More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0699 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_08230  DNA topoisomerase IV subunit A  47.14 
 
 		 827 aa  717    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1928  DNA topoisomerase IV subunit A  52.11 
 
 		 819 aa  851    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.769322  normal  0.297351 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2387  DNA topoisomerase  50.62 
 
 		 841 aa  810    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0699814  normal  0.399735 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1675  DNA topoisomerase IV subunit A  45.59 
 
 		 827 aa  669    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.898685 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13190  DNA topoisomerase IV subunit A  49.31 
 
 		 868 aa  793    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.165403  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1417  DNA topoisomerase IV subunit A  51.2 
 
 		 828 aa  879    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.121142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2131  DNA topoisomerase IV subunit A  49.37 
 
 		 831 aa  811    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.297926  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16040  DNA topoisomerase IV subunit A  53.91 
 
 		 824 aa  894    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0935996 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1621  DNA topoisomerase IV subunit A  51.35 
 
 		 836 aa  860    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000739384 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1693  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  54.74 
 
 		 826 aa  892    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0385634  normal  0.564105 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14430  DNA topoisomerase IV subunit A  49.5 
 
 		 822 aa  796    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0776832  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3303  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  50.06 
 
 		 828 aa  816    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.698383  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1772  DNA topoisomerase IV subunit A  47.77 
 
 		 820 aa  753    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0303  DNA topoisomerase IV subunit A  70.59 
 
 		 909 aa  1303    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.821853  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1618  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  52.07 
 
 		 833 aa  822    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00485256  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1546  DNA topoisomerase IV subunit A  48.52 
 
 		 826 aa  768    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0628876  normal  0.0572906 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1934  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  53.11 
 
 		 855 aa  853    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.621213  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7080  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  50.63 
 
 		 831 aa  794    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1627  DNA topoisomerase IV subunit A  50.51 
 
 		 832 aa  837    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.1435  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15900  DNA topoisomerase IV subunit A  50.78 
 
 		 823 aa  847    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0201184  normal  0.219646 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1422  DNA topoisomerase IV subunit A  48.45 
 
 		 813 aa  762    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0699  DNA gyrase/topoisomerase IV, A subunit  100 
 
 		 887 aa  1824    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2949  DNA topoisomerase IV subunit A  49.31 
 
 		 826 aa  756    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0430579  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1681  DNA topoisomerase IV subunit A  45.36 
 
 		 827 aa  677    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.638406  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2281  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  46.79 
 
 		 1143 aa  630  1e-179  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.603289  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0006  DNA gyrase subunit A  39.02 
 
 		 848 aa  539  9.999999999999999e-153  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.889145  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0006  DNA gyrase, A subunit  37.23 
 
 		 820 aa  536  1e-151  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0006  DNA gyrase subunit A  38.4 
 
 		 866 aa  534  1e-150  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2548  DNA gyrase, A subunit  36.54 
 
 		 893 aa  529  1e-149  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0006  DNA gyrase, A subunit  37.64 
 
 		 802 aa  523  1e-147  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.540811  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0007  DNA gyrase, A subunit  36.67 
 
 		 932 aa  521  1e-146  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0706522  hitchhiker  0.000130108 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0006  DNA gyrase, A subunit  37.16 
 
 		 889 aa  522  1e-146  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.314343  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0007  DNA gyrase subunit A  36.8 
 
 		 834 aa  521  1e-146  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.612132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0006  DNA gyrase, A subunit  37.16 
 
 		 889 aa  522  1e-146  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.864295  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0007  DNA gyrase, A subunit  36.22 
 
 		 818 aa  516  1.0000000000000001e-145  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000039295  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0010  DNA gyrase, A subunit  35.99 
 
 		 807 aa  518  1.0000000000000001e-145  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0200618  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0008  DNA gyrase, A subunit  37.35 
 
 		 812 aa  518  1.0000000000000001e-145  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000800696  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0007  DNA gyrase subunit A  37.2 
 
 		 837 aa  517  1.0000000000000001e-145  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.822047 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0006  DNA gyrase subunit A  35.35 
 
 		 823 aa  513  1e-144  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0272  DNA gyrase, A subunit  38.5 
 
 		 816 aa  513  1e-144  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00337054  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00060  DNA gyrase subunit A  37.3 
 
 		 838 aa  513  1e-144  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.120033  normal  0.0325774 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0006  DNA gyrase subunit A  35.23 
 
 		 823 aa  510  1e-143  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.182786  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0006  DNA gyrase subunit A  35.23 
 
 		 823 aa  511  1e-143  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.711032  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0006  DNA gyrase subunit A  35.23 
 
 		 823 aa  511  1e-143  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.814718  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0006  DNA gyrase subunit A  35.23 
 
 		 823 aa  511  1e-143  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0006  DNA gyrase subunit A  35.12 
 
 		 823 aa  510  1e-143  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0006  DNA gyrase subunit A  35.61 
 
 		 825 aa  510  1e-143  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.119691  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0006  DNA gyrase subunit A  35.23 
 
 		 823 aa  511  1e-143  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00261664  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0006  DNA gyrase subunit A  35.23 
 
 		 823 aa  511  1e-143  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1029  DNA gyrase, A subunit  35.68 
 
 		 875 aa  509  1e-143  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.20578 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00060  DNA gyrase subunit A  36.17 
 
 		 870 aa  511  1e-143  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00061935  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0007  DNA gyrase, A subunit  35.59 
 
 		 901 aa  511  1e-143  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.607285  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1630  DNA gyrase, A subunit  37.41 
 
 		 809 aa  506  9.999999999999999e-143  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0008  DNA gyrase subunit A  35.24 
 
 		 807 aa  506  9.999999999999999e-143  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.425562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0006  DNA gyrase subunit A  35.01 
 
 		 823 aa  508  9.999999999999999e-143  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0500902  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0007  DNA gyrase subunit A  36.87 
 
 		 848 aa  508  9.999999999999999e-143  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1512  DNA gyrase, A subunit  37.16 
 
 		 809 aa  507  9.999999999999999e-143  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.257014  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0007  DNA gyrase subunit A  36.75 
 
 		 834 aa  509  9.999999999999999e-143  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0420  DNA gyrase subunit A  36.99 
 
 		 830 aa  508  9.999999999999999e-143  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.422569  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0007  DNA gyrase subunit A  36.91 
 
 		 839 aa  508  9.999999999999999e-143  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0007  DNA gyrase subunit A  37.03 
 
 		 839 aa  508  9.999999999999999e-143  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0006  DNA gyrase subunit A  35.23 
 
 		 821 aa  509  9.999999999999999e-143  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0979169  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5314  DNA gyrase subunit A  35.01 
 
 		 823 aa  508  9.999999999999999e-143  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0584522  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0008  DNA gyrase, A subunit  36.79 
 
 		 819 aa  503  1e-141  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.163769  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0006  DNA gyrase subunit A  36.92 
 
 		 852 aa  504  1e-141  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0006  DNA gyrase, A subunit  35.28 
 
 		 828 aa  499  1e-140  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1408  DNA gyrase, A subunit  37.45 
 
 		 811 aa  499  1e-140  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1375  DNA gyrase subunit A  36.74 
 
 		 809 aa  501  1e-140  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.261522  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0006  DNA gyrase subunit A  35.31 
 
 		 818 aa  501  1e-140  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00070  DNA gyrase subunit A  36.25 
 
 		 875 aa  499  1e-140  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0436  DNA gyrase A subunit  36.03 
 
 		 806 aa  499  1e-140  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000308081  normal  0.060965 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0009  DNA gyrase subunit A  35.74 
 
 		 839 aa  498  1e-139  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.224666  normal  0.174367 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0006  DNA gyrase, A subunit  35.91 
 
 		 814 aa  498  1e-139  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0624353  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0008  DNA gyrase subunit A  35.73 
 
 		 839 aa  496  1e-139  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000116309 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0007  DNA gyrase, A subunit  35.95 
 
 		 870 aa  496  1e-139  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0197472 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00070  DNA gyrase, A subunit  36.14 
 
 		 816 aa  498  1e-139  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2361  DNA gyrase subunit A  35.64 
 
 		 827 aa  498  1e-139  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00518277  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2192  DNA gyrase, A subunit  35.77 
 
 		 853 aa  499  1e-139  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0008  DNA gyrase, A subunit  49.69 
 
 		 809 aa  499  1e-139  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.191063  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0006  DNA gyrase, A subunit  39.21 
 
 		 816 aa  493  9.999999999999999e-139  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400994  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0007  DNA gyrase, A subunit  36.34 
 
 		 811 aa  495  9.999999999999999e-139  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1682  DNA gyrase subunit A  34.85 
 
 		 865 aa  494  9.999999999999999e-139  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0006  DNA gyrase, A subunit  35.76 
 
 		 840 aa  495  9.999999999999999e-139  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000948225 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3094  DNA gyrase, A subunit  35.41 
 
 		 848 aa  493  9.999999999999999e-139  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.654737  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1256  DNA gyrase subunit A  36.09 
 
 		 817 aa  493  9.999999999999999e-139  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1394  DNA gyrase, A subunit  36.86 
 
 		 796 aa  494  9.999999999999999e-139  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0006  DNA gyrase, A subunit  36.29 
 
 		 899 aa  494  9.999999999999999e-139  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11681  DNA gyrase subunit A  36.97 
 
 		 865 aa  494  9.999999999999999e-139  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1049  DNA gyrase, A subunit  35.91 
 
 		 838 aa  491  1e-137  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.385966  normal  0.255523 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2730  DNA gyrase, A subunit  37.45 
 
 		 819 aa  491  1e-137  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0040  DNA gyrase, A subunit  35.75 
 
 		 876 aa  489  1e-137  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0254  DNA gyrase subunit A  36.26 
 
 		 856 aa  490  1e-137  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0007  DNA gyrase, A subunit  35.76 
 
 		 839 aa  490  1e-137  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0007  DNA gyrase A subunit  35.23 
 
 		 831 aa  489  1e-137  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.386887 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4772  DNA gyrase subunit A  36.5 
 
 		 865 aa  490  1e-137  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.427862  decreased coverage  0.00451801 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2474  DNA gyrase, A subunit  36.73 
 
 		 805 aa  491  1e-137  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.0000172995  decreased coverage  0.00702489 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1431  DNA gyrase subunit A  34.9 
 
 		 883 aa  489  1e-136  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2804  DNA gyrase subunit A  36.29 
 
 		 949 aa  486  1e-136  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.371561  hitchhiker  0.000745999 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0008  DNA gyrase subunit A  35.13 
 
 		 831 aa  486  1e-136  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0006  DNA gyrase subunit A  36.21 
 
 		 834 aa  487  1e-136  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0218004  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>