More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3842 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3842  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  100 
 
 		 436 aa  899    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2321  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  56.36 
 
 		 434 aa  474  1e-132  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0808  cytochrome c, class I  53.68 
 
 		 437 aa  432  1e-120  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.71514  normal  0.0769565 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4890  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  51.47 
 
 		 436 aa  432  1e-120  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5380  cytochrome c, class I  51.47 
 
 		 436 aa  433  1e-120  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_2986  cytochrome c, class I  51.47 
 
 		 436 aa  433  1e-120  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2479  cytochrome c family protein  49.87 
 
 		 407 aa  392  1e-108  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.217368  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3373  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  48.53 
 
 		 421 aa  373  1e-102  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2085  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  46.97 
 
 		 432 aa  359  6e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6817  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  46.85 
 
 		 474 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.166846  normal  0.164997 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0016  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.41 
 
 		 420 aa  332  7.000000000000001e-90  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.331141 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0772  putative oxidoreductase dehydrogenase (cytochrome C subunit) signal peptide protein  44.36 
 
 		 429 aa  326  5e-88  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.456552  hitchhiker  0.00960965 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0720  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  43.66 
 
 		 427 aa  325  7e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.690125 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  43.66 
 
 		 427 aa  325  1e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.310202  normal  0.354457 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7344  cytochrome c, class I  45.08 
 
 		 501 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.335201  normal  0.557089 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1159  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  42.89 
 
 		 466 aa  301  1e-80  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1807  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  43.81 
 
 		 469 aa  300  2e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000207286  hitchhiker  0.000745759 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1294  cytochrome c, class I  40.76 
 
 		 425 aa  299  7e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.618448  normal  0.723346 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3977  cytochrome c, class I  41.12 
 
 		 425 aa  298  1e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.386742  normal  0.0120271 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4095  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.4 
 
 		 425 aa  298  1e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.290618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0650  putative periplasmic cytochrome c  40.69 
 
 		 432 aa  298  1e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.524273  normal  0.460926 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6548  cytochrome c, class I  40.8 
 
 		 425 aa  298  2e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1350  glucose dehydrogenase, beta subunit  42.29 
 
 		 452 aa  297  2e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0106089  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1435  glucose dehydrogenase, beta subunit  42.29 
 
 		 452 aa  298  2e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2590  cytochrome c family protein  42.29 
 
 		 497 aa  297  3e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1414  cytochrome c family protein  41.5 
 
 		 492 aa  297  3e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.186397  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3309  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.44 
 
 		 432 aa  296  6e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4441  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.28 
 
 		 425 aa  295  8e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4265  cytochrome c, class I  42.28 
 
 		 466 aa  294  2e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.105526  normal  0.847694 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3449  cytochrome c, class I  40.18 
 
 		 428 aa  293  3e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.354735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0043  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  43.47 
 
 		 575 aa  292  6e-78  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1244  cytochrome c family protein  41.79 
 
 		 452 aa  291  1e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.148627  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1084  cytochrome c family protein  41.79 
 
 		 452 aa  291  1e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.508293  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0488  cytochrome c family protein  41.79 
 
 		 452 aa  291  1e-77  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.155198  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0215  cytochrome c family protein  41.79 
 
 		 452 aa  291  1e-77  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4552  cytochrome c, class I  40 
 
 		 425 aa  291  2e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.859169 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3816  cytochrome c, class I  40 
 
 		 425 aa  291  2e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5752  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40 
 
 		 425 aa  291  2e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.95358  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0428  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.92 
 
 		 432 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20531  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0249  cytochrome c family protein  39.47 
 
 		 432 aa  289  7e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.767699  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2697  cytochrome c family protein  39.47 
 
 		 432 aa  289  7e-77  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0915  cytochrome C  39.47 
 
 		 432 aa  289  7e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.136594  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0749  cytochrome c family protein  39.47 
 
 		 432 aa  289  7e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2461  cytochrome c family protein  39.47 
 
 		 432 aa  289  7e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2380  cytochrome c family protein  39.47 
 
 		 432 aa  289  7e-77  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0736  cytochrome c family protein  39.47 
 
 		 432 aa  289  7e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0628  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.18 
 
 		 432 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0608  cytochrome c family protein  39.18 
 
 		 432 aa  286  5e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2594  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.6 
 
 		 432 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.529763  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2722  cytochrome c, class I  39.6 
 
 		 432 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.272858  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5997  cytochrome c, class I  38.46 
 
 		 432 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.221404 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1400  cytochrome c, class I  40.62 
 
 		 421 aa  282  9e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8114  cytochrome c class I  39.55 
 
 		 419 aa  280  3e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.719165  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2698  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.1 
 
 		 432 aa  280  3e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2058  cytochrome c, class I  39.1 
 
 		 432 aa  280  3e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.37855  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2669  cytochrome c, class I  39.1 
 
 		 432 aa  280  3e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5692  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.79 
 
 		 428 aa  276  6e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0139384 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0456  cytochrome c, class I  38.87 
 
 		 463 aa  275  1.0000000000000001e-72  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3802  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.9 
 
 		 455 aa  275  1.0000000000000001e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.503165 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2335  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.24 
 
 		 426 aa  275  2.0000000000000002e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000130755  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1599  cytochrome c, class I  38.33 
 
 		 438 aa  274  2.0000000000000002e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.050865  normal  0.778619 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1601  cytochrome c, class I  39.26 
 
 		 432 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.023048  normal  0.40449 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4961  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.94 
 
 		 426 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.360414  normal  0.0488597 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4216  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.05 
 
 		 434 aa  272  1e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.659443  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1356  cytochrome c family protein  39.8 
 
 		 430 aa  271  2e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4297  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.51 
 
 		 441 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2094  cytochrome c, class I  37.33 
 
 		 429 aa  270  4e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183945  normal  0.716571 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4612  cytochrome c, class I  39.28 
 
 		 428 aa  270  4e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0237858 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3756  cytochrome c, class I  39.28 
 
 		 428 aa  270  4e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3250  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.65 
 
 		 422 aa  269  7e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.27905  normal  0.409121 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3829  cytochrome c, class I  39.26 
 
 		 439 aa  269  8.999999999999999e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0398501  normal  0.201929 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3292  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.61 
 
 		 475 aa  268  1e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.618986 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3647  cytochrome c, class I  37.75 
 
 		 477 aa  268  1e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.946427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4225  cytochrome c, class I  38.61 
 
 		 475 aa  268  1e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.138651  normal  0.183785 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4141  cytochrome c, class I  38.61 
 
 		 475 aa  268  1e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.5261  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4408  cytochrome c, class I  38.77 
 
 		 434 aa  268  2e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3959  cytochrome c, class I  38.77 
 
 		 434 aa  268  2e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1350  cytochrome c family protein  39.53 
 
 		 430 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.47168  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1489  cytochrome C  39.53 
 
 		 430 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.322936  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5949  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.52 
 
 		 434 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.275687  normal  0.160447 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2504  putative cytochrome c  38.13 
 
 		 434 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.347672 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4201  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.56 
 
 		 444 aa  267  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0553584  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4201  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.89 
 
 		 418 aa  266  4e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2471  cytochrome c, class I  36.36 
 
 		 450 aa  266  5.999999999999999e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0625  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.47 
 
 		 461 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.956199  normal  0.273824 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1543  cytochrome c, class I  42.08 
 
 		 419 aa  265  1e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0303209  normal  0.534087 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1689  cytochrome c, class I  38.31 
 
 		 430 aa  265  1e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0300798  normal  0.396396 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5193  cytochrome c, class I  38.52 
 
 		 432 aa  265  2e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00931011 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5084  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.52 
 
 		 432 aa  265  2e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4121  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.87 
 
 		 477 aa  264  2e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3175  cytochrome c, class I  38.52 
 
 		 432 aa  265  2e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1792  cytochrome c, class I  37.62 
 
 		 470 aa  264  3e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.346602 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2138  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.91 
 
 		 439 aa  263  4.999999999999999e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.622417  normal  0.750578 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4075  putative cytochrome c precursor  37.13 
 
 		 468 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.635845  normal  0.598856 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5764  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.6 
 
 		 447 aa  263  6e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.729406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2877  cytochrome c family protein  38.08 
 
 		 430 aa  263  6e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3387  cytochrome c, class I  39.76 
 
 		 440 aa  262  8e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.647099  normal  0.180039 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0555  cytochrome c, class I  36.69 
 
 		 407 aa  262  8e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.474157  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1243  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.15 
 
 		 424 aa  262  1e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.154169  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0350  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.97 
 
 		 461 aa  261  1e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>