More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_0007 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02157  DNA gyrase subunit A  49.19 
 
 
875 aa  850    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1428  DNA gyrase, A subunit  49.08 
 
 
875 aa  848    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000222135  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1630  DNA gyrase, A subunit  54.23 
 
 
809 aa  871    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0004  DNA gyrase, A subunit  53.28 
 
 
857 aa  886    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1767  DNA gyrase subunit A  48.68 
 
 
923 aa  863    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.159029  normal  0.697919 
 
 
-
 
NC_002950  PG1386  DNA gyrase, A subunit  52.75 
 
 
859 aa  858    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000518586 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0295  DNA gyrase, A subunit  51.59 
 
 
815 aa  819    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000104169  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2548  DNA gyrase, A subunit  56.11 
 
 
893 aa  959    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1421  DNA gyrase, A subunit  51.18 
 
 
860 aa  882    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.633923  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0901  DNA gyrase subunit A  52.27 
 
 
885 aa  865    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.018045  normal  0.748507 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0006  DNA gyrase subunit A  61.32 
 
 
823 aa  1021    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.711032  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2331  DNA gyrase, A subunit  50.82 
 
 
908 aa  859    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.627723  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1171  DNA gyrase subunit A  50.83 
 
 
862 aa  794    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0960  DNA gyrase subunit A  55.42 
 
 
819 aa  889    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00632258  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2411  DNA gyrase, A subunit  52.14 
 
 
919 aa  872    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1745  DNA gyrase, subunit A  49.21 
 
 
928 aa  850    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.6885  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0006  DNA gyrase subunit A  61.32 
 
 
823 aa  1021    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.814718  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0006  DNA gyrase subunit A  61.32 
 
 
823 aa  1021    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0006  DNA gyrase subunit A  61.32 
 
 
823 aa  1023    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0435  DNA gyrase subunit A  51.27 
 
 
866 aa  858    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.361933  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1372  DNA gyrase, subunit A, type II topoisomerase  52.83 
 
 
863 aa  902    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1368  DNA gyrase, subunit A, type II topoisomerase  53.18 
 
 
863 aa  908    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3647  DNA gyrase subunit A  49.48 
 
 
925 aa  849    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1543  DNA gyrase subunit A  45.35 
 
 
930 aa  788    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.255758 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1230  DNA gyrase subunit A  50.83 
 
 
879 aa  871    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0017603  normal  0.486018 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0007  DNA gyrase subunit A  50.96 
 
 
848 aa  847    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2578  DNA gyrase subunit A  50.59 
 
 
883 aa  868    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2804  DNA gyrase subunit A  54.33 
 
 
949 aa  881    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.371561  hitchhiker  0.000745999 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0948  DNA gyrase subunit A  50.59 
 
 
849 aa  858    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.309422  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1801  DNA gyrase subunit A  46.35 
 
 
913 aa  786    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.303162  normal  0.145926 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4464  DNA gyrase subunit A  50.23 
 
 
872 aa  842    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.32353  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3000  DNA gyrase subunit A  51.39 
 
 
866 aa  858    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0171  DNA gyrase, subunit A  53.11 
 
 
846 aa  892    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.101835  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4078  DNA gyrase subunit A  51.56 
 
 
887 aa  865    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0373422  normal  0.530642 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0005  DNA gyrase, A subunit  54.77 
 
 
835 aa  908    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.170541  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4153  DNA gyrase subunit A  51.75 
 
 
867 aa  861    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0098  DNA gyrase, subunit A  55.9 
 
 
815 aa  913    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.333525  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0088  DNA gyrase, subunit A  54.97 
 
 
828 aa  920    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0005  DNA gyrase subunit A  52.55 
 
 
857 aa  875    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000593628  normal  0.429362 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0004  DNA gyrase subunit A  51.36 
 
 
811 aa  842    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.882068  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1191  DNA gyrase, A subunit  51.55 
 
 
871 aa  868    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0006  DNA gyrase subunit A  61.32 
 
 
823 aa  1021    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0640  DNA gyrase subunit A  51.94 
 
 
827 aa  785    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.00358145  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0254  DNA gyrase subunit A  48.49 
 
 
856 aa  809    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2189  DNA gyrase subunit A  51.02 
 
 
893 aa  873    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0008  DNA gyrase, A subunit  57.61 
 
 
814 aa  946    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000266151  unclonable  0.0000000153333 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1632  DNA gyrase subunit A  51.63 
 
 
866 aa  860    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4346  DNA gyrase subunit A  53.54 
 
 
907 aa  879    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0007  DNA gyrase subunit A  52.8 
 
 
834 aa  861    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1045  DNA gyrase, A subunit  47.32 
 
 
839 aa  805    Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.980476  normal  0.0656064 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1571  DNA gyrase subunit A  50.66 
 
 
880 aa  836    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.612234  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2148  DNA gyrase subunit A  50.7 
 
 
886 aa  851    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0598325  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1688  DNA gyrase subunit A  51.54 
 
 
864 aa  867    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.352233  normal  0.651217 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1795  DNA gyrase subunit A  50.54 
 
 
880 aa  836    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.979791  unclonable  0.00000642236 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0974  DNA gyrase subunit A  51.87 
 
 
882 aa  867    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1948  DNA gyrase, A subunit  52.23 
 
 
908 aa  874    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000559672  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0420  DNA gyrase subunit A  56.4 
 
 
830 aa  928    Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.422569  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2168  DNA gyrase subunit A  50.06 
 
 
907 aa  865    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1764  DNA gyrase subunit A  46.57 
 
 
913 aa  788    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.314085  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1724  DNA gyrase, A subunit  45.87 
 
 
928 aa  791    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0733273  normal  0.707795 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0713  DNA gyrase subunit A  50.35 
 
 
897 aa  863    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0387  DNA gyrase, A subunit  50.24 
 
 
847 aa  842    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4772  DNA gyrase subunit A  49.47 
 
 
865 aa  832    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.427862  decreased coverage  0.00451801 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1016  DNA gyrase, A subunit  51.56 
 
 
809 aa  792    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.0000125895  unclonable  0.0000000378482 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0561  DNA gyrase subunit A  51.51 
 
 
867 aa  858    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.3573  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0006  DNA gyrase subunit A  54.09 
 
 
852 aa  917    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2470  DNA gyrase, A subunit  51.98 
 
 
897 aa  883    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.931023  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1682  DNA gyrase subunit A  53.86 
 
 
865 aa  893    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0007  DNA gyrase subunit A  100 
 
 
839 aa  1694    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0007  DNA gyrase subunit A  99.52 
 
 
839 aa  1686    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1163  DNA gyrase subunit A  50.92 
 
 
881 aa  854    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00841835  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4186  DNA gyrase subunit A  50.23 
 
 
885 aa  807    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.327784  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1919  DNA gyrase subunit A  52.25 
 
 
946 aa  871    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000233211  hitchhiker  0.00000000296006 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2059  DNA gyrase subunit A  52.25 
 
 
944 aa  870    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00127013  unclonable  0.0000452472 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0923  DNA gyrase subunit A  52.35 
 
 
862 aa  882    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.222877  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2130  DNA gyrase, A subunit  51.69 
 
 
909 aa  862    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.717755  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0006  DNA gyrase, A subunit  54.22 
 
 
812 aa  884    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0916  DNA gyrase subunit A  51.51 
 
 
867 aa  857    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23260  DNA gyrase subunit A  48.49 
 
 
921 aa  860    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00503917 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1216  DNA gyrase subunit A  56.45 
 
 
836 aa  905    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.504333  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0006  DNA gyrase subunit A  53.61 
 
 
866 aa  894    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0006  DNA gyrase, A subunit  57 
 
 
829 aa  927    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000708877  hitchhiker  8.0391e-18 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0006  DNA gyrase subunit A  54.25 
 
 
848 aa  919    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.889145  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1256  DNA gyrase subunit A  55.67 
 
 
817 aa  897    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0007  DNA gyrase subunit A  50.49 
 
 
902 aa  815    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1040  DNA gyrase subunit A  51.51 
 
 
867 aa  859    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1394  DNA gyrase, A subunit  53.21 
 
 
796 aa  866    Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2690  DNA gyrase, A subunit  54.24 
 
 
813 aa  876    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.163226  decreased coverage  0.000223283 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1072  DNA gyrase subunit A  51.31 
 
 
915 aa  871    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.554737 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1972  DNA gyrase subunit A  52.25 
 
 
918 aa  871    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000455042  hitchhiker  0.000000817353 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0006  DNA gyrase subunit A  51.04 
 
 
834 aa  846    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1462  DNA gyrase subunit A  51.15 
 
 
862 aa  800    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0005  DNA gyrase, A subunit  53.48 
 
 
843 aa  889    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000262861  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2663  DNA gyrase subunit A  54.01 
 
 
827 aa  916    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0795874  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1731  DNA gyrase subunit A  49.44 
 
 
901 aa  856    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0884555  hitchhiker  0.00443229 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1114  DNA gyrase, A subunit  51.71 
 
 
898 aa  865    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.37334 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1021  DNA gyrase, A subunit  51.02 
 
 
856 aa  876    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0962038  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0004  DNA gyrase, A subunit  50.25 
 
 
856 aa  818    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3280  DNA gyrase subunit A  50.29 
 
 
886 aa  842    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.586239  normal  0.260066 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2790  DNA gyrase subunit A  50.6 
 
 
889 aa  840    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0140578  hitchhiker  0.00260367 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>