More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_1530 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013124  Afer_1530  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  100 
 
 
527 aa  1031    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3637  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  53.12 
 
 
529 aa  496  1e-139  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1093  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  52.36 
 
 
529 aa  487  1e-136  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2814  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  51.34 
 
 
529 aa  486  1e-136  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0837  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  50.95 
 
 
527 aa  482  1e-135  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.746889  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08910  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  50.68 
 
 
531 aa  478  1e-134  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3546  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  52.48 
 
 
531 aa  476  1e-133  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8047  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  51.05 
 
 
529 aa  476  1e-133  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0328727  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0010  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  47.89 
 
 
527 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.155189  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0174  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  49.41 
 
 
529 aa  462  1e-129  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.996447  normal  0.371451 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7791  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  52.54 
 
 
535 aa  456  1e-127  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.443673 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2856  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  49.9 
 
 
528 aa  456  1e-127  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1236  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  50.19 
 
 
531 aa  456  1e-127  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.276789 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1126  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  50.39 
 
 
531 aa  457  1e-127  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000124748 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6017  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  49.81 
 
 
532 aa  452  1.0000000000000001e-126  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.214925  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0614  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  52.66 
 
 
528 aa  451  1e-125  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.86187  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2125  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.21 
 
 
531 aa  449  1e-125  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000018587  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2428  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  46.01 
 
 
525 aa  447  1.0000000000000001e-124  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2377  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  46.01 
 
 
525 aa  447  1.0000000000000001e-124  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0709  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  50.3 
 
 
530 aa  442  1e-123  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.484859  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13011  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  50.78 
 
 
528 aa  442  1e-123  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000841945  normal  0.820914 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0012  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  45.63 
 
 
526 aa  439  9.999999999999999e-123  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.578759  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0271  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  49.05 
 
 
524 aa  438  1e-121  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.353808  unclonable  0.0000123013 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3375  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  46.02 
 
 
652 aa  437  1e-121  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1471  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  48.34 
 
 
530 aa  437  1e-121  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00147089  normal  0.075058 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3385  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  50.19 
 
 
536 aa  438  1e-121  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.367289  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3225  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  48.03 
 
 
531 aa  434  1e-120  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3759  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  45.75 
 
 
526 aa  435  1e-120  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000435115  normal  0.110256 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2156  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  45.08 
 
 
526 aa  432  1e-120  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2306  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  45.01 
 
 
531 aa  434  1e-120  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.551653  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0263  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  48.48 
 
 
524 aa  432  1e-120  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.542041  normal  0.03617 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1436  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  46.89 
 
 
524 aa  429  1e-119  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2385  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.29 
 
 
523 aa  430  1e-119  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.917938  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0014  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  44.11 
 
 
526 aa  429  1e-119  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00744014  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4312  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  49.05 
 
 
533 aa  432  1e-119  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2164  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.4 
 
 
534 aa  426  1e-118  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1501  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  45.85 
 
 
546 aa  427  1e-118  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1231  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.16 
 
 
529 aa  425  1e-118  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.325344  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4196  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  44.32 
 
 
527 aa  427  1e-118  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1224  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.43 
 
 
523 aa  426  1e-118  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1873  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  45.79 
 
 
526 aa  426  1e-118  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00847931 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2536  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  47.71 
 
 
529 aa  424  1e-117  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0175573  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2128  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  51.28 
 
 
528 aa  423  1e-117  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1850  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.34 
 
 
527 aa  424  1e-117  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1431  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.48 
 
 
523 aa  419  1e-116  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0875304 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4340  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.16 
 
 
526 aa  420  1e-116  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0439  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.45 
 
 
532 aa  420  1e-116  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0587451  normal  0.906143 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4778  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.21 
 
 
527 aa  419  1e-116  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.801669 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4234  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  50.69 
 
 
528 aa  420  1e-116  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.203577  normal  0.41809 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3620  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  46.29 
 
 
525 aa  417  9.999999999999999e-116  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.737909  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2276  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  47.58 
 
 
529 aa  417  9.999999999999999e-116  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000102369 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08560  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  50.1 
 
 
531 aa  415  9.999999999999999e-116  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.461142  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1887  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  44.49 
 
 
528 aa  413  1e-114  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0077  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  44.4 
 
 
528 aa  414  1e-114  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2197  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.38 
 
 
525 aa  409  1e-113  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000367655  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0527  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.5 
 
 
528 aa  409  1e-113  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.209223  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3063  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.6 
 
 
528 aa  410  1e-113  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.737613  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3595  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.86 
 
 
531 aa  410  1e-113  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.86096  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4068  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  51.53 
 
 
533 aa  411  1e-113  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.568841  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0567  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.11 
 
 
523 aa  409  1e-113  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15401  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.81 
 
 
528 aa  407  1.0000000000000001e-112  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0931759  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18780  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  47.74 
 
 
535 aa  406  1.0000000000000001e-112  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0156164  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2150  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.88 
 
 
528 aa  408  1.0000000000000001e-112  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.204731  normal  0.434509 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0793  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.1 
 
 
529 aa  407  1.0000000000000001e-112  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0432  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.39 
 
 
524 aa  405  1.0000000000000001e-112  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0599  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.86 
 
 
526 aa  404  1e-111  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0013465  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3192  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.08 
 
 
531 aa  404  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1890  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  48.99 
 
 
528 aa  402  1e-111  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.168381 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1910  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  48.24 
 
 
528 aa  405  1e-111  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.890693  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_539  phosphoglycerate dehydrogenase  41.67 
 
 
526 aa  404  1e-111  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.366241  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2722  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  44.65 
 
 
534 aa  402  1e-111  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0574  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.67 
 
 
526 aa  405  1e-111  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1956  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  48.24 
 
 
528 aa  405  1e-111  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.176743  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0039  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.08 
 
 
525 aa  404  1e-111  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00530837  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15551  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.43 
 
 
528 aa  402  1e-111  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05241  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  44.15 
 
 
528 aa  404  1e-111  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3486  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.26 
 
 
531 aa  404  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.158391 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1288  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.1 
 
 
531 aa  400  9.999999999999999e-111  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.605181  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1452  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.43 
 
 
528 aa  401  9.999999999999999e-111  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0835  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.54 
 
 
523 aa  399  9.999999999999999e-111  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15151  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.62 
 
 
528 aa  399  9.999999999999999e-111  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0926  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.75 
 
 
528 aa  397  1e-109  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3561  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.99 
 
 
541 aa  395  1e-109  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0818825  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1189  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.7 
 
 
535 aa  396  1e-109  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0009  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.46 
 
 
530 aa  397  1e-109  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0352108  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1082  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.34 
 
 
523 aa  397  1e-109  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3649  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.11 
 
 
526 aa  397  1e-109  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0277903  normal  0.752498 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1821  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.65 
 
 
523 aa  399  1e-109  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17821  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.75 
 
 
528 aa  396  1e-109  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.877269 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1814  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.96 
 
 
534 aa  393  1e-108  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.375906  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0020  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.24 
 
 
525 aa  393  1e-108  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.173691  hitchhiker  0.000002432 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2138  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.86 
 
 
525 aa  392  1e-108  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1779  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.96 
 
 
534 aa  393  1e-108  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.742834  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1543  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.68 
 
 
527 aa  394  1e-108  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00623773  hitchhiker  0.0000362163 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2618  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.03 
 
 
531 aa  390  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.497758  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1084  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  44.77 
 
 
524 aa  390  1e-107  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00214537  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0900  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.39 
 
 
523 aa  386  1e-106  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1018  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.07 
 
 
527 aa  386  1e-106  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000612711 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1826  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.34 
 
 
529 aa  388  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.94456 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0896  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.07 
 
 
527 aa  386  1e-106  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.643854  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>