211 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU0123 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU0123  nickel-dependent hydrogenase, small subunit  100 
 
 
361 aa  745    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.799752  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3332  Ni-Fe hydrogenase, small subunit:twin-arginine translocation pathway signal  86.91 
 
 
379 aa  658    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0545  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  73.09 
 
 
373 aa  549  1e-155  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2056  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  69.54 
 
 
373 aa  527  1e-148  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0872  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  70.17 
 
 
377 aa  526  1e-148  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3403  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  58.36 
 
 
400 aa  429  1e-119  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.643066  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2319  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  60.06 
 
 
415 aa  423  1e-117  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3148  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  61.39 
 
 
417 aa  417  9.999999999999999e-116  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2953  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  54.63 
 
 
312 aa  369  1e-101  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.617485 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1765  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  50 
 
 
378 aa  354  1e-96  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1908  hydrogen:quinone oxidoreductase  50 
 
 
378 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.935417  normal  0.0653543 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0782  nickel-dependent hydrogenase, small subunit  50.31 
 
 
367 aa  348  7e-95  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0547122  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0861  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase small chain  47.41 
 
 
381 aa  348  8e-95  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.822531  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3139  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  53.31 
 
 
368 aa  348  1e-94  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1123  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  53.31 
 
 
368 aa  346  3e-94  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0144  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  55.14 
 
 
376 aa  343  2e-93  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0712  Ni/Fe-hydrogenase, small subunit  46.26 
 
 
379 aa  342  4e-93  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1679  hydrogen:quinone oxidoreductase  47.67 
 
 
378 aa  342  7e-93  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.915972 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1822  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  46.88 
 
 
378 aa  340  2e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.249477  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2088  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  48.25 
 
 
378 aa  340  2e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.332576  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2033  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  49.13 
 
 
378 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000339723  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2155  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  46.88 
 
 
378 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.021449  normal  0.34251 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2404  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  47.95 
 
 
378 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0274072  hitchhiker  0.000408774 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1922  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  47.95 
 
 
378 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.102833  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1283  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase, small subunit  44.32 
 
 
360 aa  339  2.9999999999999998e-92  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0034668  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1915  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  47.95 
 
 
378 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0904727  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2099  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, small subunit precursor  47.95 
 
 
378 aa  339  4e-92  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0458  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase, small subunit  45.14 
 
 
379 aa  339  4e-92  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  unclonable  0.0000000000404232  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1889  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  47.66 
 
 
378 aa  339  5e-92  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.118271  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1403  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase, small subunit  44.04 
 
 
360 aa  338  7e-92  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1880  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  47.37 
 
 
378 aa  337  2.9999999999999997e-91  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1943  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  52.05 
 
 
378 aa  335  5.999999999999999e-91  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.162149  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1150  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  46.11 
 
 
358 aa  332  9e-90  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.172681  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2103  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  48.38 
 
 
378 aa  330  3e-89  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3906  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  45.07 
 
 
375 aa  330  3e-89  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0940  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase small chain  43.37 
 
 
383 aa  326  4.0000000000000003e-88  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.0025548  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1436  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  46.55 
 
 
383 aa  323  2e-87  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3523  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  47.89 
 
 
369 aa  323  3e-87  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.584249 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3989  Ni-Fe hydrogenase, small subunit:twin-arginine translocation pathway signal  48.43 
 
 
363 aa  322  6e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0101  putative periplasmic protein  44.32 
 
 
401 aa  322  6e-87  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0526  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  50.99 
 
 
393 aa  322  9.000000000000001e-87  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.428273  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3376  hypothetical protein  44.51 
 
 
368 aa  321  9.999999999999999e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1903  thymidylate kinase (dTMP kinase)  45.45 
 
 
381 aa  320  3e-86  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0537168  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3974  Ni-Fe hydrogenase, small subunit:twin-arginine translocation pathway signal  54.9 
 
 
394 aa  318  1e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.871152  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0767  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  48.68 
 
 
319 aa  317  2e-85  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3772  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  44.25 
 
 
374 aa  311  1e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.427783  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1154  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  44.54 
 
 
370 aa  311  1e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2173  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  46.42 
 
 
370 aa  310  2.9999999999999997e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.00215445  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2827  hydrogenase (acceptor)  46.84 
 
 
364 aa  309  4e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1378  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  47.56 
 
 
360 aa  308  6.999999999999999e-83  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.38439  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3367  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  45.4 
 
 
359 aa  308  6.999999999999999e-83  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4088  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  52.9 
 
 
393 aa  307  2.0000000000000002e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.541909  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1298  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  45.74 
 
 
364 aa  307  2.0000000000000002e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.102659  normal  0.737365 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1106  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  45.18 
 
 
385 aa  305  7e-82  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.978131  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7265  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  45.14 
 
 
386 aa  305  8.000000000000001e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.530121  normal  0.303064 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1162  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  46.69 
 
 
377 aa  304  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50590  Uptake hydrogenase small subunit (Precursor), HoxK  47.15 
 
 
358 aa  304  1.0000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0338  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  45.08 
 
 
373 aa  304  1.0000000000000001e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000709279  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1161  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  48.89 
 
 
361 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2146  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  45.03 
 
 
369 aa  301  9e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.206578  normal  0.329607 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0495  hydrogenase protein small subunit  44.74 
 
 
369 aa  301  1e-80  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1348  hydrogenase-1 small chain  43.24 
 
 
381 aa  301  1e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1975  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  45.57 
 
 
364 aa  301  1e-80  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.847489  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1928  hydrogenase-1 small chain  43.24 
 
 
400 aa  300  2e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1984  hydrogenase-1 small chain  43.24 
 
 
400 aa  300  2e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.286053  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1924  hydrogenase-1 small chain  43.24 
 
 
381 aa  300  2e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00346  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  47.68 
 
 
340 aa  300  2e-80  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2137  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  49 
 
 
317 aa  300  3e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3323  hydrogenase 2 small subunit  48.08 
 
 
372 aa  300  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.629462  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3403  hydrogenase 2 small subunit  48.08 
 
 
372 aa  300  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3397  hydrogenase 2 small subunit  48.08 
 
 
372 aa  300  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1996  uptake hydrogenase small subunit precursor  45.77 
 
 
363 aa  300  3e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3097  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  44.25 
 
 
361 aa  299  4e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3332  hydrogenase 2 small subunit  48.08 
 
 
372 aa  299  5e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.844313 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02873  hydrogenase-2, small chain  48.08 
 
 
372 aa  299  6e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0699  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  48.08 
 
 
372 aa  299  6e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3177  hydrogenase 2 small subunit  48.08 
 
 
372 aa  299  6e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0696  hydrogenase 2 small subunit  48.08 
 
 
372 aa  299  6e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3283  hydrogenase 2 small subunit  48.08 
 
 
372 aa  299  6e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3466  hydrogenase 2 small subunit  48.08 
 
 
372 aa  299  6e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3424  hydrogenase 2 small subunit  48.08 
 
 
372 aa  299  6e-80  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4309  hydrogenase 2 small subunit  48.08 
 
 
372 aa  299  6e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02822  hypothetical protein  48.08 
 
 
372 aa  299  6e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0166  nickel-iron hydrogenase, small subunit  45.25 
 
 
362 aa  297  1e-79  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.410491  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0514  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  49.03 
 
 
374 aa  298  1e-79  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.935474  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3498  hydrogenase 2 small subunit  47.74 
 
 
372 aa  298  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.271513  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0509  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  49.03 
 
 
374 aa  298  1e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2914  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  46.18 
 
 
394 aa  297  2e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.188453 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1369  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  46.18 
 
 
391 aa  297  2e-79  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0481  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  48.38 
 
 
374 aa  295  6e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1532  hydrogenase-1 small chain  42.65 
 
 
400 aa  295  8e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.917812  normal  0.164439 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2128  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  44.06 
 
 
398 aa  295  9e-79  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0265  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  46.53 
 
 
317 aa  294  2e-78  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.595947  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0837  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  41.79 
 
 
367 aa  293  4e-78  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1862  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.12 
 
 
362 aa  292  5e-78  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2029  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  46.23 
 
 
371 aa  292  6e-78  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1446  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  42.82 
 
 
362 aa  291  1e-77  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.123847  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0853  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  42.45 
 
 
364 aa  291  2e-77  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.113934  normal  0.390076 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1208  nickel-dependent hydrogenase 1, small subunit  43.57 
 
 
372 aa  290  2e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.428667  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1080  nickel-dependent hydrogenase 1, small subunit  43.57 
 
 
372 aa  290  3e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.028623  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>