83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_4388 on replicon NC_008573
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008573  Shewana3_4388  transcriptional regulator, TrmB  100 
 
 		 125 aa  253  8e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.503101 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3999  transcriptional regulator, TrmB  93.6 
 
 		 125 aa  238  2e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2523  transcriptional repressor, CopY family protein  73.98 
 
 		 127 aa  191  2e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4098  CopY family transcriptional regulator  43.09 
 
 		 144 aa  104  3e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.088589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0290  penicillinase repressor  46.22 
 
 		 135 aa  104  5e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.837655  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31060  hypothetical protein  43.22 
 
 		 205 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000454841  unclonable  1.93653e-22 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4391  transcriptional repressor, CopY family  42.86 
 
 		 133 aa  94.7  3e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.206769  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1351  transcriptional repressor, CopY family protein  42.59 
 
 		 128 aa  89.7  1e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.204472  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01860  predicted transcriptional regulator  36 
 
 		 131 aa  72  0.000000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37280  predicted transcriptional regulator  42.31 
 
 		 127 aa  64.7  0.0000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.122249 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1605  transcriptional repressor, CopY family  26.67 
 
 		 139 aa  59.7  0.00000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.809154  normal  0.110502 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2853  CopY family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 148 aa  60.1  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4494  CopY family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 140 aa  58.9  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000131779  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2760  Penicillinase repressor  34.02 
 
 		 132 aa  58.2  0.00000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0602236  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5737  CopY family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 130 aa  58.2  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5556  CopY family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 124 aa  57.4  0.00000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.223258  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2313  transcriptional repressor, CopY family  38.96 
 
 		 129 aa  57  0.00000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3357  CopY family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 138 aa  55.5  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.58823 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2854  CopY family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 138 aa  55.5  0.0000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2837  CopY family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 138 aa  55.5  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3087  CopY family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 138 aa  55.1  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.449228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1285  CopY family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 139 aa  55.1  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.237344 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2810  CopY family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 138 aa  55.5  0.0000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0321603  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0684  transcriptional repressor, CopY family  37.04 
 
 		 133 aa  53.9  0.0000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0532  CopY family transcriptional regulator  23.48 
 
 		 139 aa  53.9  0.0000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.465688 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1459  CopY family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 120 aa  53.1  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.676061 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1441  CopY family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 120 aa  53.1  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11874  transcriptional regulator  31.46 
 
 		 138 aa  52.8  0.000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0126364  normal  0.333827 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1643  transcriptional repressor, CopY family  33.33 
 
 		 131 aa  51.6  0.000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.460191  normal  0.0845343 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0825  penicillinase repressor  37.35 
 
 		 144 aa  52  0.000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.118786 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0951  transcriptional repressor, CopY family  34.21 
 
 		 118 aa  51.6  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.778736  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2641  transcriptional regulator, TrmB  34.15 
 
 		 127 aa  51.2  0.000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0464026  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4311  transcriptional repressor, CopY family  28.1 
 
 		 141 aa  51.2  0.000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.972476  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4332  transcriptional repressor, CopY family  34.62 
 
 		 120 aa  51.2  0.000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.781234 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00309  Penicillinase repressor  50.98 
 
 		 56 aa  50.8  0.000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4974  transcriptional repressor, CopY family  34.67 
 
 		 118 aa  50.1  0.000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2816  CopY family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 128 aa  49.7  0.00001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5639  transcriptional repressor, CopY family  32.56 
 
 		 131 aa  50.1  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0388648 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2916  transcriptional regulator  34.62 
 
 		 154 aa  49.3  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.214905  n/a   
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5379  CopY family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 153 aa  48.9  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5343  CopY family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 127 aa  49.3  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.813895  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5668  CopY family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 127 aa  49.3  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3352  transcriptional repressor, CopY family  27.68 
 
 		 128 aa  49.3  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4745  transcriptional repressor, CopY family  35.37 
 
 		 118 aa  49.3  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.603775  normal  0.696635 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3706  CopY family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 166 aa  48.5  0.00003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.450993  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3767  CopY family transcriptional repressor  24.8 
 
 		 139 aa  48.1  0.00004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.164667  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0498  CopY family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 139 aa  47.8  0.00005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.584865 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2564  CopY family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 140 aa  47.4  0.00006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0076  transcriptional repressor, CopY family  27.05 
 
 		 128 aa  47.8  0.00006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.726818  normal  0.662911 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3494  transcriptional repressor, CopY family  26.98 
 
 		 139 aa  47.4  0.00006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4145  transcriptional repressor, CopY family  34.88 
 
 		 122 aa  47.4  0.00006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00725866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4517  CopY family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 141 aa  47.4  0.00007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2622  transcriptional repressor, CopY family  26.98 
 
 		 139 aa  47.4  0.00007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0170436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5717  CopY family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 121 aa  47  0.00009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.679694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3655  CopY family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 121 aa  47  0.00009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5291  CopY family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 121 aa  47  0.00009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.17183 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0896  CopY family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 139 aa  47  0.00009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0769  CopY family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 159 aa  46.6  0.0001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.585714  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4544  transcriptional repressor, CopY family  35.9 
 
 		 125 aa  46.6  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0241416  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3667  transcriptional repressor, CopY family  26.27 
 
 		 130 aa  46.6  0.0001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0255  CopY family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 185 aa  45.4  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1350  transcriptional repressor, CopY family  39.44 
 
 		 122 aa  46.2  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3766  transcriptional repressor, CopY family  36.25 
 
 		 116 aa  46.2  0.0002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0962354  normal  0.434319 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4514  CopY family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 129 aa  45.8  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3630  transcriptional repressor, CopY family  33.77 
 
 		 122 aa  46.2  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.336227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4563  CopY family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 120 aa  45.1  0.0004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.673989  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4282  transcriptional repressor, CopY family  26.19 
 
 		 142 aa  44.3  0.0006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3225  transcriptional repressor, CopY family  28.45 
 
 		 121 aa  44.3  0.0006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.182385  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3429  transcriptional repressor, CopY family  22.4 
 
 		 123 aa  44.3  0.0006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.819538  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3680  transcriptional repressor, CopY family  34.85 
 
 		 139 aa  43.1  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5280  CopY family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 149 aa  42.4  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.219064  normal  0.353762 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0359  CopY family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 122 aa  42  0.002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.666305 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2142  CopY family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 130 aa  42  0.002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.325229 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0305  transcriptional repressor, CopY family  32.05 
 
 		 129 aa  42  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3586  putative penicillinase repressor, transcriptional regulatory protein  28.57 
 
 		 126 aa  41.6  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0551529 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0182  CopY family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 139 aa  42  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1287  transcriptional repressor, CopY family  24.55 
 
 		 119 aa  41.6  0.004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.58486  normal  0.221741 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2928  CopY family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 122 aa  41.6  0.004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.315918  normal  0.877498 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0024  transcriptional repressor, CopY family  31.17 
 
 		 122 aa  40.8  0.006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0474358  normal  0.79806 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4479  CopY family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 141 aa  40.8  0.006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.565601 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0490  CopY family transcriptional repressor  39.02 
 
 		 107 aa  40.8  0.006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.817157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3889  CopY family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 133 aa  40.4  0.008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.976085 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0677  penicillinase repressor  24.47 
 
 		 133 aa  40.4  0.008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>