212 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A2827 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_1298  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  91.05 
 
 
364 aa  642    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.102659  normal  0.737365 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1975  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  93.89 
 
 
364 aa  674    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.847489  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2827  hydrogenase (acceptor)  100 
 
 
364 aa  765    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1150  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  83 
 
 
358 aa  641    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.172681  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2173  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  84.11 
 
 
370 aa  630  1e-179  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.00215445  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3376  hypothetical protein  79.45 
 
 
368 aa  620  1e-176  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0495  hydrogenase protein small subunit  79.51 
 
 
369 aa  615  1e-175  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2146  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  79.78 
 
 
369 aa  615  1e-175  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.206578  normal  0.329607 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1154  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  75.48 
 
 
370 aa  611  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3097  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  82.63 
 
 
361 aa  608  1e-173  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50590  Uptake hydrogenase small subunit (Precursor), HoxK  86.12 
 
 
358 aa  605  9.999999999999999e-173  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3772  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  77.14 
 
 
374 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.427783  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3989  Ni-Fe hydrogenase, small subunit:twin-arginine translocation pathway signal  80.29 
 
 
363 aa  596  1e-169  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1996  uptake hydrogenase small subunit precursor  79.83 
 
 
363 aa  585  1e-166  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1162  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  77.56 
 
 
377 aa  578  1e-164  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2029  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  84 
 
 
371 aa  578  1e-164  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0166  nickel-iron hydrogenase, small subunit  81.68 
 
 
362 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.410491  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7265  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  76.31 
 
 
386 aa  568  1e-161  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.530121  normal  0.303064 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1710  uptake hydrogenase small subunit  75.07 
 
 
367 aa  552  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1632  uptake hydrogenase small subunit  75.07 
 
 
367 aa  552  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1651  uptake hydrogenase small subunit  75.07 
 
 
367 aa  552  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1797  uptake hydrogenase small subunit  75.07 
 
 
367 aa  552  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.899468  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1643  uptake hydrogenase small subunit  75.07 
 
 
367 aa  552  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0338  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  78.02 
 
 
373 aa  549  1e-155  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000709279  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1924  hydrogenase-1 small chain  71.1 
 
 
381 aa  544  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1984  hydrogenase-1 small chain  71.1 
 
 
400 aa  544  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.286053  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1928  hydrogenase-1 small chain  71.1 
 
 
400 aa  544  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1348  hydrogenase-1 small chain  70.81 
 
 
381 aa  541  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1161  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  74.79 
 
 
361 aa  538  9.999999999999999e-153  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1532  hydrogenase-1 small chain  70.52 
 
 
400 aa  538  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.917812  normal  0.164439 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00975  hydrogenase 1, small subunit  72.64 
 
 
372 aa  529  1e-149  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0863695  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00982  hypothetical protein  72.64 
 
 
372 aa  529  1e-149  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.111727  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2672  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  72.64 
 
 
372 aa  529  1e-149  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000545248  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2343  nickel-dependent hydrogenase, small subunit  72.64 
 
 
372 aa  529  1e-149  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0233788  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1080  nickel-dependent hydrogenase 1, small subunit  72.64 
 
 
372 aa  529  1e-149  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.028623  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2145  nickel-dependent hydrogenase 1, small subunit  72.64 
 
 
372 aa  529  1e-149  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.191691  normal  0.521589 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1087  nickel-dependent hydrogenase, small subunit  72.95 
 
 
372 aa  530  1e-149  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000220987  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2625  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  72.64 
 
 
372 aa  529  1e-149  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.245904  hitchhiker  0.000111305 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1208  nickel-dependent hydrogenase 1, small subunit  72.34 
 
 
372 aa  526  1e-148  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.428667  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0054  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  62.86 
 
 
356 aa  485  1e-136  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.000000000000250606  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0837  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  62.39 
 
 
367 aa  481  1e-134  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0853  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  62.42 
 
 
364 aa  462  1e-129  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.113934  normal  0.390076 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3906  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  60.69 
 
 
375 aa  457  1e-127  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1446  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  64.18 
 
 
362 aa  454  1.0000000000000001e-126  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.123847  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1862  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  64.91 
 
 
362 aa  449  1e-125  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0855  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  62.99 
 
 
361 aa  443  1e-123  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1593  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  61.18 
 
 
363 aa  440  9.999999999999999e-123  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.550279  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0972  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  63.66 
 
 
360 aa  436  1e-121  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00108314  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3367  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  53.85 
 
 
359 aa  409  1e-113  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1426  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  53.97 
 
 
320 aa  365  1e-100  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.719549  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2056  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  44.6 
 
 
373 aa  343  2.9999999999999997e-93  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1269  Hydrogenase (acceptor)  49.86 
 
 
355 aa  332  5e-90  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0872  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.98 
 
 
377 aa  326  3e-88  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1378  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  47.73 
 
 
360 aa  325  7e-88  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.38439  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3332  Ni-Fe hydrogenase, small subunit:twin-arginine translocation pathway signal  43.73 
 
 
379 aa  321  9.999999999999999e-87  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1880  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  46.18 
 
 
378 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1679  hydrogen:quinone oxidoreductase  46.31 
 
 
378 aa  321  1.9999999999999998e-86  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.915972 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0861  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase small chain  45.63 
 
 
381 aa  320  1.9999999999999998e-86  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.822531  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0545  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  42.7 
 
 
373 aa  319  3.9999999999999996e-86  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1889  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  45.89 
 
 
378 aa  319  6e-86  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.118271  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1922  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  45.89 
 
 
378 aa  318  7e-86  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.102833  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2404  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  45.89 
 
 
378 aa  318  7e-86  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0274072  hitchhiker  0.000408774 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1915  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  45.89 
 
 
378 aa  318  7e-86  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0904727  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00346  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  47.9 
 
 
340 aa  318  7.999999999999999e-86  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2099  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, small subunit precursor  45.89 
 
 
378 aa  317  2e-85  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2155  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  45.89 
 
 
378 aa  317  2e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.021449  normal  0.34251 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1908  hydrogen:quinone oxidoreductase  46.11 
 
 
378 aa  317  2e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.935417  normal  0.0653543 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0940  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase small chain  46.4 
 
 
383 aa  317  2e-85  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.0025548  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1765  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  45.74 
 
 
378 aa  317  2e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2088  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  45.61 
 
 
378 aa  317  2e-85  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.332576  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1822  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  47.41 
 
 
378 aa  316  3e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.249477  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1403  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase, small subunit  44.63 
 
 
360 aa  312  5.999999999999999e-84  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0458  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase, small subunit  44.63 
 
 
379 aa  311  1e-83  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  unclonable  0.0000000000404232  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1283  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase, small subunit  44.63 
 
 
360 aa  310  2e-83  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0034668  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2128  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  45.58 
 
 
398 aa  308  6.999999999999999e-83  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0782  nickel-dependent hydrogenase, small subunit  47.08 
 
 
367 aa  305  9.000000000000001e-82  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0547122  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3139  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  47.25 
 
 
368 aa  304  1.0000000000000001e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0144  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  48.84 
 
 
376 aa  304  1.0000000000000001e-81  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2033  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  45.04 
 
 
378 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000339723  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2881  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  53.57 
 
 
366 aa  304  2.0000000000000002e-81  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3283  [Ni/Fe] hydrogenase, small subunit  53.57 
 
 
366 aa  304  2.0000000000000002e-81  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1123  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  47.25 
 
 
368 aa  303  4.0000000000000003e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0123  nickel-dependent hydrogenase, small subunit  45.4 
 
 
361 aa  302  8.000000000000001e-81  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.799752  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3403  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  45.02 
 
 
400 aa  299  4e-80  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.643066  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2953  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  46.6 
 
 
312 aa  299  6e-80  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.617485 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2103  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  45.45 
 
 
378 aa  298  1e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1903  thymidylate kinase (dTMP kinase)  45.62 
 
 
381 aa  296  4e-79  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0537168  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2914  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  46.41 
 
 
394 aa  296  5e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.188453 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1369  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  46.11 
 
 
391 aa  295  6e-79  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0101  putative periplasmic protein  44.86 
 
 
401 aa  295  6e-79  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3148  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  44.66 
 
 
417 aa  295  1e-78  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1106  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  48.63 
 
 
385 aa  294  1e-78  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.978131  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2319  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  44.22 
 
 
415 aa  295  1e-78  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1436  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  46.05 
 
 
383 aa  293  3e-78  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0712  Ni/Fe-hydrogenase, small subunit  44.29 
 
 
379 aa  293  4e-78  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1943  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  46.5 
 
 
378 aa  293  4e-78  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.162149  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0180  uptake hydrogenase small subunit  44.94 
 
 
325 aa  290  3e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0767  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43 
 
 
319 aa  283  4.0000000000000003e-75  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2506  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  47.65 
 
 
376 aa  270  2e-71  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.139744 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3974  Ni-Fe hydrogenase, small subunit:twin-arginine translocation pathway signal  48.11 
 
 
394 aa  270  2.9999999999999997e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.871152  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>