106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0255 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0255  CopY family transcriptional regulator  100 
 
 		 185 aa  361  3e-99  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6581  CopY family transcriptional regulator  92.17 
 
 		 182 aa  182  2.0000000000000003e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0951  transcriptional repressor, CopY family  59.29 
 
 		 118 aa  120  9.999999999999999e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.778736  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0305  transcriptional repressor, CopY family  59.65 
 
 		 129 aa  117  9e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2916  transcriptional regulator  57.66 
 
 		 154 aa  116  1.9999999999999998e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.214905  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0769  CopY family transcriptional regulator  48.7 
 
 		 159 aa  113  1.0000000000000001e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.585714  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4332  transcriptional repressor, CopY family  56.64 
 
 		 120 aa  112  4.0000000000000004e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.781234 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2313  transcriptional repressor, CopY family  55.56 
 
 		 129 aa  111  5e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37280  predicted transcriptional regulator  56.14 
 
 		 127 aa  109  2.0000000000000002e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.122249 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1621  CopY family transcriptional regulator  51.2 
 
 		 128 aa  108  5e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00707917  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0825  penicillinase repressor  50.35 
 
 		 144 aa  108  5e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.118786 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0684  transcriptional repressor, CopY family  52.5 
 
 		 133 aa  108  5e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1615  transcriptional repressor, CopY family  51.18 
 
 		 127 aa  106  2e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000186217 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11874  transcriptional regulator  51.64 
 
 		 138 aa  105  3e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0126364  normal  0.333827 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4544  transcriptional repressor, CopY family  54.39 
 
 		 125 aa  105  3e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0241416  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2760  Penicillinase repressor  52.14 
 
 		 132 aa  104  8e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0602236  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1643  transcriptional repressor, CopY family  54.9 
 
 		 131 aa  102  3e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.460191  normal  0.0845343 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3766  transcriptional repressor, CopY family  53.51 
 
 		 116 aa  100  2e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0962354  normal  0.434319 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0490  CopY family transcriptional repressor  55.88 
 
 		 107 aa  99  3e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.817157  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4145  transcriptional repressor, CopY family  46.49 
 
 		 122 aa  98.6  5e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00725866  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5639  transcriptional repressor, CopY family  43.8 
 
 		 131 aa  97.8  9e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0388648 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4745  transcriptional repressor, CopY family  48.25 
 
 		 118 aa  95.5  4e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.603775  normal  0.696635 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3357  CopY family transcriptional regulator  51.89 
 
 		 138 aa  95.1  5e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.58823 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3087  CopY family transcriptional regulator  50.47 
 
 		 138 aa  94.4  1e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.449228  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2810  CopY family transcriptional regulator  49.53 
 
 		 138 aa  90.9  8e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0321603  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2854  CopY family transcriptional regulator  49.53 
 
 		 138 aa  90.9  8e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2837  CopY family transcriptional regulator  49.53 
 
 		 138 aa  90.9  8e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5737  CopY family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 130 aa  91.3  8e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3609  transcriptional repressor, CopY family  50.43 
 
 		 121 aa  89.4  3e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0225174  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4974  transcriptional repressor, CopY family  49.55 
 
 		 118 aa  85.9  3e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2606  Penicillinase repressor  38.94 
 
 		 126 aa  82.4  0.000000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4231  Penicillinase repressor  38.94 
 
 		 126 aa  82.4  0.000000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0567  regulator  40 
 
 		 126 aa  81.3  0.000000000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2619  Penicillinase repressor  39.82 
 
 		 123 aa  81.3  0.000000000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01860  predicted transcriptional regulator  42.98 
 
 		 131 aa  79  0.00000000000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3680  transcriptional repressor, CopY family  40.71 
 
 		 139 aa  78.6  0.00000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0024  transcriptional repressor, CopY family  36.84 
 
 		 122 aa  77  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0474358  normal  0.79806 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0896  CopY family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 139 aa  76.3  0.0000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4517  CopY family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 141 aa  75.1  0.0000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5717  CopY family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 121 aa  74.7  0.0000000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.679694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3655  CopY family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 121 aa  74.7  0.0000000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5291  CopY family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 121 aa  74.7  0.0000000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.17183 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3630  transcriptional repressor, CopY family  39.22 
 
 		 122 aa  74.7  0.0000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.336227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4563  CopY family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 120 aa  73.2  0.000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.673989  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1663  transcriptional repressor, CopY family  43.64 
 
 		 114 aa  72.8  0.000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000951511  normal  0.067843 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3706  CopY family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 166 aa  70.9  0.00000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.450993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5379  CopY family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 153 aa  70.9  0.00000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1441  CopY family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 120 aa  70.1  0.00000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1459  CopY family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 120 aa  70.1  0.00000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.676061 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2816  CopY family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 128 aa  69.7  0.00000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1350  transcriptional repressor, CopY family  41.44 
 
 		 122 aa  70.1  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5668  CopY family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 127 aa  69.3  0.00000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5343  CopY family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 127 aa  69.3  0.00000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.813895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4514  CopY family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 129 aa  68.6  0.00000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4479  CopY family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 141 aa  68.2  0.00000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.565601 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9018  transcriptional repressor, CopY family  38.53 
 
 		 119 aa  65.5  0.0000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.247062 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4494  CopY family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 140 aa  62  0.000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000131779  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1403  hypothetical protein  44.44 
 
 		 146 aa  60.1  0.00000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1590  hypothetical protein  43.75 
 
 		 146 aa  59.7  0.00000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0532  CopY family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 139 aa  59.7  0.00000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.465688 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5556  CopY family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 124 aa  58.5  0.00000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.223258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1285  CopY family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 139 aa  58.2  0.00000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.237344 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2233  CopY family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 133 aa  56.2  0.0000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.375979 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4311  transcriptional repressor, CopY family  38.6 
 
 		 141 aa  55.8  0.0000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.972476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2853  CopY family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 148 aa  55.1  0.0000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0075  hypothetical protein  38.1 
 
 		 140 aa  54.7  0.0000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.0391705  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1605  transcriptional repressor, CopY family  32.29 
 
 		 139 aa  54.7  0.0000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.809154  normal  0.110502 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3667  transcriptional repressor, CopY family  38.36 
 
 		 130 aa  53.5  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2556  transcriptional repressor, CopY family  39.51 
 
 		 109 aa  52.8  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000130945  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1882  CopY family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 140 aa  52  0.000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.128581  normal  0.417671 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5186  transcriptional repressor, CopY family  39.71 
 
 		 121 aa  52  0.000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4290  transcriptional repressor, CopY family  35.65 
 
 		 132 aa  51.2  0.000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4391  transcriptional repressor, CopY family  34.62 
 
 		 133 aa  50.4  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.206769  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3999  transcriptional regulator, TrmB  32.35 
 
 		 125 aa  50.1  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5280  CopY family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 149 aa  50.1  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.219064  normal  0.353762 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1790  hypothetical protein  32.43 
 
 		 137 aa  48.9  0.00005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1902  hypothetical protein  31.08 
 
 		 137 aa  48.1  0.00008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000462364  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3586  putative penicillinase repressor, transcriptional regulatory protein  38.78 
 
 		 126 aa  47  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0551529 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3889  CopY family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 133 aa  46.6  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.976085 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1141  Penicillinase repressor  36.07 
 
 		 127 aa  47  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6204  transcriptional repressor, CopY family  31.4 
 
 		 130 aa  46.6  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.783598  normal  0.478416 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0290  penicillinase repressor  32.04 
 
 		 135 aa  46.2  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.837655  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2840  CopY family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 119 aa  46.2  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.941683  normal  0.299487 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3494  transcriptional repressor, CopY family  36.11 
 
 		 139 aa  45.8  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4388  transcriptional regulator, TrmB  34.67 
 
 		 125 aa  45.4  0.0004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.503101 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3554  hypothetical protein  30.67 
 
 		 137 aa  45.4  0.0004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.404562  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0967  transcriptional repressor, CopY family  36.71 
 
 		 121 aa  45.8  0.0004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.624579  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1849  hypothetical protein  29.73 
 
 		 137 aa  45.4  0.0005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0126264  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1645  hypothetical protein  29.73 
 
 		 137 aa  45.4  0.0005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00404196  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1624  hypothetical protein  29.73 
 
 		 137 aa  45.4  0.0005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0362739  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1594  hypothetical protein  29.73 
 
 		 137 aa  45.4  0.0005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000464586  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1776  hypothetical protein  29.73 
 
 		 137 aa  45.4  0.0005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.990968  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1826  hypothetical protein  29.73 
 
 		 137 aa  45.4  0.0005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2622  transcriptional repressor, CopY family  36.11 
 
 		 139 aa  45.4  0.0005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0170436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3296  CopY family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 125 aa  44.7  0.0007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4098  CopY family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 144 aa  44.7  0.0007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.088589  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4382  putative transcriptional regulator  31.71 
 
 		 126 aa  43.9  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0578  penicillinase repressor  34.85 
 
 		 126 aa  43.9  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2523  transcriptional repressor, CopY family protein  33.72 
 
 		 127 aa  43.9  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1644  CopY family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 138 aa  43.9  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.204301  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>