230 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0274 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_0274  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  100 
 
 
317 aa  655    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.196378 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1249  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  81.07 
 
 
317 aa  552  1e-156  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.187763 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2134  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  75.85 
 
 
294 aa  481  1e-135  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1970  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  56.52 
 
 
315 aa  389  1e-107  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0257  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  41.61 
 
 
354 aa  252  4.0000000000000004e-66  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_121  Ni/Fe hydrogenase, small subunit  41.61 
 
 
354 aa  251  9.000000000000001e-66  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0111  [Ni/Fe] hydrogenase, group 1, small subunit, putative  40.37 
 
 
354 aa  248  1e-64  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.2309  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1232  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.49 
 
 
309 aa  248  1e-64  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.742919  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1041  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  40.62 
 
 
318 aa  233  2.0000000000000002e-60  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.225928  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2953  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  40 
 
 
312 aa  222  7e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.617485 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0782  nickel-dependent hydrogenase, small subunit  39.35 
 
 
367 aa  212  7.999999999999999e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0547122  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0144  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  38.39 
 
 
376 aa  207  1e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1123  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  38.39 
 
 
368 aa  205  9e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0767  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  38.36 
 
 
319 aa  204  2e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2137  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  38.36 
 
 
317 aa  204  2e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3139  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  37.74 
 
 
368 aa  203  4e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3332  Ni-Fe hydrogenase, small subunit:twin-arginine translocation pathway signal  36.79 
 
 
379 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0271  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  38.87 
 
 
317 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.113366 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1246  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  37.5 
 
 
317 aa  200  1.9999999999999998e-50  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.200947 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0872  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  36.36 
 
 
377 aa  200  3e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3271  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  36.28 
 
 
316 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2173  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  36.83 
 
 
370 aa  197  2.0000000000000003e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.00215445  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0265  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  38.36 
 
 
317 aa  196  6e-49  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.595947  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1943  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  39.16 
 
 
378 aa  195  9e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.162149  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1150  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  35.87 
 
 
358 aa  194  1e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.172681  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0545  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  34.91 
 
 
373 aa  195  1e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3989  Ni-Fe hydrogenase, small subunit:twin-arginine translocation pathway signal  35.22 
 
 
363 aa  194  2e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0338  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  35.85 
 
 
373 aa  194  2e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000709279  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1378  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  39.06 
 
 
360 aa  193  3e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.38439  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0853  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  35.85 
 
 
364 aa  193  3e-48  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.113934  normal  0.390076 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2056  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  35.11 
 
 
373 aa  193  3e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1446  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  38.05 
 
 
362 aa  192  6e-48  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.123847  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1039  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  37.93 
 
 
315 aa  191  2e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.370707  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3376  hypothetical protein  35.74 
 
 
368 aa  189  4e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3906  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  37.74 
 
 
375 aa  189  4e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0855  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  38.68 
 
 
361 aa  189  5.999999999999999e-47  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1862  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  36.36 
 
 
362 aa  189  5.999999999999999e-47  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2534  hydrogenase 2 small subunit  37.58 
 
 
375 aa  187  1e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.457974  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2827  hydrogenase (acceptor)  35.22 
 
 
364 aa  188  1e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0123  nickel-dependent hydrogenase, small subunit  36.48 
 
 
361 aa  187  2e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.799752  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1298  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  34.17 
 
 
364 aa  187  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.102659  normal  0.737365 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0712  Ni/Fe-hydrogenase, small subunit  35.96 
 
 
379 aa  186  4e-46  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1908  hydrogen:quinone oxidoreductase  36.56 
 
 
378 aa  186  4e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.935417  normal  0.0653543 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1410  hydrogenase 2 small subunit  37.86 
 
 
375 aa  186  5e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1975  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  34.59 
 
 
364 aa  186  5e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.847489  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00346  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  36.25 
 
 
340 aa  185  8e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2099  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, small subunit precursor  35.94 
 
 
378 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1915  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  35.65 
 
 
378 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0904727  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1922  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  35.65 
 
 
378 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.102833  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1889  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  35.65 
 
 
378 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.118271  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2404  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  35.65 
 
 
378 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0274072  hitchhiker  0.000408774 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1643  uptake hydrogenase small subunit  35.31 
 
 
367 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0495  hydrogenase protein small subunit  36.16 
 
 
369 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1651  uptake hydrogenase small subunit  35.31 
 
 
367 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1710  uptake hydrogenase small subunit  35.31 
 
 
367 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1880  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  35.62 
 
 
378 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1632  uptake hydrogenase small subunit  35.31 
 
 
367 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1679  hydrogen:quinone oxidoreductase  35.94 
 
 
378 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.915972 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2146  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  35.85 
 
 
369 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.206578  normal  0.329607 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2088  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  35.31 
 
 
378 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.332576  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1797  uptake hydrogenase small subunit  35.31 
 
 
367 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.899468  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3367  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  35.11 
 
 
359 aa  183  3e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1822  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  35.31 
 
 
378 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.249477  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2155  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  35.31 
 
 
378 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.021449  normal  0.34251 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0940  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase small chain  35.65 
 
 
383 aa  182  5.0000000000000004e-45  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.0025548  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50590  Uptake hydrogenase small subunit (Precursor), HoxK  35.11 
 
 
358 aa  182  5.0000000000000004e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3148  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  35.42 
 
 
417 aa  182  8.000000000000001e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0526  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  36.52 
 
 
393 aa  182  9.000000000000001e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.428273  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3772  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  33.65 
 
 
374 aa  181  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.427783  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1765  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  35.62 
 
 
378 aa  181  1e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7265  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  33.75 
 
 
386 aa  181  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.530121  normal  0.303064 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0180  uptake hydrogenase small subunit  35.6 
 
 
325 aa  181  1e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2743  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  35.31 
 
 
362 aa  181  2e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000348157  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1162  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  33.96 
 
 
377 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2103  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  36.96 
 
 
378 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0837  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  34.59 
 
 
367 aa  180  2.9999999999999997e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2319  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  34.48 
 
 
415 aa  179  4e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1593  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  36.68 
 
 
363 aa  179  4.999999999999999e-44  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.550279  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1403  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase, small subunit  35.65 
 
 
360 aa  179  7e-44  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0458  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase, small subunit  35.65 
 
 
379 aa  179  7e-44  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  unclonable  0.0000000000404232  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1283  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase, small subunit  35.65 
 
 
360 aa  179  8e-44  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0034668  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1903  thymidylate kinase (dTMP kinase)  34.7 
 
 
381 aa  178  9e-44  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0537168  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3323  hydrogenase 2 small subunit  37.54 
 
 
372 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.629462  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3397  hydrogenase 2 small subunit  37.54 
 
 
372 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0861  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase small chain  34.38 
 
 
381 aa  178  1e-43  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.822531  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3403  hydrogenase 2 small subunit  37.54 
 
 
372 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02873  hydrogenase-2, small chain  37.42 
 
 
372 aa  177  2e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0699  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  37.42 
 
 
372 aa  177  2e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3177  hydrogenase 2 small subunit  37.42 
 
 
372 aa  177  2e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02822  hypothetical protein  37.42 
 
 
372 aa  177  2e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1161  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  34.59 
 
 
361 aa  177  2e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3424  hydrogenase 2 small subunit  37.42 
 
 
372 aa  177  2e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4309  hydrogenase 2 small subunit  37.42 
 
 
372 aa  177  2e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3283  hydrogenase 2 small subunit  37.42 
 
 
372 aa  177  2e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2029  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  34.48 
 
 
371 aa  177  2e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3097  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  34.8 
 
 
361 aa  177  2e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3466  hydrogenase 2 small subunit  37.42 
 
 
372 aa  177  2e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0696  hydrogenase 2 small subunit  37.42 
 
 
372 aa  177  2e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1154  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  33.33 
 
 
370 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3332  hydrogenase 2 small subunit  37.22 
 
 
372 aa  176  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.844313 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>