More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3798 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4232  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  96.53 
 
 		 403 aa  792    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1632  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  96.77 
 
 		 403 aa  793    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3556  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  90.32 
 
 		 403 aa  767    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5264  putative c-type cytochrome  80.84 
 
 		 415 aa  659    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61130  putative c-type cytochrome  81.38 
 
 		 415 aa  655    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00213286  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3798  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  100 
 
 		 403 aa  836    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.679754 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1907  cytochrome c, class I  70.45 
 
 		 411 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.551897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3851  cytochrome c, class I  52.53 
 
 		 420 aa  412  1e-114  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585006  normal  0.540211 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4312  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  51.94 
 
 		 420 aa  409  1e-113  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.327428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1543  cytochrome c, class I  50.93 
 
 		 419 aa  404  1e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0303209  normal  0.534087 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4418  cytochrome c, class I  51.07 
 
 		 419 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.115814  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5887  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  51.34 
 
 		 419 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.526257  normal  0.403041 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3948  cytochrome c, class I  51.07 
 
 		 419 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.130568  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4016  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  51.05 
 
 		 411 aa  397  1e-109  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0979655 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4201  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  50.13 
 
 		 418 aa  394  1e-108  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1417  cytochrome c, class I  48.8 
 
 		 421 aa  387  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00268752  normal  0.0511274 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4954  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  49.73 
 
 		 420 aa  386  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.353681  normal  0.0290114 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0858  cytochrome c, class I  44.04 
 
 		 429 aa  355  1e-96  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3376  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  43.5 
 
 		 426 aa  346  5e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1001  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  42.89 
 
 		 430 aa  344  2e-93  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0986  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  42.48 
 
 		 430 aa  342  8e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0966  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  42.71 
 
 		 430 aa  341  1e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1104  cytochrome c, class I  41.86 
 
 		 416 aa  341  1e-92  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3169  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.1 
 
 		 494 aa  338  9e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0153486  hitchhiker  0.0000801233 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  43.57 
 
 		 442 aa  303  5.000000000000001e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.112042 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0428  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.92 
 
 		 432 aa  300  2e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20531  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1761  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41 
 
 		 680 aa  298  1e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.108482 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1243  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.44 
 
 		 424 aa  297  2e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.154169  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2565  cytochrome c, class I  41.16 
 
 		 424 aa  296  4e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.938803  hitchhiker  0.00615552 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3309  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.66 
 
 		 432 aa  296  6e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0650  putative periplasmic cytochrome c  40.41 
 
 		 432 aa  295  1e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.524273  normal  0.460926 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4961  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.95 
 
 		 426 aa  293  3e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.360414  normal  0.0488597 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0249  cytochrome c family protein  40.3 
 
 		 432 aa  290  3e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.767699  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2380  cytochrome c family protein  40.3 
 
 		 432 aa  290  3e-77  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0749  cytochrome c family protein  40.3 
 
 		 432 aa  290  3e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2697  cytochrome c family protein  40.3 
 
 		 432 aa  290  3e-77  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0915  cytochrome C  40.3 
 
 		 432 aa  290  3e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.136594  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0608  cytochrome c family protein  40.66 
 
 		 432 aa  290  3e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0736  cytochrome c family protein  40.3 
 
 		 432 aa  290  3e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2461  cytochrome c family protein  40.3 
 
 		 432 aa  290  3e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0628  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.74 
 
 		 432 aa  288  1e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8114  cytochrome c class I  39.47 
 
 		 419 aa  285  8e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.719165  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2594  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.43 
 
 		 432 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.529763  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2722  cytochrome c, class I  39.43 
 
 		 432 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.272858  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0625  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.16 
 
 		 461 aa  283  6.000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.956199  normal  0.273824 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0350  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.74 
 
 		 461 aa  282  7.000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2669  cytochrome c, class I  39.43 
 
 		 432 aa  282  8.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5997  cytochrome c, class I  39.23 
 
 		 432 aa  282  8.000000000000001e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.221404 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2698  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.43 
 
 		 432 aa  282  8.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2058  cytochrome c, class I  39.43 
 
 		 432 aa  282  8.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.37855  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0943  cytochrome c family protein  40.4 
 
 		 650 aa  281  1e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0780  cytochrome c family protein  40.4 
 
 		 476 aa  281  1e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.00190536  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0768  cytochrome c family protein  40.4 
 
 		 482 aa  281  1e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00254  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3607  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.69 
 
 		 450 aa  280  2e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4075  putative cytochrome c precursor  39.74 
 
 		 468 aa  281  2e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.635845  normal  0.598856 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00910  gluconate dehydrogenase cytochrome c subunit  38.29 
 
 		 439 aa  280  4e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.367446  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3250  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.89 
 
 		 422 aa  280  4e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.27905  normal  0.409121 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0555  cytochrome c, class I  38.74 
 
 		 407 aa  279  5e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.474157  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1689  cytochrome c, class I  38.62 
 
 		 430 aa  279  6e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0300798  normal  0.396396 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3640  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.73 
 
 		 395 aa  277  2e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2566  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.71 
 
 		 415 aa  276  3e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.79853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1400  cytochrome c, class I  38.69 
 
 		 421 aa  275  9e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5764  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.62 
 
 		 447 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.729406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1356  cytochrome c family protein  39.54 
 
 		 430 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0084  cytochrome c, class I  39.14 
 
 		 433 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5499  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.78 
 
 		 537 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00943544 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33640  dehydrogenase cytochrome c subunit  39.9 
 
 		 434 aa  273  5.000000000000001e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3449  cytochrome c, class I  38.8 
 
 		 428 aa  272  6e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.354735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2974  putative cytochrome c precursor  38.37 
 
 		 439 aa  271  1e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.34008  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1282  cytochrome c, class I  38.24 
 
 		 427 aa  269  5e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2085  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.49 
 
 		 432 aa  270  5e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4654  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.16 
 
 		 429 aa  269  7e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05464  cytochrome c  39.05 
 
 		 718 aa  268  1e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1489  cytochrome C  39.12 
 
 		 430 aa  268  2e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.322936  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4201  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.75 
 
 		 444 aa  268  2e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0553584  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0957  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.52 
 
 		 723 aa  267  2e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.12457  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1350  cytochrome c family protein  39.12 
 
 		 430 aa  268  2e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.47168  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0689  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.87 
 
 		 447 aa  268  2e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2094  cytochrome c, class I  36.83 
 
 		 429 aa  267  2e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183945  normal  0.716571 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2563  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  39.24 
 
 		 415 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.151427 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2138  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.05 
 
 		 439 aa  266  2.9999999999999995e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.622417  normal  0.750578 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3647  cytochrome c, class I  38.75 
 
 		 477 aa  266  4e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.946427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5989  Cytochrome c  39.49 
 
 		 773 aa  266  5e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.278439 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2484  cytochrome c family protein  39.07 
 
 		 721 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0635463  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5949  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.13 
 
 		 434 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.275687  normal  0.160447 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6211  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.34 
 
 		 448 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.783844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2014  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.04 
 
 		 426 aa  265  8.999999999999999e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.684291  normal  0.0791101 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5193  cytochrome c, class I  38.44 
 
 		 432 aa  265  1e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00931011 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5084  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.44 
 
 		 432 aa  265  1e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3175  cytochrome c, class I  38.44 
 
 		 432 aa  265  1e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3382  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  39.31 
 
 		 417 aa  264  2e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.545776 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4796  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.61 
 
 		 440 aa  264  2e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.160851 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2877  cytochrome c family protein  39.73 
 
 		 430 aa  264  2e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2030  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.78 
 
 		 433 aa  265  2e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000305388 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2377  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  40.26 
 
 		 417 aa  265  2e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.105053  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2214  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.58 
 
 		 689 aa  263  3e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.143053  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0456  cytochrome c, class I  38.48 
 
 		 463 aa  263  3e-69  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35270  putative cytochrome c precursor  37.78 
 
 		 439 aa  263  3e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.534785 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0817  cytochrome c, class I  36.79 
 
 		 669 aa  263  3e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.04472  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2321  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.18 
 
 		 434 aa  264  3e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>