More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0814 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_0010  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  82.77 
 
 
531 aa  909    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.570425  hitchhiker  0.00544887 
 
 
-
 
NC_004310  BR1685  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  68.94 
 
 
533 aa  733    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.447631  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0639  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  62.81 
 
 
535 aa  679    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.295873 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1229  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  69.7 
 
 
533 aa  739    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.270378  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1269  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  61.48 
 
 
529 aa  655    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0254425 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4789  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  63.12 
 
 
529 aa  687    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1826  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  61.98 
 
 
529 aa  674    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.94456 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2968  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  62.55 
 
 
529 aa  670    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1352  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  82.01 
 
 
534 aa  904    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2138  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  60.34 
 
 
525 aa  654    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1315  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  62.36 
 
 
529 aa  678    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.357791 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0261  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  76.81 
 
 
531 aa  838    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4106  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  61.41 
 
 
529 aa  659    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.885327  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3595  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  69.51 
 
 
531 aa  755    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.86096  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0660  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  61.67 
 
 
535 aa  676    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.288846 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3905  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  62.55 
 
 
529 aa  679    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1119  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  62.74 
 
 
529 aa  670    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.480596  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3486  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  68.37 
 
 
531 aa  753    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.158391 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0672  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  61.67 
 
 
535 aa  675    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.472751  normal  0.0431754 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3021  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  76.52 
 
 
531 aa  847    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.487247 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1760  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  60.8 
 
 
531 aa  647    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3161  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  67.8 
 
 
532 aa  738    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1629  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  68.94 
 
 
533 aa  733    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1202  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  63.5 
 
 
528 aa  686    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.661102  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4685  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  61.72 
 
 
525 aa  635    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.436149 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2618  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  69.51 
 
 
531 aa  752    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.497758  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0814  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  100 
 
 
529 aa  1065    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.119542  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3318  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  78.79 
 
 
531 aa  857    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.677421  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0020  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  82.01 
 
 
531 aa  904    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3192  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  68.37 
 
 
531 aa  752    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2650  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  58.49 
 
 
528 aa  631  1e-179  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6798  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  58.17 
 
 
531 aa  621  1e-177  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.902777  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4467  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  59.51 
 
 
526 aa  619  1e-176  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0468875  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0616  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  60.39 
 
 
528 aa  615  1e-175  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.640549 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6394  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  58.94 
 
 
531 aa  615  1e-175  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.224939 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1376  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  56.65 
 
 
528 aa  614  9.999999999999999e-175  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2680  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  57.6 
 
 
540 aa  609  1e-173  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0896  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  51.98 
 
 
527 aa  524  1e-147  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.643854  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1018  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  51.98 
 
 
527 aa  524  1e-147  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000612711 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1423  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  45.37 
 
 
527 aa  469  1.0000000000000001e-131  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3100  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  46.78 
 
 
525 aa  461  9.999999999999999e-129  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.659114 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0010  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  45.94 
 
 
527 aa  451  1e-125  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.155189  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2852  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  44.51 
 
 
527 aa  446  1.0000000000000001e-124  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00180336  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3649  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  44.66 
 
 
526 aa  438  1e-121  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0277903  normal  0.752498 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0012  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  44.17 
 
 
526 aa  432  1e-120  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.578759  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1262  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  46.3 
 
 
528 aa  430  1e-119  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2506  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  45.7 
 
 
528 aa  431  1e-119  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000305441 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0115  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.83 
 
 
531 aa  425  1e-118  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.385317 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2601  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  46.3 
 
 
528 aa  427  1e-118  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.159181  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2694  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  46.3 
 
 
528 aa  427  1e-118  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0014  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.72 
 
 
526 aa  427  1e-118  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00744014  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0837  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.58 
 
 
527 aa  422  1e-117  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.746889  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1850  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.41 
 
 
527 aa  421  1e-116  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2428  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.97 
 
 
525 aa  418  9.999999999999999e-116  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2377  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.97 
 
 
525 aa  418  9.999999999999999e-116  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2385  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.53 
 
 
523 aa  417  9.999999999999999e-116  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.917938  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4778  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.05 
 
 
527 aa  412  1e-114  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.801669 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0527  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.05 
 
 
528 aa  410  1e-113  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.209223  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2150  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.18 
 
 
528 aa  411  1e-113  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.204731  normal  0.434509 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2164  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.86 
 
 
534 aa  409  1e-113  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3375  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.75 
 
 
652 aa  412  1e-113  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1501  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.17 
 
 
546 aa  406  1.0000000000000001e-112  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4340  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.11 
 
 
526 aa  406  1.0000000000000001e-112  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1231  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.44 
 
 
529 aa  404  1e-111  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.325344  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4196  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.61 
 
 
527 aa  402  1e-111  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0599  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.27 
 
 
526 aa  400  9.999999999999999e-111  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0013465  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3759  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.81 
 
 
526 aa  399  9.999999999999999e-111  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000435115  normal  0.110256 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2125  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.15 
 
 
531 aa  401  9.999999999999999e-111  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000018587  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0439  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.29 
 
 
532 aa  401  9.999999999999999e-111  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0587451  normal  0.906143 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05241  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.43 
 
 
528 aa  400  9.999999999999999e-111  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0432  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.02 
 
 
524 aa  397  1e-109  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1431  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.19 
 
 
523 aa  396  1e-109  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0875304 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3063  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.08 
 
 
528 aa  395  1e-109  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.737613  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3620  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.81 
 
 
525 aa  396  1e-109  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.737909  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2197  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.05 
 
 
525 aa  396  1e-109  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000367655  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3561  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41 
 
 
541 aa  395  1e-109  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0818825  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2827  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.34 
 
 
546 aa  398  1e-109  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1543  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.97 
 
 
527 aa  397  1e-109  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00623773  hitchhiker  0.0000362163 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0574  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.07 
 
 
526 aa  398  1e-109  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_539  phosphoglycerate dehydrogenase  41.88 
 
 
526 aa  398  1e-109  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.366241  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2156  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.22 
 
 
526 aa  395  1e-108  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2306  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.93 
 
 
531 aa  395  1e-108  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.551653  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1452  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.01 
 
 
528 aa  394  1e-108  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0020  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.26 
 
 
525 aa  393  1e-108  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.173691  hitchhiker  0.000002432 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15551  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.01 
 
 
528 aa  394  1e-108  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15151  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.78 
 
 
528 aa  395  1e-108  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15401  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.01 
 
 
528 aa  393  1e-108  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0931759  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0271  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.39 
 
 
524 aa  386  1e-106  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.353808  unclonable  0.0000123013 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2813  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.34 
 
 
532 aa  383  1e-105  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0263  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.19 
 
 
524 aa  382  1e-105  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.542041  normal  0.03617 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0926  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.23 
 
 
528 aa  380  1e-104  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17821  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.23 
 
 
528 aa  379  1e-104  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.877269 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1288  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.81 
 
 
531 aa  376  1e-103  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.605181  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0077  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.27 
 
 
528 aa  375  1e-103  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3115  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.48 
 
 
535 aa  375  1e-103  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00187643  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3637  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.5 
 
 
529 aa  375  1e-103  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1224  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.5 
 
 
523 aa  377  1e-103  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3521  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.93 
 
 
529 aa  377  1e-103  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.598848  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14091  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.78 
 
 
528 aa  377  1e-103  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.187324  normal  0.0498894 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2256  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40 
 
 
532 aa  372  1e-102  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>