299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2479 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2479  cytochrome c family protein  100 
 
 		 407 aa  840    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.217368  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3842  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  49.12 
 
 		 436 aa  387  1e-106  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2321  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  48.45 
 
 		 434 aa  386  1e-106  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5380  cytochrome c, class I  48.33 
 
 		 436 aa  378  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_2986  cytochrome c, class I  48.33 
 
 		 436 aa  378  1e-104  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3373  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  49.01 
 
 		 421 aa  377  1e-103  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4890  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  48.33 
 
 		 436 aa  377  1e-103  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0808  cytochrome c, class I  47.19 
 
 		 437 aa  374  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.71514  normal  0.0769565 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6817  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  42.09 
 
 		 474 aa  334  1e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.166846  normal  0.164997 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0016  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.79 
 
 		 420 aa  334  2e-90  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.331141 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2085  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.98 
 
 		 432 aa  313  2.9999999999999996e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3309  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.45 
 
 		 432 aa  300  3e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0650  putative periplasmic cytochrome c  40.45 
 
 		 432 aa  299  5e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.524273  normal  0.460926 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.82 
 
 		 427 aa  294  2e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.310202  normal  0.354457 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1414  cytochrome c family protein  39.45 
 
 		 492 aa  293  5e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.186397  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0720  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.35 
 
 		 427 aa  291  1e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.690125 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4095  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.85 
 
 		 425 aa  291  1e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.290618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1435  glucose dehydrogenase, beta subunit  39.24 
 
 		 452 aa  291  1e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1350  glucose dehydrogenase, beta subunit  39.24 
 
 		 452 aa  291  1e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0106089  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2590  cytochrome c family protein  39.24 
 
 		 497 aa  291  2e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0428  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.7 
 
 		 432 aa  291  2e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20531  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3977  cytochrome c, class I  38.01 
 
 		 425 aa  290  3e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.386742  normal  0.0120271 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4201  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.62 
 
 		 444 aa  290  3e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0553584  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4552  cytochrome c, class I  37.47 
 
 		 425 aa  290  4e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.859169 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3816  cytochrome c, class I  37.47 
 
 		 425 aa  290  4e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5752  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.47 
 
 		 425 aa  290  4e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.95358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1294  cytochrome c, class I  37.38 
 
 		 425 aa  288  9e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.618448  normal  0.723346 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1807  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.18 
 
 		 469 aa  288  1e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000207286  hitchhiker  0.000745759 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4441  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.53 
 
 		 425 aa  288  1e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1244  cytochrome c family protein  38.99 
 
 		 452 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.148627  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1084  cytochrome c family protein  38.99 
 
 		 452 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.508293  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0628  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.07 
 
 		 432 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0215  cytochrome c family protein  38.99 
 
 		 452 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0488  cytochrome c family protein  38.99 
 
 		 452 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.155198  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2335  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.59 
 
 		 426 aa  286  4e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000130755  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0249  cytochrome c family protein  39.31 
 
 		 432 aa  285  7e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.767699  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0749  cytochrome c family protein  39.31 
 
 		 432 aa  285  7e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0915  cytochrome C  39.31 
 
 		 432 aa  285  7e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.136594  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4265  cytochrome c, class I  38.93 
 
 		 466 aa  285  7e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.105526  normal  0.847694 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6548  cytochrome c, class I  37.14 
 
 		 425 aa  285  7e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2697  cytochrome c family protein  39.31 
 
 		 432 aa  285  7e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2461  cytochrome c family protein  39.31 
 
 		 432 aa  285  7e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2380  cytochrome c family protein  39.31 
 
 		 432 aa  285  7e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0736  cytochrome c family protein  39.31 
 
 		 432 aa  285  7e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0608  cytochrome c family protein  39.01 
 
 		 432 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1356  cytochrome c family protein  40.57 
 
 		 430 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1489  cytochrome C  40.57 
 
 		 430 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.322936  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8114  cytochrome c class I  40.1 
 
 		 419 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.719165  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1350  cytochrome c family protein  40.57 
 
 		 430 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.47168  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1905  cytochrome c, class I  40.4 
 
 		 467 aa  283  3.0000000000000004e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.331041  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0555  cytochrome c, class I  36.1 
 
 		 407 aa  283  4.0000000000000003e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.474157  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5997  cytochrome c, class I  38.57 
 
 		 432 aa  283  6.000000000000001e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.221404 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4825  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.82 
 
 		 531 aa  282  8.000000000000001e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0605523 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1400  cytochrome c, class I  39.17 
 
 		 421 aa  280  3e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2698  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.44 
 
 		 432 aa  280  3e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2877  cytochrome c family protein  39.79 
 
 		 430 aa  280  3e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2669  cytochrome c, class I  39.44 
 
 		 432 aa  280  3e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1599  cytochrome c, class I  39.19 
 
 		 438 aa  280  3e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.050865  normal  0.778619 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2058  cytochrome c, class I  39.44 
 
 		 432 aa  280  3e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.37855  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1159  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.99 
 
 		 466 aa  278  1e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0772  putative oxidoreductase dehydrogenase (cytochrome C subunit) signal peptide protein  37.82 
 
 		 429 aa  277  2e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.456552  hitchhiker  0.00960965 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7344  cytochrome c, class I  39.06 
 
 		 501 aa  276  6e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.335201  normal  0.557089 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1761  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.02 
 
 		 680 aa  275  8e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.108482 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5292  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.08 
 
 		 531 aa  275  8e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.330766  normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0043  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.78 
 
 		 575 aa  275  1.0000000000000001e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5370  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.33 
 
 		 531 aa  273  3e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.173213  normal  0.778162 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2594  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.42 
 
 		 432 aa  274  3e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.529763  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2722  cytochrome c, class I  38.42 
 
 		 432 aa  274  3e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.272858  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5764  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.69 
 
 		 447 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.729406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0625  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.78 
 
 		 461 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.956199  normal  0.273824 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5692  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.85 
 
 		 428 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0139384 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5084  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.23 
 
 		 432 aa  272  6e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5193  cytochrome c, class I  38.23 
 
 		 432 aa  272  6e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00931011 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3175  cytochrome c, class I  38.23 
 
 		 432 aa  272  6e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4612  cytochrome c, class I  39.85 
 
 		 428 aa  272  8.000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0237858 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3756  cytochrome c, class I  39.85 
 
 		 428 aa  272  8.000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6211  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.3 
 
 		 448 aa  272  9e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.783844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4075  putative cytochrome c precursor  38.68 
 
 		 468 aa  271  1e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.635845  normal  0.598856 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2014  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.35 
 
 		 426 aa  270  4e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.684291  normal  0.0791101 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1071  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.15 
 
 		 699 aa  269  5e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3829  cytochrome c, class I  37.97 
 
 		 439 aa  268  1e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0398501  normal  0.201929 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4121  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.25 
 
 		 477 aa  267  2e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5949  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.72 
 
 		 434 aa  267  2e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.275687  normal  0.160447 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1453  cytochrome c, class I  38.11 
 
 		 432 aa  267  2.9999999999999995e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4408  cytochrome c, class I  37.72 
 
 		 434 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3959  cytochrome c, class I  37.72 
 
 		 434 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4297  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.47 
 
 		 441 aa  266  4e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3387  cytochrome c, class I  39.22 
 
 		 440 aa  266  5e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.647099  normal  0.180039 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3647  cytochrome c, class I  37.5 
 
 		 477 aa  266  5e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.946427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1601  cytochrome c, class I  37.22 
 
 		 432 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.023048  normal  0.40449 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4961  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.83 
 
 		 426 aa  266  7e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.360414  normal  0.0488597 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2187  putative alcohol dehydrogenase cytochrome c subunit precursor, cytochrome c553  38.33 
 
 		 476 aa  266  7e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0196419 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4638  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.05 
 
 		 451 aa  265  1e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.683371 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2094  cytochrome c, class I  37.41 
 
 		 429 aa  264  2e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183945  normal  0.716571 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3449  cytochrome c, class I  38.5 
 
 		 428 aa  264  2e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.354735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2504  putative cytochrome c  36.1 
 
 		 434 aa  264  2e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.347672 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1415  cytochrome c, class I  37.9 
 
 		 708 aa  263  4.999999999999999e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.526567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1282  cytochrome c, class I  39.34 
 
 		 427 aa  262  8.999999999999999e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2471  cytochrome c, class I  38.46 
 
 		 450 aa  261  1e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0083  putative alcohol dehydrogenase cytochrome c subunit  38.08 
 
 		 473 aa  261  2e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0300779 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>