More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1417 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1417  cytochrome c, class I  100 
 
 		 421 aa  865    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00268752  normal  0.0511274 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4954  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  73.14 
 
 		 420 aa  580  1e-164  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.353681  normal  0.0290114 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4201  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  70.59 
 
 		 418 aa  555  1e-157  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1543  cytochrome c, class I  69.52 
 
 		 419 aa  548  1e-155  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0303209  normal  0.534087 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4418  cytochrome c, class I  66.92 
 
 		 419 aa  548  1e-155  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.115814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3948  cytochrome c, class I  66.92 
 
 		 419 aa  548  1e-155  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.130568  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3851  cytochrome c, class I  66.5 
 
 		 420 aa  546  1e-154  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585006  normal  0.540211 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5887  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  69 
 
 		 419 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.526257  normal  0.403041 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4312  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  65.49 
 
 		 420 aa  536  1e-151  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.327428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4016  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  56.22 
 
 		 411 aa  436  1e-121  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0979655 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61130  putative c-type cytochrome  53.19 
 
 		 415 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00213286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5264  putative c-type cytochrome  51.87 
 
 		 415 aa  395  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3556  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  48.93 
 
 		 403 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4232  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  46.78 
 
 		 403 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3798  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  48.8 
 
 		 403 aa  381  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.679754 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1907  cytochrome c, class I  49.87 
 
 		 411 aa  379  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.551897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1632  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  46.3 
 
 		 403 aa  378  1e-103  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3169  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  47.26 
 
 		 494 aa  360  4e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0153486  hitchhiker  0.0000801233 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0858  cytochrome c, class I  43.62 
 
 		 429 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0986  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.06 
 
 		 430 aa  333  4e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0966  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  43.8 
 
 		 430 aa  331  1e-89  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1001  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  43.54 
 
 		 430 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3376  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  43.27 
 
 		 426 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1104  cytochrome c, class I  42.15 
 
 		 416 aa  327  3e-88  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  48 
 
 		 442 aa  313  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.112042 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8114  cytochrome c class I  38.48 
 
 		 419 aa  261  2e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.719165  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4961  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.65 
 
 		 426 aa  258  1e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.360414  normal  0.0488597 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2321  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.78 
 
 		 434 aa  257  3e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3842  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.51 
 
 		 436 aa  257  3e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1761  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.48 
 
 		 680 aa  256  4e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.108482 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1689  cytochrome c, class I  37.95 
 
 		 430 aa  256  6e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0300798  normal  0.396396 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6211  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.17 
 
 		 448 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.783844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3640  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.48 
 
 		 395 aa  251  1e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7344  cytochrome c, class I  39.48 
 
 		 501 aa  250  3e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.335201  normal  0.557089 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0043  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.93 
 
 		 575 aa  250  3e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2479  cytochrome c family protein  39.32 
 
 		 407 aa  249  7e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.217368  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3309  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.83 
 
 		 432 aa  248  2e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4201  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.06 
 
 		 444 aa  247  3e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0553584  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0650  putative periplasmic cytochrome c  36.46 
 
 		 432 aa  246  4e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.524273  normal  0.460926 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2014  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.88 
 
 		 426 aa  246  6e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.684291  normal  0.0791101 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0428  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.22 
 
 		 432 aa  246  6.999999999999999e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20531  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1400  cytochrome c, class I  36.01 
 
 		 421 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0957  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.22 
 
 		 723 aa  245  9.999999999999999e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.12457  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2214  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.77 
 
 		 689 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.143053  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0350  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.27 
 
 		 461 aa  244  3e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0555  cytochrome c, class I  36.58 
 
 		 407 aa  244  3e-63  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.474157  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1321  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.64 
 
 		 425 aa  243  3.9999999999999997e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1356  cytochrome c family protein  36.43 
 
 		 430 aa  243  5e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1350  cytochrome c family protein  36.46 
 
 		 430 aa  243  6e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.47168  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1489  cytochrome C  36.46 
 
 		 430 aa  243  6e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.322936  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5997  cytochrome c, class I  37.31 
 
 		 432 aa  243  6e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.221404 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4216  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.27 
 
 		 434 aa  242  7e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.659443  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1807  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.47 
 
 		 469 aa  241  1e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000207286  hitchhiker  0.000745759 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0628  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.52 
 
 		 432 aa  242  1e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0249  cytochrome c family protein  37 
 
 		 432 aa  241  2e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.767699  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2380  cytochrome c family protein  37 
 
 		 432 aa  241  2e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0915  cytochrome C  37 
 
 		 432 aa  241  2e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.136594  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2697  cytochrome c family protein  37 
 
 		 432 aa  241  2e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2461  cytochrome c family protein  37 
 
 		 432 aa  241  2e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3250  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.22 
 
 		 422 aa  241  2e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.27905  normal  0.409121 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1601  cytochrome c, class I  38.27 
 
 		 432 aa  241  2e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.023048  normal  0.40449 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0749  cytochrome c family protein  37 
 
 		 432 aa  241  2e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4654  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.84 
 
 		 429 aa  241  2e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0736  cytochrome c family protein  37 
 
 		 432 aa  241  2e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05464  cytochrome c  35.64 
 
 		 718 aa  241  2e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5949  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.01 
 
 		 434 aa  240  4e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.275687  normal  0.160447 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1282  cytochrome c, class I  36.19 
 
 		 427 aa  239  5e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0608  cytochrome c family protein  36.66 
 
 		 432 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4408  cytochrome c, class I  38.01 
 
 		 434 aa  239  6.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3959  cytochrome c, class I  38.01 
 
 		 434 aa  239  6.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3449  cytochrome c, class I  37.4 
 
 		 428 aa  239  8e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.354735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0817  cytochrome c, class I  35.14 
 
 		 669 aa  239  9e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.04472  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1071  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.37 
 
 		 699 aa  238  1e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0171  putative cytochrome c, class I  37.38 
 
 		 469 aa  238  1e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4297  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.52 
 
 		 441 aa  238  2e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5193  cytochrome c, class I  37.47 
 
 		 432 aa  238  2e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00931011 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5084  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.47 
 
 		 432 aa  238  2e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60490  putative cytochrome c  37.06 
 
 		 675 aa  238  2e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00637068  normal  0.0584653 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1599  cytochrome c, class I  36.83 
 
 		 438 aa  238  2e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.050865  normal  0.778619 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3175  cytochrome c, class I  37.47 
 
 		 432 aa  238  2e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5764  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  35.48 
 
 		 447 aa  237  3e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.729406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2974  putative cytochrome c precursor  37.68 
 
 		 439 aa  237  3e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.34008  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2565  cytochrome c, class I  35.87 
 
 		 424 aa  237  3e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.938803  hitchhiker  0.00615552 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0689  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.07 
 
 		 447 aa  236  4e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35270  putative cytochrome c precursor  37.85 
 
 		 439 aa  236  4e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.534785 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4058  isoquinoline 1-oxidoreductase  39.68 
 
 		 1215 aa  236  5.0000000000000005e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.222777 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4075  putative cytochrome c precursor  36.21 
 
 		 468 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.635845  normal  0.598856 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2698  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.57 
 
 		 432 aa  236  6e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2669  cytochrome c, class I  36.57 
 
 		 432 aa  236  6e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2058  cytochrome c, class I  36.57 
 
 		 432 aa  236  6e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.37855  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4545  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.12 
 
 		 831 aa  236  6e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1243  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.81 
 
 		 424 aa  236  7e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.154169  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3829  cytochrome c, class I  38.27 
 
 		 439 aa  235  9e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0398501  normal  0.201929 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4796  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.29 
 
 		 440 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.160851 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0016  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.95 
 
 		 420 aa  235  1.0000000000000001e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.331141 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2504  putative cytochrome c  34.98 
 
 		 434 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.347672 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0625  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.69 
 
 		 461 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.956199  normal  0.273824 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4890  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.69 
 
 		 436 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2135  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  37.29 
 
 		 1187 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.270413 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2722  cytochrome c, class I  36.01 
 
 		 432 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.272858  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>