More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4654 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4654  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  100 
 
 		 429 aa  873    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1282  cytochrome c, class I  59.81 
 
 		 427 aa  496  1e-139  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3449  cytochrome c, class I  57.14 
 
 		 428 aa  489  1e-137  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.354735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0755  putative alcohol dehydrogenase cytochrome c subunit precursor  63.27 
 
 		 438 aa  491  1e-137  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.819139  normal  0.030808 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2094  cytochrome c, class I  57.48 
 
 		 429 aa  487  1e-136  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183945  normal  0.716571 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1243  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  54.35 
 
 		 424 aa  452  1.0000000000000001e-126  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.154169  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3387  cytochrome c, class I  57.39 
 
 		 440 aa  453  1.0000000000000001e-126  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.647099  normal  0.180039 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2565  cytochrome c, class I  54.22 
 
 		 424 aa  447  1.0000000000000001e-124  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.938803  hitchhiker  0.00615552 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1321  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  54.08 
 
 		 425 aa  432  1e-120  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0428  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  50.39 
 
 		 432 aa  409  1e-113  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20531  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0249  cytochrome c family protein  50.91 
 
 		 432 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.767699  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0915  cytochrome C  50.91 
 
 		 432 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.136594  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2461  cytochrome c family protein  50.91 
 
 		 432 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0749  cytochrome c family protein  50.91 
 
 		 432 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0608  cytochrome c family protein  51.17 
 
 		 432 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2380  cytochrome c family protein  50.91 
 
 		 432 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0736  cytochrome c family protein  50.91 
 
 		 432 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2697  cytochrome c family protein  50.91 
 
 		 432 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0628  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  49.38 
 
 		 432 aa  404  1e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3309  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  50.65 
 
 		 432 aa  403  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0650  putative periplasmic cytochrome c  50.39 
 
 		 432 aa  403  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.524273  normal  0.460926 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2594  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  49.87 
 
 		 432 aa  402  1e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.529763  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2722  cytochrome c, class I  49.87 
 
 		 432 aa  402  1e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.272858  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2669  cytochrome c, class I  49.87 
 
 		 432 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2698  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  49.87 
 
 		 432 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2058  cytochrome c, class I  49.87 
 
 		 432 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.37855  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5997  cytochrome c, class I  48.4 
 
 		 432 aa  397  1e-109  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.221404 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1719  cytochrome c, class I  52.45 
 
 		 437 aa  397  1e-109  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.444977  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5764  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  50.53 
 
 		 447 aa  398  1e-109  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.729406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1400  cytochrome c, class I  48.68 
 
 		 421 aa  393  1e-108  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4075  putative cytochrome c precursor  46.23 
 
 		 468 aa  394  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.635845  normal  0.598856 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0625  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  48.44 
 
 		 461 aa  392  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.956199  normal  0.273824 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1356  cytochrome c family protein  51.07 
 
 		 430 aa  391  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1489  cytochrome C  51.07 
 
 		 430 aa  391  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.322936  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8114  cytochrome c class I  49.73 
 
 		 419 aa  389  1e-107  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.719165  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1350  cytochrome c family protein  51.07 
 
 		 430 aa  391  1e-107  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.47168  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2877  cytochrome c family protein  50 
 
 		 430 aa  389  1e-107  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2986  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  54.59 
 
 		 447 aa  389  1e-107  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.47949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2280  cytochrome c, class I  49.34 
 
 		 429 aa  380  1e-104  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0350  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  46.15 
 
 		 461 aa  377  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4201  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.59 
 
 		 444 aa  293  6e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0553584  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0555  cytochrome c, class I  39.95 
 
 		 407 aa  292  7e-78  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.474157  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2974  putative cytochrome c precursor  41.37 
 
 		 439 aa  287  2e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.34008  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35270  putative cytochrome c precursor  41.43 
 
 		 439 aa  286  4e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.534785 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1453  cytochrome c, class I  41.33 
 
 		 432 aa  286  4e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3382  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  43.33 
 
 		 417 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.545776 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2566  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  43.22 
 
 		 415 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.79853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6211  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.9 
 
 		 448 aa  283  6.000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.783844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2377  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  43.33 
 
 		 417 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.105053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2563  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  42.67 
 
 		 415 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.151427 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4096  putative cytochrome c  38.76 
 
 		 447 aa  281  2e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0084  cytochrome c, class I  41.54 
 
 		 433 aa  277  3e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4796  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.66 
 
 		 440 aa  276  3e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.160851 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0943  cytochrome c family protein  42.21 
 
 		 650 aa  275  8e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0780  cytochrome c family protein  42.21 
 
 		 476 aa  275  9e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.00190536  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0768  cytochrome c family protein  42.21 
 
 		 482 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00254  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1294  cytochrome c, class I  41.54 
 
 		 527 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0963416  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6536  cytochrome c, class I  41.54 
 
 		 527 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.403161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6144  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.54 
 
 		 527 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.548869 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2014  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40 
 
 		 426 aa  274  2.0000000000000002e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.684291  normal  0.0791101 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6575  cytochrome c, class I  42.27 
 
 		 554 aa  274  3e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0822253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0456  cytochrome c, class I  39.29 
 
 		 463 aa  274  3e-72  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0263  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.34 
 
 		 470 aa  273  3e-72  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.473095  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5499  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.41 
 
 		 537 aa  272  7e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00943544 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3250  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.78 
 
 		 422 aa  272  9e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.27905  normal  0.409121 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00910  gluconate dehydrogenase cytochrome c subunit  40.74 
 
 		 439 aa  271  2e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.367446  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1599  cytochrome c, class I  38.83 
 
 		 438 aa  271  2e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.050865  normal  0.778619 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2502  cytochrome c, class I  40.2 
 
 		 450 aa  271  2e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2492  cytochrome c, class I  38.94 
 
 		 698 aa  270  5e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00140351  normal  0.928162 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3370  cytochrome c, class I  42.04 
 
 		 691 aa  270  5e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.384758  normal  0.0138407 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2072  cytochrome c, class I  40.15 
 
 		 712 aa  269  5e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.901126 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4245  cytochrome c, class I  42.01 
 
 		 391 aa  270  5e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0817  cytochrome c, class I  36.55 
 
 		 669 aa  270  5e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.04472  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6289  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.39 
 
 		 530 aa  268  8.999999999999999e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.550632  normal  0.0291984 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4961  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.62 
 
 		 426 aa  268  1e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.360414  normal  0.0488597 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1761  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  42.86 
 
 		 680 aa  268  1e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.108482 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1689  cytochrome c, class I  37.53 
 
 		 430 aa  268  2e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0300798  normal  0.396396 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1071  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.95 
 
 		 699 aa  267  2.9999999999999995e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5949  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.79 
 
 		 434 aa  266  4e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.275687  normal  0.160447 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1632  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  40.63 
 
 		 403 aa  266  4e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2471  cytochrome c, class I  37.69 
 
 		 450 aa  265  1e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2138  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.6 
 
 		 439 aa  265  1e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.622417  normal  0.750578 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3556  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.57 
 
 		 403 aa  265  1e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61130  putative c-type cytochrome  40.21 
 
 		 415 aa  265  1e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00213286  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4232  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  40.63 
 
 		 403 aa  265  2e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4297  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.53 
 
 		 441 aa  265  2e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4408  cytochrome c, class I  39.53 
 
 		 434 aa  264  2e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3959  cytochrome c, class I  39.53 
 
 		 434 aa  264  2e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5264  putative c-type cytochrome  40.21 
 
 		 415 aa  265  2e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2030  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.93 
 
 		 433 aa  264  3e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000305388 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3851  cytochrome c, class I  39.38 
 
 		 420 aa  263  3e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585006  normal  0.540211 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0083  putative alcohol dehydrogenase cytochrome c subunit  42 
 
 		 473 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0300779 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4312  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.64 
 
 		 420 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.327428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1543  cytochrome c, class I  39.12 
 
 		 419 aa  262  6.999999999999999e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0303209  normal  0.534087 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3607  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.39 
 
 		 429 aa  262  6.999999999999999e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.105717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3798  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  40.37 
 
 		 403 aa  262  6.999999999999999e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.679754 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2214  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.38 
 
 		 689 aa  261  1e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.143053  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5211  putative cytochrome c  40.82 
 
 		 675 aa  261  2e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.0072933  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2155  cytochrome c, class I  39.71 
 
 		 728 aa  261  2e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2499  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.43 
 
 		 726 aa  260  3e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.345014  normal  0.965839 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>