More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_1471 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_08910  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  63.43 
 
 
531 aa  650    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1471  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  100 
 
 
530 aa  1029    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00147089  normal  0.075058 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6017  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  63.43 
 
 
532 aa  622  1e-177  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.214925  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1093  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  62.87 
 
 
529 aa  610  1e-173  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2856  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  60.69 
 
 
528 aa  596  1e-169  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1126  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  61.51 
 
 
531 aa  591  1e-167  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000124748 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1236  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  59.46 
 
 
531 aa  590  1e-167  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.276789 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3637  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  60.08 
 
 
529 aa  585  1e-166  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3225  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  59.81 
 
 
531 aa  584  1.0000000000000001e-165  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4068  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  65.25 
 
 
533 aa  580  1e-164  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.568841  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8047  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  54.84 
 
 
529 aa  575  1.0000000000000001e-163  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0328727  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3546  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  56.24 
 
 
531 aa  574  1.0000000000000001e-162  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13011  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  61.03 
 
 
528 aa  570  1e-161  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000841945  normal  0.820914 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0709  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  56.9 
 
 
530 aa  570  1e-161  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.484859  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2814  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  54.76 
 
 
529 aa  568  1e-160  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0174  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  54.99 
 
 
529 aa  562  1.0000000000000001e-159  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.996447  normal  0.371451 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4234  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  61.11 
 
 
528 aa  558  1e-157  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.203577  normal  0.41809 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0614  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  57.62 
 
 
528 aa  553  1e-156  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.86187  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1910  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  61.19 
 
 
528 aa  541  1e-153  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.890693  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1956  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  61.19 
 
 
528 aa  541  1e-153  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.176743  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1890  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  61.19 
 
 
528 aa  541  9.999999999999999e-153  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.168381 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4312  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  58.45 
 
 
533 aa  535  1e-151  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7791  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  54.73 
 
 
535 aa  537  1e-151  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.443673 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2128  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  59.58 
 
 
528 aa  537  1e-151  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2536  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  51.32 
 
 
529 aa  519  1e-146  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0175573  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3385  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  54.67 
 
 
536 aa  519  1e-146  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.367289  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2276  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  50.94 
 
 
529 aa  511  1e-143  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000102369 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18780  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  53.61 
 
 
535 aa  502  1e-141  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0156164  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08560  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  53.88 
 
 
531 aa  499  1e-140  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.461142  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1530  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  48.34 
 
 
527 aa  416  9.999999999999999e-116  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0039  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.22 
 
 
525 aa  400  9.999999999999999e-111  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00530837  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1873  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.97 
 
 
526 aa  395  1e-108  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00847931 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0837  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.51 
 
 
527 aa  395  1e-108  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.746889  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1231  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.62 
 
 
529 aa  369  1e-101  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.325344  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2306  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.4 
 
 
531 aa  366  1e-100  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.551653  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3375  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.89 
 
 
652 aa  369  1e-100  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0010  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.18 
 
 
527 aa  368  1e-100  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.155189  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1436  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.42 
 
 
524 aa  365  1e-99  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3561  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.7 
 
 
541 aa  365  1e-99  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0818825  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3521  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.37 
 
 
529 aa  365  1e-99  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.598848  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2618  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.79 
 
 
531 aa  365  1e-99  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.497758  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0835  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.53 
 
 
523 aa  363  3e-99  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1018  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.19 
 
 
527 aa  363  5.0000000000000005e-99  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000612711 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0896  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.19 
 
 
527 aa  363  5.0000000000000005e-99  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.643854  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1082  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.64 
 
 
523 aa  363  6e-99  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3595  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.15 
 
 
531 aa  362  9e-99  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.86096  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2125  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.06 
 
 
531 aa  361  2e-98  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000018587  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1821  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.44 
 
 
523 aa  361  2e-98  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1501  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.35 
 
 
546 aa  360  3e-98  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2156  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.57 
 
 
526 aa  360  3e-98  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0012  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.64 
 
 
526 aa  359  6e-98  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.578759  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0009  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.04 
 
 
530 aa  358  9.999999999999999e-98  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0352108  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3759  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.08 
 
 
526 aa  357  1.9999999999999998e-97  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000435115  normal  0.110256 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0616  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.89 
 
 
528 aa  358  1.9999999999999998e-97  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.640549 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2428  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.75 
 
 
525 aa  354  2e-96  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2377  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.75 
 
 
525 aa  354  2e-96  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0567  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.22 
 
 
523 aa  353  2.9999999999999997e-96  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4685  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.39 
 
 
525 aa  353  5e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.436149 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0900  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.36 
 
 
523 aa  352  7e-96  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0527  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.88 
 
 
528 aa  352  1e-95  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.209223  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4196  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.72 
 
 
527 aa  351  2e-95  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1224  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.75 
 
 
523 aa  350  3e-95  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4778  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.8 
 
 
527 aa  350  5e-95  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.801669 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2852  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.1 
 
 
527 aa  348  1e-94  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00180336  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2087  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.85 
 
 
535 aa  348  1e-94  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0521319  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15551  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.64 
 
 
528 aa  348  1e-94  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2150  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.27 
 
 
528 aa  348  2e-94  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.204731  normal  0.434509 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3649  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.57 
 
 
526 aa  348  2e-94  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0277903  normal  0.752498 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3486  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.31 
 
 
531 aa  348  2e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.158391 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2968  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.3 
 
 
529 aa  347  4e-94  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15401  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.02 
 
 
528 aa  347  4e-94  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0931759  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0639  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.32 
 
 
535 aa  346  6e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.295873 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2197  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.84 
 
 
525 aa  345  1e-93  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000367655  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3318  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.59 
 
 
531 aa  345  1e-93  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.677421  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1119  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.36 
 
 
529 aa  345  1e-93  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.480596  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3161  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.51 
 
 
532 aa  345  1e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1760  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.54 
 
 
531 aa  344  2e-93  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2138  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.82 
 
 
525 aa  344  2e-93  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1452  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.5 
 
 
528 aa  344  2e-93  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3192  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.92 
 
 
531 aa  344  2e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1850  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.61 
 
 
527 aa  344  2e-93  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2650  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.65 
 
 
528 aa  343  4e-93  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0014  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.4 
 
 
526 aa  342  7e-93  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00744014  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0010  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.61 
 
 
531 aa  342  1e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.570425  hitchhiker  0.00544887 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0261  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.61 
 
 
531 aa  342  1e-92  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3905  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.76 
 
 
529 aa  342  1e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0660  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.02 
 
 
535 aa  342  1e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.288846 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2385  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.96 
 
 
523 aa  341  2e-92  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.917938  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0672  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.02 
 
 
535 aa  340  2.9999999999999998e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.472751  normal  0.0431754 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1315  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.57 
 
 
529 aa  340  2.9999999999999998e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.357791 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4789  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.85 
 
 
529 aa  340  2.9999999999999998e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2680  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.42 
 
 
540 aa  340  4e-92  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4340  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.53 
 
 
526 aa  340  4e-92  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1352  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.22 
 
 
534 aa  339  5.9999999999999996e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3063  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.62 
 
 
528 aa  339  7e-92  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.737613  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0020  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.22 
 
 
531 aa  339  7e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0271  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.6 
 
 
524 aa  338  9.999999999999999e-92  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.353808  unclonable  0.0000123013 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2813  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.34 
 
 
532 aa  338  9.999999999999999e-92  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2506  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.66 
 
 
528 aa  338  9.999999999999999e-92  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000305441 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3115  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.9 
 
 
535 aa  338  1.9999999999999998e-91  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00187643  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>