More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_1236 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_0174  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  64.84 
 
 
529 aa  664    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.996447  normal  0.371451 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3546  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  65.65 
 
 
531 aa  679    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0614  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  65.78 
 
 
528 aa  639    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.86187  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4312  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  70.38 
 
 
533 aa  700    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8047  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  64.78 
 
 
529 aa  667    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0328727  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3637  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  67.67 
 
 
529 aa  688    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1236  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  100 
 
 
531 aa  1030    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.276789 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1126  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  96.99 
 
 
531 aa  999    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000124748 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1093  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  68.63 
 
 
529 aa  699    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0709  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  65.28 
 
 
530 aa  647    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.484859  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2814  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  63.65 
 
 
529 aa  670    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4068  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  68.25 
 
 
533 aa  628  1e-179  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.568841  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7791  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  63.52 
 
 
535 aa  625  1e-178  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.443673 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3385  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  64.45 
 
 
536 aa  619  1e-176  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.367289  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08910  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  60.91 
 
 
531 aa  615  1e-175  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6017  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  61.98 
 
 
532 aa  588  1e-167  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.214925  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1471  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  59.46 
 
 
530 aa  590  1e-167  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00147089  normal  0.075058 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2536  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  58.22 
 
 
529 aa  576  1.0000000000000001e-163  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0175573  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2276  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  57.66 
 
 
529 aa  572  1.0000000000000001e-162  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000102369 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2856  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  56.84 
 
 
528 aa  560  1e-158  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3225  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  55.32 
 
 
531 aa  550  1e-155  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13011  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  56.27 
 
 
528 aa  528  1e-149  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000841945  normal  0.820914 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08560  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  57.37 
 
 
531 aa  531  1e-149  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.461142  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18780  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  54.89 
 
 
535 aa  527  1e-148  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0156164  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4234  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  57.22 
 
 
528 aa  528  1e-148  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.203577  normal  0.41809 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2128  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  56.93 
 
 
528 aa  513  1e-144  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1910  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  54.37 
 
 
528 aa  501  1e-141  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.890693  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1956  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  54.37 
 
 
528 aa  501  1e-141  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.176743  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1890  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  54.37 
 
 
528 aa  502  1e-141  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.168381 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1530  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  50.19 
 
 
527 aa  438  1e-121  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0837  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.92 
 
 
527 aa  414  1e-114  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.746889  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0010  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.71 
 
 
527 aa  403  1e-111  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.155189  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0009  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.83 
 
 
530 aa  399  9.999999999999999e-111  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0352108  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0012  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.52 
 
 
526 aa  389  1e-107  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.578759  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0014  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.9 
 
 
526 aa  390  1e-107  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00744014  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4340  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.09 
 
 
526 aa  387  1e-106  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2306  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.8 
 
 
531 aa  383  1e-105  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.551653  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0599  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.59 
 
 
526 aa  377  1e-103  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0013465  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1436  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.15 
 
 
524 aa  377  1e-103  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2125  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.27 
 
 
531 aa  377  1e-103  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000018587  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_539  phosphoglycerate dehydrogenase  40.4 
 
 
526 aa  377  1e-103  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.366241  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0574  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.2 
 
 
526 aa  378  1e-103  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1224  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.04 
 
 
523 aa  378  1e-103  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2156  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.97 
 
 
526 aa  374  1e-102  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3759  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.75 
 
 
526 aa  375  1e-102  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000435115  normal  0.110256 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3375  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.87 
 
 
652 aa  372  1e-102  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2428  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.5 
 
 
525 aa  372  1e-101  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1501  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.61 
 
 
546 aa  370  1e-101  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2377  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.5 
 
 
525 aa  372  1e-101  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0835  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.03 
 
 
523 aa  371  1e-101  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0567  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.49 
 
 
523 aa  369  1e-101  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1431  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.55 
 
 
523 aa  368  1e-100  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0875304 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0527  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.81 
 
 
528 aa  365  1e-100  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.209223  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11540  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.1 
 
 
527 aa  367  1e-100  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00507142  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2150  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.81 
 
 
528 aa  367  1e-100  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.204731  normal  0.434509 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0259  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.19 
 
 
529 aa  365  1e-100  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1082  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.45 
 
 
523 aa  366  1e-100  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2164  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.41 
 
 
534 aa  366  1e-100  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1873  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.84 
 
 
526 aa  369  1e-100  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00847931 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1821  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.25 
 
 
523 aa  367  1e-100  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3860  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.14 
 
 
539 aa  365  1e-99  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000678395  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1231  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.08 
 
 
529 aa  363  5.0000000000000005e-99  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.325344  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2197  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40 
 
 
525 aa  362  7.0000000000000005e-99  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000367655  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2699  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.71 
 
 
528 aa  362  8e-99  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000000966677  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0900  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.45 
 
 
523 aa  360  4e-98  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05241  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.08 
 
 
528 aa  359  6e-98  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4778  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.16 
 
 
527 aa  358  9.999999999999999e-98  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.801669 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0020  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.86 
 
 
525 aa  358  1.9999999999999998e-97  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.173691  hitchhiker  0.000002432 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0039  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.19 
 
 
525 aa  358  1.9999999999999998e-97  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00530837  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3595  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.75 
 
 
531 aa  357  3.9999999999999996e-97  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.86096  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1189  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.46 
 
 
535 aa  355  7.999999999999999e-97  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3561  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.58 
 
 
541 aa  355  8.999999999999999e-97  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0818825  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2618  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.16 
 
 
531 aa  354  2.9999999999999997e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.497758  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1850  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.1 
 
 
527 aa  354  2.9999999999999997e-96  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2385  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.6 
 
 
523 aa  353  4e-96  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.917938  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17821  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.1 
 
 
528 aa  353  4e-96  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.877269 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0926  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.1 
 
 
528 aa  353  5e-96  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1452  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.36 
 
 
528 aa  353  5e-96  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15401  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.98 
 
 
528 aa  351  1e-95  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0931759  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2852  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.69 
 
 
527 aa  350  3e-95  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00180336  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15151  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.4 
 
 
528 aa  350  3e-95  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3521  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.8 
 
 
529 aa  350  5e-95  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.598848  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4106  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.46 
 
 
529 aa  349  8e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.885327  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2138  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.37 
 
 
525 aa  348  1e-94  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0439  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.66 
 
 
532 aa  348  1e-94  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0587451  normal  0.906143 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1018  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.3 
 
 
527 aa  348  1e-94  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000612711 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0896  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.3 
 
 
527 aa  348  1e-94  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.643854  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2968  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.2 
 
 
529 aa  348  2e-94  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2087  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.03 
 
 
535 aa  348  2e-94  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0521319  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4196  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.48 
 
 
527 aa  348  2e-94  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3649  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.84 
 
 
526 aa  348  2e-94  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0277903  normal  0.752498 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15551  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.6 
 
 
528 aa  348  2e-94  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1315  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.27 
 
 
529 aa  347  3e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.357791 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1737  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.77 
 
 
541 aa  347  4e-94  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3063  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.77 
 
 
528 aa  347  4e-94  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.737613  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0261  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.23 
 
 
531 aa  346  6e-94  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3161  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.66 
 
 
532 aa  345  1e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3486  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.75 
 
 
531 aa  345  1e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.158391 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3192  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.55 
 
 
531 aa  343  4e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0271  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.48 
 
 
524 aa  343  5e-93  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.353808  unclonable  0.0000123013 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>