More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_2856 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_08910  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  65.78 
 
 
531 aa  668    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2856  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  100 
 
 
528 aa  1036    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13011  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  77.46 
 
 
528 aa  766    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000841945  normal  0.820914 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3225  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  78.48 
 
 
531 aa  810    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6017  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  67.36 
 
 
532 aa  650    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.214925  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1910  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  75.38 
 
 
528 aa  734    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.890693  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1956  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  75.38 
 
 
528 aa  734    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.176743  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2128  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  75.95 
 
 
528 aa  716    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1890  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  75.38 
 
 
528 aa  734    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.168381 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4234  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  77.84 
 
 
528 aa  745    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.203577  normal  0.41809 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1471  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  60.69 
 
 
530 aa  596  1e-169  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00147089  normal  0.075058 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3546  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  57.12 
 
 
531 aa  573  1.0000000000000001e-162  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3637  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  58.17 
 
 
529 aa  566  1e-160  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0174  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  55.6 
 
 
529 aa  565  1e-160  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.996447  normal  0.371451 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1093  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  57.79 
 
 
529 aa  564  1.0000000000000001e-159  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7791  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  58.17 
 
 
535 aa  560  1e-158  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.443673 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2814  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  53.6 
 
 
529 aa  561  1e-158  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1126  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  56.84 
 
 
531 aa  558  1e-158  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000124748 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1236  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  56.84 
 
 
531 aa  560  1e-158  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.276789 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8047  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  54.92 
 
 
529 aa  555  1e-157  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0328727  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4068  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  60.46 
 
 
533 aa  545  1e-154  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.568841  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0709  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  57.2 
 
 
530 aa  546  1e-154  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.484859  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3385  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  56.19 
 
 
536 aa  538  1e-151  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.367289  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0614  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  56.36 
 
 
528 aa  530  1e-149  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.86187  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4312  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  57.01 
 
 
533 aa  530  1e-149  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2536  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  51.04 
 
 
529 aa  511  1e-143  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0175573  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2276  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  50.47 
 
 
529 aa  504  1e-141  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000102369 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18780  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  52.91 
 
 
535 aa  499  1e-140  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0156164  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08560  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  54.22 
 
 
531 aa  495  1e-139  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.461142  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1530  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  49.9 
 
 
527 aa  434  1e-120  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0837  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  44.03 
 
 
527 aa  400  9.999999999999999e-111  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.746889  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1873  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  44.55 
 
 
526 aa  392  1e-108  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00847931 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1269  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.25 
 
 
529 aa  386  1e-106  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0254425 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0639  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.24 
 
 
535 aa  385  1e-106  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.295873 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0009  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.31 
 
 
530 aa  383  1e-105  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0352108  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0672  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.66 
 
 
535 aa  382  1e-105  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.472751  normal  0.0431754 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4685  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.02 
 
 
525 aa  380  1e-104  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.436149 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2968  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.08 
 
 
529 aa  381  1e-104  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0660  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.66 
 
 
535 aa  381  1e-104  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.288846 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1315  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.81 
 
 
529 aa  379  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.357791 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1119  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.7 
 
 
529 aa  378  1e-103  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.480596  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0616  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.76 
 
 
528 aa  378  1e-103  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.640549 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0010  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.08 
 
 
527 aa  379  1e-103  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.155189  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0014  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.71 
 
 
526 aa  375  1e-103  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00744014  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1202  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.75 
 
 
528 aa  373  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.661102  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0012  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.83 
 
 
526 aa  375  1e-102  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.578759  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2680  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.41 
 
 
540 aa  373  1e-102  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3595  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.1 
 
 
531 aa  375  1e-102  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.86096  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3905  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.94 
 
 
529 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3318  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.55 
 
 
531 aa  375  1e-102  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.677421  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4789  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.04 
 
 
529 aa  375  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3561  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.64 
 
 
541 aa  374  1e-102  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0818825  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2306  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.2 
 
 
531 aa  370  1e-101  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.551653  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0261  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.07 
 
 
531 aa  372  1e-101  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4106  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42 
 
 
529 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.885327  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2618  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.97 
 
 
531 aa  370  1e-101  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.497758  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1760  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.44 
 
 
531 aa  370  1e-101  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3021  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.62 
 
 
531 aa  369  1e-101  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.487247 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0814  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.81 
 
 
529 aa  369  1e-101  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.119542  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3192  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.57 
 
 
531 aa  368  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0010  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.83 
 
 
531 aa  367  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.570425  hitchhiker  0.00544887 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1352  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.63 
 
 
534 aa  365  1e-100  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3521  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.91 
 
 
529 aa  368  1e-100  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.598848  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2138  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.83 
 
 
525 aa  366  1e-100  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0835  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.77 
 
 
523 aa  366  1e-100  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3486  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.24 
 
 
531 aa  368  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.158391 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0020  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.63 
 
 
531 aa  365  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1826  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.66 
 
 
529 aa  364  2e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.94456 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0567  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.49 
 
 
523 aa  364  2e-99  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4467  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.71 
 
 
526 aa  364  2e-99  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0468875  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2428  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.53 
 
 
525 aa  363  3e-99  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2377  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.53 
 
 
525 aa  363  3e-99  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0896  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.11 
 
 
527 aa  363  4e-99  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.643854  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1018  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.11 
 
 
527 aa  363  4e-99  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000612711 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1229  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.03 
 
 
533 aa  363  5.0000000000000005e-99  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.270378  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1685  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.33 
 
 
533 aa  362  1e-98  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.447631  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1082  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.27 
 
 
523 aa  362  1e-98  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1629  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.33 
 
 
533 aa  362  1e-98  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3161  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.12 
 
 
532 aa  361  1e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1821  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.12 
 
 
523 aa  362  1e-98  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2650  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.74 
 
 
528 aa  360  3e-98  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3649  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.38 
 
 
526 aa  360  3e-98  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0277903  normal  0.752498 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1436  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.27 
 
 
524 aa  359  6e-98  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2852  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.45 
 
 
527 aa  359  8e-98  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00180336  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1850  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.62 
 
 
527 aa  358  9.999999999999999e-98  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0900  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.61 
 
 
523 aa  358  1.9999999999999998e-97  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2125  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.26 
 
 
531 aa  357  3.9999999999999996e-97  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000018587  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1189  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.66 
 
 
535 aa  355  1e-96  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6798  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.13 
 
 
531 aa  354  2e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.902777  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2156  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.07 
 
 
526 aa  353  2.9999999999999997e-96  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1376  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.31 
 
 
528 aa  353  2.9999999999999997e-96  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2197  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.67 
 
 
525 aa  353  5e-96  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000367655  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2164  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.12 
 
 
534 aa  352  7e-96  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4340  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.25 
 
 
526 aa  352  8.999999999999999e-96  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1423  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.58 
 
 
527 aa  352  8.999999999999999e-96  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0271  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.34 
 
 
524 aa  351  2e-95  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.353808  unclonable  0.0000123013 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3759  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.06 
 
 
526 aa  350  3e-95  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000435115  normal  0.110256 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0020  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.8 
 
 
525 aa  350  4e-95  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.173691  hitchhiker  0.000002432 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3375  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.69 
 
 
652 aa  350  4e-95  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1501  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.58 
 
 
546 aa  349  7e-95  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>