211 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_2743 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011830  Dhaf_2743  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  100 
 
 
362 aa  751    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000348157  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3271  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  52.32 
 
 
316 aa  315  6e-85  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2953  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  44.52 
 
 
312 aa  268  1e-70  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.617485 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3332  Ni-Fe hydrogenase, small subunit:twin-arginine translocation pathway signal  41.6 
 
 
379 aa  263  4e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3376  hypothetical protein  39.45 
 
 
368 aa  261  1e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0545  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  41.76 
 
 
373 aa  261  1e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0872  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  41.62 
 
 
377 aa  258  8e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2056  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  42.4 
 
 
373 aa  257  2e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2404  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  41.83 
 
 
378 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0274072  hitchhiker  0.000408774 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1922  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  41.83 
 
 
378 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.102833  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2146  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  40.71 
 
 
369 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.206578  normal  0.329607 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1889  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  41.83 
 
 
378 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.118271  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1915  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  41.83 
 
 
378 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0904727  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0495  hydrogenase protein small subunit  40.44 
 
 
369 aa  253  3e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0782  nickel-dependent hydrogenase, small subunit  43.38 
 
 
367 aa  253  4.0000000000000004e-66  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0547122  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1150  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  39.17 
 
 
358 aa  252  8.000000000000001e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.172681  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1880  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  42.12 
 
 
378 aa  252  8.000000000000001e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2099  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, small subunit precursor  42.41 
 
 
378 aa  251  9.000000000000001e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0861  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase small chain  41.29 
 
 
381 aa  251  1e-65  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.822531  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2155  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  41.48 
 
 
378 aa  251  2e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.021449  normal  0.34251 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2088  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  41.83 
 
 
378 aa  251  2e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.332576  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3403  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  39.27 
 
 
400 aa  250  3e-65  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.643066  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3989  Ni-Fe hydrogenase, small subunit:twin-arginine translocation pathway signal  39.1 
 
 
363 aa  249  5e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0481  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  38.46 
 
 
374 aa  249  7e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1822  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  41.19 
 
 
378 aa  249  7e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.249477  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1679  hydrogen:quinone oxidoreductase  41.31 
 
 
378 aa  248  8e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.915972 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2173  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  40.24 
 
 
370 aa  248  2e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.00215445  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0514  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  38.46 
 
 
374 aa  247  2e-64  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.935474  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0509  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  38.46 
 
 
374 aa  247  2e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0144  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  44.18 
 
 
376 aa  247  3e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2319  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  39.08 
 
 
415 aa  246  6e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1154  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  38.97 
 
 
370 aa  245  6.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0123  nickel-dependent hydrogenase, small subunit  40.55 
 
 
361 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.799752  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3148  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  39.88 
 
 
417 aa  244  1.9999999999999999e-63  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3772  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  37.33 
 
 
374 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.427783  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1298  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  41.1 
 
 
364 aa  244  1.9999999999999999e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.102659  normal  0.737365 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1908  hydrogen:quinone oxidoreductase  40.69 
 
 
378 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.935417  normal  0.0653543 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0265  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  41.67 
 
 
317 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.595947  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3097  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  42.06 
 
 
361 aa  243  3e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1123  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  41.89 
 
 
368 aa  243  3e-63  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1765  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  40.8 
 
 
378 aa  243  3e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3139  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  41.55 
 
 
368 aa  243  3e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1162  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  39.82 
 
 
377 aa  242  7e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0940  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase small chain  40.51 
 
 
383 aa  241  1e-62  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.0025548  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1348  hydrogenase-1 small chain  37.53 
 
 
381 aa  240  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50590  Uptake hydrogenase small subunit (Precursor), HoxK  43.37 
 
 
358 aa  241  2e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1984  hydrogenase-1 small chain  37.53 
 
 
400 aa  239  4e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.286053  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1924  hydrogenase-1 small chain  37.53 
 
 
381 aa  239  4e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1928  hydrogenase-1 small chain  37.53 
 
 
400 aa  239  4e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1232  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  42.63 
 
 
309 aa  239  6.999999999999999e-62  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.742919  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3367  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  39.19 
 
 
359 aa  238  1e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1975  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  40.72 
 
 
364 aa  238  1e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.847489  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0526  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  40.78 
 
 
393 aa  238  1e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.428273  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0111  [Ni/Fe] hydrogenase, group 1, small subunit, putative  43.13 
 
 
354 aa  237  2e-61  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.2309  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0767  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  41.85 
 
 
319 aa  237  2e-61  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_121  Ni/Fe hydrogenase, small subunit  42.81 
 
 
354 aa  237  2e-61  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0257  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.45 
 
 
354 aa  237  2e-61  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3906  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  39.44 
 
 
375 aa  237  3e-61  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1532  hydrogenase-1 small chain  37.26 
 
 
400 aa  236  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.917812  normal  0.164439 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2103  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  41.6 
 
 
378 aa  235  7e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0338  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  40.51 
 
 
373 aa  235  9e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000709279  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7265  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  39.27 
 
 
386 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.530121  normal  0.303064 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0853  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  37.69 
 
 
364 aa  234  1.0000000000000001e-60  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.113934  normal  0.390076 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2827  hydrogenase (acceptor)  38.94 
 
 
364 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1943  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.67 
 
 
378 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.162149  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1996  uptake hydrogenase small subunit precursor  39.02 
 
 
363 aa  233  3e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2137  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  41.67 
 
 
317 aa  232  7.000000000000001e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2033  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  40.75 
 
 
378 aa  231  1e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000339723  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1403  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase, small subunit  38.29 
 
 
360 aa  230  3e-59  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0166  nickel-iron hydrogenase, small subunit  41.35 
 
 
362 aa  229  5e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.410491  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0458  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase, small subunit  38.07 
 
 
379 aa  229  5e-59  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  unclonable  0.0000000000404232  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1161  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  39.89 
 
 
361 aa  229  7e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0712  Ni/Fe-hydrogenase, small subunit  38.87 
 
 
379 aa  229  8e-59  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1903  thymidylate kinase (dTMP kinase)  38.02 
 
 
381 aa  229  8e-59  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0537168  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1283  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase, small subunit  38.29 
 
 
360 aa  228  9e-59  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0034668  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1643  uptake hydrogenase small subunit  36.84 
 
 
367 aa  228  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1632  uptake hydrogenase small subunit  36.84 
 
 
367 aa  228  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1797  uptake hydrogenase small subunit  36.84 
 
 
367 aa  228  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.899468  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1710  uptake hydrogenase small subunit  36.84 
 
 
367 aa  228  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1651  uptake hydrogenase small subunit  36.84 
 
 
367 aa  228  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1275  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  35.16 
 
 
410 aa  226  7e-58  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.353073  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00975  hydrogenase 1, small subunit  36.99 
 
 
372 aa  225  8e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0863695  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00982  hypothetical protein  36.99 
 
 
372 aa  225  8e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.111727  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2672  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  36.99 
 
 
372 aa  225  8e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000545248  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2343  nickel-dependent hydrogenase, small subunit  36.99 
 
 
372 aa  225  8e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0233788  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2625  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  36.99 
 
 
372 aa  225  8e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.245904  hitchhiker  0.000111305 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1862  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  40.12 
 
 
362 aa  225  8e-58  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2145  nickel-dependent hydrogenase 1, small subunit  36.99 
 
 
372 aa  225  8e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.191691  normal  0.521589 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1087  nickel-dependent hydrogenase, small subunit  36.99 
 
 
372 aa  225  8e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000220987  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1080  nickel-dependent hydrogenase 1, small subunit  36.99 
 
 
372 aa  225  8e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.028623  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0054  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  38.41 
 
 
356 aa  224  1e-57  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.000000000000250606  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2534  hydrogenase 2 small subunit  38.62 
 
 
375 aa  224  2e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.457974  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1246  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  41.48 
 
 
317 aa  224  2e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.200947 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0101  putative periplasmic protein  38.24 
 
 
401 aa  223  3e-57  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1446  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  38.97 
 
 
362 aa  223  4e-57  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.123847  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1208  nickel-dependent hydrogenase 1, small subunit  36.71 
 
 
372 aa  222  6e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.428667  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1410  hydrogenase 2 small subunit  37.8 
 
 
375 aa  222  6e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1593  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  36.67 
 
 
363 aa  222  8e-57  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.550279  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1106  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  41.37 
 
 
385 aa  221  9.999999999999999e-57  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.978131  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2506  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  41.96 
 
 
376 aa  221  1.9999999999999999e-56  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.139744 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>