637  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2368  periplasmic solute binding protein  35.84 
 
 		 298 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000358992  normal  0.572392 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3624  periplasmic solute binding protein  35.74 
 
 		 303 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3728  periplasmic solute binding protein  35.89 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2575  Mn transporter MntC  35.18 
 
 		 313 aa  163  3e-39  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2656  periplasmic solute binding protein  36.3 
 
 		 301 aa  162  9e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.149358 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3532  periplasmic solute binding protein  31.31 
 
 		 292 aa  161  2e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0370  periplasmic solute binding protein  38.71 
 
 		 309 aa  160  4e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3426  periplasmic solute binding protein  36.18 
 
 		 313 aa  159  6e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.525736  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4557  periplasmic solute binding protein  35.5 
 
 		 304 aa  159  7e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.667309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0953  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  29.24 
 
 		 313 aa  158  1e-37  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3681  periplasmic solute binding protein  31.31 
 
 		 292 aa  158  1e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0653  periplasmic solute binding protein  32.73 
 
 		 292 aa  157  3e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1062  ABC transporter substrate binding protein  33.57 
 
 		 298 aa  156  3e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5324  periplasmic solute binding protein  36.17 
 
 		 302 aa  157  3e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1341  ABC transporter substrate-binding protein  35.96 
 
 		 291 aa  156  5.0000000000000005e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.328207 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0928  periplasmic solute binding protein  33.9 
 
 		 305 aa  155  9e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.664518  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1164  periplasmic solute binding protein  35.76 
 
 		 321 aa  155  1e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.231796 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1041  periplasmic solute binding protein  33.78 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203742 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7253  periplasmic solute binding protein  34.93 
 
 		 346 aa  154  2.9999999999999998e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518447  normal  0.0520295 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2998  periplasmic solute binding protein  36.89 
 
 		 311 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0528665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0916  periplasmic solute binding protein  36.55 
 
 		 307 aa  153  4e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.357489  normal  0.451592 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3392  periplasmic solute binding protein  35.37 
 
 		 320 aa  153  4e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00563427  normal  0.0658085 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2176  periplasmic solute binding protein  35.74 
 
 		 320 aa  152  5.9999999999999996e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2064  periplasmic solute binding protein  33.23 
 
 		 325 aa  152  7e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0350  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.15 
 
 		 315 aa  152  8e-36  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1972  periplasmic solute binding protein  28.62 
 
 		 303 aa  150  2e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0220  periplasmic solute binding protein  33.23 
 
 		 333 aa  151  2e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.732372  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5591  periplasmic solute binding protein  38.29 
 
 		 339 aa  150  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.462365  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1123  periplasmic solute binding protein  33.58 
 
 		 292 aa  150  3e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000244311  unclonable  0.0000000116493 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1597  periplasmic solute binding protein  36.27 
 
 		 309 aa  149  4e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0467055 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0669  periplasmic solute binding protein  25.42 
 
 		 309 aa  148  9e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.041189  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0654  periplasmic solute binding protein  25.42 
 
 		 309 aa  148  9e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00869057  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0773  periplasmic solute binding protein  28.21 
 
 		 335 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3560  periplasmic solute binding protein  34.94 
 
 		 307 aa  147  3e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.24573 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0845  periplasmic solute binding protein  36.7 
 
 		 289 aa  147  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0688938 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0678  periplasmic solute binding protein  33.67 
 
 		 299 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0630556 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0800  periplasmic solute binding protein  28.21 
 
 		 335 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.043708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3176  periplasmic solute binding protein  32.32 
 
 		 292 aa  145  8.000000000000001e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1207  periplasmic solute binding protein  29.97 
 
 		 324 aa  144  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.773922  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1533  manganese ABC transporter, manganese-binding adhesion liprotein  26.25 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000021133  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2472  periplasmic solute binding protein  30.45 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1071  periplasmic solute binding protein  35.25 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1815  periplasmic solute binding protein  27.18 
 
 		 322 aa  143  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.566125  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3704  periplasmic solute binding protein  31.83 
 
 		 316 aa  144  3e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.474771  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1705  chelated iron ABC transporter, periplasmic iron binding protein YfeA  27.18 
 
 		 311 aa  143  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2630  periplasmic-binding protein  27.18 
 
 		 322 aa  143  4e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00574815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0623  periplasmic solute binding protein  32.99 
 
 		 299 aa  142  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.917925 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4709  periplasmic solute binding protein  33.22 
 
 		 321 aa  142  6e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.150845 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2895  twin-arginine translocation pathway signal  33.45 
 
 		 310 aa  142  8e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5661  periplasmic solute binding protein  31.54 
 
 		 291 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0180  periplasmic solute binding protein  32.8 
 
 		 301 aa  142  9.999999999999999e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.946938  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0534  periplasmic solute binding protein  31.42 
 
 		 293 aa  141  9.999999999999999e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2227  periplasmic solute binding protein  29.61 
 
 		 327 aa  141  9.999999999999999e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.82387 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1316  Mn transporter MntC  29.85 
 
 		 345 aa  140  3.9999999999999997e-32  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.832277  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1919  periplasmic solute binding protein  26.35 
 
 		 304 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00461225  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1141  periplasmic solute binding protein  32.41 
 
 		 310 aa  136  4e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3980  periplasmic solute binding protein  26.89 
 
 		 354 aa  135  7.000000000000001e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.749936 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2898  periplasmic solute binding protein  33.22 
 
 		 301 aa  135  9e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.910422  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>