226 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_1732 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_1732  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  100 
 
 
322 aa  665    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0719  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  72.33 
 
 
324 aa  483  1e-135  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.534448 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0265  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  64.19 
 
 
317 aa  425  1e-118  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.595947  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3755  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  65.37 
 
 
321 aa  417  9.999999999999999e-116  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0767  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  58.61 
 
 
319 aa  405  1.0000000000000001e-112  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2137  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  58.45 
 
 
317 aa  377  1e-103  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1246  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  59.12 
 
 
317 aa  376  1e-103  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.200947 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0271  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  57.67 
 
 
317 aa  370  1e-101  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.113366 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1039  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  56.67 
 
 
315 aa  358  5e-98  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.370707  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2953  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  52.3 
 
 
312 aa  339  4e-92  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.617485 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3332  Ni-Fe hydrogenase, small subunit:twin-arginine translocation pathway signal  52.65 
 
 
379 aa  319  3.9999999999999996e-86  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2056  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  51.66 
 
 
373 aa  315  4e-85  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0872  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  48.1 
 
 
377 aa  311  1e-83  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0545  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  48.34 
 
 
373 aa  297  1e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0526  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  51.71 
 
 
393 aa  296  3e-79  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.428273  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3139  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  45.79 
 
 
368 aa  294  2e-78  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0782  nickel-dependent hydrogenase, small subunit  47.04 
 
 
367 aa  293  3e-78  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0547122  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1123  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  45.79 
 
 
368 aa  293  4e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0514  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  49.02 
 
 
374 aa  292  6e-78  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.935474  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0509  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  49.02 
 
 
374 aa  292  6e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0481  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  48.37 
 
 
374 aa  289  3e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1903  thymidylate kinase (dTMP kinase)  46.77 
 
 
381 aa  286  2.9999999999999996e-76  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0537168  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0123  nickel-dependent hydrogenase, small subunit  50 
 
 
361 aa  285  5e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.799752  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0144  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  45.82 
 
 
376 aa  285  9e-76  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1943  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  45.94 
 
 
378 aa  284  2.0000000000000002e-75  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.162149  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1765  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  44.89 
 
 
378 aa  280  2e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1403  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase, small subunit  45.83 
 
 
360 aa  280  3e-74  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3974  Ni-Fe hydrogenase, small subunit:twin-arginine translocation pathway signal  49.35 
 
 
394 aa  280  3e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.871152  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0458  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase, small subunit  45.83 
 
 
379 aa  279  4e-74  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  unclonable  0.0000000000404232  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1915  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  44.44 
 
 
378 aa  278  6e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0904727  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2404  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  44.44 
 
 
378 aa  278  6e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0274072  hitchhiker  0.000408774 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1922  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  44.44 
 
 
378 aa  278  6e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.102833  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1908  hydrogen:quinone oxidoreductase  44.27 
 
 
378 aa  278  7e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.935417  normal  0.0653543 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1283  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase, small subunit  45.83 
 
 
360 aa  278  7e-74  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0034668  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1889  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  44.44 
 
 
378 aa  278  9e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.118271  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1880  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  44.44 
 
 
378 aa  278  1e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0861  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase small chain  43.04 
 
 
381 aa  277  2e-73  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.822531  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1822  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  44.44 
 
 
378 aa  276  3e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.249477  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2155  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  44.44 
 
 
378 aa  276  3e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.021449  normal  0.34251 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3523  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  51.75 
 
 
369 aa  276  3e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.584249 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2099  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, small subunit precursor  44.44 
 
 
378 aa  276  4e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2088  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  44.44 
 
 
378 aa  276  4e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.332576  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0940  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase small chain  45.16 
 
 
383 aa  275  8e-73  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.0025548  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2033  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  46.44 
 
 
378 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000339723  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1298  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.38 
 
 
364 aa  274  1.0000000000000001e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.102659  normal  0.737365 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3989  Ni-Fe hydrogenase, small subunit:twin-arginine translocation pathway signal  42.81 
 
 
363 aa  273  2.0000000000000002e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4088  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  48.71 
 
 
393 aa  273  3e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.541909  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1679  hydrogen:quinone oxidoreductase  45.07 
 
 
378 aa  272  4.0000000000000004e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.915972 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2173  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  42.9 
 
 
370 aa  272  5.000000000000001e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.00215445  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0101  putative periplasmic protein  43.79 
 
 
401 aa  271  7e-72  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3376  hypothetical protein  42.49 
 
 
368 aa  271  1e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0712  Ni/Fe-hydrogenase, small subunit  44.41 
 
 
379 aa  269  5e-71  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2827  hydrogenase (acceptor)  43.05 
 
 
364 aa  269  5e-71  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1975  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  42.38 
 
 
364 aa  267  1e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.847489  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3148  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  45.3 
 
 
417 aa  268  1e-70  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1150  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.05 
 
 
358 aa  266  2e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.172681  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2319  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  44.63 
 
 
415 aa  266  2.9999999999999995e-70  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2506  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  48 
 
 
376 aa  266  2.9999999999999995e-70  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.139744 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00346  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  44 
 
 
340 aa  265  7e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2103  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  44.9 
 
 
378 aa  265  8e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0338  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  44.48 
 
 
373 aa  264  1e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000709279  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1106  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  45.81 
 
 
385 aa  263  2e-69  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.978131  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3367  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.91 
 
 
359 aa  263  2e-69  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1162  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  43.96 
 
 
377 aa  263  3e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1378  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  46.6 
 
 
360 aa  263  4e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.38439  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1269  Hydrogenase (acceptor)  46.31 
 
 
355 aa  262  8e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7265  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.42 
 
 
386 aa  261  8.999999999999999e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.530121  normal  0.303064 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3403  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  44.34 
 
 
400 aa  261  1e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.643066  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0853  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  41.9 
 
 
364 aa  261  1e-68  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.113934  normal  0.390076 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1154  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  42.33 
 
 
370 aa  260  3e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3906  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.14 
 
 
375 aa  259  3e-68  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50590  Uptake hydrogenase small subunit (Precursor), HoxK  43.71 
 
 
358 aa  259  4e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1593  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.63 
 
 
363 aa  258  1e-67  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.550279  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3772  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  41.67 
 
 
374 aa  257  2e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.427783  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2146  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  44.04 
 
 
369 aa  257  2e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.206578  normal  0.329607 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0495  hydrogenase protein small subunit  43.71 
 
 
369 aa  256  3e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1862  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.96 
 
 
362 aa  256  3e-67  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1436  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  43.81 
 
 
383 aa  256  4e-67  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1996  uptake hydrogenase small subunit precursor  41.72 
 
 
363 aa  256  5e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0972  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  44.37 
 
 
360 aa  255  6e-67  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00108314  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1446  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  44 
 
 
362 aa  255  8e-67  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.123847  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3097  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  41.59 
 
 
361 aa  255  9e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1710  uptake hydrogenase small subunit  44.19 
 
 
367 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1797  uptake hydrogenase small subunit  44.19 
 
 
367 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.899468  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1632  uptake hydrogenase small subunit  44.19 
 
 
367 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1651  uptake hydrogenase small subunit  44.19 
 
 
367 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1643  uptake hydrogenase small subunit  44.19 
 
 
367 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02873  hydrogenase-2, small chain  43.15 
 
 
372 aa  253  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0699  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.15 
 
 
372 aa  253  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3332  hydrogenase 2 small subunit  43.15 
 
 
372 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.844313 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3466  hydrogenase 2 small subunit  43.15 
 
 
372 aa  253  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0696  hydrogenase 2 small subunit  43.15 
 
 
372 aa  253  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3424  hydrogenase 2 small subunit  43.15 
 
 
372 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3283  hydrogenase 2 small subunit  43.15 
 
 
372 aa  253  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4309  hydrogenase 2 small subunit  43.15 
 
 
372 aa  253  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3177  hydrogenase 2 small subunit  43.15 
 
 
372 aa  253  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02822  hypothetical protein  43.15 
 
 
372 aa  253  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1410  hydrogenase 2 small subunit  43.2 
 
 
375 aa  253  3e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0837  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  41.59 
 
 
367 aa  252  5.000000000000001e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1161  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  45 
 
 
361 aa  252  5.000000000000001e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>