More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3637 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013595  Sros_8047  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  65.21 
 
 
529 aa  671    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0328727  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0614  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  66.41 
 
 
528 aa  652    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.86187  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3637  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  100 
 
 
529 aa  1023    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3546  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  67.61 
 
 
531 aa  704    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0174  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  66.1 
 
 
529 aa  674    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.996447  normal  0.371451 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1236  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  67.67 
 
 
531 aa  688    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.276789 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7791  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  64.33 
 
 
535 aa  647    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.443673 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1126  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  67.3 
 
 
531 aa  687    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000124748 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2814  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  64.64 
 
 
529 aa  675    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0709  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  67.62 
 
 
530 aa  688    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.484859  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3385  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  64 
 
 
536 aa  641    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.367289  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1093  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  89.96 
 
 
529 aa  923    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4068  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  69.77 
 
 
533 aa  645    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.568841  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4312  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  63.19 
 
 
533 aa  619  1e-176  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08910  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  61.52 
 
 
531 aa  620  1e-176  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6017  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  63.05 
 
 
532 aa  606  9.999999999999999e-173  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.214925  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2276  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  58.86 
 
 
529 aa  599  1e-170  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000102369 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2536  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  58.86 
 
 
529 aa  601  1e-170  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0175573  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1471  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  60.08 
 
 
530 aa  585  1e-166  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00147089  normal  0.075058 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08560  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  59.57 
 
 
531 aa  568  1e-161  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.461142  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2856  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  58.17 
 
 
528 aa  566  1e-160  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3225  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  56.36 
 
 
531 aa  553  1e-156  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18780  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  56.69 
 
 
535 aa  536  1e-151  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0156164  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13011  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  57.5 
 
 
528 aa  529  1e-149  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000841945  normal  0.820914 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4234  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  58.88 
 
 
528 aa  530  1e-149  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.203577  normal  0.41809 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1910  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  56.74 
 
 
528 aa  511  1e-144  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.890693  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1956  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  56.74 
 
 
528 aa  511  1e-144  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.176743  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1890  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  56.74 
 
 
528 aa  512  1e-144  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.168381 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2128  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  57.31 
 
 
528 aa  509  1e-143  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1530  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  53.12 
 
 
527 aa  473  1e-132  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0837  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  47.05 
 
 
527 aa  468  9.999999999999999e-131  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.746889  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0010  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  46.33 
 
 
527 aa  421  1e-116  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.155189  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2428  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.21 
 
 
525 aa  419  1e-116  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2377  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.21 
 
 
525 aa  419  1e-116  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3759  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.67 
 
 
526 aa  416  9.999999999999999e-116  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000435115  normal  0.110256 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2156  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.53 
 
 
526 aa  414  1e-114  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3375  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.88 
 
 
652 aa  414  1e-114  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0527  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.86 
 
 
528 aa  409  1e-113  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.209223  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1501  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.88 
 
 
546 aa  409  1e-113  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0014  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.78 
 
 
526 aa  407  1.0000000000000001e-112  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00744014  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2150  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.86 
 
 
528 aa  404  1e-111  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.204731  normal  0.434509 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1873  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  44.73 
 
 
526 aa  403  1e-111  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00847931 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3561  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  46.01 
 
 
541 aa  404  1e-111  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0818825  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4778  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.32 
 
 
527 aa  402  1e-111  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.801669 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2125  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.11 
 
 
531 aa  404  1e-111  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000018587  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4340  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43 
 
 
526 aa  400  9.999999999999999e-111  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0012  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.99 
 
 
526 aa  402  9.999999999999999e-111  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.578759  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0009  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.97 
 
 
530 aa  395  1e-109  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0352108  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1436  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.41 
 
 
524 aa  395  1e-109  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05241  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.67 
 
 
528 aa  396  1e-109  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15401  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.64 
 
 
528 aa  397  1e-109  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0931759  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0926  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.59 
 
 
528 aa  392  1e-108  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2306  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.18 
 
 
531 aa  393  1e-108  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.551653  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1452  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.64 
 
 
528 aa  394  1e-108  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4196  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.27 
 
 
527 aa  394  1e-108  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2164  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.48 
 
 
534 aa  394  1e-108  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15551  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.26 
 
 
528 aa  392  1e-108  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17821  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.59 
 
 
528 aa  393  1e-108  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.877269 
 
 
-
 
NC_002936  DET0599  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.04 
 
 
526 aa  385  1e-106  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0013465  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2385  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.95 
 
 
523 aa  386  1e-106  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.917938  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0574  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.85 
 
 
526 aa  387  1e-106  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1231  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.59 
 
 
529 aa  387  1e-106  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.325344  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1850  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.18 
 
 
527 aa  388  1e-106  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0039  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.66 
 
 
525 aa  384  1e-105  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00530837  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_539  phosphoglycerate dehydrogenase  41.45 
 
 
526 aa  383  1e-105  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.366241  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0271  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.13 
 
 
524 aa  382  1e-105  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.353808  unclonable  0.0000123013 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1821  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.32 
 
 
523 aa  384  1e-105  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0259  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.65 
 
 
529 aa  381  1e-104  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1431  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.96 
 
 
523 aa  379  1e-104  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0875304 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1018  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.11 
 
 
527 aa  379  1e-104  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000612711 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0835  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.32 
 
 
523 aa  379  1e-104  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1224  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.35 
 
 
523 aa  379  1e-104  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0896  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.11 
 
 
527 aa  379  1e-104  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.643854  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0263  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.94 
 
 
524 aa  379  1e-104  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.542041  normal  0.03617 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2378  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.38 
 
 
541 aa  378  1e-103  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0367603  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0020  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  44.15 
 
 
525 aa  376  1e-103  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.173691  hitchhiker  0.000002432 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0793  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  44.05 
 
 
529 aa  377  1e-103  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1082  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.13 
 
 
523 aa  377  1e-103  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0616  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.1 
 
 
528 aa  378  1e-103  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.640549 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4685  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.62 
 
 
525 aa  378  1e-103  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.436149 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2197  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.15 
 
 
525 aa  377  1e-103  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000367655  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0814  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.5 
 
 
529 aa  375  1e-103  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.119542  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1189  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.18 
 
 
535 aa  377  1e-103  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15151  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.13 
 
 
528 aa  377  1e-103  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2852  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.62 
 
 
527 aa  375  1e-103  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00180336  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1198  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.57 
 
 
542 aa  373  1e-102  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0190635  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4467  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.24 
 
 
526 aa  374  1e-102  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0468875  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3860  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.79 
 
 
539 aa  374  1e-102  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000678395  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0010  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.44 
 
 
531 aa  373  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.570425  hitchhiker  0.00544887 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0261  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.65 
 
 
531 aa  372  1e-102  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3649  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.21 
 
 
526 aa  374  1e-102  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0277903  normal  0.752498 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14091  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.16 
 
 
528 aa  374  1e-102  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.187324  normal  0.0498894 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2650  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.03 
 
 
528 aa  371  1e-101  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2968  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.34 
 
 
529 aa  370  1e-101  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1315  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.77 
 
 
529 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.357791 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3905  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40 
 
 
529 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3620  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.56 
 
 
525 aa  371  1e-101  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.737909  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3595  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.45 
 
 
531 aa  369  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.86096  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3318  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.55 
 
 
531 aa  370  1e-101  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.677421  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0432  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.73 
 
 
524 aa  370  1e-101  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>