More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3948 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3948  aldehyde dehydrogenase family protein, putative/cytochrome c family protein, putative  100 
 
 
1187 aa  2434    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.564465 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4037  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding  57.71 
 
 
795 aa  836    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3673  putative aldehyde dehydrogenase  62.74 
 
 
748 aa  904    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.582789  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2509  isoquinoline 1-oxidoreductase  59.94 
 
 
759 aa  822    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2517  cytochrome c, class I  43.14 
 
 
976 aa  656    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.931319  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2423  putative isoquinoline 1-oxidoreductase  62.28 
 
 
1181 aa  1429    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0190  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  57.11 
 
 
1253 aa  1300    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2491  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  54.75 
 
 
761 aa  807    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43790  putative aldehyde dehydrogenase  60.98 
 
 
748 aa  875    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.813342  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1848  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  57.82 
 
 
780 aa  847    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1669  pyrroloquinoline-quinone aldehyde dehydrogenase  60.97 
 
 
1183 aa  1386    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.224955  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4058  isoquinoline 1-oxidoreductase  58.9 
 
 
1215 aa  1348    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.222777 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4552  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  57.82 
 
 
794 aa  818    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.394306 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3930  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  54.48 
 
 
766 aa  789    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0713425  normal  0.0997312 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0663  isoquinoline 1-oxidoreductase  59.93 
 
 
1202 aa  1428    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.80425  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2315  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  71.38 
 
 
1191 aa  1729    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1889  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding  98.23 
 
 
1187 aa  2389    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3932  isoquinoline 1-oxidoreductase  58.83 
 
 
764 aa  840    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00339818 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6039  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  58.04 
 
 
1179 aa  1289    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0887172  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4209  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  62.44 
 
 
1182 aa  1413    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.97346 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4332  Isoquinoline 1-oxidoreductase., Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  59.11 
 
 
1207 aa  1407    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3488  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  57.4 
 
 
760 aa  820    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000454711 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3583  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding protein  95.96 
 
 
1187 aa  2314    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4329  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding  57.71 
 
 
795 aa  836    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2135  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  91.15 
 
 
1187 aa  2209    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.270413 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1855  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.58 
 
 
996 aa  556  1e-156  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4044  cytochrome c, class I  47.43 
 
 
806 aa  534  1e-150  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.489703  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4322  cytochrome c, class I  47.43 
 
 
806 aa  534  1e-150  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3481  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  46.87 
 
 
795 aa  528  1e-148  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00233456 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4545  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.33 
 
 
831 aa  525  1e-147  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3925  cytochrome c, class I  39.07 
 
 
975 aa  516  1e-144  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.073446 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8451  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  41.86 
 
 
740 aa  510  1e-143  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.60331  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3137  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  41.59 
 
 
736 aa  502  1e-140  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.488373  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0237  Isoquinoline 1-oxidoreductase  41.15 
 
 
741 aa  497  1e-139  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.99394  normal  0.25509 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1181  twin-arginine translocation pathway signal  38.08 
 
 
746 aa  496  9.999999999999999e-139  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3005  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding  40.99 
 
 
760 aa  481  1e-134  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2505  putative oxidoreductase, beta subunit  37.58 
 
 
756 aa  473  1e-132  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.168859 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3374  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  39.52 
 
 
731 aa  472  1.0000000000000001e-131  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.977623 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43810  putative cytochrome c  55.96 
 
 
433 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3674  putative cytochrome c  55.3 
 
 
433 aa  463  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.315148  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1907  twin-arginine translocation pathway signal  37.48 
 
 
749 aa  444  1e-123  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.203332  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2490  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  48.72 
 
 
432 aa  418  9.999999999999999e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4956  putative aldehyde dehydrogenase  36.71 
 
 
757 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.426554  normal  0.164323 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5703  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  35.67 
 
 
756 aa  394  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.051575 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7024  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  48.59 
 
 
428 aa  396  1e-108  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.263193  normal  0.248436 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3929  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  49.75 
 
 
443 aa  396  1e-108  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.476483  normal  0.0487834 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6358  cytochrome c, class I  48.36 
 
 
428 aa  396  1e-108  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0883371  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1470  cytochrome c, class I  48.36 
 
 
428 aa  396  1e-108  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.212518  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4958  cytochrome c, class I  46.51 
 
 
424 aa  391  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.134188 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6356  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding  35.25 
 
 
753 aa  389  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.401473  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2446  twin-arginine translocation pathway signal  35.7 
 
 
745 aa  387  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5601  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  46.95 
 
 
426 aa  389  1e-106  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.31055  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5820  putative aldehyde dehydrogenase  34.88 
 
 
753 aa  388  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.318558  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0897  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding  37.02 
 
 
713 aa  387  1e-106  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0958278  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7022  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  35.25 
 
 
753 aa  388  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.35241  normal  0.158422 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1472  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding  35.25 
 
 
753 aa  389  1e-106  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.135384  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5506  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  34.93 
 
 
754 aa  388  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0352487  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5603  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  35.16 
 
 
753 aa  385  1e-105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5504  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  47.2 
 
 
425 aa  386  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0326388  normal  0.134115 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5818  cytochrome c, class I  46.81 
 
 
426 aa  385  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.726262 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1905  cytochrome c, class I  46.32 
 
 
467 aa  375  1e-102  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.331041  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5705  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  47.49 
 
 
433 aa  362  3e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0776178 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3369  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.39 
 
 
432 aa  353  1e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.255177 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2448  cytochrome c, class I  46.57 
 
 
424 aa  352  2e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157698  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3088  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  47.2 
 
 
442 aa  352  2e-95  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.161961  normal  0.0270934 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1183  cytochrome c, class I  45.39 
 
 
420 aa  342  2.9999999999999998e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.470462  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3607  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.96 
 
 
429 aa  329  2.0000000000000001e-88  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.105717  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4458  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding  36.83 
 
 
670 aa  329  2.0000000000000001e-88  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1830  cytochrome c, class I  42.62 
 
 
432 aa  327  6e-88  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.550626 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3127  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  32.39 
 
 
728 aa  323  9.000000000000001e-87  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0737433 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0201  cytochrome c, class I  40.65 
 
 
432 aa  317  9.999999999999999e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0863  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding  29.94 
 
 
710 aa  296  1e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3102  molybdopterin-binding xanthine dehydrogenase  31.8 
 
 
707 aa  293  1e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.130356  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4201  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.67 
 
 
444 aa  287  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0553584  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3297  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  31.31 
 
 
707 aa  282  2e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0523127  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3212  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  31.31 
 
 
707 aa  283  2e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.395113  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2353  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding protein  30.96 
 
 
684 aa  280  1e-73  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6817  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.91 
 
 
474 aa  278  3e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.166846  normal  0.164997 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0875  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding  32.02 
 
 
698 aa  278  4e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.62493  normal  0.0669846 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4825  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.63 
 
 
531 aa  278  5e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0605523 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0608  cytochrome c family protein  41.82 
 
 
432 aa  273  1e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1350  glucose dehydrogenase, beta subunit  40.74 
 
 
452 aa  272  2e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0106089  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1244  cytochrome c family protein  40.74 
 
 
452 aa  272  2.9999999999999997e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.148627  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2590  cytochrome c family protein  40.74 
 
 
497 aa  272  2.9999999999999997e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5292  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.04 
 
 
531 aa  272  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.330766  normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0488  cytochrome c family protein  40.74 
 
 
452 aa  272  2.9999999999999997e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.155198  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1084  cytochrome c family protein  40.74 
 
 
452 aa  272  2.9999999999999997e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.508293  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0215  cytochrome c family protein  40.74 
 
 
452 aa  272  2.9999999999999997e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1435  glucose dehydrogenase, beta subunit  40.74 
 
 
452 aa  272  2.9999999999999997e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0650  putative periplasmic cytochrome c  40.59 
 
 
432 aa  271  4e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.524273  normal  0.460926 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0749  cytochrome c family protein  41.44 
 
 
432 aa  271  5e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0249  cytochrome c family protein  41.44 
 
 
432 aa  271  5e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.767699  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0915  cytochrome C  41.44 
 
 
432 aa  271  5e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.136594  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2461  cytochrome c family protein  41.44 
 
 
432 aa  271  5e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0736  cytochrome c family protein  41.44 
 
 
432 aa  271  5e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2697  cytochrome c family protein  41.44 
 
 
432 aa  271  5e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2380  cytochrome c family protein  41.44 
 
 
432 aa  271  5e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0428  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.64 
 
 
432 aa  271  5.9999999999999995e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20531  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3309  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.59 
 
 
432 aa  271  5.9999999999999995e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2698  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.6 
 
 
432 aa  270  1e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>