212 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECH74115_1208 on replicon NC_011353
Organism: Escherichia coli O157:H7 str. EC4115



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00975  hydrogenase 1, small subunit  99.73 
 
 
372 aa  777    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0863695  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00982  hypothetical protein  99.73 
 
 
372 aa  777    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.111727  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2672  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  99.73 
 
 
372 aa  777    Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000545248  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2625  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  99.73 
 
 
372 aa  777    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.245904  hitchhiker  0.000111305 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1087  nickel-dependent hydrogenase, small subunit  99.46 
 
 
372 aa  776    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000220987  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1532  hydrogenase-1 small chain  91.4 
 
 
400 aa  703    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.917812  normal  0.164439 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1348  hydrogenase-1 small chain  91.67 
 
 
381 aa  707    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1924  hydrogenase-1 small chain  91.94 
 
 
381 aa  709    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1080  nickel-dependent hydrogenase 1, small subunit  99.73 
 
 
372 aa  777    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.028623  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2145  nickel-dependent hydrogenase 1, small subunit  99.73 
 
 
372 aa  777    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.191691  normal  0.521589 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2343  nickel-dependent hydrogenase, small subunit  99.73 
 
 
372 aa  777    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0233788  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1208  nickel-dependent hydrogenase 1, small subunit  100 
 
 
372 aa  780    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.428667  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1984  hydrogenase-1 small chain  91.94 
 
 
400 aa  709    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.286053  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1928  hydrogenase-1 small chain  91.94 
 
 
400 aa  709    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1710  uptake hydrogenase small subunit  72.24 
 
 
367 aa  552  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1651  uptake hydrogenase small subunit  72.24 
 
 
367 aa  552  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1797  uptake hydrogenase small subunit  72.24 
 
 
367 aa  552  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.899468  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1643  uptake hydrogenase small subunit  72.24 
 
 
367 aa  552  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1632  uptake hydrogenase small subunit  72.24 
 
 
367 aa  552  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3376  hypothetical protein  68.28 
 
 
368 aa  548  1e-155  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1298  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  73.99 
 
 
364 aa  546  1e-154  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.102659  normal  0.737365 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0495  hydrogenase protein small subunit  69.38 
 
 
369 aa  543  1e-153  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3772  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  66.85 
 
 
374 aa  541  1e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.427783  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1154  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  67.32 
 
 
370 aa  543  1e-153  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2146  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  69.66 
 
 
369 aa  543  1e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.206578  normal  0.329607 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7265  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  74.46 
 
 
386 aa  543  1e-153  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.530121  normal  0.303064 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1150  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  67.61 
 
 
358 aa  540  9.999999999999999e-153  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.172681  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3989  Ni-Fe hydrogenase, small subunit:twin-arginine translocation pathway signal  67.58 
 
 
363 aa  536  1e-151  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1975  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  72.9 
 
 
364 aa  533  1e-150  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.847489  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2827  hydrogenase (acceptor)  72.9 
 
 
364 aa  533  1e-150  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1996  uptake hydrogenase small subunit precursor  72.92 
 
 
363 aa  531  1e-150  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2173  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  71.25 
 
 
370 aa  526  1e-148  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.00215445  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1162  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  72.14 
 
 
377 aa  527  1e-148  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3097  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  68.61 
 
 
361 aa  522  1e-147  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50590  Uptake hydrogenase small subunit (Precursor), HoxK  72.31 
 
 
358 aa  518  1e-146  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0338  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  72 
 
 
373 aa  510  1e-143  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000709279  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0166  nickel-iron hydrogenase, small subunit  71.65 
 
 
362 aa  504  1e-141  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.410491  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2029  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  71.17 
 
 
371 aa  501  1e-141  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0837  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  62.71 
 
 
367 aa  490  1e-137  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1161  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  67.38 
 
 
361 aa  483  1e-135  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0054  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  59.32 
 
 
356 aa  467  9.999999999999999e-131  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.000000000000250606  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3906  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  54.77 
 
 
375 aa  436  1e-121  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0853  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  57.49 
 
 
364 aa  430  1e-119  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.113934  normal  0.390076 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1446  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  59.27 
 
 
362 aa  426  1e-118  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.123847  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1862  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  59.69 
 
 
362 aa  419  1e-116  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1593  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  58.41 
 
 
363 aa  415  9.999999999999999e-116  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.550279  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0855  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  58.72 
 
 
361 aa  410  1e-113  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0972  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  59.08 
 
 
360 aa  404  1e-111  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00108314  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3367  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  48.45 
 
 
359 aa  385  1e-106  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1426  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  51.12 
 
 
320 aa  354  2e-96  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.719549  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2056  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  42.57 
 
 
373 aa  332  6e-90  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1269  Hydrogenase (acceptor)  45.3 
 
 
355 aa  327  2.0000000000000001e-88  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0861  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase small chain  45.07 
 
 
381 aa  323  2e-87  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.822531  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3332  Ni-Fe hydrogenase, small subunit:twin-arginine translocation pathway signal  44.38 
 
 
379 aa  324  2e-87  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1679  hydrogen:quinone oxidoreductase  43.79 
 
 
378 aa  314  9.999999999999999e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.915972 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0545  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  41.36 
 
 
373 aa  313  2.9999999999999996e-84  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0872  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  40.05 
 
 
377 aa  313  2.9999999999999996e-84  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00346  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  46.05 
 
 
340 aa  313  2.9999999999999996e-84  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1765  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.75 
 
 
378 aa  312  5.999999999999999e-84  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1889  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.64 
 
 
378 aa  312  7.999999999999999e-84  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.118271  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1378  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  44.92 
 
 
360 aa  311  9e-84  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.38439  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2404  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.64 
 
 
378 aa  311  9e-84  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0274072  hitchhiker  0.000408774 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1922  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.64 
 
 
378 aa  311  9e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.102833  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1915  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.64 
 
 
378 aa  311  9e-84  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0904727  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2155  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  44.09 
 
 
378 aa  311  1e-83  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.021449  normal  0.34251 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2099  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, small subunit precursor  43.52 
 
 
378 aa  309  5e-83  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1822  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.8 
 
 
378 aa  309  5e-83  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.249477  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1880  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.8 
 
 
378 aa  309  5e-83  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2088  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.23 
 
 
378 aa  309  5e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.332576  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0940  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase small chain  43.01 
 
 
383 aa  308  9e-83  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.0025548  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3403  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  42.94 
 
 
400 aa  308  9e-83  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.643066  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1283  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase, small subunit  43.77 
 
 
360 aa  307  2.0000000000000002e-82  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0034668  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0458  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase, small subunit  43.49 
 
 
379 aa  306  3e-82  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  unclonable  0.0000000000404232  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1403  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase, small subunit  43.49 
 
 
360 aa  305  7e-82  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1908  hydrogen:quinone oxidoreductase  43.77 
 
 
378 aa  305  7e-82  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.935417  normal  0.0653543 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1123  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  46.71 
 
 
368 aa  303  4.0000000000000003e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2128  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  42.59 
 
 
398 aa  302  6.000000000000001e-81  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3139  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  46.05 
 
 
368 aa  302  6.000000000000001e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0782  nickel-dependent hydrogenase, small subunit  47.08 
 
 
367 aa  301  1e-80  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0547122  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0144  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  47.32 
 
 
376 aa  298  1e-79  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2953  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  44.9 
 
 
312 aa  297  2e-79  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.617485 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1903  thymidylate kinase (dTMP kinase)  44.51 
 
 
381 aa  295  8e-79  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0537168  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1369  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  45.05 
 
 
391 aa  295  1e-78  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0101  putative periplasmic protein  41.76 
 
 
401 aa  295  1e-78  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0123  nickel-dependent hydrogenase, small subunit  42.9 
 
 
361 aa  294  2e-78  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.799752  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2914  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  44.51 
 
 
394 aa  293  4e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.188453 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2033  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  44.06 
 
 
378 aa  292  7e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000339723  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0712  Ni/Fe-hydrogenase, small subunit  42.22 
 
 
379 aa  289  5.0000000000000004e-77  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2319  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.27 
 
 
415 aa  289  5.0000000000000004e-77  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1943  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  46.49 
 
 
378 aa  288  9e-77  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.162149  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2103  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.31 
 
 
378 aa  288  1e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3283  [Ni/Fe] hydrogenase, small subunit  49.35 
 
 
366 aa  287  2e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2881  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  49.35 
 
 
366 aa  287  2e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0180  uptake hydrogenase small subunit  44.3 
 
 
325 aa  287  2e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0767  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  42.67 
 
 
319 aa  280  4e-74  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3148  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.04 
 
 
417 aa  279  7e-74  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1436  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  41.71 
 
 
383 aa  278  9e-74  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1106  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  45.15 
 
 
385 aa  277  2e-73  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.978131  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1410  hydrogenase 2 small subunit  40 
 
 
375 aa  271  1e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3974  Ni-Fe hydrogenase, small subunit:twin-arginine translocation pathway signal  44.88 
 
 
394 aa  264  2e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.871152  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>