More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3370 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009078  BURPS1106A_A2348  cytochrome c family protein  65.2 
 
 		 694 aa  891    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.903737  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2492  cytochrome c, class I  71.25 
 
 		 698 aa  968    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00140351  normal  0.928162 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60490  putative cytochrome c  64.96 
 
 		 675 aa  919    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00637068  normal  0.0584653 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0804  cytochrome c family protein  65.2 
 
 		 721 aa  892    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1415  cytochrome c, class I  64.24 
 
 		 708 aa  876    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.526567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1071  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  70.21 
 
 		 699 aa  968    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2214  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  76.85 
 
 		 689 aa  1088    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.143053  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2499  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  62.78 
 
 		 726 aa  878    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.345014  normal  0.965839 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3370  cytochrome c, class I  100 
 
 		 691 aa  1423    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.384758  normal  0.0138407 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5211  putative cytochrome c  65.93 
 
 		 675 aa  925    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.0072933  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2072  cytochrome c, class I  88.71 
 
 		 712 aa  1244    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.901126 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5989  Cytochrome c  62.72 
 
 		 773 aa  874    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.278439 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0817  cytochrome c, class I  58.01 
 
 		 669 aa  810    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.04472  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2155  cytochrome c, class I  64.44 
 
 		 728 aa  908    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2484  cytochrome c family protein  65.36 
 
 		 721 aa  890    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0635463  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0652  cytochrome c family protein  57.3 
 
 		 509 aa  543  1e-153  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.422125  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1601  cytochrome c, class I  51.13 
 
 		 432 aa  395  1e-108  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.023048  normal  0.40449 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2471  cytochrome c, class I  45.93 
 
 		 450 aa  392  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5193  cytochrome c, class I  50.13 
 
 		 432 aa  386  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00931011 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4216  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  50.51 
 
 		 434 aa  387  1e-106  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.659443  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5949  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  49.87 
 
 		 434 aa  387  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.275687  normal  0.160447 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5084  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  50.13 
 
 		 432 aa  386  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3175  cytochrome c, class I  50.13 
 
 		 432 aa  386  1e-106  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3959  cytochrome c, class I  49.87 
 
 		 434 aa  386  1e-106  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4408  cytochrome c, class I  49.87 
 
 		 434 aa  386  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3829  cytochrome c, class I  49.62 
 
 		 439 aa  377  1e-103  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0398501  normal  0.201929 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4297  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  49.37 
 
 		 441 aa  377  1e-103  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3250  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  47.1 
 
 		 422 aa  373  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.27905  normal  0.409121 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4961  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  48.99 
 
 		 426 aa  375  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.360414  normal  0.0488597 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2835  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.67 
 
 		 448 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0245579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1689  cytochrome c, class I  47.21 
 
 		 430 aa  369  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0300798  normal  0.396396 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2974  putative cytochrome c precursor  49.75 
 
 		 439 aa  369  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.34008  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35270  putative cytochrome c precursor  49.11 
 
 		 439 aa  362  2e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.534785 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3647  cytochrome c, class I  46.25 
 
 		 477 aa  360  4e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.946427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4638  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.12 
 
 		 451 aa  360  5e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.683371 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0084  cytochrome c, class I  47.62 
 
 		 433 aa  360  7e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00910  gluconate dehydrogenase cytochrome c subunit  46.94 
 
 		 439 aa  359  9.999999999999999e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.367446  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4121  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  46.73 
 
 		 477 aa  357  3.9999999999999996e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4380  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  47.85 
 
 		 469 aa  357  3.9999999999999996e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2566  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  48.15 
 
 		 415 aa  357  5e-97  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.79853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2563  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  47.73 
 
 		 415 aa  356  6.999999999999999e-97  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.151427 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3382  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  47.98 
 
 		 417 aa  356  8.999999999999999e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.545776 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2014  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  47.12 
 
 		 426 aa  354  2.9999999999999997e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.684291  normal  0.0791101 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2377  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  47.73 
 
 		 417 aa  354  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.105053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1792  cytochrome c, class I  47.22 
 
 		 470 aa  353  5e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.346602 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2294  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  46.46 
 
 		 453 aa  353  5e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3292  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  46.58 
 
 		 475 aa  353  5.9999999999999994e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.618986 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4225  cytochrome c, class I  46.58 
 
 		 475 aa  353  5.9999999999999994e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.138651  normal  0.183785 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4141  cytochrome c, class I  46.58 
 
 		 475 aa  353  5.9999999999999994e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.5261  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0689  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.75 
 
 		 447 aa  351  2e-95  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3623  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  43.56 
 
 		 447 aa  351  3e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2110  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  43.56 
 
 		 447 aa  351  3e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.701093  normal  0.375253 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2504  putative cytochrome c  46.27 
 
 		 434 aa  350  4e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.347672 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1497  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.61 
 
 		 448 aa  348  2e-94  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0777111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3640  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  46.7 
 
 		 395 aa  345  1e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1599  cytochrome c, class I  45.69 
 
 		 438 aa  340  4e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.050865  normal  0.778619 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2138  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  46.78 
 
 		 439 aa  339  9.999999999999999e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.622417  normal  0.750578 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1453  cytochrome c, class I  44.42 
 
 		 432 aa  338  1.9999999999999998e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4096  putative cytochrome c  45.02 
 
 		 447 aa  337  5.999999999999999e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2502  cytochrome c, class I  44.33 
 
 		 450 aa  336  9e-91  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0456  cytochrome c, class I  44.84 
 
 		 463 aa  336  1e-90  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0226  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  42.42 
 
 		 467 aa  332  1e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0263  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  46.12 
 
 		 470 aa  330  4e-89  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.473095  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6211  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  43.75 
 
 		 448 aa  327  3e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.783844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4796  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  43.53 
 
 		 440 aa  325  2e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.160851 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1440  putative cytochrome c, class I  41.89 
 
 		 466 aa  324  3e-87  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6799  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.8 
 
 		 454 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.131117  normal  0.655046 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2030  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  43.47 
 
 		 433 aa  320  3.9999999999999996e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000305388 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0083  putative alcohol dehydrogenase cytochrome c subunit  43.96 
 
 		 473 aa  318  2e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0300779 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2187  putative alcohol dehydrogenase cytochrome c subunit precursor, cytochrome c553  42.55 
 
 		 476 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0196419 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0171  putative cytochrome c, class I  40.94 
 
 		 469 aa  314  2.9999999999999996e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1163  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  42.37 
 
 		 448 aa  314  2.9999999999999996e-84  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0690  cytochrome c class I  56.16 
 
 		 303 aa  313  5.999999999999999e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6289  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.05 
 
 		 530 aa  310  6.999999999999999e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.550632  normal  0.0291984 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1243  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.1 
 
 		 424 aa  309  1.0000000000000001e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.154169  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6575  cytochrome c, class I  43.91 
 
 		 554 aa  306  6e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0822253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0943  cytochrome c family protein  44.36 
 
 		 650 aa  305  2.0000000000000002e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5499  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  42.96 
 
 		 537 aa  305  2.0000000000000002e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00943544 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0780  cytochrome c family protein  44.36 
 
 		 476 aa  305  3.0000000000000004e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.00190536  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2565  cytochrome c, class I  43.78 
 
 		 424 aa  305  3.0000000000000004e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.938803  hitchhiker  0.00615552 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0768  cytochrome c family protein  44.47 
 
 		 482 aa  304  4.0000000000000003e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00254  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6144  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  42.53 
 
 		 527 aa  301  4e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.548869 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6536  cytochrome c, class I  42.28 
 
 		 527 aa  297  4e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.403161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1294  cytochrome c, class I  42.28 
 
 		 527 aa  297  4e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0963416  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.41 
 
 		 427 aa  297  5e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.310202  normal  0.354457 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5487  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.79 
 
 		 451 aa  296  1e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0720  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.91 
 
 		 427 aa  295  2e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.690125 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4201  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.73 
 
 		 444 aa  294  5e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0553584  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0772  putative oxidoreductase dehydrogenase (cytochrome C subunit) signal peptide protein  42.25 
 
 		 429 aa  289  1e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.456552  hitchhiker  0.00960965 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3387  cytochrome c, class I  43.77 
 
 		 440 aa  288  2e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.647099  normal  0.180039 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6548  cytochrome c, class I  40.25 
 
 		 425 aa  287  5e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3977  cytochrome c, class I  40.2 
 
 		 425 aa  286  7e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.386742  normal  0.0120271 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1441  putative cytochrome c  51.92 
 
 		 311 aa  286  8e-76  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.668743  normal  0.951652 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1294  cytochrome c, class I  40.49 
 
 		 425 aa  286  9e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.618448  normal  0.723346 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33640  dehydrogenase cytochrome c subunit  43.86 
 
 		 434 aa  286  9e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5752  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.05 
 
 		 425 aa  286  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.95358  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4095  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.05 
 
 		 425 aa  286  1.0000000000000001e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.290618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4552  cytochrome c, class I  40.05 
 
 		 425 aa  286  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.859169 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3816  cytochrome c, class I  40.05 
 
 		 425 aa  286  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0650  putative periplasmic cytochrome c  39.44 
 
 		 432 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.524273  normal  0.460926 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>