290 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2869 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_2869  putative alcohol dehydrogenase cytochrome c subunit  100 
 
 
292 aa  590  1e-167  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1426  diheme class I cytochrome c  59.33 
 
 
296 aa  343  2e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.338677  normal  0.0392901 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2784  diheme class I cytochrome c  58.67 
 
 
296 aa  340  1e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2228  diheme cytochrome c-type  57.68 
 
 
299 aa  332  5e-90  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.546252  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1042  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  57.29 
 
 
296 aa  322  6e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.983862  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0973  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  50.99 
 
 
304 aa  282  4.0000000000000003e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.224221  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0851  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  50.99 
 
 
304 aa  280  1e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.569662 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2696  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  50.33 
 
 
312 aa  277  1e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5605  diheme cytochrome c-type  52.49 
 
 
306 aa  275  7e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.388833 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0591  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  49.02 
 
 
314 aa  275  9e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1234  hypothetical protein  52.42 
 
 
304 aa  270  2e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1626  putative diheme cytochrome c-553  48.83 
 
 
306 aa  261  1e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.988772  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4495  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  51.08 
 
 
309 aa  259  3e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71248  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1615  putative diheme cytochrome c-553  49.1 
 
 
305 aa  258  1e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.706101  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1441  putative diheme cytochrome c-553  49.65 
 
 
310 aa  253  3e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5830  putative diheme cytochrome c-type signal-peptide protein  47.86 
 
 
306 aa  226  3e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1162  cytochrome c  46.54 
 
 
295 aa  216  2.9999999999999998e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.460761  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1143  hypothetical protein  44.49 
 
 
532 aa  211  2e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0240878  normal 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4272  hypothetical protein  43.28 
 
 
545 aa  208  8e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5232  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  46.15 
 
 
358 aa  208  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.291205 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1226  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  46.74 
 
 
308 aa  199  3e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.384272 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1295  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  42.69 
 
 
278 aa  191  1e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.250133  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3784  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38 
 
 
305 aa  175  9e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.911247  normal  0.572896 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4060  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38 
 
 
305 aa  175  9e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4201  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.38 
 
 
444 aa  169  4e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0553584  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4016  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.24 
 
 
411 aa  166  5e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0979655 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1417  cytochrome c, class I  40 
 
 
421 aa  163  3e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00268752  normal  0.0511274 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4265  cytochrome c, class I  39.71 
 
 
466 aa  160  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.105526  normal  0.847694 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3842  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.18 
 
 
436 aa  159  5e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0043  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.88 
 
 
575 aa  158  1e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2479  cytochrome c family protein  35.52 
 
 
407 aa  155  7e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.217368  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3929  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  34.88 
 
 
443 aa  152  5.9999999999999996e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.476483  normal  0.0487834 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4958  cytochrome c, class I  32.01 
 
 
424 aa  150  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.134188 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4322  cytochrome c, class I  38.13 
 
 
806 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4044  cytochrome c, class I  38.13 
 
 
806 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.489703  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2135  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  36.74 
 
 
1187 aa  149  4e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.270413 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3370  cytochrome c, class I  38.08 
 
 
691 aa  149  4e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.384758  normal  0.0138407 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0190  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  35.34 
 
 
1253 aa  149  7e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2321  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.88 
 
 
434 aa  149  7e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05464  cytochrome c  33.68 
 
 
718 aa  149  7e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2423  putative isoquinoline 1-oxidoreductase  36.08 
 
 
1181 aa  149  8e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4209  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  38.43 
 
 
1182 aa  147  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.97346 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2085  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.43 
 
 
432 aa  148  1.0000000000000001e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3169  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.35 
 
 
494 aa  147  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0153486  hitchhiker  0.0000801233 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6817  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.92 
 
 
474 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.166846  normal  0.164997 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3607  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  34.95 
 
 
450 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3583  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding protein  35.36 
 
 
1187 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3481  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.74 
 
 
795 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00233456 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2448  cytochrome c, class I  35.07 
 
 
424 aa  147  3e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157698  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1905  cytochrome c, class I  33.44 
 
 
467 aa  147  3e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.331041  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1669  pyrroloquinoline-quinone aldehyde dehydrogenase  35.77 
 
 
1183 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.224955  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1183  cytochrome c, class I  36.21 
 
 
420 aa  146  4.0000000000000006e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.470462  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2356  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  34.6 
 
 
498 aa  145  5e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4954  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.39 
 
 
420 aa  145  5e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.353681  normal  0.0290114 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1807  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.16 
 
 
469 aa  145  7.0000000000000006e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000207286  hitchhiker  0.000745759 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3309  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  34.88 
 
 
432 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1159  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.08 
 
 
466 aa  145  8.000000000000001e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0858  cytochrome c, class I  32.68 
 
 
429 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3948  aldehyde dehydrogenase family protein, putative/cytochrome c family protein, putative  34.85 
 
 
1187 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.564465 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4545  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.4 
 
 
831 aa  144  1e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1889  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding  34.98 
 
 
1187 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2214  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  34.65 
 
 
689 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.143053  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2517  cytochrome c, class I  37.35 
 
 
976 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.931319  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4058  isoquinoline 1-oxidoreductase  33.73 
 
 
1215 aa  144  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.222777 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0650  putative periplasmic cytochrome c  34.5 
 
 
432 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.524273  normal  0.460926 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2072  cytochrome c, class I  37.31 
 
 
712 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.901126 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0428  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  34.5 
 
 
432 aa  144  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20531  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4201  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.1 
 
 
418 aa  142  4e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2490  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  33.33 
 
 
432 aa  142  6e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0966  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  32.71 
 
 
430 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2094  cytochrome c, class I  34.1 
 
 
429 aa  141  9.999999999999999e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183945  normal  0.716571 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0689  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.26 
 
 
447 aa  141  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1543  cytochrome c, class I  37.7 
 
 
419 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0303209  normal  0.534087 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4075  putative cytochrome c precursor  33.33 
 
 
468 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.635845  normal  0.598856 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1781  cytochrome c, class I  34.77 
 
 
451 aa  141  9.999999999999999e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0339245 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3088  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  35.11 
 
 
442 aa  141  9.999999999999999e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.161961  normal  0.0270934 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5887  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.7 
 
 
419 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.526257  normal  0.403041 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8114  cytochrome c class I  35.16 
 
 
419 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.719165  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3925  cytochrome c, class I  36.4 
 
 
975 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.073446 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2280  cytochrome c, class I  33.66 
 
 
429 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1243  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  31.83 
 
 
424 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.154169  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3607  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  35.16 
 
 
429 aa  141  1.9999999999999998e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.105717  normal 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3802  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  35.83 
 
 
455 aa  140  3e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.503165 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4418  cytochrome c, class I  37.7 
 
 
419 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.115814  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3948  cytochrome c, class I  37.7 
 
 
419 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.130568  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1855  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  35.74 
 
 
996 aa  139  6e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1601  cytochrome c, class I  35.29 
 
 
432 aa  139  7e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.023048  normal  0.40449 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3387  cytochrome c, class I  35.04 
 
 
440 aa  139  7.999999999999999e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.647099  normal  0.180039 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0625  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  33.33 
 
 
461 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.956199  normal  0.273824 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4408  cytochrome c, class I  36.4 
 
 
434 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3959  cytochrome c, class I  36.4 
 
 
434 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0350  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  34.73 
 
 
461 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5764  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  33.33 
 
 
447 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.729406  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1130  putative cytochrome c alcohol dehydrogenase subunit  35.8 
 
 
484 aa  138  1e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2565  cytochrome c, class I  31.61 
 
 
424 aa  138  1e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.938803  hitchhiker  0.00615552 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5949  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.02 
 
 
434 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.275687  normal  0.160447 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7344  cytochrome c, class I  34.48 
 
 
501 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.335201  normal  0.557089 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0555  cytochrome c, class I  32.56 
 
 
407 aa  137  2e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.474157  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1001  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  32.68 
 
 
430 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0201  cytochrome c, class I  34.19 
 
 
432 aa  137  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>