More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3556 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4232  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  89.83 
 
 		 403 aa  746    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1632  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  89.83 
 
 		 403 aa  745    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61130  putative c-type cytochrome  81.43 
 
 		 415 aa  656    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00213286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5264  putative c-type cytochrome  80.79 
 
 		 415 aa  656    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3556  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  100 
 
 		 403 aa  837    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3798  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  90.32 
 
 		 403 aa  734    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.679754 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1907  cytochrome c, class I  72.54 
 
 		 411 aa  600  1e-170  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.551897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3851  cytochrome c, class I  53.55 
 
 		 420 aa  410  1e-113  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585006  normal  0.540211 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5887  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  51.87 
 
 		 419 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.526257  normal  0.403041 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4418  cytochrome c, class I  51.87 
 
 		 419 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.115814  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4312  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  51.87 
 
 		 420 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.327428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1543  cytochrome c, class I  51.07 
 
 		 419 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0303209  normal  0.534087 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3948  cytochrome c, class I  51.87 
 
 		 419 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.130568  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4954  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  51.34 
 
 		 420 aa  397  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.353681  normal  0.0290114 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4016  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  51.47 
 
 		 411 aa  396  1e-109  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0979655 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4201  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  49.73 
 
 		 418 aa  393  1e-108  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1417  cytochrome c, class I  48.93 
 
 		 421 aa  390  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00268752  normal  0.0511274 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0858  cytochrome c, class I  44.36 
 
 		 429 aa  355  5.999999999999999e-97  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3376  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  43.39 
 
 		 426 aa  348  1e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1001  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  42.86 
 
 		 430 aa  345  1e-93  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0966  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  42.59 
 
 		 430 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1104  cytochrome c, class I  42.27 
 
 		 416 aa  343  4e-93  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0986  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  42.33 
 
 		 430 aa  342  5.999999999999999e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3169  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.36 
 
 		 494 aa  340  4e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0153486  hitchhiker  0.0000801233 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  43.01 
 
 		 442 aa  310  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.112042 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0428  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.16 
 
 		 432 aa  306  6e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20531  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0650  putative periplasmic cytochrome c  41.63 
 
 		 432 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.524273  normal  0.460926 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3309  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.96 
 
 		 432 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0249  cytochrome c family protein  40.91 
 
 		 432 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.767699  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2380  cytochrome c family protein  40.91 
 
 		 432 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0915  cytochrome C  40.91 
 
 		 432 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.136594  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0749  cytochrome c family protein  40.91 
 
 		 432 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0736  cytochrome c family protein  40.91 
 
 		 432 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0608  cytochrome c family protein  41.16 
 
 		 432 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2461  cytochrome c family protein  40.91 
 
 		 432 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2697  cytochrome c family protein  40.91 
 
 		 432 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0628  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.2 
 
 		 432 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5997  cytochrome c, class I  39.9 
 
 		 432 aa  296  4e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.221404 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1761  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.09 
 
 		 680 aa  296  4e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.108482 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2594  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.67 
 
 		 432 aa  296  4e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.529763  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2722  cytochrome c, class I  40.67 
 
 		 432 aa  296  4e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.272858  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2698  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.67 
 
 		 432 aa  295  9e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2669  cytochrome c, class I  40.67 
 
 		 432 aa  295  9e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2058  cytochrome c, class I  40.67 
 
 		 432 aa  295  9e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.37855  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1243  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.88 
 
 		 424 aa  295  1e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.154169  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2565  cytochrome c, class I  40.61 
 
 		 424 aa  293  2e-78  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.938803  hitchhiker  0.00615552 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4961  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40 
 
 		 426 aa  293  3e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.360414  normal  0.0488597 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8114  cytochrome c class I  40 
 
 		 419 aa  293  3e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.719165  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3607  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.85 
 
 		 450 aa  291  1e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1400  cytochrome c, class I  38.03 
 
 		 421 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3250  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.89 
 
 		 422 aa  281  2e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.27905  normal  0.409121 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1689  cytochrome c, class I  38.89 
 
 		 430 aa  280  3e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0300798  normal  0.396396 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2085  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.33 
 
 		 432 aa  279  5e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0768  cytochrome c family protein  38.99 
 
 		 482 aa  279  5e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00254  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0943  cytochrome c family protein  38.99 
 
 		 650 aa  279  6e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4075  putative cytochrome c precursor  39.95 
 
 		 468 aa  279  6e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.635845  normal  0.598856 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0780  cytochrome c family protein  38.99 
 
 		 476 aa  279  7e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.00190536  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0625  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.43 
 
 		 461 aa  279  8e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.956199  normal  0.273824 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00910  gluconate dehydrogenase cytochrome c subunit  38.54 
 
 		 439 aa  278  1e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.367446  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2566  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.36 
 
 		 415 aa  276  4e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.79853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5764  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.79 
 
 		 447 aa  276  6e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.729406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3640  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.93 
 
 		 395 aa  276  7e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2974  putative cytochrome c precursor  38.11 
 
 		 439 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.34008  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0350  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.46 
 
 		 461 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0084  cytochrome c, class I  38.74 
 
 		 433 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1356  cytochrome c family protein  39.03 
 
 		 430 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5499  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.44 
 
 		 537 aa  273  3e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00943544 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0808  cytochrome c, class I  38.35 
 
 		 437 aa  271  1e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.71514  normal  0.0769565 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2094  cytochrome c, class I  37.4 
 
 		 429 aa  271  1e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183945  normal  0.716571 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4201  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.2 
 
 		 444 aa  271  2e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0553584  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2321  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.3 
 
 		 434 aa  271  2e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1489  cytochrome C  38.86 
 
 		 430 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.322936  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1350  cytochrome c family protein  38.86 
 
 		 430 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.47168  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0456  cytochrome c, class I  38.79 
 
 		 463 aa  270  2.9999999999999997e-71  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0555  cytochrome c, class I  37.17 
 
 		 407 aa  269  5.9999999999999995e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.474157  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3449  cytochrome c, class I  37.88 
 
 		 428 aa  269  5.9999999999999995e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.354735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0226  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.84 
 
 		 467 aa  268  1e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2877  cytochrome c family protein  38.86 
 
 		 430 aa  268  1e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2014  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.86 
 
 		 426 aa  267  2e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.684291  normal  0.0791101 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05464  cytochrome c  37.05 
 
 		 718 aa  267  2e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33640  dehydrogenase cytochrome c subunit  39.74 
 
 		 434 aa  267  2.9999999999999995e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2214  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.28 
 
 		 689 aa  266  4e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.143053  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0689  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.36 
 
 		 447 aa  266  5e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3647  cytochrome c, class I  38.4 
 
 		 477 aa  266  7e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.946427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1669  pyrroloquinoline-quinone aldehyde dehydrogenase  38.77 
 
 		 1183 aa  265  8.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.224955  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35270  putative cytochrome c precursor  38.07 
 
 		 439 aa  265  1e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.534785 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3382  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  39.4 
 
 		 417 aa  264  2e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.545776 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2138  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.58 
 
 		 439 aa  264  2e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.622417  normal  0.750578 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5084  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.47 
 
 		 432 aa  264  2e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5193  cytochrome c, class I  37.47 
 
 		 432 aa  264  2e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00931011 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3175  cytochrome c, class I  37.47 
 
 		 432 aa  264  2e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5989  Cytochrome c  38.78 
 
 		 773 aa  263  3e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.278439 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2563  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  38.14 
 
 		 415 aa  263  4e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.151427 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4890  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.54 
 
 		 436 aa  263  4e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5949  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.15 
 
 		 434 aa  263  4e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.275687  normal  0.160447 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6144  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.59 
 
 		 527 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.548869 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4209  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  38.89 
 
 		 1182 aa  262  6e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.97346 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2377  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  39.65 
 
 		 417 aa  262  6.999999999999999e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.105053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5380  cytochrome c, class I  39.54 
 
 		 436 aa  262  8e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_2986  cytochrome c, class I  39.54 
 
 		 436 aa  262  8e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>