More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4232 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4232  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  100 
 
 		 403 aa  837    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3798  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  96.53 
 
 		 403 aa  781    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.679754 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5264  putative c-type cytochrome  79.79 
 
 		 415 aa  650    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61130  putative c-type cytochrome  80.32 
 
 		 415 aa  648    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00213286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1632  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  98.76 
 
 		 403 aa  829    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3556  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  89.83 
 
 		 403 aa  766    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1907  cytochrome c, class I  70.81 
 
 		 411 aa  586  1e-166  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.551897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4312  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  51.42 
 
 		 420 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.327428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3851  cytochrome c, class I  51.73 
 
 		 420 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585006  normal  0.540211 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5887  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  51.6 
 
 		 419 aa  404  1e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.526257  normal  0.403041 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1543  cytochrome c, class I  50.4 
 
 		 419 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0303209  normal  0.534087 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4418  cytochrome c, class I  51.07 
 
 		 419 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.115814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4016  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  51.31 
 
 		 411 aa  399  9.999999999999999e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0979655 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3948  cytochrome c, class I  51.07 
 
 		 419 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.130568  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4201  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  49.87 
 
 		 418 aa  392  1e-108  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4954  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  50 
 
 		 420 aa  387  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.353681  normal  0.0290114 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1417  cytochrome c, class I  48.8 
 
 		 421 aa  387  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00268752  normal  0.0511274 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0858  cytochrome c, class I  44.21 
 
 		 429 aa  356  2.9999999999999997e-97  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3376  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  43.16 
 
 		 426 aa  349  6e-95  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1001  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  42.63 
 
 		 430 aa  346  4e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0986  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  42.26 
 
 		 430 aa  346  5e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0966  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  42.26 
 
 		 430 aa  345  1e-93  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1104  cytochrome c, class I  42.64 
 
 		 416 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3169  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.44 
 
 		 494 aa  338  8e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0153486  hitchhiker  0.0000801233 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  43.57 
 
 		 442 aa  305  6e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.112042 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0428  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.46 
 
 		 432 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20531  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3309  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.18 
 
 		 432 aa  298  2e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1243  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.71 
 
 		 424 aa  297  2e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.154169  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0650  putative periplasmic cytochrome c  40.95 
 
 		 432 aa  297  2e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.524273  normal  0.460926 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1761  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41 
 
 		 680 aa  296  4e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.108482 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2565  cytochrome c, class I  41.44 
 
 		 424 aa  296  5e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.938803  hitchhiker  0.00615552 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0608  cytochrome c family protein  40.92 
 
 		 432 aa  291  1e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0249  cytochrome c family protein  40.55 
 
 		 432 aa  291  2e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.767699  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2697  cytochrome c family protein  40.55 
 
 		 432 aa  291  2e-77  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0749  cytochrome c family protein  40.55 
 
 		 432 aa  291  2e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0915  cytochrome C  40.55 
 
 		 432 aa  291  2e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.136594  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2380  cytochrome c family protein  40.55 
 
 		 432 aa  291  2e-77  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2461  cytochrome c family protein  40.55 
 
 		 432 aa  291  2e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0736  cytochrome c family protein  40.55 
 
 		 432 aa  291  2e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4961  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.52 
 
 		 426 aa  288  1e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.360414  normal  0.0488597 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0628  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.41 
 
 		 432 aa  288  1e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8114  cytochrome c class I  39.74 
 
 		 419 aa  287  2e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.719165  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2594  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.1 
 
 		 432 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.529763  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2722  cytochrome c, class I  40.1 
 
 		 432 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.272858  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0350  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.78 
 
 		 461 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2669  cytochrome c, class I  39.84 
 
 		 432 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2698  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.84 
 
 		 432 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2058  cytochrome c, class I  39.84 
 
 		 432 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.37855  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3250  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.14 
 
 		 422 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.27905  normal  0.409121 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0625  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.42 
 
 		 461 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.956199  normal  0.273824 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5997  cytochrome c, class I  39.9 
 
 		 432 aa  282  8.000000000000001e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.221404 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00910  gluconate dehydrogenase cytochrome c subunit  38.78 
 
 		 439 aa  281  1e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.367446  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3607  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.4 
 
 		 450 aa  281  1e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0943  cytochrome c family protein  40.66 
 
 		 650 aa  280  2e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4075  putative cytochrome c precursor  40 
 
 		 468 aa  281  2e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.635845  normal  0.598856 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0780  cytochrome c family protein  40.66 
 
 		 476 aa  280  3e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.00190536  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0768  cytochrome c family protein  40.66 
 
 		 482 aa  280  3e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00254  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2566  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.92 
 
 		 415 aa  280  3e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.79853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0555  cytochrome c, class I  39.2 
 
 		 407 aa  280  4e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.474157  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1689  cytochrome c, class I  38.48 
 
 		 430 aa  278  2e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0300798  normal  0.396396 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5764  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40 
 
 		 447 aa  277  2e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.729406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3449  cytochrome c, class I  39.58 
 
 		 428 aa  276  5e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.354735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1356  cytochrome c family protein  39.54 
 
 		 430 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1400  cytochrome c, class I  38.94 
 
 		 421 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3640  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.99 
 
 		 395 aa  275  1.0000000000000001e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1282  cytochrome c, class I  39.02 
 
 		 427 aa  274  2.0000000000000002e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5499  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.29 
 
 		 537 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00943544 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4654  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.42 
 
 		 429 aa  272  7e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2085  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.2 
 
 		 432 aa  271  1e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2094  cytochrome c, class I  37.6 
 
 		 429 aa  271  1e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183945  normal  0.716571 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0084  cytochrome c, class I  38.59 
 
 		 433 aa  270  2e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05464  cytochrome c  38.38 
 
 		 718 aa  271  2e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0689  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.37 
 
 		 447 aa  270  5e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2974  putative cytochrome c precursor  38.41 
 
 		 439 aa  269  7e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.34008  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1489  cytochrome C  39.12 
 
 		 430 aa  269  7e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.322936  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1350  cytochrome c family protein  39.12 
 
 		 430 aa  269  7e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.47168  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4201  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.27 
 
 		 444 aa  269  7e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0553584  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33640  dehydrogenase cytochrome c subunit  39.84 
 
 		 434 aa  269  7e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2877  cytochrome c family protein  40.54 
 
 		 430 aa  268  1e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2563  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  39.49 
 
 		 415 aa  268  2e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.151427 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2138  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.22 
 
 		 439 aa  267  2e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.622417  normal  0.750578 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3382  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  40.11 
 
 		 417 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.545776 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2484  cytochrome c family protein  39.33 
 
 		 721 aa  266  5e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0635463  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5084  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.29 
 
 		 432 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5193  cytochrome c, class I  38.29 
 
 		 432 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00931011 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5989  Cytochrome c  38.48 
 
 		 773 aa  266  5.999999999999999e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.278439 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3175  cytochrome c, class I  38.29 
 
 		 432 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2377  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  40.79 
 
 		 417 aa  265  7e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.105053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0808  cytochrome c, class I  38.73 
 
 		 437 aa  266  7e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.71514  normal  0.0769565 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0957  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.27 
 
 		 723 aa  265  7e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.12457  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2030  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.78 
 
 		 433 aa  265  8e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000305388 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0456  cytochrome c, class I  38.44 
 
 		 463 aa  265  8.999999999999999e-70  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2014  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.26 
 
 		 426 aa  265  1e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.684291  normal  0.0791101 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6211  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.84 
 
 		 448 aa  265  1e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.783844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4796  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.1 
 
 		 440 aa  265  1e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.160851 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5949  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.11 
 
 		 434 aa  265  1e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.275687  normal  0.160447 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4209  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  40.25 
 
 		 1182 aa  265  1e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.97346 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35270  putative cytochrome c precursor  38.22 
 
 		 439 aa  265  2e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.534785 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2214  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.79 
 
 		 689 aa  264  2e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.143053  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2335  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.54 
 
 		 426 aa  264  3e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000130755  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>