More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_4068 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_1471  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  65.25 
 
 
530 aa  640    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00147089  normal  0.075058 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7791  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  66.04 
 
 
535 aa  657    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.443673 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2814  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  63.88 
 
 
529 aa  679    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3637  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  69.77 
 
 
529 aa  710    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1236  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  68.25 
 
 
531 aa  681    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.276789 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3546  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  63.95 
 
 
531 aa  666    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1093  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  70.72 
 
 
529 aa  718    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1126  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  69.2 
 
 
531 aa  689    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000124748 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0709  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  65.84 
 
 
530 aa  665    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.484859  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4068  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  100 
 
 
533 aa  1036    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.568841  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3385  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  64.95 
 
 
536 aa  644    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.367289  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0174  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  63.05 
 
 
529 aa  649    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.996447  normal  0.371451 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8047  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  64.38 
 
 
529 aa  671    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0328727  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0614  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  64.11 
 
 
528 aa  625  1e-178  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.86187  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4312  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  64.35 
 
 
533 aa  625  1e-178  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6017  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  64.84 
 
 
532 aa  622  1e-177  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.214925  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08910  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  61.1 
 
 
531 aa  615  1e-175  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2856  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  60.46 
 
 
528 aa  600  1e-170  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2536  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  57.69 
 
 
529 aa  596  1e-169  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0175573  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2276  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  57.12 
 
 
529 aa  589  1e-167  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000102369 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3225  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  58.75 
 
 
531 aa  583  1.0000000000000001e-165  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13011  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  60.27 
 
 
528 aa  568  1e-161  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000841945  normal  0.820914 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08560  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  60.83 
 
 
531 aa  569  1e-161  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.461142  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4234  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  59.7 
 
 
528 aa  555  1e-156  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.203577  normal  0.41809 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18780  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  57.04 
 
 
535 aa  550  1e-155  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0156164  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1910  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  58.94 
 
 
528 aa  541  1e-153  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.890693  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1956  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  58.94 
 
 
528 aa  541  1e-153  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.176743  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1890  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  58.94 
 
 
528 aa  541  1e-153  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.168381 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2128  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  59.13 
 
 
528 aa  536  1e-151  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1530  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  51.53 
 
 
527 aa  444  1e-123  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0837  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  45.9 
 
 
527 aa  438  1e-121  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.746889  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0010  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  45.61 
 
 
527 aa  414  1e-114  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.155189  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3561  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  46.77 
 
 
541 aa  412  1e-114  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0818825  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0012  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.84 
 
 
526 aa  409  1e-113  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.578759  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0009  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.69 
 
 
530 aa  408  1.0000000000000001e-112  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0352108  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4685  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.18 
 
 
525 aa  399  9.999999999999999e-111  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.436149 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2428  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.25 
 
 
525 aa  397  1e-109  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1873  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  44.12 
 
 
526 aa  396  1e-109  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00847931 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2377  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.25 
 
 
525 aa  397  1e-109  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0014  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.81 
 
 
526 aa  397  1e-109  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00744014  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2156  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40 
 
 
526 aa  394  1e-108  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3759  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.57 
 
 
526 aa  394  1e-108  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000435115  normal  0.110256 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1821  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.65 
 
 
523 aa  394  1e-108  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3595  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.15 
 
 
531 aa  391  1e-107  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.86096  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1436  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.67 
 
 
524 aa  391  1e-107  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0835  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.57 
 
 
523 aa  387  1e-106  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3905  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.82 
 
 
529 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0616  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.3 
 
 
528 aa  385  1e-106  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.640549 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1082  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.08 
 
 
523 aa  387  1e-106  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1315  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.26 
 
 
529 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.357791 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0261  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.54 
 
 
531 aa  382  1e-105  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4789  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.77 
 
 
529 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1231  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.12 
 
 
529 aa  383  1e-105  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.325344  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4778  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.09 
 
 
527 aa  380  1e-104  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.801669 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1501  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.98 
 
 
546 aa  380  1e-104  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2680  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.09 
 
 
540 aa  380  1e-104  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4106  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.01 
 
 
529 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.885327  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3375  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.11 
 
 
652 aa  382  1e-104  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2618  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.58 
 
 
531 aa  380  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.497758  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1850  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.42 
 
 
527 aa  379  1e-104  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0900  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.87 
 
 
523 aa  382  1e-104  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2125  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.99 
 
 
531 aa  378  1e-103  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000018587  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0439  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.53 
 
 
532 aa  379  1e-103  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0587451  normal  0.906143 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2164  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.6 
 
 
534 aa  379  1e-103  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3521  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.39 
 
 
529 aa  374  1e-102  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.598848  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2306  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.41 
 
 
531 aa  374  1e-102  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.551653  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2968  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.07 
 
 
529 aa  375  1e-102  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0527  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.13 
 
 
528 aa  375  1e-102  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.209223  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2150  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.89 
 
 
528 aa  375  1e-102  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.204731  normal  0.434509 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2852  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.26 
 
 
527 aa  374  1e-102  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00180336  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2138  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.23 
 
 
525 aa  372  1e-102  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3649  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.49 
 
 
526 aa  373  1e-102  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0277903  normal  0.752498 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2650  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.19 
 
 
528 aa  372  1e-102  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15551  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.11 
 
 
528 aa  374  1e-102  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05241  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.7 
 
 
528 aa  372  1e-102  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1760  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.87 
 
 
531 aa  374  1e-102  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3486  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.02 
 
 
531 aa  371  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.158391 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1452  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.3 
 
 
528 aa  369  1e-101  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0020  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.91 
 
 
525 aa  370  1e-101  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.173691  hitchhiker  0.000002432 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3063  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.88 
 
 
528 aa  370  1e-101  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.737613  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0574  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.96 
 
 
526 aa  371  1e-101  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4340  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.88 
 
 
526 aa  371  1e-101  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4196  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.87 
 
 
527 aa  369  1e-101  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3192  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.02 
 
 
531 aa  370  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0010  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.8 
 
 
531 aa  370  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.570425  hitchhiker  0.00544887 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17821  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.21 
 
 
528 aa  369  1e-101  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.877269 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15401  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.3 
 
 
528 aa  372  1e-101  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0931759  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0599  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.96 
 
 
526 aa  367  1e-100  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0013465  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0926  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.02 
 
 
528 aa  368  1e-100  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0039  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.4 
 
 
525 aa  366  1e-100  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00530837  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1119  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.58 
 
 
529 aa  366  1e-100  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.480596  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_539  phosphoglycerate dehydrogenase  39.76 
 
 
526 aa  367  1e-100  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.366241  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2197  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.34 
 
 
525 aa  365  1e-99  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000367655  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1202  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.15 
 
 
528 aa  364  2e-99  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.661102  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1018  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.13 
 
 
527 aa  364  3e-99  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000612711 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0639  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.34 
 
 
535 aa  363  3e-99  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.295873 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0896  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.13 
 
 
527 aa  364  3e-99  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.643854  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1826  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.76 
 
 
529 aa  364  3e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.94456 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3115  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.19 
 
 
535 aa  363  4e-99  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00187643  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3161  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.19 
 
 
532 aa  363  4e-99  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>